Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (44 of 48)
| Basepair (1205:1344)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.7* |
-- |
15.2* |
0.6* |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
3.1 |
2.2 |
75.1 | 7040 |
| 3 |
2.2* |
-- |
17.9* |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
3.6 |
1.8 |
73.2 | 5771 |
| B |
2.8* |
-- |
22.6* |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.1 |
-- |
-- |
4.5 |
2.2 |
66.1 | 4553 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 206 |
| C |
38.4* |
-- |
4.7 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
2.9 |
2.3 |
-- |
0.6 |
7.6 |
32.0* |
10.0 | 172 |
| E |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1011 |
| M |
0.1* |
-- |
3.1* |
0.3* |
-- |
0.1 |
1.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
94.9 | 1099 |
| |
| Basepair (1218:1318)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
99.6* |
0.2* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 7132 |
| 3 |
-- |
99.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 5839 |
| B |
-- |
99.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4619 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 172 |
| E |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1012 |
| M |
-- |
98.5* |
1.0* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1123 |
| |
| Basepair (1219:1222)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
-- |
12.5 |
-- |
0.1 |
1.4 |
1.8 |
83.6* |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
0.1* |
-- | 7144 |
| 3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.7 |
-- |
98.8* |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 5830 |
| B |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4601 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
95.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 172 |
| E |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
3.5 |
-- |
95.2* |
-- |
-- |
-- |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- | 1021 |
| M |
-- |
-- |
0.2* |
78.1* |
-- |
0.2 |
5.2 |
11.3 |
4.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- | 1144 |
| |
| Basepair (1219:1282)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
85.1* |
-- |
-- |
1.1 |
1.6 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2* |
-- |
0.1 |
11.5 | 7093 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
97.6* |
0.1 |
-- |
0.5 |
1.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2* |
-- |
0.1 |
0.1 | 5797 |
| B |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 4568 |
| A |
-- |
-- |
-- |
98.6 |
0.5 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
-- |
-- |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 172 |
| E |
-- |
-- |
-- |
88.9* |
-- |
-- |
2.3 |
6.0 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2* |
0.1* |
-- |
0.4 | 1021 |
| M |
-- |
-- |
-- |
18.7* |
-- |
-- |
4.3 |
4.0 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
0.1 |
72.2 | 1126 |
| |
| Basepair (1220:1280)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
12.2* |
2.3 |
0.7 |
0.1* |
0.3 |
70.5* |
0.2 |
1.6 |
1.0 |
0.1 |
0.4 |
0.2 |
0.2 |
5.2* |
3.8 |
1.2 | 7094 |
| 3 |
-- |
14.8* |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 |
82.2* |
0.1 |
1.8 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 5797 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
99.1* |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2* |
-- |
-- |
0.1 | 4568 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.6 |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
-- |
-- |
8.7 |
-- |
-- |
-- |
90.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 172 |
| E |
-- |
83.9* |
0.1 |
1.8 |
-- |
0.1 |
3.7* |
0.2 |
8.9 |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
0.5 |
-- |
0.1* |
-- | 1021 |
| M |
0.1 |
0.4 |
13.0 |
2.3 |
0.4 |
1.7 |
7.3* |
0.9 |
0.9 |
6.5 |
0.7 |
2.1* |
0.5 |
-- |
32.5* |
24.0 |
6.8 | 1127 |
| |
| Basepair (1222:1277)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
83.6* |
1.2* |
12.1* |
1.4* |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.2 | 7162 |
| 3 |
98.8* |
-- |
-- |
0.8* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5848 |
| B |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4624 |
| A |
98.5 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 204 |
| C |
95.3* |
-- |
-- |
2.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 | 172 |
| E |
95.0* |
-- |
0.1* |
4.7* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1018 |
| M |
4.2* |
7.4* |
75.4* |
4.0* |
0.3 |
0.7 |
1.3 |
0.1 |
-- |
1.7 |
0.1 |
1.9 |
-- |
0.2 |
1.2 |
1.0 |
0.4 | 1144 |
| |
| Basepair (1223:1276)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
9.2 |
1.9* |
13.6* |
13.9 |
59.9* |
0.2 |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- | 7109 |
| 3 |
9.2 |
1.4* |
0.6* |
15.9 |
72.2* |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 | 5795 |
| B |
8.0 |
1.8* |
0.1* |
0.2 |
89.3* |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 | 4566 |
| A |
49.8* |
-- |
-- |
0.5* |
47.3 |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
50.6* |
0.6* |
-- |
6.4* |
40.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 | 172 |
| E |
6.0* |
0.1* |
3.2* |
89.3* |
1.0 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 1021 |
| M |
3.0* |
4.6* |
81.3* |
4.5* |
0.8 |
1.3 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.5 |
2.4 |
-- |
0.2 |
0.3 |
0.4 | 1144 |
| |
| Basepair (1224:1275)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.5* |
55.3* |
21.2* |
7.8* |
2.1 |
3.7 |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
1.6 | 7160 |
| 3 |
7.9* |
50.5* |
24.1* |
9.2* |
2.2 |
4.1 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.9 | 5848 |
| B |
6.5* |
57.1* |
20.5* |
7.3* |
2.6 |
5.0 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- | 4619 |
| A |
4.9* |
52.4* |
23.8* |
5.8* |
3.9 |
4.4 |
-- |
2.4 |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
1.0 |
-- | 206 |
| C |
2.3* |
25.7* |
18.7* |
11.7* |
9.9 |
14.0 |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
12.9 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.8 | 171 |
| E |
14.7* |
20.4* |
39.9* |
18.2* |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
4.6 | 1022 |
| M |
0.2* |
84.3* |
6.6* |
0.5* |
0.1 |
0.2 |
0.8 |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
6.2 | 1143 |
| |
| Basepair (1225:1274)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
25.1* |
33.1* |
25.7* |
10.6* |
1.4 |
1.4 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
1.2 | 7080 |
| 3 |
30.6* |
38.4* |
14.0* |
11.9* |
1.8 |
1.6 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.1 | 5768 |
| B |
26.1* |
43.1* |
15.4* |
11.7* |
1.8 |
1.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 | 4543 |
| A |
11.2* |
43.9* |
22.9* |
19.5* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- | 205 |
| C |
4.1* |
57.1* |
31.2* |
4.7* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 | 170 |
| E |
54.7* |
16.0* |
6.4* |
11.2* |
1.9 |
4.4 |
2.1 |
0.3 |
0.5 |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 |
1.3 |
0.6 | 1019 |
| M |
0.5* |
3.0* |
83.6* |
5.2* |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
6.5 | 1144 |
| |
| Basepair (1226:1273)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
51.0* |
11.3* |
9.9* |
19.8* |
1.4 |
0.3 |
1.6 |
1.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.9 |
1.9 | 7177 |
| 3 |
59.9* |
13.7* |
9.8* |
12.6* |
1.6 |
0.4 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.7 |
0.5 | 5864 |
| B |
62.4* |
10.8* |
11.5* |
13.0* |
1.2 |
0.4 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
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-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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| C |
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-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
1.2 | 172 |
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0.4 |
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-- |
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-- |
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-- |
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|
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
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4.1 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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|
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0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
1.2 |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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|
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.8 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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|
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| CG
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| AU
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| Seq
|
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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1.2 |
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0.6* |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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| |
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|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
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| GG
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| Seq
|
|---|
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
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-- |
1.2 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
5.8 |
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-- |
-- |
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-- |
0.3* |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
92.4 | 1145 |
| |
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|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
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| AG
| CA
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| UU
| gap
| Seq
|
|---|
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
0.1 |
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2.6* |
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-- |
-- |
0.1 |
-- |
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-- |
-- |
0.1 |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
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| C |
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-- |
2.3* |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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| E |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| M |
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-- |
0.3* |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
92.3 | 1145 |
| |
| Basepair (1236:1263)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
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| UU
| gap
| Seq
|
|---|
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-- |
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0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
17.4 | 5904 |
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99.0 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 4668 |
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100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
81.3* |
-- |
4.1* |
5.3* |
5.3 |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 | 171 |
| E |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.5 | 1028 |
| M |
4.5* |
-- |
0.1* |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
92.2 | 1145 |
| |
| Basepair (1237:1259)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
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| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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-- |
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3.2 |
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-- |
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| 3 |
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-- |
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-- |
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| B |
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-- |
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-- |
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1.9 |
2.4 |
-- |
-- |
13.5 |
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-- | 207 |
| C |
-- |
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5.8 |
15.8 |
-- |
0.6 |
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5.8 |
-- |
1.2 |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1028 |
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-- |
-- |
1.1* |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
11.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| C |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
0.6 |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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|
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-- |
-- |
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-- |
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-- | 207 |
| C |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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| |
| Basepair (1243:1254)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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|
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| CG
| UA
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| GU
| UG
| AA
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| CA
| CC
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| UU
| gap
| Seq
|
|---|
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1028 |
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0.2* |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
92.4 | 1145 |
| |
| Basepair (1245:1252)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
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| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
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| UU
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| Seq
|
|---|
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
0.1 |
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0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
2.1 | 4640 |
| A |
-- |
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-- |
-- |
6.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
| C |
-- |
53.2* |
31.0* |
1.8* |
-- |
4.1 |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
5.9 | 171 |
| E |
-- |
0.1* |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1028 |
| M |
0.8* |
1.7* |
2.7* |
2.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
0.1 |
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| |
| Basepair (1246:1251)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
0.1 |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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0.1 |
-- |
-- |
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-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
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| E |
0.1* |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1028 |
| M |
0.1* |
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1.1* |
-- |
2.1 |
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-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.4 | 1145 |
| |
| Basepair (1247:1250)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
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| GG
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| UU
| gap
| Seq
|
|---|
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
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1.2 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 1027 |
| M |
0.5 |
0.3* |
3.3 |
1.0 |
0.1 |
0.1 |
2.2 |
0.3* |
-- |
0.4 |
0.1 |
0.4 |
5.6* |
0.1 |
0.5 |
1.4* |
83.7 | 1145 |
| |
| Basepair (1250:1293)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
0.1 |
0.4* |
0.8 |
-- |
0.1 |
0.4 |
9.4 |
60.0* |
-- |
0.1 |
0.3* |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
27.8 | 7187 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
10.9 |
70.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
18.6 | 5877 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
13.7 |
84.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
1.7 | 4643 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
-- |
-- |
5.3* |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
1.8 |
87.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
0.6 |
0.6 | 171 |
| E |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.5 | 1025 |
| M |
0.4 |
0.4 |
1.5* |
4.3* |
-- |
0.4 |
2.2 |
2.8 |
4.3 |
0.2 |
0.5* |
2.1 |
-- |
0.1* |
0.4 |
1.8 |
78.8 | 1141 |
| |
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