Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (26 of 60)
| Basepair (1132:1230)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
71.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
27.8 | 849 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 473 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
94.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 194 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
13.0 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
85.1 | 276 |
| |
| Basepair (1133:1229)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.1* |
3.2 |
0.2* |
-- |
2.7 |
0.8 |
64.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
28.1 | 849 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
4.2 |
-- |
-- |
2.7 |
1.3 |
90.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.8 | 473 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.3 |
-- |
95.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 242 |
| A |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
13.5 |
13.5 |
64.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
93.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
89.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 194 |
| M |
-- |
-- |
0.4* |
2.2 |
0.7* |
-- |
2.2 |
0.4 |
9.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
84.8 | 276 |
| |
| Basepair (1133:2520)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
-- |
-- |
17.9 |
-- |
-- |
2.6 |
5.5 |
42.8* |
-- |
-- |
-- |
0.3* |
-- |
0.1* |
-- |
30.6 | 775 |
| 3 |
0.2* |
-- |
-- |
33.0 |
-- |
-- |
2.0 |
9.6 |
54.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 406 |
| B |
-- |
-- |
-- |
4.2 |
-- |
-- |
3.4 |
0.4 |
91.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 236 |
| A |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
78.4 |
16.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
8.1 |
-- |
90.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
-- |
-- |
-- |
92.5 |
-- |
-- |
-- |
6.8 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 133 |
| M |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
1.5 |
1.5 |
7.8* |
-- |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
0.4* |
-- |
86.7 | 270 |
| |
| Basepair (1134:1228)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
42.3* |
9.9* |
1.3* |
17.7* |
0.7 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
27.4 | 851 |
| 3 |
49.5* |
17.3* |
1.7* |
30.3* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.6 | 475 |
| B |
66.1* |
31.0* |
0.8* |
1.7* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
78.4* |
-- |
2.7* |
13.5* |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
95.0* |
1.0* |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
23.5* |
4.1* |
2.6* |
68.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
1.0 | 196 |
| M |
10.9* |
0.4* |
1.1* |
2.5* |
0.4 |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.4 | 276 |
| |
| Basepair (1135:1227)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
67.8* |
1.1* |
0.4* |
2.9* |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
27.1 | 852 |
| 3 |
95.0* |
1.5* |
0.4* |
1.9* |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 476 |
| B |
96.3* |
2.5* |
-- |
0.4* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
81.1* |
-- |
5.4* |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
98.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
95.9* |
0.5* |
-- |
2.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 197 |
| M |
10.1* |
0.7* |
0.4* |
5.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 276 |
| |
| Basepair (1136:1226)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
24.4* |
0.5 |
1.2* |
1.8 |
-- |
2.2 |
1.6 |
0.4 |
39.3* |
0.2 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.2 |
27.5 | 850 |
| 3 |
43.2* |
0.2 |
0.2 |
1.3 |
-- |
4.0 |
0.4 |
0.4 |
48.3* |
0.2* |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 474 |
| B |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
2.9 |
0.8 |
0.8 |
94.6* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 240 |
| A |
59.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
21.6* |
-- |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
5.4 | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
5.0 |
-- |
94.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
92.4* |
0.5 |
-- |
3.0* |
-- |
2.0* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 197 |
| M |
0.7* |
1.1 |
3.3* |
2.9 |
-- |
-- |
2.5 |
0.4 |
4.0* |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.7 |
83.7 | 276 |
| |
| Basepair (1138:1225)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
68.6* |
0.1* |
0.9* |
1.5* |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
27.1 | 849 |
| 3 |
97.0* |
-- |
-- |
1.3* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 | 473 |
| B |
98.3 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- | 240 |
| A |
97.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
98.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
95.4* |
-- |
-- |
3.1* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 196 |
| M |
9.1* |
0.4* |
2.9* |
2.5* |
0.7 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
83.0 | 276 |
| |
| Basepair (1139:1224)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2* |
0.2 |
1.5 |
0.7* |
0.2 |
69.3* |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
26.7 | 859 |
| 3 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
98.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.4 | 483 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 240 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
96.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
0.5 | 206 |
| M |
0.7* |
0.4 |
4.0 |
2.2* |
0.7 |
8.0* |
0.4 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
82.6 | 276 |
| |
| Basepair (1140:1223)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.4 |
5.0* |
21.6* |
2.8 |
33.0* |
2.9 |
0.7 |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.6 |
-- |
1.3 |
26.8 | 855 |
| 3 |
6.3 |
8.1* |
35.3* |
0.8 |
40.7* |
5.2 |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.2 |
-- |
1.9 |
0.4 | 479 |
| B |
11.4 |
0.8* |
2.1* |
1.3 |
82.3* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- | 237 |
| A |
5.4* |
86.5* |
2.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
2.7 | 37 |
| C |
2.0 |
-- |
-- |
13.0 |
84.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.5* |
2.4* |
79.0* |
0.5* |
0.5 |
12.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
0.5 |
-- |
2.0 |
0.5 | 205 |
| M |
2.2* |
1.4* |
5.8* |
2.5* |
1.1 |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
0.7 |
82.6 | 276 |
| |
| Basepair (1141:1222)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
26.2* |
3.7* |
5.1* |
20.8* |
15.6 |
0.5 |
0.2 |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
26.6 | 859 |
| 3 |
43.7* |
5.8* |
6.4* |
17.4* |
24.4 |
0.6 |
0.2 |
0.6 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 483 |
| B |
73.0* |
3.3* |
5.4* |
16.6* |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
-- |
50.0* |
44.4* |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
14.0* |
3.0* |
-- |
70.0* |
13.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
17.5 |
1.0* |
1.0* |
20.9 |
56.8* |
-- |
0.5 |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 | 206 |
| M |
-- |
0.4 |
4.7* |
9.1* |
1.1 |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
82.6 | 276 |
| |
| Basepair (1142:1221)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
41.0* |
5.5* |
4.7* |
17.2* |
1.7 |
0.7 |
0.2 |
0.7 |
0.5 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
26.7 | 859 |
| 3 |
56.5* |
8.7* |
4.1* |
25.3* |
1.9 |
-- |
0.2 |
0.8 |
0.8 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.4 | 483 |
| B |
48.5* |
3.3* |
6.2* |
34.4* |
2.5 |
-- |
0.4 |
1.2 |
1.7 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 241 |
| A |
2.8* |
83.3* |
13.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
76.0* |
1.0 |
2.0 |
11.0* |
4.0 |
4.0* |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
75.2* |
1.9* |
-- |
18.9* |
1.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
0.5 | 206 |
| M |
1.1* |
1.4* |
6.5* |
5.4* |
0.7 |
0.7 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
82.6 | 276 |
| |
| Basepair (1143:1220)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.6* |
2.3* |
25.8* |
18.3* |
7.2 |
0.1 |
1.3 |
1.1 |
5.3 |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
26.7 | 857 |
| 3 |
17.7* |
4.2* |
42.4* |
13.5* |
10.0 |
0.2 |
0.2 |
1.7 |
9.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.2 | 481 |
| B |
32.2* |
0.8* |
0.4* |
26.0* |
18.2 |
-- |
0.4 |
3.3 |
17.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
19.4* |
30.6* |
27.8* |
5.6* |
11.1 |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
3.0* |
-- |
-- |
78.0* |
13.0 |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
3.4* |
94.6* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 | 203 |
| M |
1.1 |
-- |
6.2* |
5.1* |
0.4 |
-- |
2.5 |
0.4 |
0.4 |
-- |
1.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.6 | 276 |
| |
| Basepair (1144:1219)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.4* |
3.5* |
31.5* |
14.8* |
0.9 |
1.0 |
0.9 |
0.2 |
7.2 |
3.8 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
26.8 | 859 |
| 3 |
9.1* |
5.6 |
52.0* |
9.7 |
1.0 |
1.9 |
0.4 |
-- |
12.6* |
6.8 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 483 |
| B |
6.2* |
6.6 |
45.9* |
11.6 |
0.8 |
1.2 |
0.8 |
-- |
25.2* |
0.4 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
25.0* |
16.7* |
8.3* |
41.7* |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
22.0* |
-- |
7.0* |
62.0* |
1.0 |
-- |
5.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
9.8* |
2.4* |
66.3* |
2.0* |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
0.5 |
15.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 205 |
| M |
2.2* |
1.1* |
4.7* |
6.5* |
0.7 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
83.4 | 276 |
| |
| Basepair (1145:1218)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
22.1* |
15.5 |
4.7 |
2.1* |
3.1 |
25.0* |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
26.8 | 860 |
| 3 |
38.6* |
26.7* |
4.1* |
0.4* |
5.2 |
24.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 484 |
| B |
27.3* |
11.6 |
8.3 |
0.4* |
2.9 |
49.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 242 |
| A |
47.2* |
5.6* |
-- |
-- |
47.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
1.0* |
1.0 |
4.0 |
-- |
-- |
93.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
51.0* |
47.6* |
-- |
0.5* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 206 |
| M |
0.7* |
1.1* |
5.8* |
5.8* |
0.7 |
1.1 |
0.4 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
83.0 | 276 |
| |
| Basepair (1146:1217)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
13.3* |
7.2* |
4.9* |
26.5* |
19.8 |
0.5 |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
26.7 | 860 |
| 3 |
3.5* |
12.2* |
7.0* |
43.4* |
33.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 484 |
| B |
5.8 |
5.0* |
12.4* |
12.4 |
64.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
8.3* |
80.6* |
11.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
85.0* |
-- |
-- |
6.0* |
7.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
8.7* |
-- |
86.9* |
3.4 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 206 |
| M |
4.3* |
1.1* |
2.9* |
4.3* |
0.7 |
1.4 |
-- |
0.7 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 276 |
| |
| Basepair (1147:1216)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
45.1* |
25.7* |
0.2* |
0.1 |
0.8 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
26.9 | 859 |
| 3 |
-- |
57.6* |
42.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 483 |
| B |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
93.0* |
3.0* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
0.5* |
98.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 205 |
| M |
0.4* |
5.8* |
5.4* |
0.7* |
0.4 |
1.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.7 |
0.7 |
83.3 | 276 |
| |
| Basepair (1151:1215)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1* |
1.2 |
0.8 |
-- |
0.1 |
14.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
54.8* |
0.6 |
-- |
1.0* |
27.0 | 860 |
| 3 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
12.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
86.8 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 484 |
| B |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
23.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
75.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
58.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
36.0 |
2.0* |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 206 |
| M |
-- |
0.4* |
1.4 |
2.5 |
-- |
0.4 |
1.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
5.4* |
1.1 |
-- |
3.3* |
84.0 | 276 |
| |
| Basepair (1152:1214)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
-- |
0.3 |
5.1 |
-- |
0.1 |
15.5 |
0.3 |
50.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.6* |
26.8 | 860 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
4.1 |
-- |
-- |
11.8 |
0.2 |
83.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 484 |
| B |
-- |
-- |
-- |
8.3 |
-- |
-- |
22.7 |
0.4 |
68.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
97.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
5.0 |
-- |
-- |
68.0 |
2.0 |
25.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 206 |
| M |
0.4* |
-- |
1.1* |
6.9* |
-- |
0.4 |
2.9 |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
1.8 |
83.3 | 276 |
| |
| Basepair (1152:1216)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.2 |
0.5 |
-- |
0.5 |
25.6 |
0.1 |
45.6* |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
0.1 |
0.3* |
26.9 | 859 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
42.2 |
-- |
57.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 483 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 205 |
| M |
-- |
-- |
0.7 |
1.4 |
-- |
1.4 |
4.7 |
0.4 |
6.2* |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
0.4 |
1.1* |
83.2 | 276 |
| |
| Basepair (1153:2786)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
65.8* |
0.7* |
0.1* |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.7 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
31.0 | 676 |
| 3 |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 | 381 |
| B |
-- |
96.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 222 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
98.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8* |
-- | 55 |
| E |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 123 |
| M |
-- |
7.9* |
2.1* |
0.4* |
-- |
-- |
0.8 |
0.4 |
1.7 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.4 |
85.0 | 240 |
| |
| Basepair (1154:1213)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.3* |
0.3* |
3.6 |
0.5* |
-- |
6.9 |
59.8* |
0.8 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
26.9 | 860 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
3.3 |
-- |
-- |
0.6 |
95.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 484 |
| B |
-- |
-- |
-- |
6.6 |
-- |
-- |
1.2 |
91.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 242 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
7.0 |
-- |
-- |
49.0 |
35.0 |
7.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 206 |
| M |
-- |
1.1* |
1.1* |
2.9 |
1.4* |
-- |
2.5 |
5.8* |
-- |
-- |
0.7 |
0.4 |
-- |
-- |
0.7 |
0.4 |
83.1 | 276 |
| |
| Basepair (1155:1212)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
27.7* |
5.2* |
0.6* |
31.4* |
13.7 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.6 |
19.4 | 859 |
| 3 |
47.6* |
-- |
-- |
30.0* |
21.3 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 | 483 |
| B |
0.8* |
-- |
-- |
57.9* |
40.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 242 |
| A |
75.0* |
-- |
-- |
11.1* |
13.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
83.0 |
14.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
97.6* |
-- |
-- |
0.5* |
0.5 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 205 |
| M |
2.9* |
16.3* |
1.8* |
15.2* |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
1.4 |
59.4 | 276 |
| |
| Basepair (1156:1211)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
60.5* |
16.1* |
0.9* |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.9 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
19.3 | 855 |
| 3 |
-- |
85.8* |
13.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 479 |
| B |
-- |
87.0* |
13.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 238 |
| A |
-- |
88.9* |
11.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
82.0* |
5.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
13.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
83.9* |
15.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 205 |
| M |
0.4* |
8.7* |
24.3* |
2.9* |
0.4 |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.7 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
59.4 | 276 |
| |
| Basepair (1157:1210)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.8* |
34.5* |
14.8* |
20.7* |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
19.2 | 860 |
| 3 |
5.4* |
37.6* |
21.3* |
34.9* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 | 484 |
| B |
-- |
66.5* |
31.4* |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 242 |
| A |
69.4* |
19.4* |
2.8* |
8.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
95.0* |
5.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.5* |
7.3* |
12.6* |
78.2* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 | 206 |
| M |
18.1* |
7.2* |
6.9* |
3.3* |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
0.7 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
59.9 | 276 |
| |
| Basepair (1158:1209)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
30.0* |
1.5* |
5.5* |
42.1* |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.1 |
19.5 | 860 |
| 3 |
51.4* |
1.0* |
-- |
46.9* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 484 |
| B |
6.2* |
-- |
-- |
93.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
97.2 |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
96.1* |
2.4* |
-- |
0.5* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 206 |
| M |
3.3* |
2.9* |
17.0* |
12.7* |
-- |
0.4 |
1.1 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.7 |
-- |
0.7 |
0.4 |
60.1 | 276 |
| |
| Basepair (1159:1208)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
70.0* |
-- |
1.3 |
1.3* |
0.1 |
5.0* |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
0.9* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
19.4 | 858 |
| 3 |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 | 483 |
| B |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
95.0* |
-- |
-- |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- | 100 |
| E |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
1.0 | 205 |
| M |
10.2* |
-- |
4.0 |
2.9* |
0.4 |
15.6* |
1.1 |
-- |
0.4 |
2.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
1.8 |
60.1 | 275 |
| |
| Basepair (1160:1207)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
0.9 |
4.8 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
38.7 |
0.6 |
1.0* |
2.1 |
0.2* |
0.2 |
45.3* |
0.1 |
0.3 |
0.5* |
4.3 | 858 |
| 3 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
43.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
55.7 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 483 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.5 |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
25.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
72.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
14.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
86.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
92.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.3 |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 205 |
| M |
0.4* |
2.9* |
14.2 |
0.7 |
0.4 |
0.7 |
38.9* |
1.8 |
3.3 |
6.5 |
0.7 |
0.7 |
12.4 |
0.4 |
1.1 |
1.5* |
13.5 | 275 |
| |
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