Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (25 of 60)
| Basepair (1108:1254)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
19.9* |
6.9* |
5.3* |
35.9* |
0.4 |
3.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
27.9 | 849 |
| 3 |
34.2* |
12.5* |
7.0* |
39.3* |
0.2 |
5.3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 473 |
| B |
52.5* |
0.4* |
12.4* |
33.9* |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
72.2* |
-- |
-- |
27.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
96.0* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0* |
-- |
-- | 100 |
| E |
5.1* |
29.7* |
1.5* |
47.7* |
-- |
12.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.1 | 195 |
| M |
2.5* |
-- |
4.3* |
8.3* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
84.0 | 276 |
| |
| Basepair (1109:1247)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
54.4* |
-- |
-- |
0.2 |
1.1 |
-- |
-- |
4.7 |
-- |
0.1* |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
36.1 | 849 |
| 3 |
-- |
-- |
74.0 |
-- |
-- |
0.2 |
1.1 |
-- |
-- |
7.0 |
-- |
-- |
5.9 |
-- |
-- |
-- |
11.9 | 473 |
| B |
-- |
-- |
73.1 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
9.5 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
15.3 | 242 |
| A |
-- |
-- |
97.2 |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
70.8 |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
5.1 |
-- |
-- |
12.8 |
-- |
-- |
-- |
9.8 | 195 |
| M |
-- |
-- |
4.7* |
-- |
-- |
0.4 |
1.4 |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
0.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
90.5 | 276 |
| |
| Basepair (1110:1253)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
24.6* |
13.2* |
8.2* |
22.5* |
1.6 |
2.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
27.5 | 850 |
| 3 |
25.9* |
23.0* |
12.2* |
31.2* |
2.5 |
3.6 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 474 |
| B |
18.6* |
31.0* |
16.5* |
29.8* |
-- |
3.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
80.6* |
8.3* |
2.8* |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
78.0* |
-- |
-- |
20.0* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
25.0* |
16.3* |
8.7* |
38.3* |
6.1 |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 | 196 |
| M |
2.9* |
1.1* |
4.3* |
8.3* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 276 |
| |
| Basepair (1111:1252)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
11.7* |
17.7* |
20.4* |
19.6* |
0.7 |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
27.1 | 848 |
| 3 |
10.0* |
31.8* |
33.9* |
19.1* |
0.2 |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
0.2 | 472 |
| B |
7.0* |
8.3* |
55.8* |
26.4* |
0.4 |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
77.8* |
22.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
46.0* |
-- |
2.0* |
47.0* |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- | 100 |
| E |
15.5* |
52.1* |
8.8* |
13.9* |
-- |
4.1 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.6 |
-- |
0.5 | 194 |
| M |
2.2* |
-- |
4.0* |
10.5* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 276 |
| |
| Basepair (1112:1251)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
11.2* |
10.4* |
22.1* |
23.2* |
0.1 |
3.6 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.9 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
27.6 | 850 |
| 3 |
19.2* |
12.7* |
20.7* |
38.0* |
0.2 |
6.5 |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
1.3 | 474 |
| B |
15.3* |
3.7* |
36.8* |
43.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- | 242 |
| A |
22.2* |
66.7* |
8.3* |
2.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
2.0* |
26.0* |
61.0* |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.0 |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
23.5* |
13.8 |
3.6 |
37.2* |
0.5 |
15.8* |
-- |
1.0 |
-- |
1.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.1 | 196 |
| M |
0.7* |
0.7* |
10.5* |
5.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.9 | 276 |
| |
| Basepair (1113:1250)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.5* |
30.4* |
17.9* |
6.9* |
0.5 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
27.2 | 850 |
| 3 |
28.5* |
40.7* |
21.3* |
8.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 474 |
| B |
29.3* |
19.4* |
36.0* |
14.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 242 |
| A |
88.9* |
-- |
5.6* |
5.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
2.0* |
61.0* |
26.0* |
7.0* |
2.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
16.8* |
74.0* |
6.1* |
1.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 196 |
| M |
1.1* |
1.4* |
9.1* |
4.0* |
0.7 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 276 |
| |
| Basepair (1114:1249)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
51.2* |
1.2* |
1.8* |
15.4* |
2.8 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
27.2 | 850 |
| 3 |
81.9* |
1.7* |
1.9* |
12.0* |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 | 474 |
| B |
78.9* |
3.3* |
3.7* |
11.2* |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- | 242 |
| A |
77.8* |
-- |
-- |
19.4* |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
36.0* |
1.0* |
2.0* |
48.0* |
13.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
86.2* |
-- |
-- |
11.7* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 196 |
| M |
4.0* |
0.4* |
1.4* |
9.4* |
1.1 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 276 |
| |
| Basepair (1115:1248)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.9* |
50.8* |
19.3* |
0.8* |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
27.1 | 849 |
| 3 |
1.3* |
68.9* |
28.3* |
-- |
-- |
0.6 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 473 |
| B |
-- |
46.7* |
52.5* |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
77.8* |
19.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
91.0* |
7.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
3.1* |
94.4* |
0.5* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 195 |
| M |
0.7* |
5.1* |
8.3* |
1.8* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
82.9 | 276 |
| |
| Basepair (1116:1246)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2* |
0.2* |
64.2* |
0.5* |
0.2 |
2.9 |
0.9 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
1.6 |
0.1 |
0.2 |
0.9 |
27.2 | 850 |
| 3 |
0.4* |
0.4* |
87.1* |
0.4* |
-- |
5.3 |
1.7 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
2.3 |
0.2 |
0.4 |
0.4 |
0.4 | 474 |
| B |
-- |
-- |
98.3 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
95.0* |
2.0* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
1.0* |
1.0* |
70.9* |
1.0* |
-- |
12.8 |
3.1 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
5.6 |
0.5 |
1.0 |
1.0 |
1.0 | 196 |
| M |
-- |
-- |
13.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
1.8 |
83.4 | 276 |
| |
| Basepair (1118:1244)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.2* |
54.9* |
0.4 |
-- |
2.1 |
5.5 |
6.6 |
-- |
0.1* |
0.2 |
-- |
0.4* |
-- |
2.0 |
27.7 | 851 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
68.4* |
0.6 |
-- |
3.6 |
9.9 |
11.8 |
-- |
0.2* |
0.4 |
-- |
0.6* |
-- |
3.4 |
1.0 | 475 |
| B |
-- |
-- |
-- |
94.2 |
0.8 |
-- |
2.1 |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
-- |
-- |
97.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
-- |
-- |
2.0* |
98.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
31.1* |
0.5 |
-- |
6.1 |
20.9 |
28.6 |
-- |
0.5* |
0.5 |
-- |
1.5* |
-- |
8.2 |
2.0 | 196 |
| M |
-- |
-- |
-- |
15.9 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
83.3 | 276 |
| |
| Basepair (1119:1120)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
1.8 |
0.2 |
48.3* |
1.7 |
0.3* |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
1.0 |
4.0 |
-- |
-- |
11.4* |
1.2 |
29.3 | 869 |
| 3 |
-- |
-- |
3.0 |
0.2 |
56.6* |
3.0 |
0.2* |
0.2 |
-- |
-- |
1.8 |
6.7 |
-- |
-- |
20.1* |
0.8 |
7.2 | 493 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.2* |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 245 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
6.6 |
0.5 |
0.5 |
6.2 |
0.5* |
0.5 |
-- |
-- |
4.3 |
15.6* |
-- |
-- |
46.9* |
1.9 |
16.6 | 211 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
15.6* |
-- |
0.7 |
-- |
0.4* |
1.1* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
79.3 | 276 |
| |
| Basepair (1121:1243)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
46.7* |
0.1 |
0.6* |
0.1 |
1.8 |
-- |
0.1 |
15.9 |
-- |
0.4 |
0.4 |
0.2* |
-- |
-- |
5.2 |
0.2 |
28.4 | 851 |
| 3 |
55.4* |
0.2 |
0.4 |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
27.6 |
-- |
0.6* |
0.6 |
0.2 |
-- |
-- |
9.3 |
-- |
2.8 | 475 |
| B |
92.6* |
0.4* |
0.8* |
-- |
4.5 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 242 |
| A |
86.5* |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
97.0* |
-- |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
3.6 |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
65.3* |
-- |
-- |
1.5 |
0.5 |
-- |
-- |
22.4 |
-- |
5.7 | 196 |
| M |
13.4* |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4* |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.7* |
82.9 | 276 |
| |
| Basepair (1122:1242)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
1.9* |
1.1* |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
95.1 | 851 |
| 3 |
-- |
3.4* |
1.9* |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
91.0 | 475 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
98.7 | 242 |
| A |
-- |
43.2* |
24.3* |
-- |
-- |
21.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.1 | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.4 | 196 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 276 |
| |
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