Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (11 of 60)
| Basepair (481:485)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
63.0 |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 |
-- |
-- |
8.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
27.9 | 895 |
| 3 |
-- |
-- |
82.0 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
13.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
4.1 | 539 |
| B |
-- |
-- |
73.5 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
25.8 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
89.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.0 | 219 |
| M |
-- |
-- |
9.8 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
89.1 | 256 |
| |
| Basepair (482:486)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.4 |
-- |
2.3 |
-- |
0.6 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
65.4* |
0.2 |
-- |
0.2* |
30.1 | 895 |
| 3 |
-- |
-- |
3.7 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
88.5 |
-- |
-- |
-- |
7.5 | 539 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
2.0 |
-- |
1.0 |
-- |
5.0 |
-- |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0* |
2.0 |
-- |
2.0* |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
9.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
72.6 |
-- |
-- |
-- |
18.3 | 219 |
| M |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
89.4 | 256 |
| |
| Basepair (485:509)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
70.5 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
28.2 | 895 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
94.6 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.1 | 539 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
87.2 |
0.9 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.0 | 219 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.6 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
90.3 | 256 |
| |
| Basepair (486:511)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.8 |
0.2 |
-- |
-- |
69.7 |
-- |
0.3 |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
28.3 | 895 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
95.4 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.3 | 539 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
7.0 |
-- |
-- |
-- |
87.0 |
-- |
2.0 |
2.0 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.0 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.5 | 219 |
| M |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
9.0 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.9 | 256 |
| |
| Basepair (487:512)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
69.8* |
-- |
-- |
28.0 | 895 |
| 3 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
94.8 |
-- |
-- |
4.1 | 539 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
94.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
87.7 |
-- |
-- |
10.0 | 219 |
| M |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
7.8* |
-- |
-- |
89.5 | 256 |
| |
| Basepair (487:515)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
65.8* |
-- |
-- |
0.2* |
4.0 |
-- |
0.1 |
0.8 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
28.5 | 895 |
| 3 |
90.2 |
-- |
-- |
-- |
4.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
4.8 | 539 |
| B |
92.6 |
-- |
-- |
-- |
5.3 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.4 | 283 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
87.0* |
-- |
-- |
1.0* |
6.0 |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
85.8 |
-- |
-- |
-- |
3.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
10.1 | 219 |
| M |
6.2* |
-- |
-- |
0.4 |
2.3 |
-- |
0.4* |
1.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
88.8 | 256 |
| |
| Basepair (489:503)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
1.7 |
1.1 |
0.2 |
-- |
59.6* |
0.7 |
6.2 |
-- |
-- |
0.6* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
29.7 | 892 |
| 3 |
-- |
-- |
2.2 |
1.9 |
0.4 |
-- |
78.9* |
1.1 |
9.7 |
-- |
-- |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.8 | 536 |
| B |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.7 |
-- |
96.8* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 280 |
| A |
-- |
-- |
-- |
10.8 |
-- |
-- |
18.9 |
-- |
59.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.8 | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
5.0 |
2.7 |
-- |
-- |
66.2 |
2.7 |
13.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.0 | 219 |
| M |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
3.5 |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
93.9 | 256 |
| |
| Basepair (490:502)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3* |
64.0* |
1.0* |
1.2* |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
1.2 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
29.8 | 892 |
| 3 |
-- |
89.9* |
0.2 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
2.1 |
0.7 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.9* |
5.0 | 536 |
| B |
-- |
95.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.7 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8* |
1.8 | 280 |
| A |
-- |
78.4* |
-- |
5.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
13.5 |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
82.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
10.0 | 100 |
| E |
-- |
85.4* |
0.5* |
-- |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
0.9 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.0 | 219 |
| M |
1.2* |
2.7* |
2.3* |
3.5* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
89.5 | 256 |
| |
| Basepair (490:504)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2* |
66.3* |
0.6* |
0.1* |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
0.7 |
0.8 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
29.5 | 892 |
| 3 |
0.4* |
91.6* |
0.9* |
0.2* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
1.3 |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.5 | 536 |
| B |
-- |
97.5* |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 280 |
| A |
-- |
91.9* |
-- |
2.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
-- |
94.0 |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
0.9* |
84.0* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
3.2 |
0.9 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.0 | 219 |
| M |
-- |
2.3* |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
1.2 |
0.4* |
-- |
93.4 | 256 |
| |
| Basepair (491:501)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.4* |
46.6* |
22.8* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
28.4 | 892 |
| 3 |
0.6* |
58.4* |
35.8* |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.3 | 536 |
| B |
-- |
96.8* |
2.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 280 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
92.0* |
1.0* |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.0 | 100 |
| E |
1.4* |
2.7* |
83.6* |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.0 | 219 |
| M |
0.4* |
4.3* |
3.9* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
88.7 | 256 |
| |
| Basepair (492:500)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.5* |
48.3* |
1.9* |
0.2* |
-- |
18.0 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
28.9 | 893 |
| 3 |
3.5* |
60.5* |
1.1* |
-- |
-- |
29.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.2 | 537 |
| B |
6.8* |
90.4* |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 | 281 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
92.0* |
4.0* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
-- |
16.0 |
1.8 |
-- |
-- |
72.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.0 | 219 |
| M |
1.2* |
5.5* |
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0.8* |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
89.1 | 256 |
| |
| Basepair (493:499)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
37.5* |
28.3* |
2.2* |
-- |
0.8 |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
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0.2* |
44.6* |
43.4* |
3.4* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
6.6 | 534 |
| B |
0.4* |
72.4* |
17.9* |
4.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
4.3 | 279 |
| A |
-- |
80.6* |
2.8* |
-- |
-- |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 | 36 |
| C |
-- |
89.0* |
9.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
-- |
3.7* |
82.2* |
2.7* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.0 | 219 |
| M |
-- |
2.7* |
4.3* |
0.8* |
-- |
1.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
90.2 | 256 |
| |
| Basepair (494:498)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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0.1 |
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-- |
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0.2 |
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-- |
1.3 |
-- |
1.3 |
-- |
0.2* |
1.1 |
0.2 |
-- |
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1.3* |
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| B |
-- |
-- |
22.4 |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
73.3* |
0.7 |
0.7* |
-- |
0.7 | 281 |
| A |
-- |
-- |
11.1 |
-- |
-- |
-- |
8.3 |
-- |
-- |
8.3 |
-- |
-- |
33.3* |
25.0 |
11.1* |
-- |
2.8 | 36 |
| C |
-- |
-- |
23.0* |
-- |
1.0* |
3.0 |
3.0 |
3.0 |
-- |
17.0 |
9.0* |
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1.0 |
2.0 |
11.0 |
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| E |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
0.5* |
0.5 |
0.5* |
-- |
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15.1 |
0.5 |
1.4* |
10.0 | 219 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
1.2* |
95.8 | 256 |
| |
| Basepair (504:512)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
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0.1* |
-- |
1.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
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-- |
-- |
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| 3 |
0.6 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
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0.2* |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
91.7* |
-- |
-- |
4.3 | 539 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.2 |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.6 |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
97.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
1.4 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5* |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
82.6* |
-- |
-- |
10.0 | 219 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
0.8 |
6.2* |
-- |
-- |
91.8 | 256 |
| |
| Basepair (505:509)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
69.4* |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.9 |
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-- |
0.1 |
0.1* |
-- |
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| 3 |
-- |
0.2 |
92.9* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
0.4* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
4.3 | 539 |
| B |
-- |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 283 |
| A |
-- |
-- |
89.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
0.5 |
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-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
10.0 | 219 |
| M |
-- |
-- |
7.8* |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
91.1 | 256 |
| |
| Basepair (506:511)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
13.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1* |
4.1 |
-- |
-- |
53.9* |
0.2 |
-- |
-- |
27.9 | 895 |
| 3 |
-- |
-- |
21.3 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2* |
6.9 |
-- |
-- |
67.2* |
-- |
-- |
-- |
4.1 | 539 |
| B |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
97.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.3 |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
49.3* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5* |
16.0 |
-- |
-- |
23.7 |
-- |
-- |
-- |
10.0 | 219 |
| M |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
0.4 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.6 |
-- |
-- |
-- |
89.1 | 256 |
| |
| Basepair (521:1364)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.9 |
0.8* |
-- |
-- |
0.1 |
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57.4* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
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-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
18.6 |
0.5 |
78.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
0.2 | 442 |
| B |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
32.9 |
-- |
66.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 237 |
| A |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
91.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
94.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
92.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
0.6 | 168 |
| M |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
0.4* |
9.4* |
-- |
6.2 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
80.4 | 256 |
| |
| Basepair (535:2082)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3 |
-- |
1.9* |
46.9* |
-- |
0.4 |
24.2 |
1.0 |
0.5 |
1.4 |
-- |
-- |
0.5 |
2.7* |
-- |
0.5 |
19.5 | 774 |
| 3 |
0.2 |
-- |
2.4* |
54.7* |
-- |
-- |
0.7 |
1.9 |
-- |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
5.0* |
-- |
1.0 |
31.9 | 419 |
| B |
-- |
-- |
0.4* |
98.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 232 |
| A |
-- |
-- |
18.9* |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
2.7* |
-- |
16.2 |
-- |
-- |
-- |
56.8* |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 | 100 |
| E |
0.7 |
-- |
1.3 |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 |
4.7* |
-- |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7* |
87.4 | 150 |
| M |
0.4* |
-- |
2.0 |
14.5 |
-- |
1.2* |
72.5* |
-- |
1.6 |
0.8 |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
5.5 | 255 |
| |
| Basepair (537:2059)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.4* |
57.3* |
8.6 |
3.7 |
1.0 |
1.3 |
20.1* |
-- |
0.4 |
0.8 |
0.6 |
0.1 |
1.0 |
0.4 |
-- |
0.1* |
1.9 | 776 |
| 3 |
4.0* |
36.6* |
11.9 |
5.0 |
1.9 |
1.9 |
34.0* |
-- |
0.5 |
0.7 |
1.0 |
-- |
1.4 |
0.5 |
-- |
-- |
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| B |
1.7* |
64.1* |
20.9* |
8.5* |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 234 |
| A |
32.4* |
10.8* |
2.7 |
2.7 |
21.6 |
2.7 |
8.1* |
-- |
-- |
2.7 |
10.8 |
-- |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
97.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.7* |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.7* |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
3.3 |
-- |
-- |
-- |
1.3 | 150 |
| M |
0.8* |
76.1* |
5.9* |
3.1* |
-- |
0.8 |
4.7 |
-- |
0.4 |
1.2 |
0.4 |
0.4 |
0.8 |
0.4 |
-- |
0.4 |
4.7 | 255 |
| |
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