Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (17 of 60)
Basepair (762:902)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
97.6* |
0.1* |
1.1* |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 846 |
3 |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 484 |
B |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 243 |
A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
E |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 204 |
M |
-- |
93.5* |
0.4* |
3.4* |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 | 262 |
|
Basepair (763:901)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.8* |
91.8* |
4.4* |
1.7* |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 846 |
3 |
1.2* |
93.6* |
2.1* |
2.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 484 |
B |
2.5* |
91.4* |
-- |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 243 |
A |
-- |
73.0* |
27.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
-- |
98.0* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 204 |
M |
0.4 |
86.3* |
9.9* |
0.8 |
0.8* |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 | 262 |
|
Basepair (764:900)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
0.1 |
-- |
2.7 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 |
95.0* |
-- |
-- |
0.1* |
0.7 |
0.4 | 846 |
3 |
-- |
0.2 |
-- |
3.7 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
95.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 484 |
B |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 243 |
A |
-- |
2.7* |
-- |
48.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
48.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 204 |
M |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
0.4 |
93.1* |
-- |
-- |
0.4* |
2.3 |
0.4 | 262 |
|
Basepair (765:899)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
97.9* |
-- |
0.9* |
0.2* |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 844 |
3 |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 482 |
B |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 243 |
A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 202 |
M |
94.7* |
-- |
3.1* |
0.8* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 262 |
|
Basepair (766:896)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
-- |
0.1* |
97.4* |
-- |
-- |
0.7 |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 | 846 |
3 |
-- |
-- |
-- |
97.5 |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 484 |
B |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 242 |
A |
-- |
-- |
-- |
70.3 |
-- |
-- |
-- |
29.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
M |
-- |
-- |
0.4* |
96.2* |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.8 | 262 |
|
Basepair (767:895)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
-- |
0.2 |
1.3 |
0.6* |
0.2* |
61.4* |
12.0 |
23.6 |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 | 847 |
3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.0* |
-- |
56.1* |
1.0 |
41.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 485 |
B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.9 |
1.2 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 243 |
A |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
91.9 |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
96.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4* |
-- |
0.5 |
-- |
97.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
M |
-- |
-- |
0.8 |
3.8 |
-- |
0.8* |
93.5* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 | 262 |
|
Basepair (767:2110)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
0.3 |
0.6* |
20.1 |
0.6* |
-- |
4.6 |
1.3 |
72.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 782 |
3 |
-- |
0.2 |
-- |
34.9 |
1.2* |
-- |
4.3 |
-- |
59.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 421 |
B |
-- |
0.4 |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
4.3 |
-- |
94.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 234 |
A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
21.6 |
-- |
78.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
-- |
-- |
-- |
96.0 |
3.3 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 150 |
M |
-- |
-- |
1.9* |
3.8 |
-- |
-- |
6.9 |
3.8 |
83.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 261 |
|
Basepair (768:893)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
1.3* |
-- |
2.0 |
46.8* |
5.0 |
0.1* |
27.7 |
0.5 |
-- |
11.9* |
-- |
-- |
1.5 |
0.8 |
0.6 |
0.1 |
1.6 | 846 |
3 |
1.4 |
-- |
-- |
47.1* |
7.2 |
-- |
38.4 |
0.4 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
2.3* |
0.8 |
0.8* |
-- |
0.6 | 484 |
B |
0.8 |
-- |
-- |
5.8 |
13.2* |
-- |
72.7* |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
4.5 |
0.8 |
-- |
-- |
0.4 | 242 |
A |
13.5* |
-- |
-- |
32.4* |
8.1 |
-- |
24.3 |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
10.8 |
-- |
-- | 37 |
C |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
-- |
-- |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 205 |
M |
1.5* |
-- |
5.7* |
64.1* |
2.7 |
0.4 |
17.9 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
1.1 |
0.4 |
0.4 |
4.2 | 262 |
|
Basepair (768:2111)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
1.8* |
-- |
1.0 |
0.1 |
-- |
1.9 |
12.5 |
5.8 |
55.5* |
12.8* |
0.1 |
-- |
2.7 |
5.4 |
-- |
0.1* |
0.2 | 782 |
3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
19.5 |
4.3 |
60.8* |
1.0 |
-- |
-- |
4.0* |
9.3 |
-- |
-- |
0.2 | 421 |
B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
35.0 |
6.8 |
36.8* |
1.7 |
-- |
-- |
7.3* |
12.4 |
-- |
-- |
-- | 234 |
A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.8 |
-- |
-- |
62.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.0 |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
96.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
1.3 |
97.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 150 |
M |
5.4* |
-- |
2.3* |
0.4 |
-- |
4.2 |
5.7 |
10.3 |
68.2* |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
1.1 |
-- |
0.4 |
0.4 | 261 |
|
Basepair (769:892)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
23.5* |
68.7* |
3.3* |
2.2* |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.3 | 846 |
3 |
40.9* |
58.1* |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 484 |
B |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 242 |
A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
-- |
99.0* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
96.1* |
2.4* |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 205 |
M |
0.4* |
76.7* |
10.3* |
6.5* |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.4 | 262 |
|
Basepair (770:891)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
8.3* |
57.6* |
10.4* |
22.1* |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.7 | 846 |
3 |
13.8* |
48.8* |
1.0* |
35.3* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 | 484 |
B |
13.6* |
82.6* |
1.7* |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 | 242 |
A |
-- |
97.3* |
2.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
2.0* |
79.0* |
17.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
E |
16.6* |
0.5* |
-- |
82.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
M |
0.4* |
65.6* |
25.2* |
6.1* |
-- |
0.4 |
0.8 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.8 | 262 |
|
Basepair (771:890)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
27.3* |
6.9* |
24.3* |
37.2* |
0.6 |
2.7 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.2 | 846 |
3 |
24.2* |
8.5* |
37.6* |
24.4* |
0.2 |
4.3 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 | 484 |
B |
35.1* |
10.7* |
0.8* |
47.5* |
0.4 |
4.1 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 242 |
A |
86.5* |
5.4* |
-- |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
90.0* |
-- |
-- |
8.0* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
-- |
6.8* |
87.3* |
-- |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 205 |
M |
9.2* |
6.5* |
9.2* |
72.1* |
0.8 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.8 |
0.4 | 262 |
|
Basepair (772:889)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
55.6* |
0.4* |
2.1* |
25.1* |
14.2 |
0.2 |
0.2 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
0.1 | 846 |
3 |
66.1* |
0.2* |
1.2* |
20.9* |
9.3 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- | 484 |
B |
39.7* |
0.4* |
0.4* |
38.4* |
16.9 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.7 |
-- | 242 |
A |
89.2* |
-- |
-- |
5.4* |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
22.0 |
-- |
-- |
9.0 |
67.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
E |
93.2* |
-- |
2.4* |
2.9* |
1.0 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
M |
48.9* |
0.8* |
4.6* |
38.9* |
3.1 |
0.4 |
0.4 |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 | 262 |
|
Basepair (773:888)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
77.5* |
0.1* |
3.1* |
7.6* |
-- |
0.9 |
-- |
9.3 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
0.1 | 846 |
3 |
92.6* |
-- |
2.3* |
3.7* |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 484 |
B |
93.8* |
-- |
1.7* |
4.1* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
A |
64.9* |
-- |
5.4 |
13.5* |
-- |
16.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
81.0* |
-- |
2.0* |
15.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
E |
96.1* |
-- |
2.4* |
1.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
M |
48.5* |
0.4* |
5.0* |
11.8* |
-- |
0.4 |
-- |
30.2 |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
0.4 | 262 |
|
Basepair (774:887)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.6* |
21.1* |
74.3* |
1.4* |
0.2 |
0.9 |
0.5 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 | 847 |
3 |
-- |
10.5* |
88.5* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 485 |
B |
-- |
6.2* |
92.2* |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
A |
-- |
91.9* |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
-- |
2.0* |
98.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
-- |
1.0* |
98.5* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
M |
1.9* |
48.1* |
38.9* |
4.6* |
0.8 |
1.1 |
1.5 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.5 |
0.4 | 262 |
|
Basepair (776:779)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
-- |
1.4* |
98.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 887 |
3 |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 525 |
B |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
A |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
M |
-- |
-- |
4.6* |
93.5* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 262 |
|
Basepair (776:871)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
2.0 |
0.2 |
95.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2* |
1.2 | 886 |
3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
98.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 524 |
B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.1 | 283 |
A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
1.0 |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
98.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 204 |
M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
6.1 |
-- |
88.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.2* |
1.2 | 262 |
|
Basepair (778:1836)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
0.3* |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
96.1* |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 | 786 |
3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 424 |
B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 236 |
A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- | 151 |
M |
-- |
-- |
4.6 |
-- |
0.8* |
-- |
3.8 |
-- |
-- |
89.3* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.8 | 262 |
|
Basepair (780:866)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.1* |
0.9* |
1.7* |
96.3* |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 888 |
3 |
-- |
-- |
0.4* |
99.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 525 |
B |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
A |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
-- |
-- |
1.0* |
99.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
M |
0.4* |
3.0* |
4.9* |
88.6* |
1.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- | 263 |
|
Basepair (780:872)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.2 |
-- |
0.3* |
60.9* |
0.2 |
-- |
8.9 |
26.7 |
-- |
-- |
0.8* |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
1.5 |
0.1 | 888 |
3 |
-- |
-- |
-- |
51.8* |
-- |
-- |
7.0 |
40.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
0.2 |
-- | 525 |
B |
-- |
-- |
-- |
86.6 |
-- |
-- |
13.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
A |
-- |
-- |
-- |
70.3 |
-- |
-- |
-- |
29.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
-- |
-- |
-- |
58.0 |
-- |
-- |
42.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
98.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5* |
-- | 205 |
M |
0.8 |
-- |
1.1* |
80.2* |
0.8 |
-- |
-- |
8.7 |
-- |
-- |
2.7* |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
4.6 |
0.4 | 263 |
|
Basepair (781:865)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
9.8* |
29.8* |
40.3* |
14.1* |
3.0 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.6 |
0.1 | 886 |
3 |
14.1* |
20.5* |
57.9* |
1.5* |
4.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.2 | 523 |
B |
17.4* |
33.5* |
39.1* |
1.1* |
6.8 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 281 |
A |
64.9* |
18.9* |
8.1* |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
3.0* |
1.0* |
14.0* |
70.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
11.0 |
-- | 100 |
E |
1.0* |
2.9* |
92.2* |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
0.5 | 205 |
M |
3.8* |
59.3* |
15.2* |
17.9* |
1.5 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.8 |
-- | 263 |
|
Basepair (782:864)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
2.5 |
45.3* |
24.4* |
3.8 |
22.6* |
0.7 |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 888 |
3 |
2.5 |
42.5* |
12.6* |
3.6 |
38.1* |
0.2 |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 525 |
B |
0.7* |
76.3* |
21.2* |
0.7* |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 283 |
A |
2.7 |
18.9* |
16.2* |
13.5 |
48.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
1.0* |
66.0* |
32.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
4.9 |
0.5* |
-- |
5.9 |
87.8* |
-- |
-- |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
M |
3.0* |
43.0* |
45.2* |
5.7* |
-- |
1.9 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 263 |
|
Basepair (783:863)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.2* |
74.2* |
11.6* |
1.7* |
-- |
8.2 |
-- |
-- |
0.2 |
1.0 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.9 |
1.2 |
0.2 | 888 |
3 |
-- |
87.4* |
0.2* |
0.2* |
-- |
11.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 525 |
B |
-- |
78.4 |
-- |
-- |
-- |
21.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 283 |
A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
-- |
98.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
-- |
97.6* |
0.5* |
0.5* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 205 |
M |
0.8* |
38.8* |
38.0* |
5.3* |
-- |
4.2 |
-- |
-- |
0.8 |
3.4 |
-- |
1.1 |
-- |
0.4 |
3.0 |
4.2 |
-- | 263 |
|
Basepair (784:862)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
2.8* |
23.0* |
6.3* |
56.6* |
1.1 |
1.0 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.2 |
6.2 |
0.3 |
-- |
-- |
0.7 |
1.0 |
0.3 | 888 |
3 |
3.0* |
38.1* |
4.6* |
52.4* |
0.4 |
0.8 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- | 525 |
B |
0.7* |
1.1* |
3.5* |
94.3* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
A |
27.0* |
62.2* |
-- |
8.1* |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
2.0* |
2.0* |
2.0* |
93.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
2.0* |
84.4* |
6.8* |
2.9* |
0.5 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 205 |
M |
2.7 |
0.8 |
11.4* |
51.3* |
2.7 |
1.9 |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
20.5* |
1.1 |
-- |
-- |
2.3 |
3.0 |
1.2 | 263 |
|
Basepair (785:861)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
8.9* |
5.0 |
6.1 |
4.7* |
0.2 |
67.8* |
1.7 |
0.6 |
0.6 |
0.9* |
0.7 |
0.2 |
-- |
1.8 |
-- |
0.7 |
0.2 | 887 |
3 |
4.0* |
2.7 |
1.5 |
0.2* |
0.2 |
87.4* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.1 |
-- |
-- |
0.4 | 524 |
B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
A |
54.1* |
-- |
13.5 |
2.7* |
2.7 |
24.3* |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
-- |
1.0 |
3.0 |
-- |
-- |
93.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
E |
0.5* |
6.9 |
1.5 |
-- |
-- |
81.4* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.8 |
-- |
-- |
1.0 | 204 |
M |
22.1* |
11.0 |
16.3 |
15.6* |
0.4 |
19.0* |
5.7 |
1.9 |
0.8 |
2.7* |
2.3 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- | 263 |
|
Basepair (786:860)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
6.2 |
0.5* |
2.3* |
13.3 |
74.7* |
1.8 |
0.5 |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 888 |
3 |
5.3 |
-- |
0.2* |
-- |
94.1* |
0.2 |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 525 |
B |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
A |
43.2 |
-- |
2.7* |
-- |
54.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
-- |
-- |
2.0* |
1.0 |
96.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
E |
5.9 |
-- |
-- |
-- |
93.2* |
0.5* |
-- |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
M |
10.3* |
1.5* |
6.5* |
44.5* |
27.8 |
5.7 |
1.5 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- | 263 |
|
Basepair (787:859)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
33.5* |
1.1 |
4.2 |
49.4* |
4.5 |
6.0* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- | 886 |
3 |
34.8* |
0.8 |
1.7 |
48.4* |
5.4 |
8.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- | 523 |
B |
38.4* |
0.7 |
0.4 |
35.2* |
8.9 |
16.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 281 |
A |
89.2* |
-- |
-- |
10.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
33.0* |
-- |
3.0* |
53.0* |
8.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
E |
20.0* |
1.0* |
3.9* |
72.7* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 205 |
M |
31.2* |
2.3* |
9.5* |
50.2* |
1.5 |
1.9 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- | 263 |
|
Basepair (788:858)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
34.4* |
32.5* |
5.7* |
17.9* |
0.8 |
1.2 |
0.3 |
0.6 |
5.5 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 | 887 |
3 |
44.3* |
33.8* |
4.6* |
13.4* |
1.1 |
1.1 |
-- |
0.8 |
0.2 |
0.2 |
0.4 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 524 |
B |
32.6* |
60.3* |
5.3* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.7 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
A |
91.9* |
-- |
-- |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
2.0* |
90.0* |
8.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
52.2* |
3.4* |
4.4* |
32.2* |
2.9 |
2.4 |
-- |
2.0 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
M |
27.0* |
8.0* |
7.2* |
33.8* |
0.4 |
1.9 |
1.1 |
0.4 |
18.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
1.2 | 263 |
|
Basepair (789:856)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.5* |
79.5* |
13.7* |
1.4* |
-- |
1.2 |
0.7 |
-- |
0.1 |
0.9 |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
0.5 |
0.2 |
0.1 |
0.6 | 888 |
3 |
0.8* |
77.0* |
17.5* |
0.4* |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
0.4 |
0.4 |
0.2 |
0.8 |
-- |
-- |
0.2 | 525 |
B |
-- |
98.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.4 | 283 |
A |
-- |
83.8* |
8.1* |
-- |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
C |
-- |
99.0* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
2.0* |
45.9* |
42.9* |
1.0* |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
1.0 |
1.0 |
0.5 |
1.0 |
-- |
-- |
-- | 205 |
M |
-- |
77.2* |
11.0* |
3.8* |
-- |
1.5 |
2.3 |
-- |
0.4 |
0.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 |
0.4 |
1.5 | 263 |
|
Last generated : Mon Jul 1 2002 (8 : 31)