Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (18 of 60)
| Basepair (790:824)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3* |
0.1 |
0.9 |
6.2 |
-- |
-- |
4.4 |
6.4 |
72.5* |
0.2* |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
3.2 |
-- |
1.6* |
3.7 | 888 |
| 3 |
0.4* |
-- |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
91.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.3 |
-- |
0.8 |
0.4 | 525 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7* |
-- | 283 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
1.0* |
-- |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
80.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
13.7 |
-- |
1.0 |
1.0 | 205 |
| M |
0.4* |
0.4 |
1.5 |
20.9 |
-- |
-- |
13.7 |
20.5 |
24.7* |
0.8* |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
3.8* |
12.3 | 263 |
| |
| Basepair (791:823)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
83.2* |
0.8* |
0.6* |
9.2* |
0.6 |
-- |
0.3 |
0.7 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.5 |
3.3 | 888 |
| 3 |
89.3* |
0.2* |
0.2* |
7.6* |
0.6 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.8 |
0.6 | 525 |
| B |
95.8* |
-- |
-- |
3.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 283 |
| A |
75.7* |
-- |
-- |
24.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
93.0* |
-- |
1.0* |
5.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
82.9* |
0.5* |
0.5* |
9.8* |
1.5 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
2.0 |
1.0 | 205 |
| M |
67.3* |
2.3* |
1.1* |
14.1* |
0.4 |
-- |
1.1 |
1.5 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.8 |
0.4 |
-- |
-- |
10.3 | 263 |
| |
| Basepair (792:822)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
59.6* |
12.9* |
7.3* |
5.9* |
10.5 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 | 886 |
| 3 |
78.8* |
0.6* |
-- |
4.2* |
15.5 |
0.4 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 523 |
| B |
96.8* |
1.1* |
-- |
1.1* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 283 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
83.0* |
4.0* |
-- |
13.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
50.2* |
-- |
-- |
9.4* |
39.4 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 203 |
| M |
12.5* |
40.7* |
24.7* |
6.5* |
4.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.5 | 263 |
| |
| Basepair (793:821)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
25.1* |
12.0* |
35.5* |
16.6* |
3.9 |
0.3 |
1.2 |
-- |
0.3 |
0.5 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
4.1 | 887 |
| 3 |
40.5* |
4.6* |
35.5* |
13.5* |
5.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 524 |
| B |
20.2* |
4.6* |
58.2* |
14.5* |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 282 |
| A |
54.1* |
21.6* |
5.4* |
18.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
5.0* |
1.0* |
12.0* |
69.0* |
7.0 |
-- |
5.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
65.4* |
1.5* |
10.2* |
11.2* |
10.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 205 |
| M |
2.3* |
30.8* |
44.5* |
2.7* |
0.4 |
1.1 |
2.3 |
-- |
0.4 |
1.5 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 |
12.5 | 263 |
| |
| Basepair (794:819)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
13.1 |
4.7 |
0.1* |
-- |
54.5* |
-- |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
26.9 | 888 |
| 3 |
-- |
21.5 |
5.3 |
-- |
-- |
71.8* |
-- |
-- |
-- |
1.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- | 525 |
| B |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
98.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
-- |
32.4 |
8.1 |
-- |
-- |
59.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
13.0 |
-- |
-- |
87.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
46.8* |
12.2* |
-- |
-- |
37.6 |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 205 |
| M |
-- |
1.1 |
0.4 |
0.4* |
-- |
7.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
90.6 | 263 |
| |
| Basepair (795:818)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
-- |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
69.4* |
-- |
-- |
-- |
27.4 | 888 |
| 3 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.9 |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 525 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0* |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
87.3 |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 205 |
| M |
-- |
-- |
-- |
0.8* |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.2* |
-- |
-- |
-- |
90.5 | 263 |
| |
| Basepair (796:817)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
2.4 |
0.1 |
70.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
26.8 | 888 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
98.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 525 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
-- |
97.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.0 |
-- |
90.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
1.9 |
0.4 |
5.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8* |
90.5 | 263 |
| |
| Basepair (797:816)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.2* |
0.1 |
1.0 |
0.2 |
70.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
27.2 | 888 |
| 3 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 | 525 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
9.0 |
2.0 |
88.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 | 205 |
| M |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.8* |
0.4 |
-- |
-- |
6.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
90.9 | 263 |
| |
| Basepair (798:815)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.9 |
0.2* |
0.6* |
3.7 |
67.7* |
0.2 |
0.1 |
0.2* |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
25.9 | 888 |
| 3 |
0.2 |
-- |
-- |
2.9 |
96.2* |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 525 |
| B |
-- |
-- |
-- |
5.3 |
94.3* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
4.0 |
-- |
-- |
7.0 |
87.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 205 |
| M |
1.1* |
0.8* |
1.9* |
4.2* |
3.4 |
0.8 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
86.8 | 263 |
| |
| Basepair (799:814)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
14.7* |
42.7* |
10.7* |
2.0* |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.7 |
0.1 |
0.5 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
27.3 | 887 |
| 3 |
24.0* |
56.5* |
15.8* |
0.8* |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.8 |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.8 | 524 |
| B |
41.7* |
40.6* |
15.2* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
18.9* |
64.9* |
16.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
83.0* |
9.0* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- | 100 |
| E |
1.0* |
76.5* |
16.7* |
2.0* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
2.0 | 204 |
| M |
1.5* |
-- |
1.1* |
5.3* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
90.9 | 263 |
| |
| Basepair (800:813)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.8* |
25.6* |
30.5* |
7.1* |
0.8 |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
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-- |
-- |
0.4 |
0.6 |
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-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
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| B |
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-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 283 |
| A |
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48.6* |
13.5* |
2.7* |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
4.0* |
-- |
88.0* |
5.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
93.2* |
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-- |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
0.4 |
90.9 | 263 |
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| AU
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| AA
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| Seq
|
|---|
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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15.5* |
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-- |
-- |
-- |
1.3 |
1.1 |
-- |
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-- |
-- |
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| B |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.3 |
-- | 282 |
| A |
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13.5* |
-- |
8.1 |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
1.0* |
-- |
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3.0* |
-- |
8.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
11.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
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0.5 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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1.0 |
-- |
-- |
0.5 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
89.7 | 263 |
| |
| Basepair (802:811)
|
| Aln
| GC
| CG
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| AA
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| CC
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|
|---|
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
2.5 |
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-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
2.7* |
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5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| C |
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1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
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6.0 |
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| E |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
90.5 | 263 |
| |
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|
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-- |
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0.4 |
-- |
-- |
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-- |
0.4 |
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-- |
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-- |
1.8 |
-- |
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-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
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| A |
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13.5* |
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2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| C |
91.0* |
-- |
1.0 |
4.0* |
-- |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
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0.4 |
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90.5 | 263 |
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0.2 |
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-- |
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35.7 |
8.4* |
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1.0* |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| C |
-- |
-- |
2.0 |
2.0* |
2.0 |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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1.0* |
-- |
-- | 100 |
| E |
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-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
0.4* |
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-- |
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-- |
1.1 |
0.4 |
-- |
-- |
91.7 | 263 |
| |
| Basepair (805:808)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
2.7* |
-- |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
8.1* |
-- |
-- | 37 |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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1.1 |
1.1* |
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7.2 |
33.9 | 263 |
| |
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