Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (4 of 60)
| Basepair (71:106)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3 |
0.3 |
1.1 |
0.4 |
0.1 |
6.3* |
1.1 |
0.7* |
0.7 |
0.3 |
0.4 |
-- |
51.9* |
6.4 |
1.1 |
0.3 |
28.9 | 746 |
| 3 |
0.5 |
0.5 |
1.2 |
-- |
0.2 |
11.1* |
0.2 |
1.2* |
0.2 |
0.2 |
0.7 |
-- |
70.0* |
9.9 |
1.9 |
-- |
1.8 | 414 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
14.7* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
73.7* |
11.2 |
-- |
-- |
-- | 259 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.7 |
8.3 |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.1 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
87.8 |
5.1 |
-- |
-- |
1.0 | 98 |
| E |
1.7 |
1.7 |
4.2 |
-- |
0.8 |
6.7* |
0.8 |
4.2* |
0.8 |
-- |
2.5 |
-- |
55.8* |
7.5 |
6.7 |
-- |
6.6 | 120 |
| M |
-- |
-- |
1.3 |
1.3 |
-- |
0.4 |
0.9 |
-- |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
4.7* |
0.9 |
-- |
0.9* |
88.1 | 234 |
| |
| Basepair (72:105)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.9* |
52.4* |
3.5* |
0.3* |
-- |
8.3 |
0.3 |
-- |
0.1 |
2.3 |
0.7 |
0.1 |
-- |
0.7 |
1.3 |
0.4 |
28.7 | 746 |
| 3 |
0.5* |
69.8* |
2.4* |
0.2* |
-- |
14.5 |
-- |
-- |
-- |
4.1 |
1.2 |
0.2 |
-- |
1.0 |
2.4 |
0.5 |
3.1 | 414 |
| B |
0.8* |
96.5* |
0.4* |
0.4* |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- | 259 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
94.9* |
4.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- | 98 |
| E |
4.2* |
3.3 |
7.5 |
-- |
-- |
48.3* |
-- |
-- |
-- |
13.3* |
-- |
0.8 |
-- |
2.5 |
7.5 |
1.7 |
10.8 | 120 |
| M |
2.1* |
3.8* |
5.1* |
0.4* |
-- |
0.9 |
0.9 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
86.0 | 234 |
| |
| Basepair (73:104)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.2 |
13.7* |
37.3* |
1.9 |
0.4* |
0.4 |
0.1 |
8.6* |
-- |
-- |
0.7 |
0.3 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
29.1 | 746 |
| 3 |
12.3 |
21.7* |
42.8* |
1.2 |
0.5* |
-- |
0.2 |
15.5* |
-- |
-- |
1.2 |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
3.8 | 414 |
| B |
10.0* |
23.9* |
64.9* |
0.8* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 259 |
| A |
-- |
77.8* |
22.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
2.0* |
93.9* |
-- |
1.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- | 98 |
| E |
23.3 |
2.5* |
0.8* |
3.3 |
2.5* |
-- |
-- |
53.3* |
-- |
-- |
4.2 |
1.7 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
7.5 | 120 |
| M |
1.3* |
4.3* |
3.8* |
3.8* |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
86.0 | 234 |
| |
| Basepair (74:103)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.0* |
11.0 |
15.4 |
9.7* |
1.1 |
17.7* |
0.3 |
-- |
-- |
0.3* |
0.3 |
0.1 |
0.8 |
0.3 |
0.1 |
0.3 |
38.7 | 746 |
| 3 |
6.5* |
17.6 |
13.5 |
12.1* |
1.7 |
23.7* |
0.2 |
-- |
-- |
0.5* |
0.5 |
0.2 |
1.4 |
0.5 |
0.2 |
-- |
21.3 | 414 |
| B |
6.6* |
17.8 |
19.3 |
15.4* |
2.3 |
37.8* |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 259 |
| A |
2.8* |
75.0* |
16.7* |
5.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
9.2* |
54.1* |
-- |
-- |
34.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 98 |
| E |
11.7* |
1.7* |
10.0* |
45.0* |
15.0 |
2.5 |
1.7 |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
2.5 |
7.5 | 120 |
| M |
1.3* |
-- |
2.6* |
9.4* |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.9 | 234 |
| |
| Basepair (75:102)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.7* |
37.8* |
11.0* |
2.7* |
-- |
2.8 |
6.6 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
2.7 |
0.5 |
0.7 |
0.1 |
28.2 | 746 |
| 3 |
10.9* |
47.1* |
14.0* |
2.4* |
-- |
3.9 |
11.8 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
4.8 |
1.0 |
1.2 |
0.2 |
2.2 | 414 |
| B |
9.3* |
72.2* |
12.4* |
1.9* |
-- |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 259 |
| A |
58.3* |
16.7* |
11.1* |
13.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
2.0* |
86.7* |
8.2* |
2.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 98 |
| E |
4.2* |
2.5* |
75.8* |
-- |
0.8 |
7.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.8 |
0.8 |
-- |
-- |
6.7 | 120 |
| M |
1.3* |
0.9* |
6.8* |
3.4* |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.8 | 234 |
| |
| Basepair (76:101)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
54.2* |
0.4* |
1.1* |
3.9* |
0.5 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.5 |
9.8 |
0.9 |
27.8 | 746 |
| 3 |
72.7* |
-- |
0.7* |
2.9* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.5 |
1.0 |
17.6 |
1.7 |
1.9 | 414 |
| B |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 259 |
| A |
91.7* |
-- |
-- |
8.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
95.9* |
-- |
1.0* |
2.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 98 |
| E |
67.5* |
3.3* |
3.3* |
11.7* |
3.3 |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
0.8 |
-- |
6.7 | 120 |
| M |
3.8* |
1.3* |
1.7* |
6.4* |
0.9 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.4 | 234 |
| |
| Basepair (77:100)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
48.7* |
0.7* |
1.9* |
3.4* |
0.4 |
0.4 |
0.1 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
43.2 | 745 |
| 3 |
65.1* |
1.0* |
1.2* |
2.7* |
0.5 |
0.2 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
28.4 | 413 |
| B |
90.3* |
1.6* |
1.9* |
4.3* |
0.4 |
0.4 |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 258 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
85.7* |
-- |
3.1* |
7.1* |
-- |
-- |
-- |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 98 |
| E |
0.8* |
-- |
0.8* |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.6 | 120 |
| M |
4.3* |
0.4* |
2.6* |
3.0* |
0.4 |
0.9 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
87.6 | 234 |
| |
| Basepair (78:99)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
4.4* |
0.8 |
35.5* |
1.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1* |
0.4 |
6.2* |
-- |
3.6 |
0.8 |
2.5 |
0.3 |
43.6 | 746 |
| 3 |
-- |
0.2 |
5.3* |
-- |
40.1* |
1.9 |
-- |
0.2 |
-- |
0.7 |
10.6* |
-- |
6.3 |
1.2 |
4.6 |
-- |
28.6 | 414 |
| B |
-- |
0.4 |
8.5* |
-- |
60.6* |
2.7 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
17.0* |
-- |
2.3 |
1.9 |
5.8 |
-- |
0.4 | 259 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
25.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.3 |
-- |
-- |
55.6* |
-- |
11.1* |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
2.0* |
2.0 |
91.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0* |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- | 98 |
| E |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.3 | 120 |
| M |
-- |
-- |
3.8* |
1.7 |
3.8* |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
88.4 | 234 |
| |
| Basepair (79:98)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.3* |
3.5 |
0.4* |
-- |
-- |
3.4 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
45.8* |
-- |
-- |
-- |
46.5 | 746 |
| 3 |
-- |
0.5* |
6.0 |
-- |
-- |
-- |
4.8 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
59.7* |
-- |
-- |
-- |
28.7 | 414 |
| B |
-- |
0.8* |
4.7 |
-- |
-- |
-- |
7.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
86.8* |
-- |
-- |
-- |
-- | 258 |
| A |
-- |
-- |
36.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
63.9 |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
3.1* |
-- |
-- |
4.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.9* |
-- |
-- |
-- |
-- | 98 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.3 | 121 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
97.4 | 234 |
| |
| Basepair (80:97)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.1* |
2.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
6.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
89.7 | 745 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
4.3 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.5 |
11.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
82.9 | 414 |
| B |
-- |
-- |
-- |
7.0* |
-- |
0.4* |
0.4 |
0.8 |
4.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
86.8 | 258 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 | 97 |
| E |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
98.3 | 121 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
98.3 | 234 |
| |
| Basepair (81:93)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
49.5* |
0.3* |
1.1* |
3.6* |
1.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
43.5 | 747 |
| 3 |
68.4* |
0.5* |
0.5* |
0.7* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
28.7 | 414 |
| B |
96.5* |
-- |
0.8* |
1.2* |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 258 |
| A |
94.4* |
5.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
87.9* |
-- |
-- |
5.1* |
4.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 99 |
| E |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
98.3 | 121 |
| M |
-- |
-- |
2.6* |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
88.1 | 234 |
| |
| Basepair (81:98)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
50.5* |
0.4 |
-- |
0.3* |
46.4 | 748 |
| 3 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
68.9 |
0.7 |
-- |
-- |
28.7 | 415 |
| B |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.3 |
0.8 |
-- |
-- |
-- | 259 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
94.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
5.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.9* |
-- |
-- |
2.0* |
-- | 99 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.8 |
-- |
-- |
98.3 | 121 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
97.4 | 234 |
| |
| Basepair (82:92)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
9.4* |
36.3* |
4.0* |
2.7* |
0.1 |
3.7 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
43.5 | 747 |
| 3 |
14.3* |
47.3* |
4.3* |
2.7* |
0.2 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
28.7 | 414 |
| B |
12.4* |
72.5* |
7.0* |
3.9* |
0.4 |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 258 |
| A |
72.2* |
25.0* |
-- |
2.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
72.7* |
7.1* |
2.0* |
-- |
17.2 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.3 | 121 |
| M |
4.7* |
1.3* |
2.1* |
3.0* |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
88.1 | 234 |
| |
| Basepair (83:91)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.0* |
10.0* |
38.4* |
2.9* |
-- |
0.5 |
0.3 |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.7 |
0.1 |
44.1 | 747 |
| 3 |
1.9* |
17.4* |
46.4* |
2.4* |
-- |
0.5 |
-- |
0.7 |
-- |
0.2 |
0.5 |
0.2 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
28.9 | 414 |
| B |
2.7* |
16.3* |
74.4* |
2.7* |
-- |
0.8 |
-- |
1.2 |
-- |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 | 258 |
| A |
-- |
83.3* |
-- |
8.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
5.6* |
-- |
-- | 36 |
| C |
2.0* |
1.0* |
90.9* |
2.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
1.0 |
-- | 99 |
| E |
0.8* |
-- |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.3 | 121 |
| M |
2.1* |
0.9* |
2.1* |
4.3* |
-- |
0.4 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.3 | 234 |
| |
| Basepair (116:124)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
51.2* |
0.9* |
0.1* |
11.1* |
5.4 |
-- |
0.7 |
0.8 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
29.4 | 754 |
| 3 |
85.7* |
-- |
-- |
0.7* |
7.8 |
-- |
0.2 |
1.4 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.8 | 421 |
| B |
94.7* |
-- |
-- |
0.4* |
3.0 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 265 |
| A |
38.9 |
-- |
-- |
5.6 |
52.8* |
-- |
2.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
16.2* |
-- |
-- |
73.7* |
8.1 |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
80.2* |
-- |
-- |
-- |
5.0 |
-- |
-- |
3.3 |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.7 | 121 |
| M |
3.8* |
3.0* |
0.4* |
3.4* |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
88.0 | 234 |
| |
| Basepair (117:123)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
52.8* |
12.1* |
1.3* |
3.7* |
0.3 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
29.2 | 755 |
| 3 |
69.4* |
21.6* |
2.1* |
2.1* |
0.2 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.5 | 422 |
| B |
97.4* |
-- |
-- |
1.9* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 266 |
| A |
91.7* |
-- |
-- |
8.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
86.9* |
-- |
-- |
13.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
1.7* |
75.2* |
7.4* |
0.8* |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
11.5 | 121 |
| M |
8.5* |
-- |
0.4* |
2.6* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
87.6 | 234 |
| |
| Basepair (118:122)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
53.8* |
0.3* |
0.4* |
1.7* |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
43.2 | 754 |
| 3 |
69.8* |
0.2* |
0.2* |
1.4* |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.8 | 421 |
| B |
97.0* |
-- |
-- |
2.3* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 265 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
98.0* |
-- |
-- |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
1.7* |
0.8* |
0.8* |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.8 | 121 |
| M |
6.4* |
0.4* |
0.9* |
2.1* |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.3 | 234 |
| |
| Basepair (125:129)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
23.5* |
0.8* |
0.5* |
25.2* |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
48.3 | 759 |
| 3 |
41.6* |
1.4* |
0.5* |
44.7* |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.2 | 425 |
| B |
32.8* |
1.1* |
0.7* |
63.1* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 | 268 |
| A |
65.7* |
-- |
2.9* |
8.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
22.9 | 35 |
| C |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 | 100 |
| E |
53.7* |
2.4* |
-- |
15.4* |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
20.3 | 123 |
| M |
0.4* |
-- |
0.4* |
0.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.9 | 234 |
| |
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