Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (5 of 60)
| Basepair (131:147)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.9* |
-- |
0.7 |
1.7 |
1.1 |
0.1* |
36.7* |
1.2 |
21.2 |
0.3 |
0.1 |
0.1* |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
33.4 | 760 |
| 3 |
4.9* |
-- |
0.7 |
2.8 |
1.9 |
0.2* |
44.3* |
0.9 |
36.8 |
0.5 |
0.2 |
0.2* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
5.8 | 427 |
| B |
2.6* |
-- |
0.4 |
-- |
1.1 |
0.4* |
56.5* |
0.4 |
35.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
3.0 | 271 |
| A |
38.9* |
-- |
-- |
2.8 |
13.9 |
-- |
5.6 |
-- |
33.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.6 | 36 |
| C |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
88.9 |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
4.0 | 99 |
| E |
-- |
-- |
1.7* |
9.1 |
-- |
-- |
28.1 |
2.5 |
42.1* |
0.8 |
0.8* |
0.8 |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
12.4 | 121 |
| M |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.9 |
2.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
95.6 | 234 |
| |
| Basepair (132:146)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.4* |
30.0* |
35.4* |
2.2* |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
30.9 | 760 |
| 3 |
-- |
32.1* |
61.1* |
2.1* |
-- |
0.7 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
3.3 | 427 |
| B |
-- |
21.8* |
75.6* |
0.4* |
-- |
1.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 271 |
| A |
-- |
72.2* |
5.6* |
22.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
2.0* |
90.9* |
1.0* |
5.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
-- |
43.0* |
45.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.8 | 121 |
| M |
0.4* |
0.4* |
3.0* |
1.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
94.4 | 234 |
| |
| Basepair (133:145)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.8* |
25.3* |
26.7* |
3.4* |
3.3 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.5 |
30.8 | 760 |
| 3 |
15.7* |
43.6* |
25.5* |
3.5* |
5.9 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
3.3 | 427 |
| B |
4.4* |
64.2* |
27.7* |
1.1* |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 271 |
| A |
-- |
16.7* |
75.0* |
8.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
1.0* |
93.9* |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
45.5* |
5.8* |
5.8* |
7.4* |
20.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
3.3 |
10.7 | 121 |
| M |
-- |
2.1* |
0.4* |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
94.0 | 234 |
| |
| Basepair (134:144)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.6* |
26.3* |
9.7* |
13.4* |
2.5 |
3.6 |
1.7 |
0.3 |
-- |
1.8 |
0.1 |
0.3 |
0.4 |
0.3 |
-- |
1.4 |
31.6 | 760 |
| 3 |
8.7* |
42.9* |
9.6* |
17.6* |
4.0 |
6.1 |
0.5 |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.5 |
-- |
2.6 |
4.1 | 427 |
| B |
12.5* |
36.9* |
10.3* |
27.3* |
6.3 |
0.4 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
-- |
3.0 |
1.5 | 271 |
| A |
-- |
80.6* |
19.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
12.1* |
11.1* |
33.3* |
22.2* |
1.0 |
1.0 |
11.1 |
2.0 |
-- |
1.0 |
1.0 |
1.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 99 |
| E |
2.5* |
44.6* |
5.0* |
1.7* |
-- |
20.7 |
-- |
-- |
-- |
10.7 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
2.5 |
11.6 | 121 |
| M |
0.4* |
2.6* |
-- |
2.1* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.4 | 234 |
| |
| Basepair (135:143)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.2* |
29.3* |
17.4* |
10.9* |
2.0 |
0.3 |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.9 |
34.4 | 760 |
| 3 |
5.4* |
35.6* |
28.1* |
17.1* |
3.5 |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
0.5 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
6.9 | 427 |
| B |
4.4* |
15.9* |
39.9* |
24.7* |
5.2 |
0.7 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
6.3 | 271 |
| A |
22.2* |
75.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
71.7* |
10.1* |
2.0* |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 |
1.0 |
9.1 | 99 |
| E |
2.5* |
67.8* |
10.7* |
5.0* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
10.7 | 121 |
| M |
0.4* |
-- |
0.9* |
3.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.3 | 234 |
| |
| Basepair (136:142)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.5* |
18.7* |
26.8* |
13.0* |
0.8 |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.3 |
1.1 |
34.6 | 760 |
| 3 |
4.4* |
18.5* |
41.2* |
20.6* |
1.4 |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.2 |
0.5 |
0.9 |
8.9 | 427 |
| B |
3.7* |
15.1* |
35.4* |
29.2* |
1.8 |
4.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.4 |
1.1 |
8.1 | 271 |
| A |
16.7* |
72.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
8.3 | 36 |
| C |
-- |
62.6* |
28.3* |
4.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.0 |
-- | 99 |
| E |
2.5* |
9.9* |
66.9* |
7.4* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.8 |
10.8 | 121 |
| M |
-- |
0.4* |
-- |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.2 | 234 |
| |
| Basepair (137:140)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.6 |
0.9* |
1.1 |
3.7 |
0.5 |
0.7 |
1.3 |
39.7* |
0.7 |
0.3 |
1.3 |
0.9 |
1.7* |
0.1 |
0.5 |
3.0* |
41.8 | 760 |
| 3 |
2.6 |
0.7* |
1.4 |
5.4 |
0.7 |
1.2 |
1.9 |
51.1* |
0.7 |
0.5 |
2.3 |
1.6 |
2.8* |
-- |
0.9 |
4.9* |
21.3 | 427 |
| B |
-- |
-- |
1.1 |
7.8 |
0.4 |
0.4 |
2.2 |
80.0* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
2.6* |
-- |
0.4 |
0.7* |
4.1 | 270 |
| A |
-- |
8.3 |
5.6 |
-- |
-- |
11.1* |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
8.3* |
-- |
2.8 |
2.8 |
58.4 | 36 |
| C |
-- |
-- |
2.0* |
3.0 |
1.0* |
-- |
2.0 |
84.8* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
4.0 | 99 |
| E |
9.0* |
-- |
0.8 |
1.6 |
1.6 |
0.8 |
1.6 |
2.5 |
2.5* |
0.8* |
8.2 |
4.9 |
1.6 |
-- |
1.6 |
15.6* |
46.7 | 122 |
| M |
0.4* |
1.7* |
-- |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
95.7 | 234 |
| |
| Basepair (152:185)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
0.1* |
0.8 |
-- |
0.1 |
0.7 |
0.1 |
71.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
26.3 | 834 |
| 3 |
-- |
0.2 |
-- |
0.6 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
96.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.2 | 484 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
96.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
2.2 | 271 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
0.6 |
-- |
1.1 |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
96.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- | 177 |
| M |
-- |
-- |
0.4* |
1.6 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
10.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
85.6 | 250 |
| |
| Basepair (153:184)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
71.9* |
1.6* |
0.1* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
25.7 | 835 |
| 3 |
-- |
97.5* |
1.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 485 |
| B |
-- |
99.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 271 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
94.4* |
5.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 178 |
| M |
-- |
10.8* |
1.6* |
0.4* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
86.0 | 250 |
| |
| Basepair (154:182)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.7* |
55.4* |
5.6* |
0.7* |
1.9 |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
24.7 | 835 |
| 3 |
17.7* |
77.7* |
1.6* |
-- |
2.3 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 485 |
| B |
22.5* |
71.6* |
0.7* |
-- |
4.1 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 271 |
| A |
36.1* |
55.6* |
8.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
82.0* |
18.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
6.7* |
91.6* |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 178 |
| M |
1.2* |
1.6* |
8.4* |
2.4* |
2.0 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
82.8 | 250 |
| |
| Basepair (155:181)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.7* |
48.2* |
15.1* |
3.9* |
0.4 |
0.5 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
24.8 | 836 |
| 3 |
10.9* |
69.1* |
14.2* |
4.1* |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- | 486 |
| B |
15.9* |
49.8* |
24.7* |
7.4* |
1.1 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- | 271 |
| A |
8.3* |
88.9* |
2.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
2.0* |
59.0* |
38.0* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
4.5* |
93.9* |
0.6* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 179 |
| M |
0.4* |
3.2* |
7.6* |
5.2* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.8 | 250 |
| |
| Basepair (156:180)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
48.3* |
4.2* |
4.8* |
16.0* |
1.6 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
24.7 | 836 |
| 3 |
72.6* |
6.8* |
5.8* |
12.3* |
2.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 486 |
| B |
71.2* |
-- |
4.4* |
21.0* |
3.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 271 |
| A |
33.3* |
55.6* |
11.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
45.0* |
-- |
-- |
52.0* |
2.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
82.7* |
7.3* |
6.7* |
1.7* |
1.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 179 |
| M |
2.4* |
0.8* |
4.8* |
8.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
82.8 | 250 |
| |
| Basepair (157:179)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
42.0* |
28.3* |
2.4* |
1.9* |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
24.8 | 834 |
| 3 |
47.5* |
47.9* |
3.7* |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 484 |
| B |
79.3* |
19.6* |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 270 |
| A |
44.4* |
55.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
93.0* |
2.0* |
-- |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.6* |
88.8* |
10.1* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 178 |
| M |
10.8* |
0.8* |
0.8* |
4.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.8 | 250 |
| |
| Basepair (158:178)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.9* |
7.4* |
28.6* |
1.1* |
-- |
11.9 |
-- |
2.9 |
-- |
3.8 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
25.1 | 837 |
| 3 |
31.2* |
5.7* |
41.3* |
1.0* |
-- |
8.2 |
-- |
4.9 |
-- |
6.4 |
0.4 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 487 |
| B |
49.6* |
4.0* |
17.6* |
0.4* |
-- |
12.9 |
-- |
8.8 |
-- |
4.8 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 | 272 |
| A |
36.1* |
47.2* |
-- |
11.1* |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
3.0* |
22.0 |
18.0 |
1.0* |
-- |
55.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
2.8* |
-- |
84.9* |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
10.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 179 |
| M |
1.2* |
4.8* |
8.0* |
1.2* |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.8 | 250 |
| |
| Basepair (159:177)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.0 |
0.1 |
3.0 |
1.6 |
0.7 |
0.2* |
3.0 |
2.2* |
0.1 |
0.6 |
0.4 |
-- |
69.9* |
-- |
0.1 |
0.2 |
16.9 | 836 |
| 3 |
1.6 |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
0.6 |
2.3* |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
91.8* |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 486 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.9 |
-- |
-- |
-- |
1.1 | 272 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
97.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
4.5 |
-- |
2.8 |
-- |
2.8 |
-- |
1.7 |
6.2* |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
79.8* |
-- |
-- |
-- |
1.1 | 178 |
| M |
-- |
0.4 |
8.0 |
5.2* |
0.4 |
0.8* |
8.8 |
2.8 |
0.4 |
1.6 |
0.4* |
-- |
15.2* |
-- |
0.4 |
0.8 |
54.8 | 250 |
| |
| Basepair (160:176)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2* |
-- |
0.1* |
76.4* |
1.2 |
-- |
1.4 |
4.6 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
15.7 | 839 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
97.7 |
2.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 487 |
| B |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 272 |
| A |
-- |
-- |
-- |
97.2 |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
94.4 |
5.0 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 179 |
| M |
0.8* |
-- |
0.4* |
25.8* |
-- |
-- |
4.4 |
15.5 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
52.1 | 252 |
| |
| Basepair (161:174)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.4* |
0.1* |
0.4 |
3.3 |
-- |
-- |
73.0* |
4.6 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
3.3 |
-- |
0.1 |
0.2* |
13.7 | 840 |
| 3 |
-- |
0.2* |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
93.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.5 |
-- |
-- |
-- |
-- | 487 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 272 |
| A |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
94.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
0.6* |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
83.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
15.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 179 |
| M |
1.2* |
-- |
1.2 |
9.5 |
-- |
-- |
22.9* |
15.4 |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.8* |
45.6 | 253 |
| |
| Basepair (161:892)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.5* |
0.4 |
0.5* |
1.2 |
-- |
0.8 |
1.6 |
15.8 |
69.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.5 |
5.3 | 774 |
| 3 |
6.4* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
28.5 |
63.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 421 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 231 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
17.5 |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
77.3 |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 154 |
| M |
-- |
1.2 |
1.6* |
2.8 |
-- |
2.4 |
4.0 |
0.8 |
68.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
1.6 |
15.5 | 253 |
| |
| Basepair (162:173)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.1* |
0.5 |
4.8 |
1.7 |
1.3 |
-- |
5.1 |
0.4 |
1.5* |
22.6* |
12.2 |
20.7 |
0.8 |
-- |
3.3 |
14.1* |
5.7 | 839 |
| 3 |
7.4* |
-- |
4.9 |
0.2 |
0.6 |
-- |
0.4 |
0.2 |
1.6* |
28.0* |
19.8 |
20.8 |
0.8 |
-- |
5.1 |
9.9* |
0.2 | 486 |
| B |
13.3* |
-- |
0.7 |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
50.2* |
7.0 |
21.8 |
1.5 |
-- |
-- |
4.4* |
-- | 271 |
| A |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
22.2* |
-- |
13.9 |
36.1* |
-- |
-- |
2.8* |
22.2 |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
19.0* |
3.0 |
29.0 |
-- |
-- |
2.0 |
45.0* |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
12.3 |
-- |
-- |
-- |
1.1* |
0.6 |
-- |
0.6 |
39.7* |
16.2 |
-- |
-- |
13.4 |
15.6* |
0.6 | 179 |
| M |
2.8* |
1.6 |
6.3 |
5.1 |
2.4 |
-- |
16.2* |
0.8 |
2.0 |
13.8 |
1.2 |
17.4* |
1.2 |
-- |
0.4 |
9.9 |
19.0 | 253 |
| |
| Basepair (162:893)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.4 |
-- |
7.8 |
7.0 |
6.1 |
-- |
2.5 |
-- |
0.4 |
31.3* |
0.9 |
20.8 |
1.0 |
0.4* |
1.0 |
13.6* |
7.2 | 774 |
| 3 |
-- |
-- |
1.7 |
0.7 |
8.8 |
-- |
1.4 |
-- |
0.5* |
41.1* |
1.2 |
22.3 |
1.0 |
0.5 |
1.9 |
18.5* |
0.5 | 421 |
| B |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
16.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
74.0* |
0.4 |
0.9 |
1.7 |
0.9 |
0.4* |
3.0 |
0.4 | 231 |
| A |
-- |
-- |
5.6 |
2.8 |
-- |
-- |
16.7* |
-- |
5.6 |
2.8 |
11.1 |
36.1* |
-- |
-- |
19.4* |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
47.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
51.0 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
50.6 |
-- |
-- |
-- |
46.1 |
0.6 | 154 |
| M |
1.2* |
-- |
2.4 |
20.2 |
4.0 |
-- |
5.1* |
-- |
0.4 |
7.1 |
0.8 |
26.5* |
0.8 |
0.4 |
-- |
10.7 |
20.6 | 253 |
| |
| Basepair (163:172)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2 |
0.5 |
1.0 |
0.4 |
2.0 |
-- |
0.1* |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.8* |
6.8 |
-- |
-- |
3.1 |
78.2* |
6.1 | 840 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.5 |
-- |
0.2 |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
95.3* |
-- | 487 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
99.3 |
-- | 272 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
47.2* |
-- |
-- |
5.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
47.2 |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.0 |
2.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.9* |
-- | 179 |
| M |
0.8 |
1.6 |
3.2 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
2.8* |
21.7 |
-- |
-- |
10.3 |
37.5* |
19.8 | 253 |
| |
| Basepair (164:171)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
53.4* |
0.4* |
21.8* |
21.3* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
2.1 | 841 |
| 3 |
63.2* |
-- |
36.1* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 487 |
| B |
99.3* |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 272 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
1.7* |
-- |
97.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 179 |
| M |
16.1* |
1.2* |
2.8* |
69.7* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
6.7 | 254 |
| |
| Basepair (164:222)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
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| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
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0.2 |
-- |
20.6 |
0.2 |
-- |
0.4 |
-- |
0.1 |
53.2* |
-- |
-- |
0.2 |
2.3 | 840 |
| 3 |
-- |
-- |
36.0 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
63.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 486 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- | 272 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
97.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 178 |
| M |
-- |
-- |
5.1 |
1.2 |
0.8* |
-- |
67.3* |
0.8 |
-- |
1.2 |
-- |
0.4 |
15.4 |
-- |
-- |
0.8 |
7.1 | 254 |
| |
| Basepair (165:170)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
1.2* |
95.8* |
0.1 |
-- |
0.5 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.1 | 841 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 487 |
| B |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 272 |
| A |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
98.9 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 179 |
| M |
-- |
-- |
3.9* |
87.0* |
-- |
-- |
1.6 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.7 | 254 |
| |
| Basepair (168:219)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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-- |
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0.1 |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
0.8 |
2.8 | 840 |
| 3 |
-- |
98.6* |
0.8* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 486 |
| B |
-- |
98.5* |
1.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 271 |
| A |
-- |
97.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 | 36 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
98.9 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 179 |
| M |
-- |
80.7* |
1.2 |
2.4 |
-- |
-- |
0.4 |
0.8* |
0.8 |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
0.4 |
-- |
2.8* |
9.1 | 254 |
| |
| Basepair (170:221)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.4 |
0.7* |
-- |
94.2* |
0.5 |
-- |
0.4 |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.1 |
2.3 | 843 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 489 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 272 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 181 |
| M |
-- |
-- |
1.2 |
2.4* |
-- |
81.5* |
1.6 |
-- |
1.2 |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
3.5 |
7.1 | 254 |
| |
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