Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (19 of 60)
| Basepair (827:854)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.5 |
1.7 |
0.2 |
0.1 |
68.5* |
18.3 |
2.1 |
0.3 |
1.7* |
0.2 |
0.3 |
-- |
0.9 |
0.9* |
4.0 | 887 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
0.4 |
0.2 |
57.6* |
30.9 |
2.3 |
0.2 |
2.9* |
0.2 |
0.4 |
-- |
1.3 |
1.0* |
0.8 | 524 |
| B |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
97.5 |
-- |
0.7 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
8.1 |
32.4* |
24.3 |
-- |
-- |
-- |
2.7* |
-- |
8.1 |
13.5* |
8.1 | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
1.0* |
-- |
11.8 |
73.0* |
0.5 |
-- |
7.4 |
0.5 |
0.5 |
-- |
2.0 |
-- |
0.5 | 204 |
| M |
-- |
-- |
1.5 |
1.9 |
-- |
-- |
78.7* |
-- |
2.7 |
0.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
1.1* |
12.5 | 263 |
| |
| Basepair (828:853)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.5 |
65.7* |
2.8* |
2.7 |
21.4* |
0.2 |
0.3 |
0.2* |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
1.0 | 886 |
| 3 |
7.6 |
53.7* |
0.2 |
1.3 |
35.9* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2* |
0.6 |
-- | 523 |
| B |
0.7* |
98.9* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
70.3* |
2.7* |
-- |
-- |
27.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
97.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
5.9 |
1.0* |
0.5 |
3.4 |
86.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5* |
1.5 |
-- | 204 |
| M |
-- |
77.6* |
8.4* |
6.5* |
0.8 |
0.4 |
1.1 |
0.4 |
0.4 |
0.8 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.5 | 263 |
| |
| Basepair (829:852)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.2* |
72.8* |
10.9* |
3.5* |
0.2 |
4.9 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.8 |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.3 | 883 |
| 3 |
6.5* |
82.1* |
1.7* |
1.5* |
-- |
7.3 |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- | 520 |
| B |
2.2* |
84.2* |
-- |
0.4* |
-- |
13.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 278 |
| A |
73.0* |
8.1* |
2.7* |
13.5* |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
2.0* |
79.0* |
9.0* |
3.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.5* |
92.7* |
3.9* |
1.0* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- | 205 |
| M |
3.8* |
52.1* |
29.7* |
7.6* |
0.8 |
1.5 |
-- |
0.8 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.5 |
1.2 | 263 |
| |
| Basepair (830:851)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
45.2* |
38.4* |
1.5* |
12.0* |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
0.9 | 888 |
| 3 |
54.1* |
26.5* |
0.4* |
16.6* |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
1.4 | 525 |
| B |
25.1* |
47.3* |
-- |
24.0* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 | 283 |
| A |
91.9* |
-- |
-- |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
91.0* |
9.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
87.3* |
2.4* |
1.0* |
7.8* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- | 205 |
| M |
9.9* |
73.4* |
4.2* |
7.6* |
1.1 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
1.1 |
0.4 | 263 |
| |
| Basepair (832:850)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2 |
29.1* |
1.7 |
6.5 |
19.5 |
-- |
0.8 |
1.1* |
-- |
0.5 |
0.9 |
0.2 |
-- |
-- |
1.2 |
37.4* |
0.9 | 888 |
| 3 |
-- |
28.4* |
-- |
0.2 |
6.9 |
-- |
1.1* |
1.1 |
-- |
-- |
1.0 |
0.4 |
-- |
-- |
1.9 |
57.9* |
1.2 | 525 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.1 | 283 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
64.9 |
35.1 | 37 |
| C |
-- |
92.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
3.0* |
-- | 100 |
| E |
-- |
0.5* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
96.6* |
-- | 205 |
| M |
0.8 |
6.5* |
5.7* |
21.7 |
52.1* |
-- |
0.4 |
1.5* |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.5 |
0.8 | 263 |
| |
| Basepair (833:849)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.4* |
31.0* |
26.0* |
17.9* |
0.1 |
2.1 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.5 |
0.1 |
2.4 |
0.1 | 887 |
| 3 |
26.1* |
7.4* |
32.2* |
26.1* |
0.2 |
3.6 |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.8 |
0.2 |
1.5 |
-- | 525 |
| B |
30.0* |
6.0* |
34.3* |
24.0* |
0.4 |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- | 283 |
| A |
18.9* |
-- |
13.5 |
-- |
-- |
48.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.1* |
-- |
10.8 |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
72.0* |
28.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
22.0* |
10.7* |
32.7* |
33.7* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- | 205 |
| M |
9.9* |
62.6* |
13.0* |
8.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
5.0 |
0.4 | 262 |
| |
| Basepair (834:848)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.2* |
14.5 |
22.0 |
16.7* |
0.6 |
26.6* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
1.8 | 888 |
| 3 |
9.3* |
22.5 |
2.3 |
15.0* |
0.6 |
44.6* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
3.0 | 525 |
| B |
12.0* |
41.7* |
2.8* |
27.9* |
-- |
11.7 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- | 283 |
| A |
40.5* |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
43.2 | 37 |
| C |
88.0* |
-- |
-- |
12.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
2.0 |
0.5* |
0.5 |
96.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- | 205 |
| M |
2.7* |
4.2* |
69.6* |
21.7* |
0.8 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- | 263 |
| |
| Basepair (836:847)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
29.3* |
19.3* |
5.3* |
42.7* |
0.5 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.6 |
0.6 |
0.7 |
0.1 | 888 |
| 3 |
48.6* |
12.4* |
2.9* |
32.0* |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
0.2 |
0.8 |
0.2 | 525 |
| B |
13.1* |
22.6* |
2.1* |
58.3* |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
1.8 |
0.4 |
-- |
-- | 283 |
| A |
54.1* |
-- |
24.3* |
-- |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.4* |
-- |
-- |
-- |
8.1 |
-- | 37 |
| C |
1.0* |
1.0* |
-- |
98.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
96.1* |
0.5* |
-- |
2.0* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 | 205 |
| M |
1.5* |
39.9* |
12.2* |
43.0* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
1.5 |
0.8 |
-- | 263 |
| |
| Basepair (837:846)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.9* |
13.7* |
56.1* |
25.9* |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 | 888 |
| 3 |
5.0* |
20.8* |
28.8* |
43.6* |
1.0 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 525 |
| B |
8.8* |
38.5* |
49.8* |
2.5* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
2.7* |
-- |
27.0* |
51.4* |
13.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
0.5 |
98.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
| M |
-- |
4.9* |
93.9* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 263 |
| |
| Basepair (838:843)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.8 |
-- |
0.3* |
25.6 |
-- |
-- |
71.1* |
0.9 |
0.7* |
0.1 |
0.2 | 888 |
| 3 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.2 |
-- |
1.3 |
-- |
0.6* |
43.2 |
-- |
-- |
51.6* |
1.5 |
1.1* |
-- |
-- | 525 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
2.1 |
-- |
-- |
95.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 283 |
| A |
-- |
-- |
5.4 |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
48.6* |
-- |
-- |
-- |
21.6* |
16.2* |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5* |
98.5* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.9* |
-- |
-- |
0.4* |
0.8 | 263 |
| |
| Basepair (857:1831)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.8* |
-- |
-- |
97.8* |
0.3 |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 787 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
99.3 |
0.5 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 424 |
| B |
-- |
-- |
-- |
99.2 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 236 |
| A |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
99.3 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 151 |
| M |
2.3* |
-- |
-- |
94.7* |
-- |
-- |
0.4 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 | 263 |
| |
| Basepair (863:1459)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.5 |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
70.9 |
0.1 |
-- |
-- |
27.2 | 807 |
| 3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.9 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.7 |
0.2 |
-- |
-- |
0.7 | 444 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 237 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
2.4 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.7 |
0.6 |
-- |
-- |
1.2 | 170 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
15.2 |
-- |
-- |
-- |
82.9 | 263 |
| |
| Basepair (868:884)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
96.9* |
-- |
0.9* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.5 |
-- |
0.7 | 848 |
| 3 |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 485 |
| B |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- | 100 |
| E |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 205 |
| M |
92.8* |
-- |
3.0* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.4 |
-- |
2.4 | 263 |
| |
Last generated : Mon Jul 1 2002 (8 : 31)