Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (7 of 60)


Basepair (237:433)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 71.2* -- 0.1* 3.9* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 24.6869
3 94.8* -- -- 5.2* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --515
B 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --277
A 97.2* -- -- 2.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C 99.0* -- -- 1.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E 87.1* -- -- 12.9* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --202
M 12.6* -- 0.4* 2.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 84.3254
 
Basepair (238:432)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 10.1* 57.4* 4.0* 2.4* 0.2 0.3 0.5 -- -- -- 0.1 -- 0.1 0.1 -- -- 24.6869
3 14.0* 77.1* 4.3* 3.9* 0.4 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --515
B 23.1* 67.5* 2.2* 6.9* 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --277
A 22.2* 61.1* 13.9* -- 2.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C -- 89.0* 6.0* -- -- 1.0 3.0 -- -- -- -- -- -- 1.0 -- -- --100
E -- 93.1* 5.4* 0.5* -- 1.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --202
M 6.3* 5.1* 2.8* 0.4* -- -- 0.4 -- -- -- 0.4 -- 0.4 -- -- -- 84.3254
 
Basepair (239:431)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 3.0* 59.1* 10.2* 0.5* -- 1.4 0.3 -- -- 0.3 -- -- -- 0.3 -- 0.2 24.6870
3 4.8* 76.7* 15.3* 0.6* -- 2.1 -- -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- --516
B 6.8* 93.2* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --278
A 16.7* 72.2* 2.8* 8.3* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C -- 96.0* 1.0 -- -- -- 2.0* -- -- 1.0 -- -- -- -- -- -- --100
E -- 55.4* 38.1* -- -- 5.4 -- -- -- 1.0 -- -- -- -- -- -- --202
M 0.4* 8.7* 3.5* 0.4* -- 0.4 0.4 -- -- -- -- -- -- 1.2 -- 0.8 84.3254
 
Basepair (240:379)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 46.4* 5.3* 0.1* -- 17.7 1.3 -- 0.3 1.1 -- -- 0.7 0.2 0.5 0.2 26.0870
3 -- 76.9* 5.4* -- -- 12.2 1.2 -- 0.4 1.7 -- -- 1.0 0.4 -- -- 0.8516
B -- 61.2* 9.7* -- -- 21.2 2.2 -- -- 3.2 -- -- 1.8 -- -- -- 0.8278
A -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C -- -- 6.0 -- -- 91.0* 2.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.0100
E -- 94.6* 0.5* -- -- 2.0 -- -- 1.0 -- -- -- -- 1.0 -- -- 1.0202
M -- 2.8* 4.7* 0.4* -- -- 1.2 -- 0.4 0.4 -- -- 0.4 -- 1.6 0.8 87.5254
 
Basepair (241:270)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- -- 4.7 -- -- 0.5 0.1 0.1 -- -- -- -- -- -- -- 94.5871
3 -- -- -- 7.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 93.0517
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0278
A -- -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C -- -- -- 5.0 -- -- 4.0 1.0 1.0 -- -- -- -- -- -- -- 89.0100
E -- -- -- 2.5* 1.0 -- 1.0 1.0 -- -- -- -- 3.0* 1.0 0.5* 0.5 89.7203
M -- -- -- -- -- 0.4 0.4* -- 0.4 -- -- -- -- -- 0.8* -- 98.0254
 
Basepair (242:269)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- -- 0.1 -- -- 0.1 -- 4.1* -- -- 0.1* 0.1* -- -- -- 95.3873
3 -- -- -- -- -- -- -- -- 6.9 -- -- -- -- -- -- -- 93.1519
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0279
A -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- --36
C -- -- -- 1.0* -- -- 1.0 -- -- -- -- 1.0 1.0* -- -- -- 96.0100
E -- -- -- -- 0.5* -- -- -- -- 0.5* -- -- -- -- -- -- 99.1203
M -- -- -- 0.4* -- -- -- -- -- 0.8* -- -- -- 0.4* -- 0.4 98.0254
 
Basepair (244:267)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 4.1* -- -- -- -- -- -- 0.3 -- -- -- -- -- 0.1* -- 95.3873
3 -- 6.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 93.1519
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0279
A -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C -- -- -- -- -- -- -- -- 3.0* -- -- -- -- -- 1.0* -- 96.0100
E 0.5 0.5 0.5* 0.5 -- -- -- 1.0* 0.5 -- -- 1.0* -- -- -- -- 95.6203
M -- -- 0.4* 1.2* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 -- 98.0254
 
Basepair (245:266)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 2.9* -- 0.1 0.2* 1.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 95.4873
3 -- 4.8 -- -- -- 2.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 93.1519
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0279
A -- 69.4 -- -- -- 30.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C -- -- -- 1.0 2.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.0 96.0100
E -- -- 0.5 -- 0.5* -- 1.0* -- 1.0 -- -- 0.5 -- -- -- -- 96.6203
M -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- 0.4 -- 0.4* 0.8* -- -- -- 98.0254
 
Basepair (246:265)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- -- 1.1 2.5* -- 0.6* -- 0.1 0.1 -- -- -- 0.1 -- -- 95.3873
3 -- -- -- 1.9 4.2* -- 0.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 93.1519
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0279
A -- -- -- 27.8 61.1* -- 11.1* -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C -- -- -- -- -- -- 1.0* -- 1.0 1.0 -- -- -- 1.0* -- -- 96.0100
E -- -- -- 1.0* 0.5 1.5 -- -- -- -- -- 0.5 -- 0.5* 3.0* 1.0 92.0201
M -- 0.8* 0.8* 0.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.0254
 
Basepair (247:264)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- -- -- -- -- 0.1 -- 4.1* -- -- 0.1* -- -- 0.1* 0.1 95.3873
3 -- -- -- -- -- -- -- -- 6.9 -- -- -- -- -- -- -- 93.1519
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0279
A -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- --36
C -- -- -- -- -- -- 1.0* -- -- -- -- 1.0* -- -- 1.0* 1.0 96.0100
E 0.5 1.0 -- -- 0.5 0.5 1.0* -- -- -- 0.5* -- -- 1.5* 0.5 2.0* 92.1203
M -- -- -- 1.2* -- 0.4* -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 -- 98.0254
 
Basepair (249:260)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.7* 1.8* 0.1* 1.0* 0.1 -- 0.1 0.1 0.1 -- -- -- -- -- -- -- 95.8873
3 1.2* 2.9* 0.2* 1.7* 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 93.8519
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0279
A 16.7* 41.7* 2.8* 25.0* 2.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 11.136
C -- 1.0* -- -- -- -- 1.0* 1.0 1.0 -- -- -- -- -- -- -- 96.0100
E 5.4* 1.0* -- 1.0* -- -- 0.5 -- -- 0.5 -- -- 0.5 -- -- -- 91.1203
M -- 0.4* -- -- -- -- 0.4* -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- 98.8254
 
Basepair (250:259)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 1.9* 1.3* 0.3* 0.5* 0.1 0.1 0.1 -- -- -- -- -- 0.2 -- -- -- 95.3873
3 3.3* 2.1* 0.6* 0.6* 0.2 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 93.1519
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0279
A 47.2* 30.6* 8.3* 8.3* 2.8 2.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C -- -- -- 1.0* -- -- 1.0 -- -- -- -- -- 2.0* -- -- -- 96.0100
E 1.0 0.5 -- 0.5 -- 0.5 -- 0.5* 2.0 -- -- -- -- 3.9* 0.5 -- 90.6203
M -- -- 0.4* -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4* -- -- -- 0.4 98.8254
 
Basepair (251:258)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 1.4* 1.6* 0.2* 0.3* 0.5 0.2 -- -- -- -- -- 0.2 -- 0.1 -- -- 95.3873
3 2.1* 2.7* 0.2* 0.6* 0.8 0.4 -- -- -- -- -- 0.2 -- -- -- -- 93.1519
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0279
A 30.6* 38.9* 2.8* 8.3* 11.1 5.6 -- -- -- -- -- 2.8 -- -- -- -- --36
C 1.0* -- 1.0* -- -- -- -- -- -- -- -- 1.0* -- 1.0 -- -- 96.0100
E 0.5* 4.4* 1.0* 1.0* -- -- -- -- 1.0 0.5 -- -- 1.0 -- -- 0.5 90.1203
M -- -- -- -- -- -- 0.4* -- -- -- -- 0.4* -- -- 0.4* -- 98.8254
 
Basepair (252:257)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 1.5* 1.9* -- 0.2* -- 0.6 -- -- -- -- -- 0.1 0.1 0.1 -- -- 95.3873
3 2.5* 3.3* -- 0.2* -- 1.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 93.1519
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0279
A 36.1* 47.2* -- 2.8* -- 13.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C -- -- -- 1.0* -- -- -- -- -- -- -- 1.0 1.0* 1.0 -- -- 96.0100
E -- -- 0.5* -- 0.5 -- -- 0.5* -- 0.5 0.5 4.9* -- -- 0.5 1.5 90.6203
M 0.4 -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- -- -- 0.4 -- -- -- 98.8254
 
Basepair (253:256)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.1 -- -- 0.2 0.1* 0.6* 2.1* -- -- -- 0.1* 0.1 1.3 -- 0.2 -- 95.1873
3 0.2* -- -- -- -- 1.0* 2.9* -- -- -- -- -- 1.9 -- 0.4 -- 93.7519
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0279
A 2.8* -- -- -- -- 13.9* 41.7* -- -- -- -- -- 27.8 -- 5.6 -- 8.436
C -- -- -- 2.0 1.0* -- 3.0* -- -- -- 1.0* 1.0 1.0 -- -- -- 91.0100
E 2.0 -- 0.5* 5.9* -- 0.5 0.5 0.5 -- -- -- -- 3.0 5.9* 0.5 0.5 80.3203
M 0.4* 0.4* -- -- -- -- 0.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.8254
 

Last generated : Mon Jul 1 2002 (8 : 31)