Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (15 of 60)
| Basepair (661:685)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
71.9* |
0.6* |
-- |
0.9* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
25.4 | 884 |
| 3 |
97.9* |
-- |
-- |
0.6* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 | 522 |
| B |
98.9* |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
97.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
96.5* |
-- |
-- |
0.5* |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 202 |
| M |
9.9* |
1.9* |
-- |
1.9* |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
84.8 | 262 |
| |
| Basepair (662:684)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
36.5* |
11.1 |
1.4 |
3.1* |
2.0 |
19.9* |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
25.4 | 883 |
| 3 |
42.6* |
15.2 |
0.4 |
4.4* |
3.5 |
32.8* |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 | 521 |
| B |
75.2* |
18.8* |
-- |
5.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
21.6* |
48.6* |
-- |
5.4* |
2.7 |
21.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
98.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
1.5 |
4.0 |
1.0 |
2.5 |
8.4* |
80.2* |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
1.0 | 202 |
| M |
0.8* |
7.3* |
3.8* |
1.1* |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
84.8 | 262 |
| |
| Basepair (663:683)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.4* |
13.7 |
1.9 |
3.6* |
0.2 |
45.3* |
0.2 |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
26.1 | 883 |
| 3 |
14.2* |
22.6 |
0.8 |
4.6* |
0.2 |
56.0* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 521 |
| B |
-- |
1.4 |
-- |
0.4* |
-- |
98.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
2.7* |
62.2* |
-- |
-- |
-- |
35.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
96.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
36.1* |
45.0* |
2.0* |
10.9* |
0.5 |
1.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 202 |
| M |
-- |
0.4* |
5.0* |
3.1* |
0.4 |
4.6 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
85.9 | 262 |
| |
| Basepair (664:682)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.8 |
1.0 |
52.8* |
4.1* |
1.5 |
3.3 |
3.8 |
1.2 |
0.8 |
0.2 |
0.5* |
-- |
1.0 |
1.6* |
0.3 |
0.2 |
26.8 | 884 |
| 3 |
1.3 |
1.7 |
67.6* |
4.8* |
2.5 |
5.6 |
5.9 |
2.1 |
1.1 |
0.2 |
0.8* |
-- |
1.5 |
2.7* |
0.6 |
-- |
1.6 | 522 |
| B |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
-- |
-- |
97.3 |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
3.5 |
4.5 |
16.8* |
12.4* |
6.4 |
13.9 |
15.3 |
5.4 |
3.0 |
0.5 |
2.0* |
-- |
4.0 |
6.9* |
1.5 |
-- |
4.0 | 202 |
| M |
-- |
-- |
5.3* |
4.2* |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 |
87.5 | 262 |
| |
| Basepair (666:680)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.0 |
4.3 |
2.9* |
2.7 |
3.1* |
2.2 |
0.9 |
1.6 |
50.3* |
-- |
0.2* |
0.2 |
0.1 |
1.1 |
0.5 |
0.5 |
28.3 | 883 |
| 3 |
1.7 |
7.1 |
4.0* |
4.4 |
4.2* |
3.6 |
0.6 |
2.7 |
64.7* |
-- |
0.4* |
0.4 |
-- |
1.7 |
0.8 |
0.8 |
3.0 | 521 |
| B |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
91.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.4 | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
4.5* |
17.9* |
10.0* |
11.4* |
10.9 |
9.5 |
1.0 |
7.0 |
10.9 |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
4.5 |
2.0 |
2.0 |
6.5 | 201 |
| M |
-- |
0.4 |
1.9* |
0.4 |
1.9* |
-- |
1.9 |
-- |
2.7* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
90.1 | 262 |
| |
| Basepair (667:679)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
41.0* |
12.8* |
1.7* |
6.8* |
7.9 |
0.9 |
0.1 |
0.7 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
27.2 | 884 |
| 3 |
55.0* |
20.5* |
1.3* |
7.5* |
11.3 |
1.0 |
0.2 |
1.1 |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.8 | 522 |
| B |
51.6* |
30.4* |
-- |
1.8* |
15.9 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
70.3* |
13.5* |
2.7* |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
74.0* |
-- |
-- |
19.0* |
6.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
56.4* |
8.4* |
3.0* |
16.8* |
5.4 |
2.0 |
0.5 |
3.0 |
-- |
0.5 |
0.5 |
1.0 |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
1.5 | 202 |
| M |
0.4 |
2.3* |
3.1* |
0.8 |
1.9* |
1.1 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
90.1 | 262 |
| |
| Basepair (668:678)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
38.3* |
22.6* |
3.5* |
4.1* |
2.5 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
27.7 | 884 |
| 3 |
47.5* |
37.0* |
3.8* |
4.2* |
4.2 |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.8 |
0.2 |
1.2 | 522 |
| B |
26.5* |
64.3* |
6.4* |
1.8* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 283 |
| A |
59.5* |
21.6* |
5.4* |
13.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
89.0* |
-- |
2.0* |
9.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
74.8* |
2.0* |
-- |
5.4* |
10.9 |
0.5 |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
2.0 |
0.5 |
2.5 | 202 |
| M |
0.8* |
2.7* |
3.4* |
1.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.3 | 262 |
| |
| Basepair (669:677)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
17.5* |
10.0* |
3.5* |
12.4* |
5.9 |
1.8 |
1.9 |
0.7 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
3.4 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
41.6 | 884 |
| 3 |
29.1* |
15.7* |
4.0* |
10.2* |
10.0 |
2.5 |
3.1 |
1.1 |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
3.6 |
0.2 |
0.2 |
0.4 |
19.4 | 522 |
| B |
3.5 |
24.0* |
4.6* |
15.2 |
17.7* |
4.6 |
0.7 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
3.5 |
-- |
-- |
-- |
25.8 | 283 |
| A |
59.5* |
13.5* |
5.4* |
21.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
3.0 |
6.0* |
10.0 |
57.0* |
-- |
3.0 |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
11.0* |
-- |
-- |
2.0 |
6.0 | 100 |
| E |
58.9* |
4.5* |
3.0 |
1.0 |
1.0 |
-- |
6.9* |
3.0 |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
4.5 |
0.5 |
0.5 |
1.0* |
14.4 | 202 |
| M |
-- |
1.1* |
3.1* |
0.8* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.7 | 262 |
| |
| Basepair (670:676)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.4* |
1.5* |
0.8* |
7.8* |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.8 |
0.1 |
-- |
83.8 | 884 |
| 3 |
7.3* |
2.5* |
1.3* |
11.5* |
0.4 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
0.2 |
-- |
75.1 | 522 |
| B |
2.1* |
4.2* |
1.1* |
21.2* |
0.7 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
67.5 | 283 |
| A |
86.5* |
2.7* |
10.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
1.0* |
-- |
-- |
9.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
88.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
99.6 | 202 |
| M |
-- |
0.4* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.9 | 262 |
| |
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