Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (8 of 60)
| Basepair (271:378)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
1.9* |
0.2* |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
96.2 | 873 |
| 3 |
-- |
-- |
3.3* |
0.4* |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
93.5 | 519 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 279 |
| A |
-- |
-- |
47.2* |
5.6* |
-- |
2.8 |
2.8 |
-- |
-- |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.8 |
5.6 | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 100 |
| E |
5.4* |
2.5* |
18.2* |
1.0* |
2.0 |
10.3 |
0.5 |
1.5 |
-- |
12.3 |
5.4 |
2.0 |
2.0 |
3.0 |
3.4 |
3.0 |
27.7 | 203 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 254 |
| |
| Basepair (273:377)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.2 | 873 |
| 3 |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.2 | 519 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 279 |
| A |
33.3 |
-- |
-- |
-- |
8.3 |
-- |
-- |
22.2 |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
30.6 | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 100 |
| E |
1.0 |
5.4 |
2.9 |
0.5 |
1.0 |
7.4* |
1.5 |
2.5* |
2.5 |
0.5 |
0.5 |
1.0* |
3.9* |
1.5 |
1.0 |
-- |
67.3 | 204 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 254 |
| |
| Basepair (274:376)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
96.1 | 873 |
| 3 |
3.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
93.4 | 519 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 279 |
| A |
55.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.3* |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
27.8 |
-- |
-- |
5.6 | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 100 |
| E |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
2.9* |
-- |
95.6 | 204 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 254 |
| |
| Basepair (275:374)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
97.6 | 873 |
| 3 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
96.1 | 519 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 279 |
| A |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
33.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
13.9 |
-- |
-- |
-- |
44.4 | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 100 |
| E |
1.0 |
0.5 |
-- |
-- |
1.5* |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
0.5* |
0.5 |
94.2 | 204 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.1 | 254 |
| |
| Basepair (276:373)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
1.0* |
0.1 |
0.5* |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.7 |
0.6 |
-- |
-- |
0.3* |
0.6 |
-- |
0.1 |
95.9 | 872 |
| 3 |
-- |
1.7* |
0.2 |
0.8* |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
1.2 |
1.0 |
-- |
-- |
0.6* |
1.0 |
-- |
0.2 |
93.0 | 518 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.1 | 279 |
| A |
-- |
25.0* |
2.8 |
11.1* |
2.8 |
2.8 |
-- |
-- |
16.7 |
13.9 |
-- |
-- |
8.3* |
13.9 |
-- |
2.8 |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 100 |
| E |
1.5 |
0.5 |
0.5 |
-- |
4.4* |
0.5* |
-- |
1.5* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
2.0 |
2.5 |
1.0 |
0.5 |
84.1 | 203 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.1 | 254 |
| |
| Basepair (277:372)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2* |
1.6* |
1.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
96.0 | 873 |
| 3 |
0.4* |
2.7* |
2.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
93.3 | 519 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.1 | 279 |
| A |
5.6* |
38.9* |
33.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
16.7 |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
2.8 | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 100 |
| E |
4.9 |
1.0 |
0.5 |
0.5 |
8.3* |
-- |
-- |
0.5 |
1.0* |
0.5* |
0.5 |
1.0 |
1.0 |
7.4 |
0.5* |
0.5 |
72.2 | 204 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.1 | 254 |
| |
| Basepair (278:371)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.8* |
3.7* |
1.3* |
1.8* |
0.1 |
1.8 |
0.1 |
0.3 |
0.9 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.6 |
2.3 |
0.8 |
82.1 | 873 |
| 3 |
5.6* |
6.2* |
1.9* |
2.7* |
0.2 |
2.9 |
0.2 |
0.4 |
1.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
1.0 |
3.9 |
1.2 |
72.5 | 519 |
| B |
27.7* |
39.6* |
4.3* |
3.6* |
0.4 |
1.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
1.1 |
0.4 |
-- |
20.9 | 278 |
| A |
22.2* |
41.7* |
13.9* |
19.4* |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
1.0* |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
93.0 | 100 |
| E |
0.5 |
8.3* |
2.5 |
3.4* |
0.5 |
6.9 |
0.5 |
1.0 |
2.9 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
2.5 |
9.8* |
2.5 |
58.3 | 204 |
| M |
1.6* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
97.7 | 254 |
| |
| Basepair (279:370)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.5* |
2.4* |
1.8* |
4.0* |
0.7 |
1.3 |
0.3 |
1.4 |
0.2 |
1.5 |
0.2 |
0.2 |
0.6 |
0.7 |
0.3 |
3.3 |
80.6 | 872 |
| 3 |
0.8* |
3.7* |
3.1* |
6.8* |
1.0 |
1.9 |
-- |
1.7 |
0.4 |
2.5 |
0.2 |
0.4 |
1.0 |
1.2 |
0.4 |
4.6 |
70.5 | 518 |
| B |
6.1* |
7.6* |
18.0* |
42.4* |
5.4 |
1.1 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
0.4 |
0.7 |
-- |
17.3 | 278 |
| A |
11.1* |
52.8* |
8.3* |
22.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
2.0* |
2.0 |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
2.0* |
90.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
3.4 |
4.4 |
2.5 |
3.4 |
-- |
4.4* |
0.5 |
6.4* |
0.5 |
1.0 |
0.5 |
2.5* |
1.0 |
11.8* |
57.7 | 203 |
| M |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2* |
97.3 | 254 |
| |
| Basepair (280:369)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.5* |
2.2* |
1.1 |
1.0 |
2.9 |
0.3 |
0.5* |
0.3 |
1.3 |
0.3 |
3.8 |
0.2 |
0.1 |
0.5 |
1.3 |
1.8* |
76.7 | 871 |
| 3 |
9.3* |
3.5* |
1.4 |
1.2 |
4.1 |
0.4 |
0.6* |
0.4 |
2.1 |
0.6 |
6.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
2.1 |
2.9* |
64.4 | 517 |
| B |
28.4* |
19.4* |
21.6* |
7.2* |
4.7 |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
15.6 | 278 |
| A |
44.4* |
41.7* |
8.3* |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
1.0 |
2.0* |
2.0* |
1.0 |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0* |
-- |
-- |
90.0 | 100 |
| E |
7.4 |
1.5 |
1.0* |
2.5 |
4.4* |
-- |
1.5 |
1.0 |
5.4* |
1.0 |
16.3* |
0.5 |
-- |
1.0 |
5.4 |
3.4 |
48.0 | 203 |
| M |
-- |
-- |
0.4* |
0.4 |
1.2* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
96.9 | 254 |
| |
| Basepair (281:368)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.3* |
3.8* |
4.7* |
0.2* |
0.3 |
2.2 |
1.3 |
1.9 |
0.6 |
0.8 |
1.3 |
0.5 |
0.8 |
0.1 |
0.7 |
2.6 |
76.1 | 873 |
| 3 |
2.9 |
6.2* |
7.5* |
0.4 |
0.4* |
3.5 |
1.7 |
3.1* |
1.0 |
1.2 |
2.1 |
0.8 |
1.3 |
0.2 |
1.2 |
3.9 |
62.8 | 519 |
| B |
6.9* |
26.4* |
26.7* |
18.8* |
0.4 |
5.1 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.4 |
14.1 | 277 |
| A |
33.3* |
30.6* |
8.3* |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
5.6 |
-- |
13.9 |
-- |
-- | 36 |
| C |
1.0* |
1.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
91.0 | 100 |
| E |
0.5 |
3.4* |
15.7* |
0.5 |
1.0* |
-- |
3.4 |
7.8* |
1.0 |
2.9 |
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2.0 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
21.0* |
2.0* |
2.0* |
68.0* |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
5.0* |
8.2* |
5.0* |
12.3* |
11.4 |
1.8 |
0.5 |
0.5 |
0.5 |
0.9 |
3.6 |
2.7 |
1.4 |
0.9 |
0.9 |
1.8 |
42.6 | 220 |
| M |
-- |
1.6* |
2.8* |
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-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
1.2 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.4 |
0.8 |
91.0 | 254 |
| |
| Basepair (302:349)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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19.5* |
7.7* |
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8.8 |
1.2 |
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0.3 |
0.1 |
0.3 |
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1.2 |
0.6 |
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| 3 |
11.4* |
19.3* |
8.6* |
11.8* |
-- |
13.3 |
2.1 |
1.1 |
0.6 |
-- |
0.6 |
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1.5 |
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23.4* |
7.6* |
19.8* |
-- |
22.3 |
4.0 |
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0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 278 |
| A |
2.8* |
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11.1* |
11.1* |
-- |
11.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- | 36 |
| C |
1.0* |
70.0* |
14.0* |
7.0* |
-- |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
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1.8* |
-- |
2.3 |
-- |
1.4 |
0.5 |
-- |
1.4 |
3.6 |
8.6 |
0.9 |
3.6 |
1.8 |
56.1 | 220 |
| M |
-- |
-- |
3.1* |
2.0* |
0.4 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.4* |
1.2 |
-- |
91.4 | 254 |
| |
| Basepair (303:348)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
99.5 | 940 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
99.1 | 583 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
11.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8* |
86.1 | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 220 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 254 |
| |
| Basepair (304:347)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
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| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.7* |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.6* |
-- |
-- |
-- |
2.2 | 279 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
91.0 |
-- |
-- |
-- |
3.0 | 100 |
| E |
1.8 |
6.4 |
11.9* |
8.2* |
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| M |
-- |
-- |
-- |
1.6* |
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-- |
3.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
3.5* |
-- |
-- |
-- |
91.0 | 254 |
| |
| Basepair (306:345)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
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| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
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-- |
0.3* |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
0.6* |
-- |
0.2* |
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-- |
-- |
1.0 | 534 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
0.4 | 278 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
94.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
3.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
0.5 |
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-- |
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-- |
1.4* |
-- |
0.5* |
1.4 |
-- |
-- |
1.8 | 220 |
| M |
-- |
-- |
0.4* |
0.4 |
0.4* |
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0.8 |
-- |
5.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
90.6 | 254 |
| |
| Basepair (307:323)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
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| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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12.2* |
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0.2 |
0.2 |
0.6 |
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-- |
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-- |
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-- |
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2.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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2.8* |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
71.0* |
2.0* |
7.0* |
12.0* |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
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| E |
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0.9 |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
1.8 |
0.9 |
-- |
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| M |
-- |
0.8* |
2.0* |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
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0.4 |
91.0 | 254 |
| |
| Basepair (309:322)
|
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| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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5.1* |
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1.2 |
0.1 |
0.7 |
0.1 |
0.1 |
-- |
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0.1 |
0.1 |
-- |
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24.7* |
3.9* |
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1.5 |
1.9 |
-- |
0.4 |
-- |
0.2 |
-- |
1.3 |
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-- |
0.2 |
-- |
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35.3* |
6.1* |
11.9* |
0.4 |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 278 |
| A |
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-- |
-- |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
83.0* |
10.0* |
2.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
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-- |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
3.2 |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
81.8 | 220 |
| M |
0.4* |
0.4* |
2.4* |
3.5* |
0.4 |
-- |
0.4 |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.0 | 254 |
| |
| Basepair (310:321)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
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| CU
| GA
| GG
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| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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11.5* |
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0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
1.4 |
0.2 |
0.2 |
1.9 |
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| 3 |
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18.0* |
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0.6 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
2.3 |
0.4 |
0.4 |
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38.8* |
5.8* |
14.0* |
32.0* |
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1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
0.7 | 278 |
| A |
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25.0* |
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-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- | 36 |
| C |
7.0* |
-- |
3.0* |
84.0* |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
14.2* |
36.1* |
20.1* |
3.2* |
1.8 |
6.4 |
0.5 |
1.4 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
5.5 |
0.9 |
0.9 |
-- |
8.2 | 219 |
| M |
2.8* |
-- |
2.0* |
3.1* |
-- |
0.8 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
90.6 | 254 |
| |
| Basepair (311:320)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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7.8* |
8.1* |
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10.6 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 |
7.9 |
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| 3 |
12.4* |
32.3* |
10.7 |
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0.6 |
17.5 |
0.2* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.6 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
21.5 |
-- | 279 |
| A |
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5.6* |
2.8* |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- | 36 |
| C |
87.0* |
1.0* |
3.0* |
5.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
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46.5* |
18.0* |
17.5* |
0.5 |
4.1 |
0.5 |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
3.7 |
0.5 | 217 |
| M |
0.4* |
1.6* |
3.5* |
2.4* |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.3 | 254 |
| |
| Basepair (312:319)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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10.2* |
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5.9 |
0.1 |
0.2 |
2.4 |
1.0 |
7.3 |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 |
1.5 |
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| 3 |
4.1* |
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12.0* |
2.8* |
0.2 |
7.9 |
0.2 |
0.2 |
3.9 |
1.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
0.2 | 534 |
| B |
-- |
71.9* |
5.8* |
-- |
-- |
12.6 |
-- |
-- |
7.6 |
1.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 278 |
| A |
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13.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
3.0 |
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-- |
-- |
8.0 |
-- |
1.0 |
-- |
3.0 |
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-- |
-- |
4.0 |
2.0 |
2.0 | 100 |
| E |
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0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.0 |
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| M |
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-- |
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0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.3 | 254 |
| |
| Basepair (313:317)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.3 |
52.2* |
-- |
0.1 |
1.2 |
3.3 |
0.2* |
-- |
6.3 |
-- |
0.2* |
2.0 |
1.5* |
-- |
4.9 |
27.7 | 889 |
| 3 |
-- |
0.6 |
69.2* |
-- |
0.2 |
0.4 |
4.9 |
0.2* |
-- |
9.7 |
-- |
0.4* |
2.8 |
2.2* |
-- |
7.9 |
1.7 | 535 |
| B |
-- |
-- |
94.6 |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.6 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 279 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
78.0* |
-- |
-- |
9.0 |
1.0 |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
3.0 |
1.0* |
-- |
2.0 |
2.0 | 100 |
| E |
-- |
1.4 |
31.8* |
-- |
0.5 |
0.9 |
10.0 |
0.5* |
-- |
23.6 |
-- |
0.9* |
2.3 |
5.5* |
-- |
19.1 |
3.8 | 220 |
| M |
-- |
-- |
6.3* |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.6 | 254 |
| |
Last generated : Mon Jul 1 2002 (8 : 31)