Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (45 of 48)
| Basepair (1270:1353)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.2* |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
71.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
27.8 | 6958 |
| 3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.2* |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
81.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
17.2 | 5758 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 4535 |
| A |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
| C |
-- |
0.6 |
-- |
1.2 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
97.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
-- |
-- |
0.1 |
0.8 |
1.2* |
0.3* |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
96.9 | 1016 |
| M |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.2 | 1030 |
| |
| Basepair (1284:1315)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
15.0* |
83.0* |
0.6* |
0.3* |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- | 7168 |
| 3 |
18.3* |
81.0* |
0.1* |
0.3* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 5875 |
| B |
0.2* |
99.5* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4645 |
| A |
28.0* |
65.2* |
-- |
6.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 | 172 |
| E |
98.4* |
0.2* |
0.5* |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 | 1022 |
| M |
-- |
91.5* |
3.3* |
0.2* |
0.1 |
1.3 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
2.8 |
0.1 | 1123 |
| |
| Basepair (1285:1314)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
3.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
95.3 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 | 7174 |
| 3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
3.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.8 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 5881 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 4652 |
| A |
-- |
-- |
4.8 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.7 |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
11.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
87.8 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 172 |
| E |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 1021 |
| M |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
0.1 |
0.2* |
3.3 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
93.6* |
0.9 |
-- |
0.1 |
-- | 1123 |
| |
| Basepair (1286:1313)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
10.0 |
-- |
0.1* |
0.2 |
-- |
-- |
88.9* |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 7171 |
| 3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.9 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 5879 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 4650 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
4.1 |
-- |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
93.6* |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 171 |
| E |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1021 |
| M |
-- |
0.1* |
2.2 |
0.1 |
-- |
-- |
59.8* |
-- |
0.3 |
1.4 |
-- |
-- |
35.8 |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 1123 |
| |
| Basepair (1287:1312)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
0.4* |
0.7 |
-- |
0.4 |
3.6 |
5.2 |
88.0* |
0.2 |
0.4* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.3 |
0.1 | 7175 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.9 |
6.0 |
92.4* |
0.1 |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5880 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4648 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
-- |
-- |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
3.5 |
0.6 |
93.6* |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
3.8 |
34.5 |
57.8* |
0.4 |
1.5* |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 | 1024 |
| M |
-- |
0.6 |
2.1 |
2.8 |
0.2* |
2.6 |
17.9 |
1.8 |
64.6* |
1.0* |
1.1 |
0.4 |
-- |
0.6 |
2.2* |
2.0 |
0.1 | 1125 |
| |
| Basepair (1288:1311)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
-- |
-- |
2.2 |
0.4 |
0.2 |
3.4* |
2.3 |
1.6 |
0.1 |
2.3* |
0.8 |
0.1 |
0.1* |
0.2 |
86.1* |
0.1 | 7180 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
2.5* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
97.1* |
-- | 5887 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.5* |
-- | 4656 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
96.1* |
-- | 207 |
| C |
-- |
-- |
-- |
5.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
93.0 |
-- | 172 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3* |
-- |
3.1* |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
95.6* |
0.2 | 1022 |
| M |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
13.2 |
2.4 |
0.8 |
21.5* |
14.4 |
10.1 |
0.4 |
1.9* |
4.6 |
0.4 |
0.4* |
0.3 |
27.2* |
1.4 | 1123 |
| |
| Basepair (1289:1310)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.8* |
16.9* |
60.2* |
14.5* |
0.6 |
0.3 |
0.4 |
0.6 |
-- |
0.7 |
0.2 |
1.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 | 7168 |
| 3 |
0.2* |
20.2* |
66.7* |
11.0* |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 5872 |
| B |
-- |
21.1* |
77.9* |
0.5* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4640 |
| A |
-- |
54.6* |
44.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
-- |
4.7* |
93.6* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
1.2* |
9.2* |
20.5* |
60.6* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
6.3 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.1 | 1024 |
| M |
23.3* |
1.6* |
21.6* |
35.3* |
3.5 |
0.8 |
2.3 |
3.7 |
-- |
3.2 |
0.8 |
0.7 |
0.2 |
0.1 |
1.1 |
0.7 |
1.3 | 1126 |
| |
| Basepair (1290:1309)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
86.2* |
2.3* |
2.3* |
5.3* |
1.7 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- | 7161 |
| 3 |
97.5* |
-- |
-- |
0.9* |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- | 5865 |
| B |
98.0* |
-- |
-- |
0.2* |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4635 |
| A |
98.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- | 205 |
| C |
90.7* |
-- |
-- |
7.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
1.2 | 172 |
| E |
95.1* |
-- |
0.2* |
4.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.2 | 1024 |
| M |
26.8* |
14.7* |
14.6* |
28.3* |
3.6 |
1.1 |
0.9 |
1.3 |
-- |
0.5 |
2.0 |
0.3 |
0.1 |
-- |
5.5 |
0.3 |
-- | 1126 |
| |
| Basepair (1291:1308)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
33.8* |
21.7* |
16.8* |
19.8* |
0.2 |
4.9 |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
0.3 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
1.0 |
0.1 |
0.3 |
-- | 7061 |
| 3 |
38.7* |
19.7* |
12.8* |
23.0* |
0.2 |
4.9 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- | 5765 |
| B |
45.2* |
24.4* |
14.4* |
9.1* |
0.2 |
6.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 4540 |
| A |
-- |
13.5* |
17.5* |
69.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 200 |
| C |
2.3* |
54.4* |
32.2* |
1.2* |
-- |
8.8 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 171 |
| E |
17.6* |
0.1* |
4.4* |
75.2* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.8 |
-- | 1024 |
| M |
14.1* |
26.8* |
34.8* |
6.4* |
0.5 |
3.9 |
0.9 |
1.6 |
0.2 |
1.2 |
0.5 |
1.5 |
0.4 |
6.3 |
0.1 |
0.5 |
0.2 | 1127 |
| |
| Basepair (1292:1307)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
26.5* |
4.8* |
13.6* |
51.1* |
0.3 |
1.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.3 |
-- |
1.0 |
-- |
0.2 |
-- |
0.3 |
-- | 7188 |
| 3 |
29.2* |
2.4* |
10.0* |
56.6* |
0.2 |
1.0 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- | 5890 |
| B |
22.7* |
1.2* |
4.8* |
70.8* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 4662 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 203 |
| C |
0.6* |
-- |
-- |
98.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 172 |
| E |
44.3* |
8.5* |
35.7* |
3.1* |
0.4 |
5.8 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
1.7 |
-- |
-- |
0.2 | 1024 |
| M |
16.7* |
18.1* |
34.5* |
15.5* |
1.1 |
1.5 |
0.4 |
1.8 |
-- |
1.7 |
0.1 |
6.5 |
0.2 |
-- |
0.3 |
1.5 |
0.3 | 1128 |
| |
| Basepair (1293:1306)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
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| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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16.1* |
8.8* |
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0.6 |
0.5 |
0.3 |
0.3 |
1.1 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
-- | 7194 |
| 3 |
76.9* |
17.7* |
3.9* |
0.2* |
0.4 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- | 5900 |
| B |
85.2* |
14.2* |
0.2* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 4667 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
89.0* |
1.7* |
-- |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 | 172 |
| E |
34.5* |
37.0* |
21.6* |
1.4* |
2.1 |
1.5 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
1.4 |
-- |
-- |
0.3 | 1025 |
| M |
17.0* |
9.5* |
35.5* |
19.3* |
1.4 |
1.6 |
1.9 |
1.7 |
7.2 |
1.6 |
0.7 |
0.7 |
0.2 |
0.1 |
0.6 |
0.9 |
0.1 | 1124 |
| |
| Basepair (1294:1305)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
20.1* |
2.2* |
56.1* |
8.8* |
0.4 |
2.7 |
1.7 |
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0.1 |
0.9 |
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2.1 |
0.1 |
-- |
1.0 |
0.5 |
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21.5* |
0.3* |
61.1* |
9.4* |
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2.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
2.1 |
2.3 |
0.1 |
-- |
0.6 |
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| B |
21.0* |
0.2* |
76.7* |
0.1* |
0.2 |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 4655 |
| A |
96.1* |
-- |
-- |
3.4* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
84.9* |
-- |
3.5* |
9.3* |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 172 |
| E |
8.6 |
0.6 |
2.8 |
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5.3* |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
11.8* |
13.1 |
-- |
0.1 |
2.8 |
1.5 |
0.3 | 1024 |
| M |
2.5* |
13.0* |
38.5* |
5.4* |
1.0 |
6.0 |
11.0 |
1.3 |
0.4 |
5.9 |
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1.5 |
0.1 |
0.1 |
3.5 |
2.0 |
-- | 1126 |
| |
| Basepair (1295:1304)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
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| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
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-- |
99.4* |
0.3* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 4667 |
| A |
-- |
94.2* |
4.4* |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
| C |
-- |
93.5* |
5.3* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 170 |
| E |
-- |
1.5* |
2.9 |
-- |
0.1 |
-- |
0.4* |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
1.2 |
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0.5 | 1024 |
| M |
8.7* |
10.5* |
8.9* |
41.1* |
0.6 |
0.4 |
4.6 |
6.0 |
0.8 |
2.9 |
3.4 |
2.8 |
0.5 |
-- |
3.1 |
3.4 |
2.3 | 1127 |
| |
| Basepair (1296:1300)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
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| 3 |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- | 5869 |
| B |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- | 4635 |
| A |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
-- |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 172 |
| E |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1026 |
| M |
0.2* |
-- |
96.7* |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.3 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.1* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.9 |
0.9 | 1125 |
| |
Last generated : Fri Jun 28 2002 (11 : 6)