Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (27 of 60)


Basepair (1161:1185)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.2* 25.0* 13.9* 51.5* 0.1 0.1 0.7 0.5 0.2 2.0 0.3 0.3 0.7 -- 0.1 1.3 3.0864
3 -- 41.9* -- 57.3* -- -- -- -- 0.2 -- -- -- -- -- -- 0.2 0.4489
B -- -- -- 99.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 0.4243
A -- 5.6* -- 91.7* -- -- -- -- 2.8 -- -- -- -- -- -- -- --36
C -- -- -- 96.0 -- -- -- 4.0 -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E -- 96.2* -- 3.3* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.5210
M 0.7* 4.0* 44.4* 25.1* 0.4 0.4 2.2 -- 0.4 6.2 1.1 1.1 2.2 -- 0.4 2.9 8.8275
 
Basepair (1162:1184)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 51.0* 0.8* 21.6* 12.2* 0.7 0.5 8.4 1.0 0.2 0.6 0.2 -- 0.1 -- 0.2 0.2 2.1866
3 69.0* 0.4* 27.9* 0.4* 0.2 0.8 -- 0.4 -- 0.2 0.4 -- -- -- -- -- 0.2491
B 40.6* -- 56.1* -- -- 1.6 -- 0.8 -- 0.4 0.4 -- -- -- -- -- --244
A 94.4* 5.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C 82.0* 1.0* 2.0* 8.0* 3.0 -- -- 4.0 -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E 97.2* -- 0.5* 0.9* 0.5 -- -- -- -- -- 0.5 -- -- -- -- -- 0.5211
M 7.6* 1.5* 17.5* 35.6* 0.7 -- 26.5 0.4 0.7 1.5 -- -- 0.4 -- 0.7 0.7 6.3275
 
Basepair (1163:1183)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 92.6* 0.1* 0.9* 3.7* 0.8 -- 0.5 -- -- -- 0.1 -- -- -- -- 0.2 1.0864
3 99.4* -- -- 0.2* -- -- -- -- -- -- 0.2 -- -- -- -- -- 0.2489
B 99.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- -- -- -- --242
A 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C 92.0* -- -- 3.0* 5.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E 99.1* -- -- 0.5* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.5211
M 80.7* 0.4* 2.9* 10.2* 0.7 -- 1.5 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.7 3.0275
 
Basepair (1164:1192)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- 97.0* 0.3* -- -- 0.8 0.2 0.1 -- -- 0.1 -- -- -- 0.6 0.8864
3 -- -- 99.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.2 0.2488
B -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --245
A -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E -- -- 99.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.5 0.5207
M -- -- 91.3* 1.1* -- -- 2.5 0.7 0.4 -- -- 0.4 -- -- -- 1.4 2.3276
 
Basepair (1166:1180)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 59.6* 0.2* 3.1* 5.1* 1.2 -- 0.5 0.1 0.1 0.1 -- 1.7 19.7 0.1 7.4 0.1 1.0868
3 58.3* 0.2* 0.2* 3.9* 0.6 -- 0.8 -- -- -- -- -- 34.3 0.2 0.4 -- 1.0492
B 89.8* -- 0.4* 3.7* -- -- -- -- -- -- -- -- 3.7 -- 0.8 -- 1.6245
A 73.0* -- -- 27.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --37
C 4.0 -- 12.0 3.0 -- -- -- -- 1.0* 1.0 -- 15.0* 2.0* -- 62.0* -- --100
E 19.5 0.5* -- -- 1.4 -- 1.9 -- -- -- -- -- 75.7* 0.5 -- -- 0.5210
M 81.9* 0.4* 5.1* 8.0* 2.5 -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- 0.4 1.4276
 
Basepair (1167:1179)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 71.4* 14.9* 7.8* 3.0* 1.2 0.1 -- 0.2 -- 0.1 -- -- -- 0.1 -- 0.5 0.7867
3 57.2* 26.3* 13.0* 3.3* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.2491
B 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --244
A 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --37
C 97.0* -- -- 1.0* 2.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E 0.5* 61.0* 30.5* 7.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.5210
M 88.0* -- 1.4* 3.3* 2.9 0.4 -- 0.7 -- 0.4 -- -- -- -- -- 1.4 1.4276
 
Basepair (1168:1178)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 95.1* 1.8* 0.5* 0.1 1.0 0.2 -- -- 0.3 0.1 -- -- -- -- 0.2 0.6869
3 -- 97.6* 0.6* -- -- 1.0 -- -- -- 0.4 0.2 -- -- -- -- -- 0.2493
B -- 99.2 -- -- -- 0.4 -- -- -- -- 0.4 -- -- -- -- -- --245
A -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --37
C -- 99.0 -- -- -- 1.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E -- 95.3* 1.4* -- -- 1.9 -- -- -- 0.9 -- -- -- -- -- -- 0.5211
M -- 89.1* 4.7* 1.4* 0.4 1.1 0.7 -- -- 0.4 -- -- -- -- -- 0.7 1.4276
 
Basepair (1169:1177)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 0.1* 46.6* 4.0 -- 0.8 0.5 20.3* -- 24.6 0.7 -- -- -- -- 1.2 1.3869
3 -- 0.2* 53.8* 5.1 -- -- 0.8 35.7* -- 3.7 0.6 -- -- -- -- -- 0.2493
B -- -- 98.8 -- -- -- -- -- -- 1.2 -- -- -- -- -- -- --245
A -- -- 59.5 -- -- -- -- -- -- 40.5 -- -- -- -- -- -- --37
C -- -- 73.0 -- -- -- -- -- -- 26.0 -- -- -- -- -- 1.0 --100
E -- 0.5* 0.9* 11.8 -- -- 1.9 82.9* -- -- 1.4 -- -- -- -- -- 0.5211
M -- -- 24.3 3.6* -- 2.5* -- -- -- 61.6* 1.1 -- -- -- -- 3.3 3.6276
 
Basepair (1174:1200)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- 0.3 1.8 0.1 0.1 89.0* 4.2 0.3 0.1 -- -- 2.1 0.1* -- 0.1 1.7866
3 -- -- -- 0.2 -- -- 96.1* 0.2 -- 0.2 -- -- 2.9 0.2* -- -- 0.2490
B -- -- -- 0.4 -- -- 93.8* -- -- 0.4 -- -- 5.4 -- -- -- --242
A -- -- -- -- -- -- 100 -- -- -- -- -- -- -- -- -- --37
C -- -- -- -- -- -- 100 -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E -- -- -- -- -- -- 98.1 0.5 -- -- -- -- 0.5 0.5 -- -- 0.5211
M -- -- 1.1 5.4 0.4* 0.4 72.5* 12.7 1.1 -- -- -- 1.4 -- -- 0.4 4.7276
 
Basepair (1186:1190)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.1* 26.9* 45.2* 1.0* 0.1 0.1 0.1 -- -- 0.1 -- -- 0.1 0.1 0.3 0.8 24.8871
3 -- 46.8* 52.4* -- -- 0.2 -- -- -- -- -- -- 0.2 -- -- -- 0.4496
B -- 0.8* 98.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- -- --248
A -- 59.5* 40.5* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --37
C -- -- 98.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.0 -- --100
E -- 98.1* 0.5* -- -- 0.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.0211
M 0.4* 0.7* 13.1* 3.3* 0.4 -- 0.4 -- -- 0.4 -- -- -- 0.4 0.4 2.5 78.2275
 
Basepair (1191:1206)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 88.0* 0.5* 1.8* 6.8* 0.9 -- 0.2 0.1 -- 0.2 0.2 -- -- -- -- 0.3 0.8868
3 94.7* 0.8* -- 3.9* 0.2 -- -- -- -- -- 0.2 -- -- -- -- -- 0.2492
B 98.4* 0.8* -- 0.4* -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- -- -- -- --249
A 64.9* 5.4* -- 29.7* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --37
C 92.0* -- -- 6.0* 1.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.0 --100
E 95.6* -- -- 3.4* 0.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.5206
M 74.6* -- 5.8* 12.3* 2.2 -- 0.7 0.4 -- 0.7 0.4 -- -- -- -- 0.7 2.3276
 
Basepair (1194:1205)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.1* 2.4* 1.5 33.8 0.2 0.2 0.6* 0.1 -- 0.3 -- 0.1 -- -- 0.6 58.6* 1.3870
3 -- 1.4* -- 22.9 -- 0.2 0.2* -- -- -- -- -- -- -- 0.8 74.3* 0.2494
B -- -- -- 42.2 -- 0.4 0.4* -- -- -- -- -- -- -- -- 57.0* --251
A -- 5.4* -- 18.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 75.7* --37
C -- -- 2.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.0 --100
E -- 2.4* -- 0.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.9 94.7* 0.5206
M 0.4* 5.1* 4.0* 65.6* 0.7 0.4 1.4 0.4 -- 1.1 -- 0.4 -- -- 0.4 16.3 4.1276
 
Basepair (1195:1204)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 93.3* 0.1* 1.9* 1.8* 0.5 -- 0.3 0.1 0.1 -- -- 0.5 0.1 -- -- 0.7 0.6875
3 99.0* -- 0.6* -- 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.2499
B 99.6 -- -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --256
A 91.9* -- 8.1* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --37
C 98.0* -- 2.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E 99.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.5206
M 81.2* 0.4* 4.3* 5.8* 1.1 -- 1.1 0.4 0.4 -- -- 1.4 0.4 -- -- 2.2 1.5276
 
Basepair (1196:1203)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.2* 70.1* 26.8* 0.5* -- 0.1 0.5 -- 0.3 -- 0.1 0.1 0.1 0.1 -- 0.2 0.8876
3 -- 58.4* 40.8* -- -- 0.2 -- -- -- -- -- -- -- 0.2 -- -- 0.4500
B -- 99.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- 0.4257
A -- 94.6* 5.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --37
C -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E -- 1.5* 97.6* -- -- 0.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.5206
M 0.7* 80.4* 11.2* 1.4* -- -- 1.4 -- 1.1 -- 0.4 0.4 0.4 -- -- 0.7 1.9276
 
Basepair (1197:1202)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- 1.0 0.6* 0.3 0.1* 0.6 0.1 -- 0.1 0.2* -- 95.3* 0.1 -- 0.5 1.1879
3 -- -- -- -- 0.6 -- -- -- -- 0.2 -- -- 98.6 0.2 -- -- 0.4503
B -- -- -- -- 0.8 -- -- -- -- 0.4 -- -- 98.8 -- -- -- --260
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 -- -- -- --37
C -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 -- -- -- --100
E -- -- -- -- 0.5 -- -- -- -- -- -- -- 98.1 0.5 -- -- 1.0206
M -- -- 3.3 1.8* -- 0.4* 1.8 0.4 -- -- 0.7* -- 87.7* -- -- 1.4 2.5276
 

Last generated : Mon Jul 1 2002 (8 : 31)