Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (2 of 60)
| Basepair (28:480)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
15.0* |
45.7* |
17.5* |
7.4* |
0.1 |
0.6 |
0.9 |
0.4 |
0.4 |
5.6 |
0.3 |
0.1 |
2.4 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
2.7 | 679 |
| 3 |
9.7* |
62.4* |
16.7* |
8.2* |
0.2 |
0.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 | 402 |
| B |
-- |
98.4* |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 250 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
6.5* |
87.0* |
6.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 46 |
| E |
2.6* |
5.1* |
54.7* |
28.2* |
0.9 |
2.6 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.2 | 117 |
| M |
26.0* |
8.2* |
21.2* |
7.4* |
-- |
0.4 |
2.6 |
1.3 |
0.9 |
16.5 |
0.9 |
-- |
6.9 |
0.4 |
0.4 |
1.3 |
5.6 | 231 |
| |
| Basepair (29:479)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
90.6* |
1.5* |
2.3* |
0.1 |
0.7 |
0.1 |
-- |
-- |
1.5 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
2.1 | 682 |
| 3 |
-- |
96.0* |
0.2* |
2.5* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 | 404 |
| B |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 252 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 46 |
| E |
-- |
87.2* |
0.9* |
8.5* |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
1.8 | 117 |
| M |
-- |
79.3* |
3.9* |
2.6* |
0.4 |
1.7 |
0.4 |
-- |
-- |
4.3 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
5.6 | 232 |
| |
| Basepair (30:453)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
90.7* |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.7 |
0.4* |
-- |
3.5 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
2.6 | 680 |
| 3 |
-- |
-- |
95.0* |
0.2* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
4.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 402 |
| B |
-- |
-- |
92.8 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
6.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 251 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 46 |
| E |
-- |
-- |
97.4* |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 116 |
| M |
-- |
-- |
81.5* |
0.9 |
-- |
0.9 |
2.2 |
1.3* |
-- |
3.0 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
7.3 | 232 |
| |
| Basepair (32:451)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
94.1* |
-- |
-- |
1.6* |
-- |
0.3* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
3.2 | 682 |
| 3 |
99.0* |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 403 |
| B |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 252 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
97.8* |
-- |
-- |
2.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 46 |
| E |
96.6* |
-- |
-- |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.6 | 116 |
| M |
85.0* |
-- |
-- |
3.9* |
-- |
0.9* |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
8.5 | 233 |
| |
| Basepair (33:450)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
65.9* |
25.5* |
0.6* |
3.2* |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
3.3 | 683 |
| 3 |
95.8* |
1.0* |
-- |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 404 |
| B |
94.8* |
1.2* |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 252 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
97.8* |
-- |
-- |
2.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 46 |
| E |
96.6* |
0.9* |
-- |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 | 117 |
| M |
7.7* |
73.0* |
1.7* |
6.0* |
0.9 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
9.0 | 233 |
| |
| Basepair (34:448)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.5* |
74.7* |
12.2* |
2.9* |
-- |
4.3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
3.6 | 681 |
| 3 |
1.7* |
88.8* |
1.7* |
2.5* |
-- |
4.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 402 |
| B |
1.2* |
94.8* |
0.4* |
2.4* |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 251 |
| A |
-- |
94.4* |
2.8* |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
84.8* |
6.5* |
-- |
-- |
4.3 |
-- |
-- |
-- |
4.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 46 |
| E |
3.4* |
74.1* |
4.3* |
3.4* |
-- |
13.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 116 |
| M |
1.3* |
48.5* |
31.3* |
4.3* |
-- |
3.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.3 | 233 |
| |
| Basepair (35:447)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.3* |
15.0* |
31.4* |
41.7* |
0.4 |
0.7 |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.5 | 681 |
| 3 |
10.2* |
0.5* |
37.6* |
51.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 402 |
| B |
15.9* |
-- |
4.4* |
79.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 251 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
2.2* |
-- |
2.2* |
95.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 46 |
| E |
0.9* |
1.7* |
89.7* |
6.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 116 |
| M |
0.4* |
42.9* |
26.6* |
14.2* |
1.3 |
2.1 |
0.9 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.2 | 233 |
| |
| Basepair (36:446)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.2* |
39.3* |
22.1* |
14.7* |
-- |
0.6 |
1.7 |
2.1 |
-- |
0.3 |
1.1 |
0.8 |
0.4 |
-- |
-- |
0.6 |
9.0 | 712 |
| 3 |
10.7* |
54.7* |
24.1* |
9.7* |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 402 |
| B |
17.1* |
40.6* |
28.3* |
13.1* |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 251 |
| A |
-- |
80.6* |
19.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
74.0* |
22.1* |
-- |
-- |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 77 |
| E |
0.9* |
76.7* |
16.4* |
5.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 116 |
| M |
3.4* |
1.3* |
18.5* |
28.3* |
-- |
-- |
5.2 |
6.0 |
-- |
0.9 |
3.4 |
2.6 |
1.3 |
-- |
-- |
1.7 |
27.5 | 233 |
| |
| Basepair (37:445)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
9.6* |
18.6* |
38.2* |
6.2* |
0.3 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
26.0 | 710 |
| 3 |
16.2* |
23.0* |
52.2* |
6.5* |
0.2 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 400 |
| B |
3.2* |
22.1* |
70.3* |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 249 |
| A |
91.7* |
-- |
-- |
8.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
50.6* |
48.1* |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 77 |
| E |
20.7* |
31.9* |
30.2* |
11.2* |
0.9 |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 116 |
| M |
1.3* |
0.4* |
10.7* |
7.7* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
79.3 | 233 |
| |
| Basepair (38:444)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.2* |
27.9* |
9.8* |
18.5* |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.1 | 712 |
| 3 |
27.4* |
33.8* |
9.7* |
28.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 402 |
| B |
30.7* |
25.5* |
4.4* |
39.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 251 |
| A |
75.0* |
-- |
-- |
25.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
79.2* |
20.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 77 |
| E |
5.2* |
62.9* |
24.1* |
6.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 116 |
| M |
2.1* |
0.9* |
6.4* |
7.7* |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.0 | 233 |
| |
| Basepair (39:443)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
27.5* |
0.4* |
3.5* |
41.0* |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.1 | 712 |
| 3 |
47.0* |
0.2* |
4.5* |
47.3* |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 402 |
| B |
33.9* |
-- |
2.4* |
63.3* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 251 |
| A |
94.4* |
-- |
-- |
5.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
2.6* |
97.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 77 |
| E |
60.3* |
0.9* |
10.3* |
25.9* |
0.9 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 116 |
| M |
3.0* |
0.9* |
2.1* |
11.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.5 | 233 |
| |
| Basepair (40:441)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.7* |
3.6* |
4.2* |
54.0* |
1.3 |
0.4 |
1.3 |
1.0 |
2.0 |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.8 |
0.6 |
-- |
0.7 |
26.8 | 713 |
| 3 |
3.5* |
6.5* |
3.0* |
73.6* |
1.7 |
0.5 |
2.2 |
1.7 |
3.5 |
0.7 |
0.2 |
-- |
1.5 |
0.5 |
-- |
0.5 |
0.2 | 401 |
| B |
0.4* |
-- |
-- |
99.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 250 |
| A |
5.6* |
72.2* |
2.8* |
5.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
1.3* |
96.2* |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 79 |
| E |
9.5* |
-- |
9.5* |
38.8* |
6.0 |
1.7 |
7.8 |
6.0 |
12.1 |
-- |
0.9 |
-- |
5.2 |
1.7 |
-- |
-- |
0.9 | 116 |
| M |
2.1* |
-- |
7.3* |
6.0* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
1.3 |
81.9 | 233 |
| |
| Basepair (41:440)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
47.9* |
0.4* |
2.5* |
7.6* |
1.5 |
1.4 |
0.1 |
1.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
3.2 |
5.0 |
28.4 | 714 |
| 3 |
68.2* |
0.5* |
1.0 |
5.7 |
2.2 |
2.0 |
0.2* |
2.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
5.5 |
8.7* |
2.8 | 402 |
| B |
97.2* |
0.4* |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 250 |
| A |
86.1* |
-- |
-- |
13.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
83.5* |
-- |
-- |
13.9* |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 79 |
| E |
0.9 |
0.9* |
3.4 |
10.3 |
7.7 |
6.8 |
0.9 |
9.4* |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
18.8 |
29.9* |
10.4 | 117 |
| M |
0.9* |
0.4* |
6.0* |
8.6* |
-- |
0.9 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
81.9 | 233 |
| |
Last generated : Mon Jul 1 2002 (8 : 31)