Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (48 of 48)
| Basepair (1474:1496)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
98.6 |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 | 2900 |
| 3 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.7 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 | 2105 |
| B |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 1276 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 101 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
98.3 |
-- |
-- |
-- |
-- | 116 |
| E |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 727 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.7 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 | 681 |
| |
| Basepair (1484:1505)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3* |
0.3* |
25.2* |
69.3* |
0.2 |
0.9 |
0.8 |
0.2 |
0.3 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.8 | 2287 |
| 3 |
0.3* |
0.5* |
38.1* |
55.7* |
0.1 |
0.1 |
1.2 |
0.2 |
0.4 |
1.9 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 |
1.0 | 1510 |
| B |
-- |
-- |
-- |
97.6* |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.3 |
0.8 |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.3 | 747 |
| A |
4.9* |
-- |
-- |
91.5* |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 82 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 110 |
| E |
-- |
1.0* |
84.5* |
5.6* |
-- |
0.1 |
2.2 |
-- |
-- |
4.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.3 |
1.7 | 682 |
| M |
0.3* |
0.1 |
0.1 |
95.1* |
0.6 |
3.0* |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 669 |
| |
| Basepair (1485:1504)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
35.8* |
0.8* |
30.0* |
28.6* |
0.9 |
0.3 |
0.3 |
1.0 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.4 |
0.3 |
0.3 |
0.7 | 2294 |
| 3 |
44.4* |
0.4* |
45.0* |
3.9* |
1.0 |
0.4 |
0.3 |
1.3 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.5 |
0.7 |
0.4 |
0.3 |
1.1 | 1530 |
| B |
74.8* |
0.8* |
8.2* |
7.0* |
1.8 |
0.1 |
0.4 |
2.5 |
0.1 |
-- |
0.5 |
-- |
0.7 |
1.3 |
0.5 |
0.5 |
0.6 | 758 |
| A |
87.8* |
-- |
1.2* |
3.7* |
1.2 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
1.2 |
-- |
2.4 | 82 |
| C |
81.6* |
-- |
-- |
11.2* |
4.1 |
-- |
1.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 98 |
| E |
5.9* |
-- |
90.4* |
0.6* |
0.1 |
0.7 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.1 |
1.3 | 691 |
| M |
9.1* |
1.9* |
-- |
88.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 | 668 |
| |
| Basepair (1486:1503)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
25.1* |
70.5* |
-- |
0.5* |
0.3 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.2 |
1.1 | 2372 |
| 3 |
0.1* |
96.2* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.1 |
0.8 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
0.3* |
1.3 | 1592 |
| B |
0.2* |
95.9* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.9 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
1.3 | 805 |
| A |
-- |
96.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 82 |
| C |
4.5* |
91.1* |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 112 |
| E |
-- |
96.5* |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.6* |
1.1 | 706 |
| M |
87.9* |
6.4* |
-- |
1.9* |
0.9 |
1.9 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 | 670 |
| |
| Basepair (1487:1502)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.0* |
60.0* |
16.3* |
0.3* |
0.4 |
2.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
16.2 |
0.6 |
0.5 |
0.2 |
-- |
0.8 |
0.2 |
0.9 | 2380 |
| 3 |
0.4* |
67.9* |
4.3* |
-- |
0.1 |
0.9 |
0.1 |
-- |
0.1 |
23.8 |
0.7 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
1.2 | 1603 |
| B |
0.7* |
93.7* |
0.1* |
-- |
0.1 |
1.7 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
1.3 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
1.2 | 815 |
| A |
-- |
96.3 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 82 |
| C |
4.5* |
90.2* |
-- |
-- |
0.9 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9* |
-- | 112 |
| E |
0.1* |
34.9 |
9.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
53.6* |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 707 |
| M |
1.8* |
36.3* |
48.0* |
1.2* |
1.2 |
5.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.3 |
1.3 |
0.1 |
-- |
3.0 |
0.4 |
0.3 | 667 |
| |
| Basepair (1488:1501)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
78.4* |
1.5* |
0.2* |
6.9* |
8.3 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
3.1 | 2480 |
| 3 |
88.5* |
0.6* |
0.2* |
0.1* |
5.0 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.2 |
0.8 |
-- |
-- |
4.2 | 1707 |
| B |
83.6* |
1.1* |
0.3* |
0.1* |
5.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.2 |
1.0 |
-- |
-- |
7.3 | 917 |
| A |
95.1 |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 82 |
| C |
76.2* |
1.9* |
-- |
-- |
20.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 105 |
| E |
93.9 |
-- |
-- |
-- |
4.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.6 |
-- |
-- |
0.4 | 709 |
| M |
53.4* |
3.6* |
0.3* |
25.5* |
14.9 |
0.3 |
-- |
0.4 |
0.1 |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 | 670 |
| |
| Basepair (1489:1500)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.6 |
0.4 |
0.1* |
-- |
96.0* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.6 |
1.4 |
0.5 | 2528 |
| 3 |
-- |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
95.7* |
-- |
0.1* |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.8 |
2.0 |
0.5 | 1743 |
| B |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
96.9* |
-- |
0.1* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
1.3 |
0.5 |
0.5 | 948 |
| A |
-- |
-- |
4.8 |
-- |
-- |
92.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 84 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 116 |
| E |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
94.4* |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
4.2 |
0.4 | 711 |
| M |
-- |
1.6 |
0.4 |
0.4* |
-- |
96.4* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 671 |
| |
| Basepair (1490:1499)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
0.1* |
1.8* |
96.0* |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.3 |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 | 2571 |
| 3 |
-- |
0.1 |
2.1* |
95.2* |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.3 |
0.6 |
0.1 |
0.1* |
0.2 |
0.1 |
0.1* |
-- |
0.2 |
0.5 | 1786 |
| B |
-- |
0.2* |
0.2* |
96.4* |
0.3 |
-- |
0.2 |
0.4 |
0.9 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.4 | 984 |
| A |
-- |
-- |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 84 |
| C |
-- |
-- |
3.4* |
94.8* |
0.9 |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 116 |
| E |
-- |
-- |
4.9* |
93.3* |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.4 | 718 |
| M |
0.3* |
-- |
0.6* |
98.4* |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 671 |
| |
| Basepair (1491:1498)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
47.6* |
41.1* |
0.1* |
0.5* |
0.6 |
8.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.8 | 2718 |
| 3 |
64.2* |
21.8* |
-- |
0.1* |
0.5 |
11.7 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.8 | 1933 |
| B |
40.3* |
37.1* |
-- |
0.1 |
0.5 |
19.9 |
0.1* |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.4 |
0.2 |
-- |
0.4 |
-- |
0.1* |
0.8 | 1130 |
| A |
89.4* |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.6 | 85 |
| C |
1.7* |
97.4* |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 116 |
| E |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 718 |
| M |
8.0* |
86.9* |
0.4* |
1.8* |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
1.0 | 671 |
| |
| Basepair (1492:1497)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
46.5* |
29.0* |
12.6* |
0.4* |
1.4 |
5.0 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
3.9 | 2793 |
| 3 |
61.6* |
29.3* |
2.0* |
0.5* |
2.0 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
2.7 | 2007 |
| B |
41.9* |
48.8* |
3.4* |
0.1* |
0.2 |
0.3 |
0.3 |
0.2 |
0.3 |
0.3 |
0.1 |
0.3 |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.2 |
2.8 | 1202 |
| A |
45.3* |
2.3* |
-- |
9.3* |
40.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 | 86 |
| C |
2.6* |
4.3 |
-- |
-- |
-- |
93.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 116 |
| E |
96.7* |
-- |
-- |
0.1* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 719 |
| M |
9.1* |
32.1* |
46.1* |
0.3* |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.0 | 672 |
| |
| Basepair (1493:1496)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
25.7 |
-- |
0.2 |
0.1* |
4.9 |
0.1* |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
68.0* |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 | 2832 |
| 3 |
-- |
0.1* |
35.5 |
-- |
0.3 |
0.1 |
6.6 |
0.2* |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
56.1* |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 | 2037 |
| B |
0.1 |
0.2* |
3.1 |
-- |
0.5 |
0.2 |
8.3 |
0.3* |
0.1 |
0.5 |
0.2 |
-- |
86.3* |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 1224 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 85 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 116 |
| E |
-- |
-- |
94.1 |
-- |
-- |
-- |
4.4 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.4 | 727 |
| M |
-- |
0.1* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
98.4* |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 681 |
| |
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