Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (6 of 60)
| Basepair (190:435)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
3.2 |
0.4* |
0.1 |
0.1* |
1.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
68.3* |
1.2 |
-- |
-- |
25.2 | 856 |
| 3 |
-- |
-- |
3.6 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
93.8 |
2.0 |
-- |
-- |
-- | 502 |
| B |
-- |
-- |
6.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.1 |
2.6 |
-- |
-- |
-- | 271 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
96.4 |
1.5 |
-- |
-- |
-- | 195 |
| M |
-- |
-- |
2.4 |
1.2* |
0.4 |
0.4* |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.5* |
-- |
-- |
-- |
85.0 | 254 |
| |
| Basepair (191:434)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1* |
0.6* |
73.2* |
0.1 |
-- |
0.7 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
24.8 | 861 |
| 3 |
-- |
0.2* |
1.0* |
98.2* |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- | 507 |
| B |
-- |
-- |
1.8* |
97.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 276 |
| A |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
0.5* |
-- |
98.5* |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 195 |
| M |
-- |
-- |
-- |
13.0 |
-- |
-- |
2.0 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
84.3 | 254 |
| |
| Basepair (192:203)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
2.2 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
71.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1* |
24.8 | 862 |
| 3 |
-- |
3.5 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.6 |
0.2 |
94.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 508 |
| B |
-- |
5.8 |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
92.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 276 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
1.0 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
94.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 196 |
| M |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
15.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
83.2 | 254 |
| |
| Basepair (194:202)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
20.9* |
18.9* |
25.6* |
9.7* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
24.2 | 866 |
| 3 |
16.6* |
31.8* |
35.9* |
15.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 512 |
| B |
27.3* |
-- |
60.1* |
12.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 278 |
| A |
22.2* |
30.6* |
36.1* |
11.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
96.0* |
-- |
-- |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.5* |
76.8* |
2.5* |
19.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 198 |
| M |
-- |
0.4* |
15.0* |
0.4* |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
82.3 | 254 |
| |
| Basepair (195:201)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
51.4* |
19.3* |
3.7* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
24.3 | 864 |
| 3 |
0.2* |
60.8* |
31.4* |
6.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.2 | 510 |
| B |
-- |
85.9* |
2.2* |
11.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 277 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
95.0* |
5.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.5* |
18.8* |
77.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
0.5 | 197 |
| M |
-- |
15.4* |
0.8* |
0.4 |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
82.3 | 254 |
| |
| Basepair (196:199)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.2 |
5.3 |
-- |
-- |
29.4 |
33.8* |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
3.4* |
-- |
2.8 |
0.1* |
24.3 | 864 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
7.8 |
-- |
-- |
27.6 |
52.7* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
5.7* |
-- |
4.7 |
-- |
0.2 | 510 |
| B |
-- |
-- |
-- |
10.5 |
-- |
-- |
43.7 |
35.0 |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 277 |
| A |
-- |
-- |
-- |
25.0 |
-- |
-- |
22.2 |
36.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
16.7* |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
95.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
6.1 |
80.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
12.2 |
-- |
-- | 197 |
| M |
-- |
-- |
0.8* |
1.2 |
-- |
-- |
7.1 |
8.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
82.3 | 254 |
| |
| Basepair (196:425)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.9* |
-- |
0.1 |
27.2* |
0.6 |
2.7* |
17.3 |
23.5 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
24.8 | 863 |
| 3 |
3.1 |
-- |
0.2 |
24.0 |
1.0* |
4.5* |
28.3 |
35.8* |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
0.2 | 509 |
| B |
5.8 |
-- |
-- |
26.7 |
-- |
-- |
5.4 |
59.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5* |
-- |
-- |
0.4 | 277 |
| A |
-- |
-- |
-- |
36.1 |
13.9* |
-- |
8.3 |
38.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
0.5 |
17.9 |
-- |
11.7* |
63.8* |
2.6 |
3.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 196 |
| M |
-- |
-- |
-- |
5.1 |
-- |
-- |
2.0 |
8.3 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
84.3 | 254 |
| |
| Basepair (204:436)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
72.7 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
25.8 | 864 |
| 3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
98.0 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 510 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 277 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
95.9 |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 197 |
| M |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
11.8 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
87.0 | 254 |
| |
| Basepair (205:437)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
3.8* |
69.1* |
0.1* |
-- |
0.8 |
0.7 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
24.7 | 867 |
| 3 |
-- |
4.7* |
92.6* |
-- |
-- |
1.2 |
0.6 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 513 |
| B |
-- |
8.3* |
91.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 277 |
| A |
-- |
2.8* |
91.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
94.5 |
-- |
-- |
3.0 |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 200 |
| M |
-- |
3.5* |
9.4* |
0.4* |
-- |
0.4 |
1.2 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 |
83.1 | 254 |
| |
| Basepair (206:233)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.4* |
1.9* |
67.7* |
1.3* |
0.9 |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
0.9 |
23.9 | 864 |
| 3 |
2.4* |
2.9* |
90.2* |
1.4* |
1.4 |
0.8 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.6 | 510 |
| B |
0.7* |
-- |
98.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 275 |
| A |
27.8* |
38.9* |
11.1* |
2.8* |
19.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
97.0 |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
0.5* |
92.5* |
3.0* |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
1.5 | 199 |
| M |
-- |
0.4* |
11.0* |
1.6* |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
0.4 |
1.6 |
-- |
-- |
2.8 |
80.4 | 254 |
| |
| Basepair (207:232)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.6* |
57.7* |
11.8* |
8.9* |
1.3 |
0.1 |
1.7 |
0.5 |
0.1 |
1.2 |
0.6 |
0.8 |
-- |
-- |
0.6 |
1.8 |
8.3 | 866 |
| 3 |
6.6* |
77.1* |
12.9* |
0.8* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 512 |
| B |
4.0* |
81.2* |
12.3* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 | 277 |
| A |
-- |
75.0* |
25.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
85.0* |
12.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
11.6* |
72.4* |
11.1* |
1.5* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 199 |
| M |
2.4* |
7.9* |
9.4* |
28.7* |
4.3 |
-- |
5.9 |
1.6 |
0.4 |
2.4 |
0.8 |
2.0 |
-- |
-- |
2.0 |
6.3 |
26.1 | 254 |
| |
| Basepair (208:231)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3* |
72.6* |
6.6* |
3.1* |
-- |
3.7 |
0.5 |
0.1 |
0.9 |
0.6 |
0.6 |
0.9 |
0.2 |
-- |
1.0 |
3.9 |
4.7 | 865 |
| 3 |
-- |
92.0* |
1.8* |
-- |
-- |
4.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 511 |
| B |
-- |
94.9 |
-- |
-- |
-- |
4.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 275 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
93.0* |
3.0* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
86.5* |
4.5* |
-- |
-- |
5.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 | 200 |
| M |
1.2* |
25.6* |
17.7* |
10.6* |
-- |
2.4 |
1.6 |
0.4 |
3.1 |
2.0 |
0.4 |
3.1 |
0.8 |
-- |
3.5 |
13.4 |
14.3 | 254 |
| |
| Basepair (209:230)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
13.8* |
63.6* |
5.9* |
4.3* |
1.4 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.2 |
0.6 |
0.8 |
0.1 |
-- |
0.7 |
4.4 |
3.7 | 868 |
| 3 |
19.1* |
73.7* |
4.7* |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 514 |
| B |
28.2* |
67.1* |
-- |
-- |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 277 |
| A |
52.8* |
47.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.5* |
87.6* |
11.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 201 |
| M |
8.7* |
29.5* |
10.6 |
14.6 |
1.2 |
-- |
0.4* |
1.2 |
-- |
0.8 |
1.2 |
2.8 |
0.4 |
-- |
2.4 |
15.0* |
11.5 | 254 |
| |
| Basepair (209:682)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
4.8 |
1.4 |
0.4 |
0.7 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
43.7* |
3.0 |
2.9 |
14.5 |
0.1* |
-- |
0.7* |
27.2 | 839 |
| 3 |
-- |
8.2 |
2.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
54.8* |
5.2 |
4.9 |
22.3 |
0.2* |
-- |
0.2* |
1.6 | 485 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
67.5 |
-- |
-- |
32.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 277 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
47.2 |
-- |
-- |
50.0 |
2.8 |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
23.3 |
6.4 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
36.0 |
14.5 |
14.0 |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
4.1 | 201 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
1.2 |
2.4 |
-- |
0.8 |
-- |
0.4* |
0.4 |
-- |
-- |
5.5* |
-- |
-- |
2.0* |
87.1 | 254 |
| |
| Basepair (210:229)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.7 |
5.7 |
22.5* |
12.1* |
2.5 |
21.2 |
1.4 |
-- |
0.1 |
4.4 |
5.9* |
0.3 |
0.3 |
0.2* |
9.6 |
4.7 |
3.3 | 867 |
| 3 |
3.3 |
8.4 |
20.3 |
4.9* |
1.0 |
31.6* |
-- |
-- |
-- |
3.9 |
9.7* |
-- |
0.2* |
0.4 |
13.8 |
2.1 |
0.4 | 513 |
| B |
5.1* |
15.2 |
15.5 |
8.7* |
0.7 |
46.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
7.2 |
-- |
0.4 | 277 |
| A |
5.6* |
2.8 |
8.3 |
-- |
-- |
77.8* |
-- |
-- |
-- |
5.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
29.0* |
-- |
8.0 |
5.0 |
17.0 |
5.0 |
3.0 |
-- |
-- |
4.0* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
12.0 |
16.0* |
-- | 100 |
| E |
0.5 |
0.5 |
29.0* |
0.5 |
1.5* |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
8.5 |
24.0* |
-- |
0.5 |
1.0 |
25.5 |
5.5 |
0.5 | 200 |
| M |
1.2* |
2.4* |
32.7* |
29.5* |
-- |
6.7 |
3.5 |
-- |
0.4 |
5.5 |
0.4 |
1.2 |
0.4 |
-- |
-- |
5.5 |
10.7 | 254 |
| |
| Basepair (211:228)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3 |
4.6* |
14.3 |
0.1* |
-- |
6.4 |
17.3 |
3.3 |
-- |
2.8 |
5.3 |
-- |
17.8* |
0.1 |
17.9* |
1.7 |
7.8 | 866 |
| 3 |
0.6 |
7.6* |
5.5 |
-- |
-- |
9.9 |
8.0 |
4.5 |
-- |
3.3 |
9.0 |
-- |
20.7* |
-- |
22.4* |
0.8 |
7.8 | 513 |
| B |
0.7 |
0.4* |
6.5 |
-- |
-- |
1.1 |
13.7 |
8.3 |
-- |
6.1 |
10.1 |
-- |
27.1* |
-- |
12.3* |
1.1 |
12.7 | 277 |
| A |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
63.9* |
-- |
22.2* |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
1.0* |
33.0 |
-- |
-- |
4.0 |
4.0 |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
15.0* |
-- |
34.0* |
5.0 |
-- | 100 |
| E |
0.5 |
19.0* |
4.0 |
-- |
-- |
23.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
9.0 |
-- |
4.0* |
-- |
36.5* |
0.5 |
2.5 | 200 |
| M |
-- |
-- |
24.9 |
0.4 |
-- |
-- |
41.5* |
2.4 |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
13.0 |
0.4* |
2.4* |
2.4 |
11.5 | 253 |
| |
| Basepair (212:227)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
-- |
4.3 |
0.1 |
-- |
-- |
91.0* |
0.3 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1* |
3.0 | 867 |
| 3 |
0.2* |
-- |
6.6 |
0.2 |
-- |
-- |
92.2* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 514 |
| B |
-- |
-- |
11.9 |
-- |
-- |
-- |
87.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 277 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.0 |
2.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.5* |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
97.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 201 |
| M |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
86.6* |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4* |
9.5 | 253 |
| |
| Basepair (214:226)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
96.3* |
-- |
-- |
0.8 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 868 |
| 3 |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 514 |
| B |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 277 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
96.0 |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 201 |
| M |
-- |
-- |
89.4* |
-- |
-- |
1.2 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.3 | 254 |
| |
| Basepair (215:225)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.1* |
0.9 |
0.2* |
0.2 |
0.9 |
-- |
95.4* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.9 | 865 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.6 |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 512 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 275 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
97.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 201 |
| M |
-- |
-- |
0.4* |
2.0 |
0.8* |
0.4 |
2.0 |
-- |
87.4* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
6.3 | 253 |
| |
| Basepair (216:224)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
53.0* |
3.2* |
16.1* |
15.8* |
3.2 |
0.1 |
0.2 |
5.2 |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
1.7 | 869 |
| 3 |
63.5* |
0.4* |
-- |
22.5* |
5.0 |
-- |
-- |
8.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- | 515 |
| B |
98.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- | 278 |
| A |
66.7* |
2.8* |
-- |
25.0* |
2.8 |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
14.4* |
0.5* |
-- |
52.7* |
12.4 |
-- |
-- |
19.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 201 |
| M |
13.4* |
10.2* |
55.1* |
8.3* |
0.8 |
0.4 |
0.8 |
1.2 |
-- |
1.6 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.6 |
5.9 | 254 |
| |
| Basepair (217:223)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.4* |
52.5* |
6.6* |
14.4* |
0.1 |
15.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
1.8 | 869 |
| 3 |
4.5* |
70.3* |
4.1* |
1.6* |
0.2 |
19.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 515 |
| B |
-- |
64.0* |
0.4* |
0.4* |
-- |
34.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 278 |
| A |
55.6* |
13.9* |
13.9* |
13.9* |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
79.0* |
6.0* |
-- |
-- |
15.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
1.5* |
89.1* |
7.5* |
1.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 201 |
| M |
19.7* |
5.9* |
11.8* |
46.1* |
-- |
7.5 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
1.6 |
5.9 | 254 |
| |
| Basepair (218:222)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
4.0 |
0.1 |
0.2 |
-- |
1.6 |
0.2* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
89.4* |
-- |
-- |
0.6* |
3.3 | 869 |
| 3 |
-- |
-- |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
91.7 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 515 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 278 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
11.1 |
-- |
-- |
88.9 |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
12.9 |
-- |
-- |
-- |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
80.6 |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 201 |
| M |
-- |
-- |
3.5 |
0.4 |
0.8 |
-- |
1.6 |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
80.7* |
-- |
-- |
2.0* |
10.2 | 254 |
| |
| Basepair (231:666)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.6 |
-- |
0.1 |
0.7* |
5.3 |
0.1* |
0.7 |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.4 |
55.0* |
4.3 |
-- |
-- |
28.3 | 835 |
| 3 |
7.7 |
-- |
-- |
0.4* |
9.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
73.0* |
6.4 |
-- |
-- |
2.9 | 481 |
| B |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 275 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
95.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
21.2 |
-- |
-- |
1.2 |
25.3* |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
25.3 |
18.2 |
-- |
-- |
7.6 | 170 |
| M |
0.4 |
-- |
0.4 |
1.6* |
-- |
0.4* |
0.8 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.8 |
5.1* |
2.0 |
-- |
-- |
87.8 | 254 |
| |
Last generated : Mon Jul 1 2002 (8 : 31)