Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (9 of 60)
| Basepair (314:337)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
0.1 |
1.6 |
-- |
0.3 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
1.0 |
0.2* |
0.2 |
52.0* |
-- |
1.1 |
5.6* |
36.8 | 888 |
| 3 |
0.2 |
0.2 |
2.1 |
-- |
0.6 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
1.7 |
0.4* |
0.4 |
82.4* |
-- |
1.9 |
8.8* |
0.7 | 534 |
| B |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
95.0 |
-- |
-- |
-- |
1.4 | 278 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.0 |
-- |
-- |
-- |
92.0 | 100 |
| E |
0.5 |
0.5 |
4.1 |
-- |
1.4 |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
0.5 |
0.9* |
0.9 |
63.6* |
-- |
4.5 |
21.4* |
-- | 220 |
| M |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.9* |
-- |
-- |
1.2* |
91.0 | 254 |
| |
| Basepair (315:336)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
0.3 |
0.8* |
1.1* |
1.1 |
1.3 |
0.7 |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
8.0 |
58.2* |
-- |
0.8 |
26.2 | 889 |
| 3 |
-- |
0.6 |
1.3* |
1.3* |
1.1 |
1.9 |
0.4 |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
12.9 |
77.6* |
-- |
1.1 |
0.2 | 535 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.7* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
24.4 |
74.2* |
-- |
-- |
0.4 | 279 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.3 |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
4.0 |
-- |
2.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
87.0* |
-- |
1.0* |
2.0 | 100 |
| E |
-- |
1.4 |
3.2* |
2.3* |
0.9 |
4.5 |
0.9 |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
80.9* |
-- |
2.7 |
-- | 220 |
| M |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.8 |
0.8* |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.9* |
-- |
-- |
90.6 | 254 |
| |
| Basepair (316:1314)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.4 |
-- |
0.2 |
13.4 |
0.9 |
0.1 |
6.0 |
4.2 |
36.3* |
0.4 |
-- |
0.1* |
4.4* |
3.2 |
-- |
-- |
30.2 | 801 |
| 3 |
0.2 |
-- |
-- |
23.0 |
1.3 |
-- |
17.0 |
8.9 |
34.0* |
-- |
-- |
0.7* |
8.9* |
4.5 |
-- |
0.7 |
0.6 | 447 |
| B |
0.4 |
-- |
-- |
19.7 |
0.4 |
-- |
2.1 |
4.7 |
50.6* |
-- |
-- |
-- |
14.2* |
6.9 |
-- |
-- |
0.8 | 233 |
| A |
-- |
-- |
-- |
75.0 |
-- |
-- |
5.6 |
19.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
11.0 |
2.0* |
-- |
1.0 |
-- |
84.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
16.3 |
2.8* |
-- |
37.6* |
11.8 |
21.3 |
-- |
-- |
1.7 |
3.9 |
2.2 |
-- |
1.7 |
0.6 | 178 |
| M |
-- |
-- |
-- |
3.9* |
0.4 |
-- |
1.2 |
-- |
2.4 |
0.4* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
91.3 | 254 |
| |
| Basepair (324:341)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
34.2* |
3.9* |
2.0* |
27.9* |
4.6 |
0.8 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
25.5 | 890 |
| 3 |
52.8* |
6.5* |
3.4* |
27.4* |
7.1 |
1.3 |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
0.7 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 536 |
| B |
57.8* |
0.4* |
-- |
38.7* |
2.5 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
80.6* |
-- |
-- |
11.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
6.0* |
-- |
-- |
90.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
3.0 | 100 |
| E |
42.2* |
15.6* |
8.3* |
15.1* |
14.2 |
2.8 |
-- |
0.5 |
0.9 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 218 |
| M |
5.9* |
-- |
-- |
4.3* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
88.2 | 254 |
| |
| Basepair (325:340)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.8* |
56.1* |
9.8* |
1.8* |
0.2 |
3.0 |
0.7 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
25.4 | 890 |
| 3 |
3.0* |
71.3* |
15.7* |
2.6* |
0.4 |
4.9 |
0.6 |
-- |
0.2 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.2 | 536 |
| B |
3.2* |
82.2* |
6.8* |
1.8* |
-- |
6.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 281 |
| A |
5.6* |
80.6* |
13.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
92.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
2.3* |
56.2* |
26.9* |
4.1* |
0.9 |
4.1 |
1.4 |
-- |
0.5 |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
0.5 | 219 |
| M |
-- |
9.8* |
0.4* |
0.8* |
-- |
0.4 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
87.8 | 254 |
| |
| Basepair (326:330)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.2* |
59.5* |
0.6* |
0.4* |
0.1 |
2.6 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
25.7 | 893 |
| 3 |
16.3* |
77.4* |
0.7* |
0.2* |
0.2 |
3.2 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 | 539 |
| B |
27.7* |
68.4* |
-- |
-- |
0.4 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
0.7 |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
19.4* |
77.8* |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
3.0* |
94.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
1.8* |
88.2* |
1.8* |
0.5* |
-- |
5.0 |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 | 221 |
| M |
-- |
7.9* |
0.4* |
1.2* |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
88.2 | 254 |
| |
| Basepair (329:346)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
68.2 |
5.3 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
25.2 | 892 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
89.6 |
8.6 |
-- |
0.2 |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- | 538 |
| B |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
75.0 |
20.5 |
-- |
0.5 |
0.9 |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- | 220 |
| M |
-- |
-- |
-- |
11.0 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
87.8 | 254 |
| |
| Basepair (331:345)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2* |
3.1 |
-- |
1.6 |
-- |
3.4 |
0.6 |
0.4 |
61.1* |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
3.5 |
-- |
-- |
25.6 | 891 |
| 3 |
0.4* |
5.2 |
-- |
2.4 |
-- |
4.7 |
0.4 |
0.7 |
79.7* |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
0.2 | 537 |
| B |
-- |
9.2 |
-- |
0.4 |
-- |
8.2 |
-- |
-- |
72.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.9 |
-- |
-- |
0.4 | 282 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
94.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 | 100 |
| E |
0.9* |
0.9 |
-- |
5.5 |
-- |
0.9 |
0.9 |
0.9 |
87.2* |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- | 219 |
| M |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
2.0 |
1.2 |
-- |
7.5* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
88.2 | 254 |
| |
| Basepair (332:344)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
44.5* |
4.7* |
8.0* |
11.9* |
2.0 |
0.2 |
1.7 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
25.7 | 892 |
| 3 |
71.4* |
7.2* |
0.4* |
13.4* |
3.3 |
0.2 |
2.0 |
0.2 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.7 | 538 |
| B |
64.9* |
6.7* |
-- |
22.7* |
4.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 | 282 |
| A |
97.2* |
-- |
-- |
2.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
6.0* |
3.0* |
68.0* |
15.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
3.0 | 100 |
| E |
75.5* |
9.1* |
0.9 |
3.2 |
2.7 |
0.5 |
5.0* |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
1.4 | 220 |
| M |
2.8* |
-- |
0.4* |
7.5* |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
87.8 | 254 |
| |
| Basepair (333:343)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
68.7* |
0.7* |
0.8* |
4.1* |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
25.3 | 892 |
| 3 |
92.0* |
1.1* |
0.7* |
5.9* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 538 |
| B |
94.7* |
1.4* |
-- |
3.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
91.0* |
-- |
1.0* |
4.0* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
87.3* |
0.9* |
1.8* |
9.5* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 220 |
| M |
10.6* |
-- |
0.8* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
88.2 | 254 |
| |
| Basepair (334:342)
|
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| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
71.9* |
0.2* |
-- |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
25.6 | 892 |
| 3 |
96.1* |
0.4* |
-- |
2.6* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.6 | 538 |
| B |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 282 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
96.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 | 100 |
| E |
91.4* |
0.9* |
-- |
6.4* |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
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| M |
11.0* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
87.8 | 254 |
| |
| Basepair (335:339)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
0.2* |
72.0* |
0.1* |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
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| 3 |
-- |
0.4* |
98.1* |
0.2 |
0.2* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.4 | 538 |
| B |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
89.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
8.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
-- |
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95.9* |
0.5 |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
0.9 | 220 |
| M |
0.4* |
-- |
9.8* |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
0.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
87.8 | 254 |
| |
| Basepair (380:408)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
74.3 |
0.1 |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
24.8 | 895 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 540 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 282 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.3 |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 221 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
11.8 |
0.4 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.9 | 255 |
| |
| Basepair (382:407)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
74.4* |
0.1* |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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0.1 |
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-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- | 540 |
| B |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- | 221 |
| M |
-- |
-- |
11.8* |
0.4* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
0.4 |
85.1 | 255 |
| |
| Basepair (383:406)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
1.2 |
1.3 |
53.1* |
10.4* |
2.1 |
6.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
24.5 | 894 |
| 3 |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
2.0 |
65.1* |
17.3* |
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11.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 539 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 281 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
-- |
0.5 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
5.0 |
15.4* |
41.6* |
8.6 |
27.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 221 |
| M |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
3.5 |
0.4 |
10.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.1 | 255 |
| |
| Basepair (384:405)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
19.1 |
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0.7* |
4.7 |
37.8* |
0.3 |
-- |
0.2* |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
24.5 | 894 |
| 3 |
31.5 |
19.9* |
0.2* |
2.4 |
44.7* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 | 539 |
| B |
1.8 |
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0.4* |
3.6 |
65.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 281 |
| A |
13.5 |
64.9* |
-- |
-- |
16.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
1.0* |
5.0 |
94.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
72.4* |
1.4* |
-- |
0.9* |
24.0 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 221 |
| M |
0.4* |
0.8* |
1.6* |
9.4* |
1.2 |
1.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.1 | 255 |
| |
| Basepair (385:404)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
31.8* |
23.0* |
3.5* |
9.9* |
6.1 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
24.3 | 895 |
| 3 |
52.0* |
21.5* |
2.6* |
11.5* |
10.2 |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 | 540 |
| B |
68.4* |
17.0* |
0.4* |
3.2* |
10.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 282 |
| A |
-- |
94.6 |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
89.0* |
9.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
39.8* |
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5.9* |
24.0* |
11.3 |
3.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- | 221 |
| M |
1.6* |
0.4* |
3.1* |
9.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.1 | 255 |
| |
| Basepair (386:403)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
22.9* |
1.6* |
2.3* |
25.9* |
22.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
24.3 | 895 |
| 3 |
37.8* |
1.9* |
2.4* |
20.6* |
37.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 | 540 |
| B |
2.8 |
2.1* |
3.2* |
26.2 |
65.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 282 |
| A |
48.6* |
2.7* |
5.4* |
43.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
2.0* |
3.0* |
93.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
| E |
80.1* |
1.4* |
0.9* |
9.5* |
7.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- | 221 |
| M |
0.4* |
0.8* |
2.0* |
11.0* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.1 | 255 |
| |
| Basepair (387:402)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.2* |
38.0* |
1.2* |
1.1* |
0.9 |
32.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
24.3 | 894 |
| 3 |
2.0* |
59.9* |
1.1* |
0.4* |
1.3 |
35.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- | 539 |
| B |
3.2* |
96.1* |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 281 |
| A |
5.4 |
27.0 |
-- |
-- |
18.9* |
48.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
4.0 |
-- |
3.0* |
-- |
91.0* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
19.9 |
2.7 |
0.9* |
-- |
76.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- | 221 |
| M |
-- |
5.1* |
2.0* |
2.0* |
0.4 |
3.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.1 | 255 |
| |
| Basepair (388:401)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
21.9* |
4.0* |
27.7* |
3.9* |
16.4 |
0.7 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
24.5 | 891 |
| 3 |
17.9 |
6.5* |
44.2* |
5.0 |
24.1* |
0.7 |
0.6 |
0.2* |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 536 |
| B |
26.3 |
7.8* |
18.1* |
-- |
45.9* |
-- |
1.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 281 |
| A |
59.5* |
35.1* |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
94.0* |
-- |
3.0* |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
84.9* |
12.4* |
0.5 |
0.9 |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- | 218 |
| M |
2.0 |
0.4* |
2.7* |
2.0 |
6.7* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.5 | 255 |
| |
| Basepair (389:400)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
54.6* |
5.4* |
1.7* |
10.4* |
2.9 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
24.6 | 893 |
| 3 |
71.7* |
7.6* |
1.5* |
14.1* |
4.6 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- | 538 |
| B |
66.3* |
0.4* |
0.7* |
25.5* |
7.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
45.9* |
48.6* |
-- |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
96.0* |
-- |
-- |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
83.1* |
10.0* |
2.7* |
1.8* |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- | 219 |
| M |
2.4* |
2.7* |
2.7* |
5.1* |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
86.3 | 255 |
| |
| Basepair (390:399)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
37.7* |
9.5 |
1.5 |
10.5* |
0.1 |
15.1* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
25.0 | 894 |
| 3 |
44.0* |
15.4 |
1.7 |
13.5* |
-- |
25.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- | 539 |
| B |
78.6* |
0.7* |
-- |
20.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 281 |
| A |
43.2* |
48.6* |
-- |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
89.0* |
-- |
1.0* |
8.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
0.5* |
28.5 |
4.1 |
5.4* |
-- |
60.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- | 221 |
| M |
4.3* |
0.8* |
1.2* |
5.1* |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
87.5 | 255 |
| |
| Basepair (391:398)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4* |
0.1 |
-- |
-- |
41.6* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
56.7 | 895 |
| 3 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
50.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
48.2 | 540 |
| B |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.4* |
-- |
-- |
-- |
96.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 | 282 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
97.2 | 37 |
| C |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.2 | 221 |
| M |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
95.8 | 255 |
| |
Last generated : Mon Jul 1 2002 (8 : 31)