16S rRNA Thermus thermophilus Comparative/Crystal Structure Base Triple Frequencies (16/27)
| Triple (911:915)914 |
|---|
| Aln |
ACA |
CAA |
CAC |
CCA |
CUC |
GCC |
UCA |
UCC |
UGC |
UUC |
gap |
Other |
N |
CovT1 |
CovT2 |
Conservation |
Seq |
|---|
| T |
3.5 |
*70.0 |
10.4 |
1.2 |
0.7 |
1.2 |
0.8 |
1.1 |
*2.6 |
0.9 |
1.1 |
6.5 |
49 |
0.74 |
-- |
1.07/ 1.06/ 1.09 |
6825 |
| 3 |
-- |
*83.2 |
12.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
*3.2 |
-- |
0.4 |
0.5 |
16 |
0.87 |
-- |
1.74/ 1.75/ 1.34 |
5517 |
| B |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
12 |
-- |
-- |
1.95/ 1.95/ 1.97 |
4318 |
| A |
-- |
99.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2 |
-- |
-- |
2.00/ 2.00/ 1.96 |
216 |
| C |
-- |
91.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
7.2 |
3 |
-- |
-- |
1.53/ 1.83/ 1.88 |
167 |
| E |
-- |
8.9 |
*70.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
17.9 |
-- |
1.0 |
1.3 |
7 |
-- |
-- |
1.25/ 1.22/ 1.49 |
983 |
| M |
*20.7 |
3.3 |
0.9 |
7.0 |
4.1 |
7.4 |
5.1 |
6.5 |
-- |
*5.5 |
4.4 |
35.2 |
46 |
0.28 |
-- |
-0.19/ 0.58/ 0.39 |
1142 |
| Triple (912:1362)1365 |
|---|
| Aln |
AAC |
AUC |
AUU |
CGA |
CGC |
gap |
Other |
N |
Cov1 |
Cov2 |
Conservation |
Seq |
|---|
| T |
0.4 |
*77.0 |
7.5 |
*5.3 |
8.2 |
0.6 |
1.0 |
29 |
0.83 |
-- |
1.31/1.34/1.27 |
6171 |
| 3 |
-- |
91.0 |
8.4 |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
12 |
-- |
-- |
1.93/1.97/1.56 |
5050 |
| B |
0.1 |
88.5 |
10.9 |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 |
11 |
-- |
-- |
1.94/1.97/1.48 |
3888 |
| A |
-- |
98.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
2 |
-- |
-- |
1.77/1.92/2.00 |
189 |
| C |
-- |
79.2 |
15.7 |
-- |
-- |
1.9 |
3.1 |
6 |
-- |
-- |
1.83/1.83/1.27 |
159 |
| E |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
4 |
-- |
-- |
1.97/1.96/1.98 |
973 |
| M |
2.4 |
3.0 |
*1.1 |
34.2 |
*52.8 |
2.4 |
4.2 |
26 |
0.55 |
-- |
1.45/1.25/0.80 |
963 |
| Triple (913:1361)1364 |
|---|
| Aln |
CAA |
CGA |
CGC |
CGU |
CUU |
UAU |
gap |
Other |
N |
CovT1 |
CovT2 |
Conservation |
Seq |
|---|
| T |
0.5 |
3.8 |
*89.3 |
2.5 |
0.4 |
*0.7 |
0.7 |
2.1 |
38 |
0.91 |
-- |
1.80/ 1.72/ 1.46 |
6213 |
| 3 |
-- |
-- |
98.8 |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
0.5 |
8 |
-- |
-- |
1.94/ 1.94/ 1.98 |
5089 |
| B |
-- |
-- |
99.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.5 |
8 |
-- |
-- |
1.94/ 1.98/ 1.98 |
3925 |
| A |
-- |
-- |
99.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2 |
-- |
-- |
2.00/ 2.00/ 1.95 |
188 |
| C |
1.9 |
5.7 |
*84.9 |
4.4 |
-- |
-- |
1.9 |
1.3 |
6 |
0.87 |
-- |
1.83/ 1.71/ 1.33 |
159 |
| E |
-- |
-- |
96.8 |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
0.6 |
5 |
-- |
-- |
1.91/ 1.80/ 1.98 |
976 |
| M |
2.9 |
23.3 |
*40.1 |
15.1 |
2.7 |
*4.7 |
0.8 |
10.5 |
36 |
0.46 |
-- |
1.37/ 0.98/ 0.35 |
966 |
| Triple (914:1360)1326 |
|---|
| Aln |
AAU |
ACC |
ACU |
AUC |
AUU |
CAU |
CCC |
CCU |
CGU |
CUU |
gap |
Other |
N |
CovT1 |
CovT2 |
Conservation |
Seq |
|---|
| T |
1.6 |
2.0 |
*67.9 |
1.2 |
3.0 |
0.9 |
2.5 |
12.3 |
0.8 |
0.9 |
1.0 |
6.0 |
44 |
0.69 |
-- |
1.09/ 1.19/ 1.46 |
6282 |
| 3 |
0.3 |
-- |
*79.8 |
-- |
2.3 |
0.1 |
2.1 |
13.5 |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
0.6 |
17 |
-- |
-- |
1.34/ 1.70/ 1.81 |
5159 |
| B |
0.1 |
-- |
97.9 |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
0.2 |
10 |
-- |
-- |
1.97/ 1.86/ 1.99 |
3995 |
| A |
0.5 |
-- |
85.2 |
-- |
13.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
4 |
-- |
-- |
1.96/ 1.41/ 1.95 |
189 |
| C |
10.7 |
-- |
79.9 |
-- |
5.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
1.3 |
5 |
-- |
-- |
1.88/ 1.03/ 1.95 |
159 |
| E |
1.0 |
-- |
4.7 |
-- |
3.4 |
0.7 |
10.9 |
71.4 |
2.2 |
2.2 |
0.8 |
2.8 |
13 |
-- |
-- |
1.49/ 1.27/ 1.33 |
975 |
| M |
6.8 |
*12.7 |
2.3 |
7.8 |
6.4 |
*5.0 |
5.4 |
7.7 |
3.3 |
3.3 |
3.8 |
35.4 |
42 |
0.19 |
-- |
0.39/-0.11/ 0.63 |
965 |
| Triple (925:1214)1346 |
|---|
| Aln |
CGA |
CGC |
CGG |
CGU |
GCU |
UAA |
UAU |
UGC |
gap |
Other |
N |
Cov1 |
Cov2 |
Conservation |
Seq |
|---|
| T |
8.6 |
18.0 |
10.6 |
*51.0 |
2.6 |
*0.8 |
4.9 |
0.5 |
1.4 |
1.5 |
29 |
0.52 |
-- |
1.37/1.45/0.39 |
6451 |
| 3 |
2.2 |
20.6 |
13.0 |
*52.7 |
3.2 |
*0.9 |
4.7 |
0.1 |
1.0 |
1.6 |
29 |
0.54 |
-- |
1.34/1.42/0.54 |
5234 |
| B |
0.4 |
25.5 |
0.2 |
*62.2 |
4.1 |
-- |
5.8 |
0.1 |
0.9 |
0.9 |
20 |
-- |
-- |
1.33/1.38/1.10 |
4082 |
| A |
20.9 |
4.3 |
22.5 |
*47.6 |
0.5 |
*0.5 |
-- |
-- |
2.1 |
1.6 |
8 |
0.49 |
-- |
1.51/1.91/0.37 |
187 |
| C |
-- |
8.5 |
-- |
70.3 |
-- |
-- |
17.0 |
1.2 |
1.2 |
1.8 |
5 |
-- |
-- |
1.17/1.22/1.53 |
165 |
| E |
6.1 |
3.3 |
*65.0 |
13.6 |
-- |
*4.9 |
0.7 |
0.4 |
1.6 |
4.5 |
15 |
0.71 |
-- |
1.41/1.55/0.64 |
965 |
| M |
*42.0 |
6.6 |
0.5 |
39.9 |
-- |
0.4 |
*3.9 |
2.5 |
3.0 |
1.2 |
13 |
0.47 |
-- |
1.59/1.71/0.38 |
1053 |
| Triple (931:1207)1208 |
|---|
| Aln |
AUA |
CGA |
CGC |
CGU |
GCA |
GUA |
gap |
Other |
N |
CovT1 |
CovT2 |
Conservation |
Seq |
|---|
| T |
0.7 |
11.7 |
1.3 |
*1.4 |
*81.7 |
0.1 |
1.1 |
1.9 |
33 |
0.84 |
-- |
1.19/ 1.26/ 1.73 |
6679 |
| 3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
98.0 |
0.1 |
1.2 |
0.7 |
11 |
-- |
-- |
1.86/ 1.96/ 1.97 |
5371 |
| B |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
0.1 |
0.4 |
10 |
-- |
-- |
1.97/ 1.97/ 1.99 |
4212 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.2 |
0.6 |
1.1 |
1.1 |
4 |
-- |
-- |
1.86/ 1.91/ 2.00 |
181 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
*90.4 |
2.4 |
1.2 |
6.0 |
7 |
0.92 |
-- |
1.72/ 1.69/ 1.66 |
166 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.2 |
0.1 |
6.0 |
1.6 |
7 |
-- |
-- |
1.53/ 1.92/ 1.89 |
978 |
| M |
4.3 |
*68.0 |
7.7 |
8.3 |
3.9 |
0.2 |
0.5 |
7.1 |
29 |
0.70 |
-- |
1.21/ 1.12/ 1.02 |
1143 |
| Triple (938:951)1182 |
|---|
| Aln |
CAA |
CUG |
UAA |
UAC |
UCA |
UCC |
UGA |
UGC |
UGU |
UUA |
gap |
Other |
N |
Cov1 |
Cov2 |
Conservation |
Seq |
|---|
| T |
0.5 |
*2.0 |
*60.2 |
5.8 |
1.3 |
7.2 |
1.8 |
0.9 |
13.9 |
4.1 |
0.4 |
1.9 |
36 |
0.62 |
-- |
1.73/0.59/0.68 |
6698 |
| 3 |
-- |
-- |
*60.8 |
7.1 |
0.2 |
8.5 |
2.3 |
1.2 |
17.2 |
1.5 |
0.4 |
0.7 |
21 |
-- |
-- |
1.94/0.72/0.71 |
5391 |
| B |
-- |
-- |
*77.5 |
8.7 |
0.3 |
10.9 |
0.3 |
-- |
-- |
1.2 |
0.4 |
0.5 |
14 |
-- |
-- |
1.95/1.32/1.24 |
4210 |
| A |
-- |
-- |
3.8 |
-- |
-- |
-- |
54.6 |
21.3 |
-- |
16.9 |
-- |
3.3 |
6 |
-- |
-- |
1.79/1.22/1.25 |
183 |
| C |
1.2 |
-- |
89.8 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 |
5.4 |
6 |
-- |
-- |
1.72/1.83/1.48 |
166 |
| E |
-- |
-- |
0.7 |
1.6 |
-- |
-- |
0.9 |
2.2 |
93.2 |
-- |
0.3 |
1.1 |
10 |
-- |
-- |
1.93/1.76/1.63 |
995 |
| M |
2.5 |
*11.6 |
*53.0 |
0.4 |
6.7 |
1.9 |
0.1 |
-- |
-- |
16.8 |
0.2 |
6.9 |
28 |
0.65 |
-- |
1.13/0.69/1.12 |
1141 |
Last modified on 01 November 2002.