Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (46 of 48)
| Basepair (1326:1358)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
1.8 |
1.6 |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.4* |
0.4 |
-- |
1.4 |
2.1* |
2.9 |
-- |
-- |
1.9 |
86.1* |
0.8 | 6829 |
| 3 |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
0.1 |
96.9 |
0.1 | 5691 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 |
-- | 4463 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- | 205 |
| C |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
97.7* |
-- | 172 |
| E |
-- |
-- |
2.1 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
12.2 |
-- |
-- |
0.5 |
83.8 |
0.5 | 1022 |
| M |
0.2 |
12.8 |
8.7 |
1.3 |
0.2 |
0.5 |
2.9* |
2.9 |
0.2 |
9.8 |
14.8* |
7.2 |
-- |
0.2* |
12.8 |
20.4* |
5.0 | 968 |
| |
| Basepair (1327:1357)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
4.4 |
8.8 |
0.2 |
-- |
84.4* |
1.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3* |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 | 6831 |
| 3 |
-- |
-- |
5.3 |
10.1 |
0.3* |
-- |
82.6* |
1.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5691 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4460 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
0.2* |
-- |
29.2* |
55.1* |
1.5 |
-- |
5.8 |
6.2 |
-- |
0.1 |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 | 1025 |
| M |
-- |
-- |
0.3 |
2.9 |
-- |
-- |
92.2* |
1.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
1.4* |
1.4 | 970 |
| |
| Basepair (1329:1356)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 6877 |
| 3 |
-- |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 5736 |
| B |
-- |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 4506 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 204 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
-- |
-- |
96.6 |
-- |
-- |
1.0 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
0.3 | 1025 |
| M |
-- |
-- |
98.6 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.6 |
-- | 971 |
| |
| Basepair (1330:1355)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
5.1 |
-- |
-- |
0.7 |
0.1 |
93.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 6743 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 5567 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4335 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 170 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 1024 |
| M |
-- |
-- |
-- |
34.2 |
-- |
0.1 |
1.7 |
0.2 |
62.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 1008 |
| |
| Basepair (1331:1354)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.6* |
-- |
0.3* |
96.1* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 6939 |
| 3 |
3.1* |
-- |
0.4* |
95.6* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5748 |
| B |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4519 |
| A |
-- |
-- |
-- |
96.6* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
2.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
| C |
-- |
-- |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
17.4* |
0.1* |
2.1* |
77.5* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 | 1022 |
| M |
0.1* |
-- |
-- |
98.5* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 1021 |
| |
| Basepair (1332:1353)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.8* |
1.4 |
0.5 |
12.5* |
6.5 |
70.5* |
-- |
0.2 |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.3 | 6968 |
| 3 |
7.8* |
1.7 |
0.2 |
1.6* |
7.7 |
80.4* |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.2 | 5768 |
| B |
-- |
0.5 |
-- |
0.2* |
-- |
99.0* |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 | 4543 |
| A |
-- |
33.8 |
-- |
-- |
-- |
66.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 204 |
| C |
-- |
0.6 |
-- |
1.2* |
-- |
97.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 172 |
| E |
43.8* |
0.4* |
1.0* |
8.0* |
43.5 |
0.9 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
1.1 |
0.8 | 1020 |
| M |
9.0* |
-- |
2.4 |
75.2* |
0.6 |
10.7* |
0.1 |
1.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.3 | 1030 |
| |
| Basepair (1333:1352)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.6* |
83.3* |
4.7* |
4.4* |
0.1 |
1.8 |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
1.5 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 | 6984 |
| 3 |
0.7* |
94.6* |
0.6* |
0.2* |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
0.1 |
1.2 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 5771 |
| B |
0.9* |
98.4* |
0.2* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4545 |
| A |
-- |
95.6 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 203 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
0.1* |
77.3* |
2.8* |
1.4* |
0.1 |
7.5 |
-- |
-- |
0.5 |
6.2 |
0.3 |
2.1 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
1.1 | 1022 |
| M |
13.4* |
18.0* |
27.7* |
28.1* |
0.5 |
2.9 |
1.5 |
2.0 |
0.2 |
3.2 |
0.3 |
0.4 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
1.2 |
0.2 | 1043 |
| |
| Basepair (1334:1351)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
82.2* |
1.4* |
6.4* |
4.7* |
1.8 |
0.1 |
1.2 |
0.4 |
-- |
0.3 |
0.6 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.4 |
-- | 6987 |
| 3 |
94.4* |
0.7* |
0.4* |
2.0* |
2.0 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 5776 |
| B |
98.3* |
0.9* |
-- |
0.1* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 4550 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 203 |
| C |
98.8* |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 171 |
| E |
75.7* |
0.3* |
2.3* |
10.7* |
9.6 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
0.2 | 1022 |
| M |
12.1* |
5.7* |
40.3* |
20.1* |
1.0 |
0.5 |
8.2 |
2.2 |
-- |
1.9 |
2.8 |
1.4 |
0.2 |
-- |
1.2 |
2.5 |
0.1 | 1042 |
| |
| Basepair (1335:1350)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.1* |
67.5* |
15.2* |
5.8* |
0.3 |
2.9 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- | 6996 |
| 3 |
1.3* |
78.3* |
16.2* |
-- |
-- |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 | 5781 |
| B |
1.7* |
77.6* |
19.6* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- | 4553 |
| A |
-- |
97.5* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 201 |
| C |
-- |
94.8* |
5.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
0.1* |
77.3* |
4.2* |
-- |
-- |
17.3 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 | 1026 |
| M |
39.9* |
3.2* |
11.5* |
38.8* |
2.2 |
0.7 |
0.4 |
1.1 |
-- |
0.2 |
0.9 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.4 |
0.4 |
0.1 | 1045 |
| |
| Basepair (1336:1349)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
52.5* |
2.2* |
1.6* |
40.9* |
1.6 |
-- |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- | 7007 |
| 3 |
57.1* |
0.7* |
0.7* |
39.7* |
1.2 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 5795 |
| B |
57.1* |
0.7* |
0.4* |
40.9* |
0.5 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4564 |
| A |
80.5* |
1.0* |
-- |
18.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
| C |
1.7* |
61.6* |
25.6* |
11.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
52.2* |
0.6* |
2.2* |
38.2* |
4.3 |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
1.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.3 | 1025 |
| M |
36.0* |
0.6* |
2.9* |
52.6* |
4.0 |
0.1 |
0.4 |
1.6 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.7 |
0.6 |
0.2 | 1042 |
| |
| Basepair (1337:1348)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
61.1* |
3.1* |
4.2* |
26.5* |
1.7 |
1.9 |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.5 |
-- | 7015 |
| 3 |
61.2* |
3.7* |
4.9* |
25.6* |
2.0 |
2.3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- | 5802 |
| B |
69.4* |
3.3* |
5.7* |
19.1* |
2.0 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- | 4575 |
| A |
20.3* |
20.3 |
6.4 |
-- |
-- |
53.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 202 |
| C |
89.5* |
-- |
-- |
10.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
33.1* |
2.2* |
1.2* |
59.4* |
2.1 |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 | 1023 |
| M |
56.2* |
0.2* |
1.1* |
34.0* |
0.7 |
0.5 |
0.6 |
2.2 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
3.4 |
0.4 | 1043 |
| |
| Basepair (1338:1347)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
14.0* |
0.4 |
1.9* |
0.7 |
0.1 |
0.6 |
1.3 |
-- |
73.1* |
0.3 |
-- |
-- |
6.7 |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 | 7030 |
| 3 |
16.9* |
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2.1* |
0.7 |
-- |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
73.3* |
0.3 |
-- |
-- |
5.0 |
0.3 |
-- |
-- |
-- | 5803 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
93.0* |
-- |
-- |
-- |
6.4* |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 4572 |
| A |
56.8* |
5.8* |
35.4* |
1.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
| C |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
4.1* |
-- |
-- |
-- |
92.4* |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 172 |
| E |
84.2* |
0.9* |
4.7* |
3.5* |
0.1 |
3.1 |
-- |
-- |
0.4 |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
0.1 |
-- |
0.4 | 1024 |
| M |
0.1 |
0.8 |
1.2 |
0.5 |
0.2 |
0.3 |
8.0 |
-- |
83.3* |
0.8 |
-- |
-- |
1.7* |
2.6 |
0.2* |
0.2 |
0.3 | 1057 |
| |
| Basepair (1339:1345)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.8 |
83.9* |
-- |
-- |
0.8 |
1.4 |
0.1 |
6.1* |
1.1 |
0.1 |
0.1* |
0.1 |
1.3 |
0.1 |
2.9 |
1.1 | 7045 |
| 3 |
-- |
-- |
95.4 |
-- |
-- |
0.5 |
1.0 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
2.7 |
-- | 5813 |
| B |
-- |
-- |
94.4 |
-- |
-- |
0.6 |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
3.5 |
-- | 4581 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
| C |
-- |
-- |
93.6* |
-- |
1.2* |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.1 |
0.6 | 172 |
| E |
-- |
-- |
98.9 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 1025 |
| M |
0.2* |
5.3 |
19.7* |
-- |
0.1 |
2.9 |
3.8 |
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40.4* |
6.6 |
0.4 |
0.4* |
0.1 |
8.9 |
0.1 |
3.3 |
7.6 | 1062 |
| |
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