Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (40 of 48)
| Basepair (1068:1081)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
4.1 |
1.8 |
0.2 |
0.1 |
61.6* |
0.2* |
-- |
0.2 |
6.5 |
-- |
8.3* |
-- |
-- |
0.3 |
0.6 |
15.9 | 6887 |
| 3 |
-- |
4.9 |
1.6 |
0.1 |
0.1 |
73.7* |
0.1* |
-- |
0.1 |
8.0 |
0.1 |
10.2* |
-- |
-- |
0.3 |
0.6 |
0.3 | 5575 |
| B |
-- |
0.1 |
1.7 |
0.2* |
-- |
94.0* |
-- |
-- |
0.2 |
2.6* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
0.1 | 4350 |
| A |
-- |
99.0* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 197 |
| C |
-- |
2.4 |
3.0 |
0.6 |
-- |
80.5* |
5.3* |
-- |
4.1 |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
1.8 |
0.6 |
1.2 | 169 |
| E |
-- |
7.2 |
1.5 |
-- |
0.4 |
2.0* |
0.5* |
-- |
-- |
32.3 |
0.2 |
53.2* |
-- |
0.2 |
0.3 |
2.0 |
0.4 | 1025 |
| M |
0.1* |
-- |
2.7* |
0.8* |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
1.0 |
94.7 | 1144 |
| |
| Basepair (1069:1080)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
61.4* |
3.7 |
0.7 |
2.4* |
0.4 |
13.0* |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.7 |
15.7 | 6968 |
| 3 |
73.2* |
4.6 |
0.7 |
2.7* |
0.3 |
16.0* |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
0.4 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
0.2 | 5656 |
| B |
93.1* |
1.4* |
0.4* |
3.4* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.2 | 4429 |
| A |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 198 |
| C |
82.8* |
-- |
1.8 |
3.6 |
0.6 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
3.0 |
4.1* |
1.8 | 169 |
| E |
1.7* |
-- |
2.0 |
0.5* |
-- |
88.2* |
-- |
-- |
6.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.2 |
-- |
0.3 | 1026 |
| M |
0.3* |
-- |
0.7 |
0.6 |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
2.2* |
94.4 | 1144 |
| |
| Basepair (1070:1079)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
81.2* |
0.2* |
2.3* |
0.4* |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
15.1 | 6980 |
| 3 |
96.2* |
0.2* |
2.8* |
0.2* |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 5668 |
| B |
99.5* |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- | 4443 |
| A |
19.2* |
-- |
75.3* |
5.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 198 |
| C |
87.0* |
-- |
-- |
6.5* |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
1.2 | 169 |
| E |
97.0* |
0.5* |
0.6* |
-- |
0.3 |
0.5 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
0.3 | 1024 |
| M |
6.4* |
0.1* |
0.3* |
0.3* |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.1 | 1144 |
| |
| Basepair (1071:1078)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
80.9* |
2.3* |
-- |
0.5* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
15.4 | 6972 |
| 3 |
95.6* |
2.8* |
-- |
0.5* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.4 | 5660 |
| B |
97.8* |
1.2* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.4 | 4433 |
| A |
94.4* |
5.1* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 198 |
| C |
95.3* |
-- |
1.2* |
1.2* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 169 |
| E |
86.9* |
9.0* |
-- |
2.8* |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 | 1026 |
| M |
6.3* |
0.1 |
0.1* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
92.1 | 1144 |
| |
| Basepair (1071:1151)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.0 |
0.1 |
0.1 |
0.2* |
1.3 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
2.2 |
0.1* |
0.1 |
78.6* |
0.1 |
-- |
-- |
15.9 | 6948 |
| 3 |
1.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.6 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.2* |
2.7 |
0.1* |
0.1 |
94.3* |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 | 5638 |
| B |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
97.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 4418 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.1 |
-- |
-- |
94.9 |
-- |
-- |
-- |
-- | 197 |
| C |
2.4 |
-- |
-- |
0.6* |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.7* |
-- |
-- |
-- |
9.0 | 168 |
| E |
4.6 |
0.4 |
0.1 |
0.2 |
2.7 |
-- |
0.9 |
0.7 |
1.0* |
8.2 |
0.4* |
0.4 |
79.4* |
0.1 |
-- |
-- |
0.9 | 1019 |
| M |
0.1 |
-- |
-- |
0.8 |
4.0* |
-- |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
1.0 |
0.4 |
-- |
0.1 |
93.0 | 1143 |
| |
| Basepair (1072:1077)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
2.1* |
0.2 |
-- |
0.6 |
0.1* |
0.1 |
0.5 |
-- |
0.1 |
84.2* |
10.8 | 6966 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
99.3* |
0.2 | 5655 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
99.5 |
0.1 | 4429 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
99.5 |
-- | 198 |
| C |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.6 |
1.2 | 169 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3* |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
98.6* |
0.2 | 1025 |
| M |
0.4* |
0.2* |
2.3 |
1.3 |
0.6 |
0.2 |
12.9* |
1.3 |
-- |
3.8 |
0.1 |
-- |
3.3 |
-- |
-- |
7.9* |
65.6 | 1143 |
| |
Last generated : Fri Jun 28 2002 (11 : 6)