Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (47 of 48)
| Basepair (1380:1482)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 3384 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 | 2491 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 1602 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 | 92 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 137 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 | 796 |
| M |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 758 |
| |
| Basepair (1381:1481)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
97.1* |
2.0* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 3570 |
| 3 |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 2677 |
| B |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 1733 |
| A |
-- |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 | 106 |
| C |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 137 |
| E |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 | 837 |
| M |
-- |
89.3* |
9.4* |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 758 |
| |
| Basepair (1383:1478)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
98.1* |
-- |
-- |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 3713 |
| 3 |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 2784 |
| B |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 1817 |
| A |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 | 106 |
| C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 144 |
| E |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 860 |
| M |
93.4* |
-- |
-- |
5.8* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 | 787 |
| |
| Basepair (1384:1477)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
99.3* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 3767 |
| 3 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 2839 |
| B |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 1871 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 | 106 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 144 |
| E |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
99.4* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 861 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
98.9* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 786 |
| |
| Basepair (1385:1475)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.3 |
97.5* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 | 3788 |
| 3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.3 |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 2848 |
| B |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.3 |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1880 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 | 106 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
97.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 149 |
| E |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.2 |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 861 |
| M |
-- |
-- |
5.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
0.3 |
91.9* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.9 | 793 |
| |
| Basepair (1386:1474)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
99.3* |
0.2* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 3817 |
| 3 |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 2875 |
| B |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 1901 |
| A |
-- |
97.2* |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 | 106 |
| C |
-- |
98.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 150 |
| E |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 867 |
| M |
-- |
98.5* |
0.8* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 | 794 |
| |
| Basepair (1387:1473)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
98.6* |
-- |
-- |
0.5* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 | 3705 |
| 3 |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.4 | 2762 |
| B |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 | 1801 |
| A |
97.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 | 92 |
| C |
98.7* |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 150 |
| E |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 868 |
| M |
97.4* |
-- |
-- |
2.0* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 | 795 |
| |
| Basepair (1388:1472)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
99.2 |
0.1 | 3760 |
| 3 |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
99.1 |
0.2 | 2817 |
| B |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
98.9 |
0.2 | 1844 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.8 |
2.2 | 93 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- | 150 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
99.8 |
-- | 879 |
| M |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 |
-- | 795 |
| |
| Basepair (1389:1471)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 3780 |
| 3 |
-- |
98.9 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 2836 |
| B |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 1855 |
| A |
-- |
94.8 |
-- |
-- |
-- |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.1 | 97 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 150 |
| E |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 883 |
| M |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 796 |
| |
| Basepair (1390:1470)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
73.9 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
25.3 |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 3794 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
66.7 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
32.3 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 2849 |
| B |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
98.1 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 1855 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
70.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
29.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 103 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 150 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.5 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 890 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.2 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
4.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 797 |
| |
| Basepair (1391:1468)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
63.9* |
0.6* |
8.0* |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
8.9 |
7.7 |
8.5 |
-- |
0.6 |
0.4 |
-- |
0.2 | 4169 |
| 3 |
-- |
77.3* |
0.7* |
10.2* |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
8.7 |
0.2 |
1.3 |
-- |
0.8 |
0.2 |
-- |
0.3 | 3193 |
| B |
-- |
84.5* |
0.1* |
12.6* |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.3 | 2173 |
| A |
-- |
53.3* |
2.5* |
44.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 120 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 152 |
| E |
-- |
63.1* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
29.6 |
0.3 |
4.3 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.1 | 899 |
| M |
-- |
5.6 |
0.4 |
1.1 |
3.5 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
11.3 |
37.9 |
38.1* |
-- |
0.2* |
1.5* |
0.1 |
0.1 | 826 |
| |
| Basepair (1392:1467)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
15.7* |
7.8* |
22.1* |
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3.8 |
2.2 |
-- |
0.2 |
0.2 |
5.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4303 |
| 3 |
20.0* |
0.1* |
26.3* |
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3.6 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 3312 |
| B |
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0.1* |
-- |
65.9* |
5.3 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 2285 |
| A |
19.5* |
-- |
29.7* |
50.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 128 |
| C |
0.7* |
-- |
-- |
96.7* |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 152 |
| E |
-- |
0.1* |
92.7* |
6.3* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
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| M |
1.8 |
39.5* |
9.4* |
4.0 |
4.6* |
10.7 |
-- |
-- |
-- |
29.7 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 841 |
| |
| Basepair (1393:1466)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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11.8* |
6.5* |
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0.4 |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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19.0* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
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| A |
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70.3* |
5.5* |
-- |
-- |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 145 |
| C |
0.7* |
93.4* |
4.6* |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 152 |
| E |
2.3* |
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2.1* |
33.4* |
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-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| M |
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2.1* |
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0.1 |
0.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 841 |
| |
| Basepair (1394:1465)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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1.0 |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
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-- |
0.1 |
-- |
-- |
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| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 152 |
| C |
-- |
59.9* |
38.2* |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 152 |
| E |
3.3* |
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-- |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| M |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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| |
| Basepair (1395:1464)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
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18.3* |
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-- |
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-- |
62.7* |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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| B |
-- |
0.3 |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| A |
-- |
2.7 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 148 |
| C |
-- |
5.3 |
3.3* |
3.3 |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
84.2* |
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-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 152 |
| E |
-- |
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0.4* |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
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-- |
1.1 |
1.8 |
-- |
1.1 |
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-- |
-- |
0.1 |
0.2 | 841 |
| |
| Basepair (1396:1463)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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| B |
-- |
28.5 |
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-- |
-- |
62.5* |
-- |
-- |
0.2 |
0.4* |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
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| A |
-- |
79.9* |
7.9* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
11.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 164 |
| C |
1.3* |
9.2 |
14.4 |
1.3 |
0.7 |
63.4* |
3.9* |
-- |
1.3 |
1.3 |
-- |
-- |
1.3 |
0.7 |
-- |
0.7 |
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| E |
0.1* |
0.7* |
4.0 |
1.1 |
0.3 |
0.2 |
90.3* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
2.3* |
0.2 | 920 |
| M |
1.0* |
41.6* |
23.3* |
3.3* |
2.7 |
7.7 |
0.8 |
-- |
0.8 |
1.2 |
2.7 |
11.5 |
0.5 |
1.2 |
0.8 |
0.6 |
0.1 | 841 |
| |
| Basepair (1397:1462)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.4 |
26.0* |
13.0* |
0.5 |
56.8* |
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0.3 |
0.5* |
0.1 |
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-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- | 4800 |
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1.4 |
30.3* |
0.2* |
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66.3* |
-- |
0.3 |
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-- |
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-- |
-- |
0.1 | 3808 |
| B |
1.1 |
5.2* |
0.1* |
0.2 |
92.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 2717 |
| A |
-- |
98.2* |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 167 |
| C |
4.6 |
0.7* |
0.7* |
5.2 |
87.6* |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 153 |
| E |
2.4 |
91.9* |
0.2* |
0.1 |
0.2* |
-- |
1.3 |
2.5* |
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-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 923 |
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1.2 |
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8.7* |
2.0 |
0.4 |
0.4* |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
1.1 |
0.4 | 841 |
| |
| Basepair (1398:1461)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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35.8* |
1.1* |
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0.2 |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
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37.5* |
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31.8* |
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0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
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| B |
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3.3* |
0.4* |
42.3* |
1.3 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 | 2885 |
| A |
1.8* |
94.6* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 168 |
| C |
86.9* |
-- |
-- |
9.8* |
1.3 |
-- |
0.7 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 153 |
| E |
0.8* |
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1.7* |
5.0* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 928 |
| M |
4.5* |
79.5* |
3.3* |
6.8* |
-- |
3.0 |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
1.1 |
0.9 | 839 |
| |
| Basepair (1399:1460)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1* |
1.8 |
0.1 |
0.1 |
-- |
22.3 |
0.1* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
62.5* |
0.1 |
-- |
-- |
12.8 | 5074 |
| 3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
24.3 |
0.1* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
74.8* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 4079 |
| B |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
31.5 |
0.1* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
67.7* |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 2986 |
| A |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
14.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
80.8 |
0.6 |
-- |
-- |
2.4 | 167 |
| C |
-- |
-- |
1.3 |
0.7* |
-- |
-- |
43.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
54.2* |
-- |
-- |
-- |
-- | 153 |
| E |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
96.8 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 925 |
| M |
-- |
0.4* |
9.7* |
0.1* |
-- |
-- |
8.8 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
4.4 |
-- |
-- |
-- |
76.4 | 844 |
| |
| Basepair (1400:1459)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
0.1* |
0.3 |
-- |
0.1 |
8.8 |
0.1 |
75.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
14.9 | 5123 |
| 3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
9.7 |
0.1 |
89.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 4128 |
| B |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
8.6 |
0.2 |
90.6* |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 3023 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
49.7 |
0.6 |
47.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 165 |
| C |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
13.7 |
-- |
85.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 153 |
| E |
-- |
0.1 |
-- |
0.7 |
-- |
0.3 |
6.3 |
-- |
92.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 939 |
| M |
-- |
-- |
0.4* |
0.2 |
-- |
-- |
3.3 |
-- |
7.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
88.6 | 844 |
| |
| Basepair (1401:1458)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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20.8 |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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23.1 |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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74.2* |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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| Seq
|
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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| gap
| Seq
|
|---|
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-- |
-- |
-- |
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5.8* |
-- |
1.3 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 | 155 |
| E |
20.1* |
23.9* |
13.2* |
7.2* |
3.1 |
18.1 |
0.1 |
1.9 |
0.6 |
0.6 |
1.1 |
2.2 |
-- |
1.4 |
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0.2 |
-- |
0.6* |
0.7 |
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0.2 |
-- |
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-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
94.6 | 845 |
| |
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|
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| Seq
|
|---|
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
1.7 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
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-- |
1.3 |
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-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
1.3 |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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94.6 | 845 |
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|
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| CG
| UA
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| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
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| CC
| CU
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| UU
| gap
| Seq
|
|---|
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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2.6* |
57.1* |
0.6* |
-- |
29.5 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
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|
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
1.3* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0* |
-- |
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95.1 | 845 |
| |
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| AA
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| Seq
|
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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1.3 |
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-- |
0.6 |
-- |
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-- |
1.9 |
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| E |
0.1 |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
0.1 |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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| M |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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|
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| CG
| UA
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| Seq
|
|---|
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
26.2 | 4685 |
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1.0* |
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-- |
2.1 |
-- |
0.4 |
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-- |
0.2 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
11.0 | 3512 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 173 |
| C |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
8.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
86.0 | 157 |
| E |
-- |
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-- |
-- |
0.2* |
2.7 |
-- |
0.2 |
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-- |
4.7 |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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0.1 |
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-- |
-- |
1.5* |
96.7 | 845 |
| |
| Basepair (1428:1435)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
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| AG
| CA
| CC
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| GA
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| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
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3.3 |
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0.3 |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
16.3* |
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-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| C |
-- |
85.4* |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
0.6* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.8 | 157 |
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0.2 |
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-- |
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0.1 |
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-- |
-- |
-- |
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95.5 | 845 |
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|
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| CG
| UA
| AU
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| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
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| GA
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| UU
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| Seq
|
|---|
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1.1 |
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-- |
0.7 |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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| A |
-- |
7.6* |
2.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
90.2 | 172 |
| C |
-- |
12.7* |
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-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
4.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
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7.7 |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
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| UC
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| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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-- |
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| C |
-- |
-- |
1.3 |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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0.3 |
90.0 | 866 |
| |
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