Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (1 of 60)


Basepair (12:531)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 15.9 12.5* 2.4* 12.4 42.0* 2.5 1.5 1.8* 4.8 0.7 -- 1.0 0.3 -- 0.3 0.1 1.7672
3 1.2 20.8* 1.8* 2.0 63.5* 4.0 -- 0.5* 2.0 1.2 -- 1.8 0.2 -- 0.2 0.2 0.4400
B 1.6 -- 0.8* -- 97.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --248
A -- -- -- 16.7* 5.6 44.4* -- 5.6 11.1 -- -- 13.9 -- -- -- 2.8 --36
C 4.3 -- 6.5* 4.3 21.7* -- 2.2 19.6 41.3* -- -- -- -- -- -- -- --46
E 0.9 70.9* 4.3* 1.7 9.4* -- -- -- 3.4 4.3 -- 1.7 0.9 -- 0.9 -- 1.8117
M 44.2* 0.4* 2.7* 32.3* 8.0 0.4 4.0 0.4 2.2 -- -- -- 0.4 -- 0.4 -- 4.4226
 
Basepair (13:530)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 20.7* 31.5* 17.4* 15.3* 10.1 1.9 0.6 0.1 0.1 0.3 0.3 -- -- -- -- -- 1.6673
3 32.6* 13.3* 24.3* 17.5* 8.5 2.3 -- -- 0.3 0.5 0.5 -- -- -- -- -- 0.3399
B 42.1* 15.0* 8.5* 27.9* 6.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --247
A 47.2* 13.9* 2.8* -- 36.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C 2.2 -- -- 28.3 67.4* -- 2.2* -- -- -- -- -- -- -- -- -- --46
E 7.7* 10.3* 64.1* 0.9* 4.3 7.7 -- -- 0.9 1.7 1.7 -- -- -- -- -- 0.9117
M 3.5* 69.7* 8.8* 8.8* 1.3 1.8 1.3 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- 4.4228
 
Basepair (14:529)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 45.1* 11.5* 9.6* 2.2* 3.1 0.1 -- 0.1 -- 0.1 0.3 0.6 0.1 -- -- 0.1 26.8677
3 60.8* 19.1* 15.6* 0.5* 2.2 0.2 -- -- -- -- -- 1.0 -- -- -- -- 0.4403
B 96.8 -- -- -- 3.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --251
A 5.6* 94.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C 91.3* -- -- 2.2* 2.2 -- -- -- -- -- 4.3 -- -- -- -- -- --46
E 0.9* 36.8* 53.8* 1.7* 0.9 0.9 -- -- -- -- -- 3.4 -- -- -- -- 1.8117
M 7.9* 0.4* 0.9* 5.3* 4.8 -- -- 0.4 -- 0.4 -- -- 0.4 -- -- 0.4 79.0228
 
Basepair (15:528)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 2.4* 44.5* 20.1* 1.9* -- 2.2 0.3 -- 0.1 -- -- 0.1 0.1 0.6 -- 0.4 27.3677
3 2.7* 60.5* 30.3* 0.5* -- 3.7 0.2 -- 0.2 -- -- 0.2 0.2 0.2 -- 0.7 0.2403
B -- 80.9* 17.5* -- -- 1.2 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- --251
A -- 94.4* 5.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C 4.3* 84.8* 4.3* 2.2* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 4.3 -- -- --46
E 9.4* 6.0* 65.8* 1.7* -- 10.3 -- -- 0.9 -- -- 0.9 0.9 0.9 -- 2.6 0.9117
M 1.3* 7.9* 5.3* 4.4* -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- 80.2228
 
Basepair (16:527)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 6.2* 10.5* 19.5* 20.9* 12.8 0.1 0.6 -- -- -- 0.1 -- -- 0.3 -- 1.6 27.2678
3 9.2* 15.6* 23.3* 28.2* 19.6 0.2 1.0 -- -- -- 0.2 -- -- 0.5 -- 2.0 0.2404
B 8.7* 3.2* 22.6* 33.3* 30.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.0 --252
A 38.9* -- 2.8* 47.2* 2.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 8.3 --36
C 8.7 -- 63.0* 10.9 15.2* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.2 --46
E 0.9* 47.0* 30.8* 12.0* 1.7 0.9 3.4 -- -- -- 0.9 -- -- 1.7 -- -- 0.9117
M 0.4* 3.5* 3.9* 10.1* 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.9 80.7228
 
Basepair (17:526)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 4.1* 22.4* 19.8* 21.2* 1.0 2.2 0.3 0.1 -- 0.4 -- -- -- -- 0.1 0.6 27.5678
3 6.9* 36.4* 17.3* 32.7* 1.5 2.5 -- 0.2 -- 0.7 -- -- -- -- 0.2 1.0 0.4404
B 2.0* 45.2* 25.8* 22.6* -- 2.0 -- -- -- 1.2 -- -- -- -- -- 0.8 0.4252
A 16.7* 47.2* 5.6* 8.3* 13.9 8.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C -- -- 84.8 -- -- 10.9 4.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- --46
E 14.5* 14.5* 2.6* 61.5* 0.9 1.7 -- 0.9 -- -- -- -- -- -- 0.9 1.7 0.9117
M -- 2.2* 11.0* 5.3* 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 81.1228
 
Basepair (18:525)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 8.8* 6.3 5.3 36.0* 5.2 9.0* -- -- 0.4 -- -- 0.3 -- -- -- 0.9 27.7678
3 14.6* 9.9 5.7 46.5* 7.9 13.4* -- -- 0.5 -- -- 0.5 -- -- -- 0.7 0.2404
B 8.7* 2.0 6.3 58.7* 1.2 21.4* -- -- 0.8 -- -- -- -- -- -- 0.8 --252
A -- 88.9* 11.1* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C -- -- -- 91.3 6.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.2 --46
E 31.6* 2.6* 2.6* 35.0* 24.8 -- -- -- -- -- -- 1.7 -- -- -- 0.9 0.9117
M 0.4* 1.3* 5.7* 6.1* -- 3.1 -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- 0.9 82.1228
 
Basepair (19:524)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 1.6* 40.6* 15.7* 3.7* -- 9.5 0.1 -- -- 0.3 0.3 -- 0.1 -- -- -- 28.0677
3 0.5* 59.3* 24.3* 2.5* -- 11.9 -- -- -- 0.5 0.5 -- -- -- -- -- 0.4403
B 0.8* 43.8* 32.3* 3.2* -- 18.7 -- -- -- -- 0.8 -- -- -- -- -- 0.4251
A -- 52.8* 41.7* 5.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C 4.3* 63.0* 13.0* 10.9* -- 6.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.246
E -- 94.9* 1.7* -- -- 0.9 -- -- -- 1.7 -- -- -- -- -- -- 0.9117
M 3.1* 3.1 0.9 4.4* -- 5.7* 0.4 -- -- -- -- -- 0.4 -- -- -- 81.9228
 
Basepair (20:523)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 55.8* 0.4* 1.5* 12.2* 1.5 -- 0.3 -- 0.6 -- -- -- -- -- -- -- 27.6678
3 80.2* -- 0.2* 15.6* 2.5 -- 0.2 -- 1.0 -- -- -- -- -- -- -- 0.2404
B 99.6* -- -- 0.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --252
A 94.4* -- -- 5.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C 93.5* -- -- 6.5* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --46
E 34.2* -- 0.9* 51.3* 8.5 -- 0.9 -- 3.4 -- -- -- -- -- -- -- 0.9117
M 4.8* 1.3* 3.9* 7.5* -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 82.0228
 
Basepair (21:522)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 51.4* 0.1* 1.5* 16.7* 1.3 0.4 -- 0.1 -- 0.4 -- -- -- -- -- -- 27.8677
3 75.2* -- 2.0* 19.1* 2.2 0.2 -- 0.2 -- 0.7 -- -- -- -- -- -- 0.2403
B 98.4* -- -- 1.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --251
A 75.0 -- -- -- 25.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C 80.4* 2.2* 4.3* 8.7* -- 4.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --46
E 25.6* -- 6.8* 62.4* -- 0.9 -- 0.9 -- 2.6 -- -- -- -- -- -- 0.9117
M 3.5* -- -- 14.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 82.4228
 
Basepair (22:521)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.1 -- 52.9* 0.6* 0.1 0.4 1.3 -- -- 10.9 0.6* -- 4.7 -- 0.4 -- 27.6678
3 -- -- 76.5* -- -- 0.7 0.7 -- -- 14.1 0.5* -- 6.4 -- 0.7 -- 0.2404
B -- -- 91.3 -- -- -- -- -- -- 6.7 -- -- 1.6 -- 0.4 -- --252
A -- -- 66.7 -- -- -- 8.3 -- -- -- -- -- 22.2 -- 2.8 -- --36
C -- -- 60.9* -- -- -- 4.3 -- -- 19.6 4.3* -- 8.7 -- -- -- 2.246
E -- -- 47.9* -- -- 2.6 -- -- -- 34.2 1.7* -- 12.0 -- 0.9 -- 0.9117
M 0.4* -- 9.6* 1.8* 0.4 -- 1.8 -- -- 3.5 -- -- 0.9 -- -- -- 81.6228
 
Basepair (23:520)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.1 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- 71.4 0.6 -- -- 27.7678
3 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 99.5 -- -- -- 0.2404
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 -- -- -- --252
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 -- -- -- --36
C -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 -- -- -- --46
E 0.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.3 -- -- -- 0.9117
M -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- 15.8 1.8 -- -- 82.0228
 
Basepair (24:519)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- -- -- -- -- 4.0 -- -- -- -- -- 68.0* -- 0.1* -- 27.8678
3 -- -- -- -- -- -- 4.2 -- -- -- -- -- 95.3 -- -- -- 0.5404
B -- -- -- -- -- -- 5.6 -- -- -- -- -- 94.4 -- -- -- --252
A -- -- -- -- -- -- 5.6 -- -- -- -- -- 94.4 -- -- -- --36
C -- -- -- -- -- -- 4.3 -- -- -- -- -- 95.7 -- -- -- --46
E -- -- -- -- -- -- 0.9 -- -- -- -- -- 97.4 -- -- -- 1.7117
M -- -- -- -- -- -- 3.5 -- -- -- -- -- 14.0* -- 0.4* -- 82.0228
 
Basepair (25:518)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- -- 0.1 -- -- 1.0 -- 70.8* 0.3* -- -- -- -- 0.1* -- 27.6678
3 -- -- -- -- -- -- 0.2 -- 99.5 -- -- -- -- -- -- -- 0.2404
B -- -- -- -- -- -- 0.4 -- 99.6 -- -- -- -- -- -- -- --252
A -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- --36
C -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- --46
E -- -- -- -- -- -- -- -- 99.1 -- -- -- -- -- -- -- 0.9117
M -- -- -- 0.4 -- -- 2.6 -- 14.0* 0.9* -- -- -- -- 0.4* -- 81.6228
 
Basepair (26:517)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- 0.1 0.6 2.8 -- 0.1* -- -- -- -- -- -- -- 0.1 68.3* 27.8679
3 -- -- -- -- 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 99.3 0.5404
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 --252
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 --36
C -- -- -- -- 34.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65.2 --46
E -- -- -- -- 0.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 97.4 1.7117
M -- -- 0.4 1.7 0.9 -- 0.4* -- -- -- -- -- -- -- 0.4 14.4* 81.7229
 
Basepair (27:516)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 49.2* 8.0* 2.2 5.0 0.6 0.7 5.9* -- 0.4 -- -- -- -- -- -- 0.1* 27.8679
3 76.2* 13.1* 1.7* 5.7* 0.7 1.2 0.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4404
B 97.6* -- -- -- 1.2 -- 1.2* -- -- -- -- -- -- -- -- -- --251
A 75.0* 2.8* 13.9* 8.3* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C 6.5* -- 6.5 -- -- -- 80.4* -- 6.5 -- -- -- -- -- -- -- --46
E 31.4* 44.1* 1.7* 16.9* -- 4.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.6118
M 10.0* 0.4* 2.2* 4.8* 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 81.6229
 

Last generated : Mon Jul 1 2002 (8 : 31)