Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (13 of 60)
| Basepair (580:1110)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.8 |
0.5 |
4.9 |
4.8 |
1.9 |
3.4 |
13.4* |
6.1 |
11.3 |
1.1 |
9.4* |
7.3 |
1.7 |
8.7* |
2.3 |
4.1* |
17.2 | 831 |
| 3 |
3.0 |
0.6 |
6.4 |
6.6 |
3.4 |
4.5 |
16.8* |
9.4 |
13.0 |
0.2 |
5.7* |
0.4 |
2.3 |
10.0* |
2.8 |
6.6* |
8.3 | 470 |
| B |
5.0 |
0.4 |
-- |
10.9 |
5.9 |
4.2 |
28.2* |
16.8 |
5.9 |
-- |
1.3 |
-- |
0.8 |
8.8* |
5.0* |
2.1 |
4.6 | 238 |
| A |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
2.8 |
8.3 |
80.6* |
-- |
-- |
2.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
1.0 |
2.0 |
-- |
-- |
5.0 |
16.0 |
-- |
32.0* |
-- |
-- |
-- |
2.0* |
25.0 |
-- |
-- |
17.0 | 100 |
| E |
9.2* |
0.5* |
7.7* |
2.6* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
2.6 |
1.0 |
1.5 |
4.1 |
2.6 |
1.5 |
2.6 |
63.3 | 196 |
| M |
0.4 |
-- |
3.4 |
3.4 |
-- |
0.8 |
6.1* |
2.7 |
0.4 |
3.1 |
19.5 |
22.6* |
0.4 |
-- |
2.3* |
1.1 |
33.7 | 261 |
| |
| Basepair (604:607)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
1.2 |
-- |
0.2 |
96.1 | 936 |
| 3 |
-- |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
2.8* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.9 |
-- |
0.3 |
93.7 | 572 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 327 |
| A |
-- |
-- |
5.4* |
-- |
-- |
-- |
10.8 |
-- |
43.2* |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
29.7 |
-- |
5.4 |
2.7 | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 103 |
| E |
0.5 |
1.4 |
9.1* |
5.8* |
1.9 |
1.9 |
0.5 |
0.5 |
0.5 |
-- |
5.3* |
1.9 |
1.4 |
1.0* |
1.9 |
0.5 |
65.8 | 208 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 261 |
| |
| Basepair (620:635)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
24.0* |
1.5 |
-- |
-- |
1.6 |
17.3 |
-- |
21.9 |
-- |
-- |
-- |
32.2* |
0.1 |
-- |
-- |
1.4 | 889 |
| 3 |
-- |
40.4* |
0.8 |
-- |
-- |
2.5 |
1.7 |
-- |
18.4 |
-- |
-- |
-- |
35.9* |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 527 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
32.2* |
-- |
-- |
-- |
66.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
-- |
43.2* |
-- |
-- |
-- |
21.6 |
16.2* |
-- |
16.2 |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
92.0* |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
94.7* |
1.9* |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 207 |
| M |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
0.4* |
54.2* |
-- |
37.0 |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
4.6 | 262 |
| |
| Basepair (621:634)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
97.6* |
0.2* |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 889 |
| 3 |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 527 |
| B |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| M |
0.4* |
92.7* |
0.8* |
0.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.2 | 262 |
| |
| Basepair (622:633)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
27.3* |
2.1 |
0.1* |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
65.8* |
-- |
-- |
1.5 |
0.3 |
1.2 | 889 |
| 3 |
45.7* |
-- |
-- |
0.4 |
0.8 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.2 |
-- |
50.1* |
-- |
-- |
1.9 |
0.4 |
-- | 527 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
93.3* |
-- |
-- |
3.5* |
0.7 |
-- | 283 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
2.0 |
1.0* |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
98.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| M |
0.8 |
6.5 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
86.6* |
-- |
-- |
1.1* |
0.4 |
4.2 | 262 |
| |
| Basepair (623:632)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
98.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 888 |
| 3 |
-- |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 526 |
| B |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| M |
-- |
-- |
95.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.2 | 262 |
| |
| Basepair (624:628)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
5.2 |
0.1* |
-- |
-- |
0.8 |
0.5 |
-- |
25.5* |
0.5 |
-- |
11.4 |
-- |
31.4* |
23.1 |
1.4 | 885 |
| 3 |
-- |
0.2 |
8.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
43.2* |
0.6 |
-- |
1.0 |
-- |
14.1 |
31.7* |
-- | 523 |
| B |
-- |
-- |
10.4 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
1.1* |
-- |
1.4* |
-- |
26.5 |
59.5* |
-- | 279 |
| A |
-- |
2.7 |
35.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
59.5 |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5* |
-- | 207 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
77.9* |
14.5 |
5.0 | 262 |
| |
| Basepair (625:627)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
95.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
1.3 | 889 |
| 3 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 527 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
-- |
10.8 |
-- |
-- |
-- |
89.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| M |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
87.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.3 |
-- |
-- |
4.6 | 262 |
| |
| Basepair (626:1081)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
89.1* |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
2.4 |
0.1* |
-- |
0.2 |
-- |
3.0 |
0.6 |
3.9 | 833 |
| 3 |
-- |
-- |
92.4* |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
1.9 |
0.2* |
-- |
0.2 |
-- |
4.7 |
-- |
-- | 471 |
| B |
-- |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
-- |
-- |
80.6 |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
13.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
86.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
11.3 |
-- |
-- | 194 |
| M |
-- |
-- |
79.0 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
4.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
1.1 |
1.9 |
12.6 | 262 |
| |
| Basepair (629:2070)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
0.4 |
4.7 |
1.0 |
89.8* |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
1.6 | 782 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
0.7 |
6.4 |
1.4 |
90.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 421 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
1.3 |
11.1 |
2.6 |
84.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 234 |
| A |
-- |
-- |
-- |
10.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
98.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 150 |
| M |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
3.1 |
0.8 |
86.2* |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
4.2 | 261 |
| |
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