Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (41 of 48)
| Basepair (1095:1168)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.9* |
81.8* |
3.0* |
3.9* |
-- |
2.3 |
1.6 |
0.1 |
-- |
2.4 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.4 | 6931 |
| 3 |
-- |
96.4* |
0.4* |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 5622 |
| B |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 4403 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 197 |
| C |
-- |
98.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 168 |
| E |
0.2* |
81.7* |
2.0* |
0.2* |
-- |
15.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 | 1019 |
| M |
23.6* |
7.5* |
16.1* |
23.4* |
-- |
-- |
9.5 |
0.4 |
0.1 |
14.8 |
-- |
0.4 |
1.0 |
-- |
1.8 |
0.4 |
1.1 | 1142 |
| |
| Basepair (1096:1167)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.9* |
71.5* |
10.9* |
6.3* |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.5 |
0.1 |
2.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
1.4 |
0.1 |
0.3 | 6978 |
| 3 |
0.3* |
83.7* |
12.4* |
0.1* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 5668 |
| B |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 4450 |
| A |
-- |
99.0* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 197 |
| C |
-- |
97.0* |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 168 |
| E |
1.7* |
11.8* |
68.9* |
0.5* |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
14.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- | 1017 |
| M |
34.8* |
7.8* |
4.6* |
37.8* |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
3.1 |
0.1 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
0.3 |
8.2 |
0.6 |
0.8 | 1143 |
| |
| Basepair (1097:1166)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.5* |
22.2 |
13.6 |
3.8* |
-- |
52.3* |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
1.0* |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
0.2 | 7041 |
| 3 |
4.8* |
22.0 |
5.3 |
4.1* |
-- |
62.9* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.1 | 5731 |
| B |
0.2* |
20.4 |
4.2 |
3.7* |
-- |
71.3* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4512 |
| A |
41.9* |
32.3* |
1.0* |
22.7* |
1.0 |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 198 |
| C |
-- |
3.5* |
74.1* |
2.4* |
-- |
15.9 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
1.2 | 170 |
| E |
18.0* |
26.6 |
10.7 |
2.3* |
-- |
38.2* |
-- |
-- |
0.3 |
0.2* |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
0.4 | 1017 |
| M |
10.1* |
26.2* |
46.2* |
2.4* |
0.1 |
4.3 |
0.4 |
1.3 |
0.2 |
6.2 |
0.3 |
0.1 |
0.4 |
0.2 |
0.3 |
0.4 |
1.2 | 1141 |
| |
| Basepair (1098:1165)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.1* |
20.1 |
2.4 |
8.1* |
1.5 |
47.5* |
0.4 |
0.1 |
0.2 |
0.8* |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
14.8 | 6838 |
| 3 |
3.8* |
22.9 |
1.4 |
10.0* |
1.9 |
57.5* |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
1.0* |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 | 5526 |
| B |
-- |
26.4 |
0.4 |
-- |
-- |
72.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 4307 |
| A |
-- |
46.7* |
5.1* |
-- |
-- |
17.8 |
1.0 |
-- |
-- |
28.4 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 197 |
| C |
-- |
51.2* |
10.0* |
0.6* |
-- |
36.5 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 170 |
| E |
20.4* |
4.0* |
5.3* |
54.0* |
9.9 |
1.1 |
1.0 |
0.4 |
1.0 |
-- |
-- |
0.2 |
0.5 |
0.8 |
0.6 |
0.4 |
0.4 | 1018 |
| M |
0.3* |
1.7* |
5.9* |
0.4* |
0.1 |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
1.1 |
88.2 | 1143 |
| |
Last generated : Fri Jun 28 2002 (11 : 6)