Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (43 of 48)
| Basepair (1138:1160)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
0.1 |
-- |
6.9 |
-- |
0.1* |
0.3 |
-- |
-- |
71.5* |
2.6 |
-- |
0.1* |
15.5 | 7068 |
| 3 |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
0.1 |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
85.3 |
2.8 |
-- |
-- |
0.4 | 5754 |
| B |
-- |
-- |
3.7 |
-- |
-- |
-- |
9.7 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
86.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 4554 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.9 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 174 |
| C |
-- |
-- |
13.4 |
-- |
-- |
-- |
5.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
77.3 |
-- |
-- |
-- |
3.5 | 172 |
| E |
-- |
0.1* |
0.7 |
-- |
0.5 |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
80.0* |
15.7 |
-- |
-- |
0.8 | 1021 |
| M |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.7* |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
1.7 |
2.4* |
-- |
0.4* |
93.4 | 1144 |
| |
| Basepair (1139:1159)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
0.3* |
0.2 |
0.1* |
0.2 |
0.2 |
2.0 |
81.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
15.2 | 7141 |
| 3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
2.4 |
96.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 5828 |
| B |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 4604 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 198 |
| C |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
5.2 |
0.6 |
-- |
90.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
2.9 | 172 |
| E |
0.1* |
0.1 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.9 |
13.9 |
83.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 1021 |
| M |
-- |
-- |
2.1* |
0.4 |
0.4* |
0.1 |
0.3 |
-- |
2.7* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
93.3 | 1143 |
| |
| Basepair (1142:1157)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.6 |
0.5* |
2.2 |
4.4* |
0.3 |
0.1 |
0.7 |
0.3 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
69.9* |
0.1 |
-- |
-- |
17.7 | 7109 |
| 3 |
3.9 |
0.6* |
2.5 |
5.3* |
0.3 |
0.1 |
0.7 |
0.3 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
82.6* |
0.1 |
-- |
-- |
3.1 | 5796 |
| B |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
99.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 4571 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 198 |
| C |
-- |
1.2* |
4.1 |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
87.7* |
-- |
-- |
0.6* |
3.6 | 171 |
| E |
22.2* |
3.2* |
13.6* |
30.0* |
1.3 |
0.4 |
3.6 |
2.0 |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
6.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
16.8 | 1022 |
| M |
2.3 |
-- |
0.3 |
0.3* |
0.3 |
0.1* |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
2.9* |
0.2 |
-- |
-- |
93.1 | 1144 |
| |
| Basepair (1143:1156)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.0* |
72.3* |
7.8* |
0.5* |
-- |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
16.0 | 7113 |
| 3 |
2.4* |
85.0* |
9.3* |
0.5* |
-- |
0.6 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
1.2 | 5799 |
| B |
-- |
98.9 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 4581 |
| A |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 194 |
| C |
0.6* |
88.4* |
2.3* |
1.2* |
-- |
1.2 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.8 | 172 |
| E |
13.7* |
20.6* |
52.7* |
2.6* |
0.2 |
2.9 |
0.1 |
0.5 |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
1.5 |
0.4 |
0.2 |
0.4 |
3.6 | 1019 |
| M |
-- |
5.3* |
1.3* |
0.6* |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
92.1 | 1144 |
| |
| Basepair (1144:1155)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.5* |
71.9* |
4.9* |
0.6* |
0.8 |
0.9 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
15.5 | 7114 |
| 3 |
5.5* |
85.0* |
5.6* |
0.6* |
1.0 |
0.8 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.6 | 5800 |
| B |
-- |
97.2* |
1.3* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 | 4579 |
| A |
-- |
88.8* |
9.1* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 197 |
| C |
-- |
77.3* |
5.2* |
1.7* |
-- |
6.4 |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
5.9 | 172 |
| E |
31.1* |
30.0* |
24.2* |
3.4* |
5.8 |
1.7 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.6 |
0.9 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.2 |
1.5 | 1019 |
| M |
0.2* |
4.5* |
1.7* |
0.2* |
-- |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
92.1 | 1144 |
| |
| Basepair (1145:1154)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
61.1* |
5.1* |
6.7* |
9.2* |
1.0 |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
15.4 | 7101 |
| 3 |
72.6* |
6.1* |
7.9* |
10.2* |
1.1 |
0.9 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.5 | 5787 |
| B |
75.3* |
4.3* |
7.4* |
10.7* |
1.0 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 4571 |
| A |
67.2* |
-- |
5.7* |
22.4* |
0.5 |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 192 |
| C |
75.6* |
-- |
2.9* |
10.5* |
3.5 |
1.7 |
0.6 |
0.6 |
1.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
2.3 | 172 |
| E |
61.7* |
15.7* |
10.3* |
5.9* |
1.5 |
2.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
0.3 |
1.6 | 1019 |
| M |
0.3* |
0.4* |
1.6* |
4.4* |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
92.2 | 1144 |
| |
| Basepair (1146:1153)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
52.6* |
4.4* |
2.5* |
4.5* |
17.7 |
2.0 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
15.3 | 7129 |
| 3 |
61.6* |
5.3* |
3.0* |
4.9* |
21.6 |
2.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 5815 |
| B |
61.7* |
4.0* |
2.6* |
5.2* |
23.1 |
2.6 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 4594 |
| A |
46.4* |
31.1* |
9.7* |
3.6* |
8.7 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 196 |
| C |
82.6* |
1.7 |
-- |
6.4* |
1.7 |
2.3* |
0.6 |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
1.7 | 172 |
| E |
64.5* |
6.4* |
3.7* |
4.1* |
17.2 |
1.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.4 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.9 | 1020 |
| M |
2.5* |
0.2* |
0.4* |
1.9* |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
94.0 | 1144 |
| |
| Basepair (1147:1152)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
19.0* |
18.5* |
31.7* |
1.3* |
0.2 |
12.7 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
15.9 | 7132 |
| 3 |
23.3* |
22.4* |
37.0* |
1.3* |
0.2 |
14.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.7 | 5819 |
| B |
28.8* |
11.7* |
41.0* |
1.3* |
-- |
16.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 | 4598 |
| A |
4.6* |
41.6* |
49.2* |
4.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 197 |
| C |
-- |
5.3 |
41.5 |
0.6 |
-- |
44.4* |
2.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
4.8 | 171 |
| E |
2.0* |
66.9* |
16.9* |
0.9* |
0.9 |
7.3 |
0.9 |
-- |
0.5 |
0.6 |
0.3 |
0.2 |
0.3 |
0.6 |
0.1 |
-- |
1.8 | 1019 |
| M |
0.1* |
0.2* |
3.5* |
1.0* |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.5 | 1144 |
| |
| Basepair (1148:1151)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2 |
-- |
2.9 |
0.2 |
0.4 |
-- |
1.9 |
0.2 |
-- |
0.6 |
0.2* |
0.1 |
75.3* |
0.1 |
0.4 |
0.5* |
17.1 | 7113 |
| 3 |
0.2 |
-- |
3.2 |
0.1* |
0.2 |
-- |
2.2 |
0.2 |
-- |
0.8 |
0.2 |
0.1 |
90.3* |
0.1 |
0.4* |
-- |
1.9 | 5799 |
| B |
0.1 |
-- |
0.7 |
-- |
0.1 |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
96.8* |
0.1 |
0.2* |
-- |
0.2 | 4576 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 197 |
| C |
-- |
-- |
11.6 |
2.9* |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
69.2* |
-- |
2.3* |
2.9 |
8.8 | 172 |
| E |
0.7 |
-- |
15.1 |
0.5 |
0.7 |
-- |
6.7 |
0.9 |
-- |
2.7 |
1.1 |
0.8* |
59.5* |
0.1 |
1.3* |
0.2 |
9.9 | 1020 |
| M |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
1.7 |
-- |
0.3 |
0.1* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
0.3 |
-- |
2.3* |
94.4 | 1144 |
| |
| Basepair (1158:1162)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
0.2 |
0.4 |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
0.4* |
0.3 |
1.7 |
0.2 |
0.2 |
0.3* |
0.1 |
81.0* |
0.1* |
0.1 |
13.4 | 7153 |
| 3 |
0.1 |
0.2 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
0.4* |
-- |
2.0 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
95.9* |
-- |
-- |
0.3 | 5840 |
| B |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
0.1 | 4621 |
| A |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- | 198 |
| C |
-- |
-- |
2.3* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.8* |
-- |
-- |
1.8 | 172 |
| E |
0.3 |
1.3 |
1.9 |
-- |
0.8 |
1.0 |
2.5* |
0.1 |
10.9 |
1.3 |
0.1 |
-- |
0.4 |
78.9* |
-- |
-- |
0.6 | 1016 |
| M |
0.1 |
-- |
0.7 |
1.6 |
0.2 |
0.3 |
0.5* |
1.8 |
0.2 |
0.2 |
1.2 |
2.1* |
0.3 |
3.0* |
0.9* |
0.7 |
82.2 | 1143 |
| |
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