Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (22 of 60)
| Basepair (929:1041)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.7 |
2.2 |
0.4 |
5.3* |
1.2 |
0.9 |
0.2 |
0.2 |
5.9 |
0.7* |
-- |
-- |
1.8 |
76.6* |
0.2* |
0.2 |
3.4 | 851 |
| 3 |
0.2 |
0.6 |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
95.5* |
0.4* |
-- |
0.2 | 485 |
| B |
0.4 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
97.9 |
-- |
-- |
-- | 240 |
| A |
-- |
-- |
-- |
8.3* |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
19.4 |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
61.1* |
5.6* |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
98.0 |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
98.6 |
-- |
-- |
0.5 | 209 |
| M |
1.9 |
6.0 |
1.1 |
15.8* |
3.8 |
3.0 |
0.4 |
0.8 |
16.2 |
2.3* |
-- |
-- |
3.8 |
34.2* |
-- |
0.8 |
10.2 | 266 |
| |
| Basepair (930:1040)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.5 |
2.7 |
1.1* |
-- |
0.6* |
1.2 |
-- |
-- |
81.9* |
0.6 |
2.7 |
0.7 |
-- |
-- |
0.6 |
7.6 | 854 |
| 3 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
93.6 |
0.4 |
0.4 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
3.9 | 488 |
| B |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
88.9 |
-- |
2.8 |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
2.8 | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
88.6 |
1.0 |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
8.6 | 210 |
| M |
-- |
1.5 |
7.1 |
3.4* |
-- |
1.9* |
3.8 |
-- |
-- |
53.8* |
1.1 |
7.9 |
0.8 |
-- |
-- |
1.5 |
17.4 | 266 |
| |
| Basepair (931:1039)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
20.5* |
34.3* |
17.1* |
9.1* |
1.8 |
0.4 |
0.8 |
1.3 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
3.0 |
5.3 |
5.5 | 853 |
| 3 |
17.0* |
40.7* |
15.8* |
10.5* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
2.9 |
8.8 |
3.7 | 487 |
| B |
34.0* |
65.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
76.0* |
-- |
4.0* |
8.0* |
3.0 |
-- |
-- |
9.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.5* |
2.4* |
36.7* |
23.8* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.7 |
20.5 |
8.6 | 210 |
| M |
6.0* |
35.7* |
24.4* |
7.1* |
4.1 |
1.1 |
2.6 |
0.8 |
0.4 |
0.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
4.5 |
0.8 |
11.4 | 266 |
| |
| Basepair (932:1038)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
31.6* |
4.5 |
20.0 |
3.8* |
3.4 |
31.6* |
-- |
0.1 |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.5 |
3.6 | 852 |
| 3 |
34.8* |
2.9 |
0.4 |
2.3* |
5.8 |
53.1* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 | 486 |
| B |
1.2* |
0.4 |
-- |
0.4* |
-- |
97.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
5.6* |
25.0 |
5.6 |
2.8* |
-- |
61.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
88.0* |
-- |
4.0* |
6.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
78.5* |
1.9* |
-- |
3.8* |
13.4 |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
1.0 | 209 |
| M |
4.5* |
9.0* |
62.8* |
5.6* |
0.4 |
4.1 |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
10.9 | 266 |
| |
| Basepair (933:1037)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.4* |
33.6* |
29.5* |
7.9* |
0.8 |
5.0 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
3.6 | 853 |
| 3 |
31.6* |
45.4* |
8.4* |
9.0* |
1.0 |
3.7 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 487 |
| B |
0.4* |
77.7* |
13.2* |
1.7* |
0.4 |
6.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
22.2* |
61.1* |
-- |
5.6* |
8.3 |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
15.0* |
62.0* |
-- |
-- |
22.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
69.4* |
5.7* |
4.3* |
17.7* |
0.5 |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 209 |
| M |
1.1* |
19.2* |
56.0* |
8.6* |
0.8 |
1.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
10.5 | 266 |
| |
| Basepair (934:1036)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
23.3* |
6.6* |
11.4* |
43.5* |
1.6 |
2.9 |
2.5 |
0.2 |
1.4 |
0.5 |
0.1 |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
0.1 |
4.2 | 851 |
| 3 |
35.1* |
9.9* |
6.0* |
42.1* |
1.9 |
1.2 |
-- |
-- |
2.5 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 485 |
| B |
57.9* |
0.8* |
0.8* |
36.7* |
2.9 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 240 |
| A |
25.0* |
38.9* |
16.7* |
13.9* |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
12.0* |
3.0* |
37.0* |
17.0* |
-- |
9.0 |
11.0 |
-- |
4.0 |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
5.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
11.0* |
15.3* |
10.0* |
52.6* |
1.0 |
1.4 |
-- |
-- |
5.7 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 | 209 |
| M |
9.4* |
2.3* |
10.5* |
59.4* |
1.9 |
3.8 |
-- |
0.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
11.3 | 266 |
| |
| Basepair (935:1035)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
24.2* |
8.6* |
14.2* |
38.8* |
4.2 |
1.1 |
0.1 |
1.5 |
-- |
1.2 |
-- |
0.6 |
0.4 |
0.1 |
0.7 |
0.6 |
3.8 | 853 |
| 3 |
34.1* |
12.3* |
13.1* |
29.8* |
6.2 |
1.6 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.2 |
1.2 |
0.2 |
0.6 | 487 |
| B |
23.2* |
9.1* |
28.2* |
34.4* |
1.7 |
2.9 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
33.3* |
61.1* |
2.8* |
2.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
32.0* |
2.0* |
6.0* |
51.0* |
2.0 |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 | 100 |
| E |
46.7* |
7.6* |
0.5* |
28.6* |
12.4 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
0.5 |
0.5 |
0.5 |
1.5 | 210 |
| M |
3.4* |
4.1* |
19.2* |
51.1* |
1.1 |
0.4 |
0.4 |
3.0 |
-- |
3.8 |
-- |
0.4 |
1.1 |
-- |
-- |
1.1 |
10.9 | 266 |
| |
| Basepair (936:1034)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
21.1* |
26.8* |
10.9* |
27.3* |
0.8 |
2.8 |
0.6 |
2.1 |
0.2 |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
0.5 |
0.7 |
0.4 |
0.6 |
4.0 | 853 |
| 3 |
31.2* |
37.8* |
10.5* |
11.9* |
-- |
3.7 |
0.2 |
1.2 |
0.2 |
0.6 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.8 |
0.2 |
0.2 |
0.6 | 487 |
| B |
64.0* |
3.3* |
6.2* |
22.7* |
-- |
0.4 |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 242 |
| A |
5.6* |
47.2* |
-- |
2.8* |
-- |
44.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
6.0* |
32.0* |
12.0* |
43.0* |
2.0 |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.5* |
75.6* |
17.2* |
1.0* |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
0.5 |
1.4 |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
0.5 |
1.0 | 209 |
| M |
8.6* |
4.9* |
12.4* |
50.4* |
1.9 |
1.9 |
-- |
4.1 |
-- |
-- |
0.4 |
0.8 |
0.8 |
-- |
0.4 |
1.5 |
12.1 | 266 |
| |
| Basepair (937:1033)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.6* |
8.6* |
26.9* |
9.3* |
1.3 |
11.8 |
1.8 |
0.6 |
2.6 |
6.9 |
1.1 |
0.5 |
4.2 |
0.6 |
1.2 |
4.7 |
7.6 | 856 |
| 3 |
10.0* |
4.9* |
23.9* |
8.8* |
1.6 |
17.3 |
1.8 |
0.4 |
3.3 |
7.6 |
1.6 |
0.6 |
6.9 |
0.8 |
1.8 |
6.1 |
2.4 | 490 |
| B |
11.1* |
4.5 |
7.4 |
8.6* |
-- |
24.7* |
1.6 |
-- |
6.6 |
9.9* |
0.8 |
0.4 |
8.6 |
1.2 |
1.6 |
11.5 |
1.2 | 243 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
22.2 |
8.3* |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
16.7* |
-- |
36.1* |
-- |
5.6 |
2.8 |
-- | 36 |
| C |
27.0* |
20.0* |
32.0* |
6.0* |
-- |
7.0 |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 |
1.0 |
-- |
3.0 |
-- | 100 |
| E |
10.4* |
6.2* |
45.0* |
10.9* |
-- |
11.8 |
0.9 |
0.9 |
-- |
6.2 |
-- |
0.9 |
-- |
0.5 |
1.4 |
0.5 |
4.3 | 211 |
| M |
5.6* |
11.7* |
30.1* |
11.7* |
1.1 |
3.8 |
2.3 |
0.8 |
1.9 |
8.3 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
2.6 |
19.7 | 266 |
| |
| Basepair (938:1032)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.5 |
9.4* |
5.0 |
4.1 |
4.7 |
3.0 |
8.1 |
4.7* |
0.8 |
3.3 |
-- |
0.7 |
9.7* |
0.7 |
0.6 |
9.0* |
33.7 | 853 |
| 3 |
-- |
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-- |
1.0 |
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1.0 |
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-- |
-- |
0.4 |
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-- |
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-- |
1.7 |
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-- |
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| A |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
8.3 |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
83.3 |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
20.0 |
2.0 |
2.0 |
7.0 |
-- |
11.0* |
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1.0 |
-- |
2.0 |
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-- |
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-- |
3.0 | 100 |
| E |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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|
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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4.9 |
4.9 |
-- |
5.3 |
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-- |
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-- |
2.9 |
4.9* |
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-- |
6.6* |
65.0 | 243 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.3 | 36 |
| C |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
1.0 |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| C |
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-- |
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-- |
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-- |
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| Seq
|
|---|
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| C |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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| E |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| C |
-- |
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-- |
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-- |
3.0 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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82.0 | 266 |
| |
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|
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|
|---|
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 244 |
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2.7* |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 100 |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 266 |
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| Basepair (945:1022)
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| CG
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| AU
| GU
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| AA
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| Seq
|
|---|
| T |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 244 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- | 37 |
| C |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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| E |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
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-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
82.0 | 266 |
| |
| Basepair (946:1021)
|
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| GC
| CG
| UA
| AU
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| AG
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| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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-- |
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0.1 |
-- |
1.7 |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.8 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 244 |
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-- |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
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-- |
10.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
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-- | 100 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.1 |
-- |
0.5 | 212 |
| M |
1.9* |
1.1* |
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6.0* |
1.5 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
82.0 | 266 |
| |
| Basepair (947:1020)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
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| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.4* |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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2.9 |
-- |
-- |
0.8 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
35.1* |
35.1* |
24.3* |
2.7* |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
1.0* |
73.0* |
13.0* |
6.0* |
2.0 |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
5.7* |
89.2* |
2.4* |
1.4 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 | 212 |
| M |
-- |
1.9* |
7.1* |
7.9* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
82.0 | 266 |
| |
| Basepair (948:1019)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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11.7* |
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24.7* |
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0.5 |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
25.5 | 858 |
| 3 |
17.1* |
17.7* |
23.2* |
38.2* |
2.0 |
0.8 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.2 | 492 |
| B |
6.6* |
35.4* |
45.3* |
11.1* |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
64.9* |
-- |
-- |
10.8* |
18.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
-- | 37 |
| C |
-- |
4.0* |
82.0* |
12.0* |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
20.8* |
0.9* |
1.9* |
73.6* |
1.4 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 | 212 |
| M |
1.5* |
3.4* |
5.6* |
4.5* |
0.4 |
-- |
2.3 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.0 | 266 |
| |
| Basepair (949:1018)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
28.1* |
4.3 |
5.8 |
10.7* |
1.6 |
21.9* |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
25.8 | 859 |
| 3 |
46.0* |
6.7 |
3.0 |
2.2* |
2.2 |
37.3* |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.8 | 493 |
| B |
91.8* |
0.4 |
-- |
2.5* |
3.3 |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 244 |
| A |
-- |
37.8* |
37.8* |
-- |
-- |
10.8 |
-- |
-- |
-- |
10.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- | 37 |
| C |
1.0* |
-- |
23.0* |
75.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
1.9* |
8.5 |
0.5 |
2.4* |
1.4 |
83.5* |
0.9 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 212 |
| M |
4.9* |
1.5* |
4.5* |
2.3* |
1.1 |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
82.0 | 266 |
| |
| Basepair (950:1017)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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14.1* |
1.3* |
2.2* |
9.1 |
0.8 |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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56.0* |
23.5* |
0.6* |
0.8* |
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1.2 |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 | 493 |
| B |
97.5* |
0.8* |
-- |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 244 |
| A |
43.2 |
5.4* |
-- |
2.7 |
45.9* |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
93.0* |
-- |
-- |
6.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
10.8 |
52.8* |
1.4* |
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27.8* |
2.4 |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 | 212 |
| M |
6.8* |
1.9* |
3.0* |
3.4* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
82.0 | 266 |
| |
| Basepair (951:1016)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.9 |
7.3 |
2.9 |
3.4 |
1.2 |
3.3 |
5.6 |
0.1 |
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-- |
0.1* |
-- |
28.9* |
-- |
-- |
0.6* |
25.9 | 858 |
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5.1 |
12.8 |
3.9 |
4.3 |
1.4 |
5.5 |
6.7 |
0.2 |
28.7* |
-- |
0.2* |
-- |
30.1* |
-- |
-- |
0.6* |
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| B |
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1.2 |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
46.1* |
-- |
-- |
-- |
50.2* |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
64.9* |
5.4* |
-- |
16.2* |
13.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
7.0 |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
89.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- | 100 |
| E |
-- |
27.4* |
9.0 |
5.2 |
0.9 |
12.7 |
14.6* |
0.5 |
13.7 |
-- |
0.5 |
-- |
12.7 |
-- |
-- |
1.4* |
1.5 | 212 |
| M |
-- |
-- |
1.5 |
3.0 |
1.1 |
0.4 |
3.0 |
-- |
3.8* |
-- |
-- |
-- |
4.1* |
-- |
-- |
0.4* |
82.7 | 266 |
| |
| Basepair (952:1015)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.0 |
0.2* |
0.2* |
0.5 |
66.8* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.6 |
25.8 | 859 |
| 3 |
8.3 |
0.4* |
0.2 |
0.4 |
88.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2* |
1.0 |
0.4 | 493 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
98.8* |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 244 |
| A |
91.9 |
-- |
-- |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
3.3 |
0.9* |
0.5* |
0.5 |
90.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
2.4 |
1.0 | 212 |
| M |
0.8 |
-- |
0.4* |
0.4 |
14.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.8 |
-- |
-- |
82.7 | 266 |
| |
| Basepair (954:1013)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
73.7* |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
25.7 | 859 |
| 3 |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 | 493 |
| B |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 244 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 | 212 |
| M |
-- |
-- |
16.2* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
82.4 | 266 |
| |
| Basepair (955:1012)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
20.3 |
2.9 |
48.5* |
0.1* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3* |
25.9 | 859 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
34.5 |
4.3 |
59.2* |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 493 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 244 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
13.5 |
-- |
86.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
77.8 |
9.9 |
8.0 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 212 |
| M |
0.4* |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
1.5 |
1.5 |
10.9* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1* |
82.8 | 266 |
| |
| Basepair (956:1011)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
35.7* |
1.8* |
0.5* |
27.8* |
0.2 |
-- |
7.7 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
25.8 | 857 |
| 3 |
56.6* |
-- |
-- |
40.7* |
0.4 |
-- |
1.0 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 | 491 |
| B |
95.9* |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
2.1* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
5.0* |
-- |
-- |
35.0 |
-- |
-- |
59.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
4.7* |
-- |
-- |
92.5* |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 | 212 |
| M |
8.6* |
5.6* |
1.5* |
1.1* |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.4 | 266 |
| |
| Basepair (957:1009)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.7* |
-- |
0.1* |
72.5* |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
25.6 | 858 |
| 3 |
1.0* |
-- |
-- |
98.0* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 492 |
| B |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
2.7* |
-- |
-- |
97.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
1.9* |
-- |
-- |
95.8* |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 212 |
| M |
0.4* |
-- |
0.4* |
15.0* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
82.4 | 266 |
| |
| Basepair (958:1008)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
72.7* |
-- |
0.1* |
0.5* |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
25.7 | 858 |
| 3 |
98.4* |
-- |
-- |
0.8* |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 492 |
| B |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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99.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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16.2 |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
0.5 |
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| AU
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| AA
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| UU
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| Seq
|
|---|
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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83.1* |
-- |
-- |
4.9* |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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|
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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|
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-- |
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1.2 |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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9.1 |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
18.1 |
-- | 243 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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| CG
| UA
| AU
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|
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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| UU
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|
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-- |
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-- |
-- |
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0.8 |
83.5 | 266 |
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| Basepair (969:999)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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-- |
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2.7* |
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2.0* |
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1.5 |
84.3 | 266 |
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