Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (39 of 48)
| Basepair (1049:1090)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
-- |
0.1 |
3.0 |
0.1 |
-- |
9.5 |
1.3 |
85.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.2* |
0.2 | 6927 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 | 5615 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4405 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
97.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 193 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
96.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 169 |
| E |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
0.1 | 1013 |
| M |
0.5* |
-- |
0.3 |
18.0 |
0.3 |
0.2 |
57.0* |
7.2 |
13.8 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
1.3* |
1.1 | 1144 |
| |
| Basepair (1050:1089)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
97.7* |
-- |
-- |
1.2* |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 | 6941 |
| 3 |
98.6* |
-- |
-- |
0.9* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 5629 |
| B |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4414 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 197 |
| C |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
2.4 | 169 |
| E |
94.5* |
-- |
-- |
5.1* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1014 |
| M |
93.2* |
0.2* |
0.3* |
2.8* |
1.6 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.3 |
0.7 | 1144 |
| |
| Basepair (1050:1172)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
97.9 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 6919 |
| 3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
98.7 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 5609 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
-- | 4404 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- | 198 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
1.8 | 168 |
| E |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
94.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1003 |
| M |
0.2 |
-- |
0.8 |
0.4 |
-- |
-- |
2.7 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
94.5 |
0.2 |
-- |
-- |
0.9 | 1143 |
| |
| Basepair (1051:1088)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
80.8* |
13.1* |
0.7* |
0.1 |
4.3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.4 | 6944 |
| 3 |
-- |
80.3* |
14.3* |
-- |
-- |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 5633 |
| B |
-- |
98.6* |
0.9* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 4418 |
| A |
-- |
77.7* |
1.0* |
-- |
-- |
20.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 197 |
| C |
-- |
92.9* |
3.0* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 169 |
| E |
-- |
1.5* |
75.6* |
-- |
-- |
22.6 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1014 |
| M |
0.3* |
81.5* |
8.7* |
4.0* |
0.5 |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
0.4 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.3 |
0.9 | 1143 |
| |
| Basepair (1052:1087)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3* |
1.7* |
89.7* |
0.7* |
0.3 |
0.7 |
4.3 |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 | 6933 |
| 3 |
0.3* |
0.4* |
98.3* |
0.1* |
0.3 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 5621 |
| B |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4406 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 197 |
| C |
-- |
0.6* |
96.4* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 | 169 |
| E |
1.7* |
2.2* |
92.3* |
0.3* |
1.6 |
0.6 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 1014 |
| M |
0.1* |
8.6* |
46.4* |
3.9* |
0.3 |
3.1 |
25.6 |
-- |
0.1 |
7.2 |
0.3 |
0.2 |
2.6 |
0.1 |
-- |
1.0 |
0.6 | 1144 |
| |
| Basepair (1053:1086)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
73.9* |
2.5 |
1.0 |
0.1 |
1.9 |
4.6* |
-- |
0.6 |
0.7 |
0.1 |
-- |
0.5 |
13.2 |
-- |
0.3* |
0.4 | 6904 |
| 3 |
0.1 |
82.6* |
-- |
0.1* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.6* |
16.2 |
-- |
-- |
0.3 | 5592 |
| B |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 4379 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 196 |
| C |
-- |
95.9* |
0.6* |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 | 169 |
| E |
0.4 |
6.6 |
-- |
0.4* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
3.3 |
89.0* |
-- |
-- |
0.1 | 1013 |
| M |
0.3* |
28.2* |
15.3 |
5.7 |
0.6 |
11.2 |
27.9* |
0.3 |
3.2 |
3.8 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.3 |
-- |
2.1* |
0.7 | 1144 |
| |
| Basepair (1054:1085)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
84.0* |
-- |
0.2* |
14.3* |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.3 | 6949 |
| 3 |
98.7* |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 | 5637 |
| B |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 4423 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 196 |
| C |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 169 |
| E |
94.8* |
-- |
-- |
0.8 |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 |
3.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.2 | 1014 |
| M |
9.1* |
0.2* |
1.4* |
86.3* |
0.6 |
0.1 |
-- |
0.6 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.6 | 1144 |
| |
| Basepair (1055:1084)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
13.9* |
85.1* |
0.1* |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 | 6951 |
| 3 |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 | 5639 |
| B |
-- |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 4424 |
| A |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 197 |
| C |
-- |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 169 |
| E |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1014 |
| M |
0.1* |
84.7* |
11.2* |
0.5* |
-- |
0.3 |
0.4 |
0.1 |
-- |
1.1 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.3 |
0.7 | 1144 |
| |
| Basepair (1056:1065)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.5 |
12.5* |
1.1* |
0.1 |
82.1* |
0.3 |
-- |
1.9* |
-- |
0.9 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 | 7016 |
| 3 |
0.2 |
-- |
0.2* |
-- |
96.8* |
-- |
-- |
2.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 | 5705 |
| B |
0.1 |
-- |
0.3* |
-- |
99.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 4489 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
32.7* |
-- |
-- |
67.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 199 |
| C |
2.4 |
-- |
-- |
0.6 |
95.2* |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 168 |
| E |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
98.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.6 | 1013 |
| M |
1.4 |
76.5* |
5.4* |
0.5 |
6.9* |
1.8 |
0.2 |
-- |
-- |
5.2 |
0.7 |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.7 | 1144 |
| |
| Basepair (1057:1064)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.0 |
17.8* |
64.0* |
0.9 |
11.8* |
0.7 |
-- |
1.5* |
-- |
0.7 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 | 7030 |
| 3 |
2.3 |
11.1* |
71.0* |
0.6 |
14.4* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5720 |
| B |
-- |
10.0* |
89.6* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4501 |
| A |
-- |
81.1* |
13.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- | 201 |
| C |
-- |
48.5* |
49.7* |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 169 |
| E |
12.7 |
2.1* |
0.1* |
3.5 |
81.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1014 |
| M |
0.8 |
46.9* |
31.0* |
2.3 |
0.4* |
4.2 |
-- |
9.4* |
-- |
3.2 |
0.4 |
0.3 |
-- |
-- |
0.4 |
0.3 |
0.5 | 1142 |
| |
| Basepair (1058:1063)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.2* |
66.4* |
15.5* |
12.9* |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.7 | 7021 |
| 3 |
1.3* |
71.7* |
9.4* |
15.7* |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 5710 |
| B |
-- |
88.0* |
9.7* |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 4492 |
| A |
-- |
61.7* |
37.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 201 |
| C |
4.7* |
83.4* |
10.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 169 |
| E |
7.2* |
1.7* |
2.5* |
88.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 1013 |
| M |
-- |
37.1* |
47.0* |
0.9* |
0.2 |
9.3 |
0.3 |
-- |
0.5 |
0.9 |
-- |
0.2 |
0.3 |
0.2 |
0.3 |
0.3 |
2.7 | 1143 |
| |
| Basepair (1059:1062)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
2.5 |
0.4 |
0.3 |
0.1 |
5.5 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
0.9* |
86.7* |
0.1 |
0.7* |
0.8 |
1.2 | 7032 |
| 3 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
97.6* |
0.1 |
0.9* |
-- |
0.2 | 5720 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 4501 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- | 201 |
| C |
-- |
-- |
10.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
87.6 |
0.6 |
-- |
-- |
1.2 | 169 |
| E |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
3.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
88.7* |
0.3 |
5.0* |
0.1 |
0.5 | 1014 |
| M |
-- |
0.3 |
11.6 |
2.4 |
1.6 |
0.7* |
30.7 |
0.1* |
0.3 |
3.9 |
-- |
5.6* |
32.3* |
0.2 |
-- |
4.7 |
5.6 | 1144 |
| |
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