Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (28 of 60)
| Basepair (1235:1236)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.3 |
4.5 |
24.9* |
1.9* |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
23.2 |
0.2 |
2.9 |
38.5 | 874 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
7.2* |
39.8 |
2.8 |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
40.8* |
0.2* |
2.0 |
2.0 | 498 |
| B |
-- |
-- |
-- |
13.6 |
74.0* |
-- |
4.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
0.4* |
3.8 |
2.7 | 265 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
35.1* |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
18.9* |
32.4 |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
2.0* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
96.9 |
-- |
-- |
1.0 | 196 |
| M |
-- |
-- |
1.1* |
1.1 |
6.9* |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
0.4 |
5.4 |
83.7 | 276 |
| |
| Basepair (1235:2080)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.8 |
-- |
0.9* |
1.3 |
7.9 |
3.4 |
0.5 |
1.9* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
16.4 |
35.6* |
1.1 |
0.8 |
29.3 | 797 |
| 3 |
0.9 |
-- |
-- |
2.1 |
14.2 |
5.0 |
0.2 |
2.8* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
6.4 |
66.6* |
0.7 |
-- |
0.4 | 422 |
| B |
1.3 |
-- |
-- |
3.8 |
24.3 |
3.0 |
0.4 |
5.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.2 |
49.8* |
1.3 |
-- |
0.8 | 235 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
37.8 |
-- |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
51.4 |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
6.0 |
-- |
3.0 |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
87.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
96.0 |
-- |
-- |
-- | 150 |
| M |
0.7 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
2.2* |
-- |
1.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.2* |
0.7 |
2.2 |
2.2 |
84.0 | 275 |
| |
| Basepair (1268:1290)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.3* |
28.0* |
6.0* |
20.4* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
26.5 | 872 |
| 3 |
16.1* |
47.4* |
4.0* |
31.0* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 496 |
| B |
24.0* |
19.4* |
-- |
55.1* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 263 |
| A |
45.9* |
21.6* |
2.7* |
24.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
69.0* |
2.0* |
25.0* |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
89.8* |
9.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 196 |
| M |
4.0* |
2.5* |
2.5* |
7.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.7 | 276 |
| |
| Basepair (1269:1289)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
12.8* |
8.8 |
6.5 |
24.1* |
6.4 |
12.7* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
28.0 | 872 |
| 3 |
22.4* |
13.7 |
7.7 |
21.4* |
11.3 |
22.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 496 |
| B |
0.8* |
21.7 |
14.1 |
24.3* |
-- |
38.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 263 |
| A |
64.9* |
24.3* |
-- |
2.7* |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
1.0* |
1.0* |
4.0* |
89.0* |
-- |
2.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 | 100 |
| E |
42.9* |
1.0 |
0.5 |
21.4* |
27.0 |
4.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 196 |
| M |
-- |
2.9* |
5.4* |
5.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
85.8 | 276 |
| |
| Basepair (1270:1286)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.7* |
7.7* |
43.1* |
4.3* |
2.1 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
1.8 |
28.5 | 867 |
| 3 |
17.3* |
11.8* |
58.2* |
3.3* |
3.3 |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.6 |
0.2 |
2.2 |
2.0 | 491 |
| B |
23.7* |
8.4* |
50.4* |
5.0* |
5.7 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
1.1 |
-- |
2.7 |
1.9 | 262 |
| A |
24.3* |
51.4* |
16.2* |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.4 | 37 |
| C |
2.0* |
1.0* |
79.0* |
6.0* |
1.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.0 |
4.0 | 100 |
| E |
7.3* |
8.9* |
76.6* |
1.6* |
0.5 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
2.1 |
1.6 | 192 |
| M |
2.2* |
2.9* |
3.3* |
5.4* |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
84.8 | 276 |
| |
| Basepair (1271:1285)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
11.1* |
24.5* |
21.2* |
9.5* |
0.7 |
2.0 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.6 |
-- |
0.2 |
0.2 |
29.2 | 871 |
| 3 |
15.4* |
39.2* |
28.1* |
10.3* |
0.6 |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.2 |
1.8 | 495 |
| B |
17.6* |
28.6* |
32.4* |
10.7* |
0.8 |
5.3 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
0.8 |
-- |
1.9 | 262 |
| A |
35.1* |
-- |
21.6* |
40.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
19.0* |
8.0* |
35.0* |
23.0* |
2.0 |
2.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
9.0 | 100 |
| E |
8.7* |
61.2* |
23.0* |
4.1* |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
1.5 | 196 |
| M |
0.7* |
4.0* |
4.0* |
3.3* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.4 |
86.3 | 276 |
| |
| Basepair (1272:1284)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.8* |
6.9* |
15.5* |
21.8* |
3.6 |
2.5 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.6 |
0.5 |
1.1 |
30.1 | 873 |
| 3 |
28.4* |
10.5* |
15.1* |
32.4* |
5.4 |
1.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
0.8 |
1.6 |
3.0 | 497 |
| B |
21.6* |
9.5* |
19.3* |
34.1* |
8.0 |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.8 |
-- |
-- |
3.9 | 264 |
| A |
18.9* |
67.6* |
5.4* |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
4.0* |
6.0* |
41.0* |
17.0* |
4.0 |
16.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
2.0 |
-- |
2.0 |
7.0 | 100 |
| E |
39.3* |
1.0* |
11.2* |
35.7* |
2.6 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
2.0 |
4.1 |
2.0 | 196 |
| M |
0.7* |
0.7* |
6.9* |
4.3* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
87.0 | 276 |
| |
| Basepair (1273:1283)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
14.2* |
16.4* |
11.8* |
15.3* |
2.7 |
2.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.8 |
0.1 |
-- |
0.1 |
1.3 |
34.8 | 873 |
| 3 |
23.7* |
26.0* |
14.3* |
19.7* |
4.8 |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.2 |
1.0 |
6.2 | 497 |
| B |
12.1* |
28.4* |
22.0* |
24.2* |
0.8 |
3.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
6.8 | 264 |
| A |
27.0* |
43.2* |
10.8* |
13.5* |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
6.0* |
13.0* |
21.0* |
20.0* |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
2.0 |
1.0 |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
29.0 | 100 |
| E |
38.8* |
19.4* |
4.1* |
15.3* |
10.2 |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
6.6 | 196 |
| M |
-- |
0.4* |
4.0* |
5.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
88.4 | 276 |
| |
| Basepair (1274:1282)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
15.7* |
14.1* |
8.6* |
15.0* |
1.4 |
0.9 |
0.5 |
-- |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.8 |
42.0 | 871 |
| 3 |
25.1* |
23.0* |
8.1* |
22.0* |
2.4 |
1.6 |
0.2 |
-- |
0.6 |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
-- |
1.0 |
14.9 | 495 |
| B |
5.7* |
34.7* |
7.9* |
27.2* |
1.5 |
1.1 |
0.4 |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
20.0 | 265 |
| A |
40.5* |
10.8* |
5.4* |
16.2* |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
21.6 | 37 |
| C |
6.0* |
7.0* |
28.0* |
12.0* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
44.0 | 100 |
| E |
48.7* |
9.8* |
8.3* |
16.1* |
3.1 |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
2.6 |
6.7 | 193 |
| M |
2.5* |
0.7* |
2.5* |
3.6* |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.9 | 276 |
| |
| Basepair (1275:1281)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
17.0* |
8.5* |
5.4* |
11.4* |
1.6 |
0.8 |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.6 |
53.1 | 872 |
| 3 |
28.4* |
13.5* |
4.8* |
16.7* |
2.4 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
0.4 |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.6 |
30.8 | 496 |
| B |
8.3* |
18.2* |
8.7* |
12.5* |
1.9 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
48.1 | 264 |
| A |
10.8* |
40.5* |
2.7* |
10.8* |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.1 |
2.7 |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
16.2 | 37 |
| C |
6.0* |
5.0* |
16.0* |
9.0* |
1.0 |
2.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
58.0 | 100 |
| E |
59.0* |
2.1* |
-- |
23.6* |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
1.5 |
10.3 | 195 |
| M |
0.4* |
0.7* |
2.5* |
2.5* |
0.4 |
0.7 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
91.2 | 276 |
| |
| Basepair (1276:1280)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2* |
0.9 |
2.1 |
0.7 |
0.7 |
4.0* |
0.8* |
0.2 |
1.4 |
0.9 |
0.3 |
1.0* |
0.6 |
1.7 |
-- |
1.0 |
83.5 | 874 |
| 3 |
0.4 |
1.4 |
2.6 |
0.2 |
1.2 |
6.8* |
0.2 |
0.2* |
2.2 |
1.0 |
0.6 |
1.2* |
0.6* |
3.0 |
-- |
0.4 |
77.8 | 498 |
| B |
0.8 |
0.4 |
3.4 |
0.4 |
2.3 |
12.8* |
0.4 |
-- |
4.2 |
-- |
1.1 |
2.3* |
1.1* |
3.4 |
-- |
0.8 |
66.8 | 265 |
| A |
-- |
13.5 |
10.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7* |
-- |
13.5* |
-- |
-- |
-- |
16.2* |
-- |
-- |
43.2 | 37 |
| C |
-- |
1.0* |
4.0 |
3.0 |
-- |
1.0 |
6.0* |
1.0 |
1.0 |
2.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
2.0* |
78.0 | 100 |
| E |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 | 196 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
1.1 |
0.4* |
-- |
-- |
1.8* |
95.2 | 276 |
| |
Last generated : Mon Jul 1 2002 (8 : 31)