Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (29 of 60)
| Basepair (1300:1330)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2 |
0.9 |
4.0 |
0.8 |
0.1 |
-- |
8.6 |
0.3 |
-- |
7.0 |
3.4 |
3.6* |
59.1* |
3.0 |
1.4* |
2.2 |
5.4 | 872 |
| 3 |
0.2 |
0.4* |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
7.8 |
0.2* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
82.9* |
5.0 |
-- |
-- |
1.2 | 497 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.8 |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 267 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
94.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.5 |
1.0* |
4.1 |
-- |
-- |
-- |
19.2 |
0.5* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
60.1* |
13.0 |
-- |
-- |
1.0 | 193 |
| M |
0.4 |
2.2 |
9.8 |
2.5 |
0.4 |
-- |
12.7 |
0.7* |
-- |
21.1* |
10.9 |
11.3 |
1.5 |
0.4* |
4.4 |
6.9* |
14.9 | 275 |
| |
| Basepair (1301:1354)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.9* |
76.3* |
13.6* |
1.3* |
0.2 |
0.9 |
0.3 |
-- |
0.2 |
3.8 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.6 |
1.3 | 865 |
| 3 |
0.2* |
93.5* |
3.9* |
-- |
0.2 |
0.8 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 | 489 |
| B |
-- |
98.5* |
0.4* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 267 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.5* |
84.9* |
9.7* |
-- |
0.5 |
1.6 |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.5 | 185 |
| M |
2.5* |
37.3* |
35.9* |
4.0* |
0.4 |
1.4 |
0.7 |
-- |
0.4 |
11.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
1.8 |
3.7 | 276 |
| |
| Basepair (1302:1353)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.9 |
0.1 |
0.5 |
3.1 |
57.0* |
-- |
18.5* |
5.0 |
0.1 |
0.2 |
0.8* |
3.5 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
1.8 |
3.0 | 867 |
| 3 |
4.9 |
-- |
-- |
0.8 |
78.0* |
-- |
2.9* |
1.8 |
-- |
-- |
1.4* |
5.9 |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
1.2 |
2.4 | 491 |
| B |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
91.8* |
-- |
2.2* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
2.2 |
0.4 | 267 |
| A |
45.9 |
-- |
-- |
-- |
48.6* |
-- |
2.7* |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
20.0 |
-- |
-- |
-- |
80.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
64.2* |
-- |
3.7 |
3.7* |
-- |
-- |
3.7 |
15.5 |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
5.8 | 187 |
| M |
2.5 |
0.4* |
1.4 |
8.3 |
11.2* |
-- |
52.9* |
12.3 |
0.4 |
0.7 |
-- |
0.4 |
0.7 |
-- |
-- |
3.6 |
5.1 | 276 |
| |
| Basepair (1303:1351)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
9.9* |
69.9* |
4.5* |
0.1 |
0.5 |
12.3 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.3 |
1.2 | 871 |
| 3 |
-- |
16.4* |
81.6* |
0.8* |
0.2 |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 | 495 |
| B |
-- |
0.4* |
98.9* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- | 267 |
| A |
-- |
37.8* |
62.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
34.6* |
61.3* |
2.1* |
0.5 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 191 |
| M |
-- |
1.8* |
38.0 |
12.7 |
-- |
0.7 |
38.4* |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
0.4 |
1.1* |
3.7 | 276 |
| |
| Basepair (1304:1350)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.9 |
11.6* |
57.1* |
4.3 |
13.3* |
0.5 |
0.3 |
0.3* |
0.1 |
4.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
1.5 |
1.4 | 870 |
| 3 |
7.7 |
11.7* |
51.4* |
4.3 |
22.9* |
0.2 |
-- |
0.4* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
0.2 | 494 |
| B |
-- |
11.2* |
83.9* |
4.5* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 267 |
| A |
5.4 |
37.8* |
21.6* |
5.4 |
13.5* |
-- |
-- |
2.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
13.5 |
-- | 37 |
| C |
-- |
1.0* |
97.0* |
1.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
18.9 |
7.4* |
12.1* |
3.7 |
56.3* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 190 |
| M |
1.8* |
12.7* |
52.9* |
5.4* |
1.1 |
0.7 |
1.1 |
0.4 |
0.4 |
13.0 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
2.9 |
7.0 | 276 |
| |
| Basepair (1305:1349)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
23.7* |
60.2* |
5.3* |
3.4* |
4.4 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.3 |
1.3 | 872 |
| 3 |
39.5* |
47.0* |
1.4* |
4.0* |
6.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 | 496 |
| B |
18.4* |
79.0* |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- | 267 |
| A |
43.2* |
54.1* |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
1.0* |
97.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
67.7* |
1.6* |
2.6* |
10.4* |
16.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 192 |
| M |
3.6* |
70.7* |
13.4* |
3.6* |
1.8 |
1.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
4.1 | 276 |
| |
| Basepair (1306:1348)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.3* |
26.0* |
52.8* |
9.8* |
2.3 |
1.7 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.6 |
1.6 | 869 |
| 3 |
6.7* |
23.9* |
53.3* |
8.9* |
3.7 |
1.4 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.6 |
0.4 | 493 |
| B |
0.4* |
18.4* |
76.4* |
1.5* |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 267 |
| A |
13.5* |
35.1* |
37.8* |
2.7* |
2.7 |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
-- | 37 |
| C |
-- |
64.0* |
30.0* |
-- |
-- |
6.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
14.3* |
29.6* |
24.3* |
20.1* |
9.0 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
1.0 | 189 |
| M |
1.4* |
15.9* |
60.1* |
12.3* |
0.7 |
0.7 |
-- |
-- |
2.5 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
0.7 |
4.5 | 276 |
| |
| Basepair (1307:1347)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
49.5* |
3.0* |
5.1* |
37.2* |
2.0 |
1.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
1.5 | 871 |
| 3 |
62.4* |
4.0* |
3.6* |
24.8* |
3.0 |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 495 |
| B |
41.7* |
2.6* |
6.4* |
44.4* |
2.6 |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 266 |
| A |
64.9* |
5.4* |
-- |
10.8* |
18.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
83.0* |
4.0* |
1.0* |
11.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
90.6* |
5.7* |
0.5* |
0.5* |
0.5 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 192 |
| M |
14.1* |
0.7* |
6.5* |
68.8* |
0.7 |
0.7 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
3.3 |
4.0 | 276 |
| |
| Basepair (1308:1346)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.7* |
10.0* |
32.8* |
15.2* |
0.5 |
1.8 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
0.6 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
16.3 |
3.0 | 871 |
| 3 |
31.1* |
5.9* |
14.9* |
23.8* |
0.6 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
-- |
0.2 |
21.6 |
0.4 | 495 |
| B |
2.2* |
7.5* |
24.7 |
25.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
38.2* |
0.4 | 267 |
| A |
32.4* |
13.5* |
8.1* |
29.7* |
2.7 |
10.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- | 37 |
| C |
1.0* |
57.0* |
23.0* |
3.0* |
-- |
7.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.0 |
-- | 100 |
| E |
70.7* |
2.1* |
2.6* |
19.9* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
2.6 |
0.5 | 191 |
| M |
0.4 |
0.4 |
68.5* |
4.0* |
0.4 |
1.8 |
1.1 |
-- |
-- |
0.4 |
1.4* |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
9.8 |
9.2 | 276 |
| |
| Basepair (1309:1345)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
13.1* |
2.8 |
14.4 |
6.3 |
0.7 |
18.2* |
14.4* |
-- |
0.1 |
2.0 |
-- |
0.3* |
0.9 |
0.5 |
0.7 |
2.0 |
23.6 | 869 |
| 3 |
15.8* |
3.7 |
12.4 |
5.3 |
1.2 |
36.7* |
18.5* |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
0.4* |
1.0 |
0.6 |
0.2 |
3.0 |
0.6 | 493 |
| B |
26.9* |
3.0 |
9.8 |
8.7 |
2.3 |
9.8* |
34.5* |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.8* |
1.9 |
1.1 |
-- |
-- |
0.4 | 264 |
| A |
10.8* |
2.7 |
21.6 |
5.4* |
-- |
48.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.8 |
-- | 37 |
| C |
1.0* |
6.0* |
51.0* |
4.0* |
-- |
3.0 |
9.0 |
-- |
-- |
11.0 |
-- |
1.0 |
2.0 |
1.0 |
5.0 |
6.0 |
-- | 100 |
| E |
1.6* |
4.2 |
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-- |
70.8* |
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-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
5.7 |
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| M |
13.4* |
-- |
6.5* |
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-- |
0.7 |
9.1 |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
2.2 |
56.9 | 276 |
| |
| Basepair (1310:1344)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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15.3* |
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10.0 |
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-- |
3.4 |
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-- |
0.7 |
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0.5 |
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| 3 |
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23.0* |
9.5* |
1.8 |
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13.9 |
0.4 |
-- |
5.3 |
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-- |
1.2 |
-- |
10.3 |
-- |
0.2 |
0.4 | 495 |
| B |
4.1 |
9.7 |
5.6 |
-- |
32.2* |
17.6* |
-- |
-- |
9.4 |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
18.7 |
-- |
-- |
0.4 | 267 |
| A |
64.9* |
5.4 |
-- |
5.4* |
-- |
24.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
3.0* |
74.0* |
1.0* |
-- |
9.0 |
3.0 |
-- |
2.0 |
2.0 |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
| E |
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1.0 |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
0.5 | 191 |
| M |
-- |
-- |
4.3* |
7.6* |
2.9 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
84.5 | 276 |
| |
| Basepair (1311:1343)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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15.3* |
5.7* |
2.1* |
2.0 |
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1.6 |
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0.3 |
1.4 |
-- |
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0.2 |
2.6 |
0.1 |
27.0 | 870 |
| 3 |
66.2* |
21.1* |
2.0* |
1.4* |
2.6 |
1.8 |
0.2 |
1.2 |
1.2 |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
1.2 |
-- |
-- |
0.4 | 494 |
| B |
42.5* |
38.7* |
4.5* |
2.3* |
4.5 |
3.4 |
0.4 |
0.4 |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.4 | 266 |
| A |
97.3 |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
1.0 |
28.0 |
15.0* |
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3.0* |
4.0 |
13.0 |
2.0 |
31.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
94.2* |
1.0* |
-- |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
2.1 |
0.5 |
-- |
0.5 | 191 |
| M |
-- |
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9.1* |
3.3* |
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1.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
84.5 | 276 |
| |
| Basepair (1312:1342)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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7.6* |
2.1* |
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2.4 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.5 |
-- |
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0.1 |
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1.4* |
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-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
0.2 |
-- |
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1.5* |
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-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 267 |
| A |
78.4* |
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-- |
2.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
92.0* |
-- |
-- |
5.0* |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
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1.0* |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
0.5 |
-- |
0.5 |
0.5 |
0.5 |
-- |
1.0 | 191 |
| M |
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2.5* |
-- |
3.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
85.5 | 276 |
| |
| Basepair (1316:1341)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
0.1 |
-- |
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-- |
0.3* |
0.3 |
-- |
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-- |
-- |
0.2* |
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-- |
-- |
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-- |
0.2 |
-- |
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0.6* |
0.6 |
-- |
0.2* |
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-- |
-- |
-- |
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| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4* |
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-- |
-- |
-- |
0.4 | 267 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
14.1 |
-- |
1.6* |
1.0 |
-- |
-- |
81.7* |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 191 |
| M |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.2* |
-- |
-- |
0.4* |
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| |
| Basepair (1317:1340)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.7 |
0.1* |
-- |
2.9 |
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1.3* |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
28.2 | 872 |
| 3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
3.8 |
0.8 |
91.9* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.4 | 496 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
0.4 |
-- |
98.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 267 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
97.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.9 |
2.1 |
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5.2* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 | 192 |
| M |
-- |
-- |
0.4* |
2.2 |
-- |
-- |
1.4 |
0.4 |
6.5* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
88.4 | 276 |
| |
| Basepair (1318:1339)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
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| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
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0.5* |
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0.3* |
0.3 |
1.3 |
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0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.2 |
27.8 | 871 |
| 3 |
-- |
0.2 |
-- |
1.8 |
0.2* |
0.2 |
0.8 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
0.4 | 495 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
0.4 | 266 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0* |
-- | 100 |
| E |
-- |
0.5 |
-- |
4.7 |
0.5* |
0.5 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 192 |
| M |
-- |
1.1 |
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0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
87.4 | 276 |
| |
| Basepair (1319:1338)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3 |
-- |
0.5* |
1.4 |
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-- |
-- |
3.2* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
1.0 |
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| 3 |
0.6 |
-- |
-- |
0.2 |
92.1* |
-- |
-- |
5.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
0.2 | 496 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 267 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
96.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
| E |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
80.7* |
-- |
-- |
14.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
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| M |
-- |
-- |
1.4* |
3.3 |
8.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
85.5 | 276 |
| |
| Basepair (1320:1337)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
20.6* |
32.3* |
12.4* |
2.2* |
0.3 |
4.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
27.2 | 871 |
| 3 |
33.7* |
46.1* |
10.9* |
0.8* |
0.6 |
6.9 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 | 495 |
| B |
56.6* |
27.7* |
1.9* |
1.1* |
1.1 |
11.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 267 |
| A |
21.6* |
54.1* |
13.5* |
-- |
-- |
10.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
2.0* |
51.0* |
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1.0* |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
| E |
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-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 | 191 |
| M |
3.6* |
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5.1* |
5.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.5 | 276 |
| |
| Basepair (1321:1336)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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6.9* |
11.8* |
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20.7 |
-- |
0.2 |
0.6 |
-- |
0.5 |
-- |
0.1 |
0.6 |
0.5 |
0.3 |
27.5 | 870 |
| 3 |
9.1* |
40.3* |
5.5* |
12.3* |
1.0 |
29.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.2 |
1.0 |
-- |
-- |
0.6 | 494 |
| B |
4.9* |
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1.9 |
7.9* |
-- |
51.7* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
0.4 |
1.5 |
-- |
-- |
-- | 265 |
| A |
-- |
35.1* |
24.3* |
24.3* |
8.1 |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
4.0* |
8.0 |
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1.0 |
33.0* |
-- |
1.0 |
5.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
| E |
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16.1* |
1.0 |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
1.5 | 192 |
| M |
-- |
-- |
6.9* |
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1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
0.4 |
85.9 | 276 |
| |
| Basepair (1322:1335)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.7* |
6.5 |
7.0 |
15.8* |
9.0 |
19.2* |
0.2 |
0.3 |
0.5 |
0.3* |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
0.3 |
1.3 |
28.2 | 871 |
| 3 |
17.8* |
9.7 |
5.5 |
23.4* |
14.9 |
24.4* |
-- |
0.2 |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.6 |
2.0 | 495 |
| B |
17.2* |
4.1* |
2.6* |
41.2* |
27.7 |
4.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
0.7 |
0.4 | 267 |
| A |
73.0* |
18.9* |
-- |
-- |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
2.0* |
8.0 |
17.0 |
8.0* |
3.0 |
43.0* |
1.0 |
2.0 |
4.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
8.0 |
-- | 100 |
| E |
7.9* |
15.2 |
10.5 |
3.1* |
0.5 |
56.0* |
-- |
-- |
-- |
1.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
4.6 | 191 |
| M |
1.1* |
0.4* |
6.2* |
5.1* |
0.4 |
1.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.5 | 276 |
| |
| Basepair (1323:1334)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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7.7 |
9.5 |
7.9* |
3.6 |
13.6* |
0.8 |
0.6 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.6 |
0.3 |
2.2 |
29.5 | 861 |
| 3 |
39.2* |
8.9 |
9.7 |
7.8* |
5.6 |
18.8* |
0.4 |
1.0 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
1.0 |
0.4 |
2.7 |
3.5 | 485 |
| B |
30.3* |
13.9 |
14.6 |
8.6* |
-- |
28.5* |
0.7 |
1.5 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.7 |
0.4 | 267 |
| A |
97.3* |
2.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
3.0* |
20.0* |
26.0* |
14.0* |
2.0 |
23.0 |
3.0 |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.0 |
1.0 | 100 |
| E |
40.9* |
2.8 |
5.0 |
8.3* |
14.9 |
7.7* |
-- |
0.6 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
2.2 |
1.1 |
6.1 |
9.0 | 181 |
| M |
0.4* |
1.1* |
3.3* |
5.8* |
0.7 |
1.1 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.7 |
85.9 | 276 |
| |
| Basepair (1324:1333)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
17.9* |
10.1* |
3.8 |
10.3 |
6.1 |
0.6 |
16.6* |
0.2 |
1.2 |
0.5 |
0.3 |
0.3 |
0.5 |
0.3 |
0.2 |
0.6* |
30.3 | 867 |
| 3 |
29.7* |
11.0* |
2.0 |
12.2 |
8.8 |
0.4 |
27.3* |
-- |
0.6 |
0.2 |
0.6 |
0.4 |
0.6 |
0.6 |
-- |
0.2* |
5.2 | 491 |
| B |
14.0* |
14.3* |
2.3 |
14.3 |
1.1 |
-- |
50.6* |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.8 | 265 |
| A |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
91.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
8.0* |
32.0* |
12.0* |
14.0* |
4.0 |
3.0 |
10.0 |
2.0 |
7.0 |
2.0 |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
1.0 |
1.0 |
2.0 | 100 |
| E |
57.7* |
8.5* |
2.1* |
10.6* |
3.2 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
1.6 |
0.5 |
-- |
0.5 |
12.7 | 189 |
| M |
0.4* |
0.7* |
4.0* |
5.4* |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
1.1 |
85.5 | 276 |
| |
| Basepair (1325:1332)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
23.1* |
24.6* |
5.4* |
8.7* |
1.7 |
7.0 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
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-- |
0.2 |
27.9 | 873 |
| 3 |
34.8* |
42.1* |
3.0* |
3.0* |
1.6 |
11.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.6 |
-- |
-- |
1.8 | 497 |
| B |
11.2* |
61.8* |
2.6* |
-- |
1.1 |
22.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 | 267 |
| A |
27.0* |
51.4* |
16.2* |
2.7* |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
27.0* |
4.0* |
3.0* |
56.0* |
7.0 |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
68.4* |
13.5* |
1.0* |
7.3* |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
4.1 |
-- |
-- |
3.1 | 193 |
| M |
0.7* |
0.7* |
10.5* |
1.8* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
85.5 | 276 |
| |
| Basepair (1326:1331)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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47.1* |
10.9* |
3.6* |
0.8 |
4.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.9 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
27.4 | 873 |
| 3 |
5.0* |
67.6* |
11.5* |
5.4* |
1.2 |
6.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.6 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.6 | 497 |
| B |
7.1* |
68.2* |
12.0* |
0.7* |
1.9 |
9.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 267 |
| A |
5.4* |
75.7* |
13.5* |
-- |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
2.0* |
71.0* |
21.0* |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 | 100 |
| E |
2.6* |
65.3* |
10.4* |
12.4* |
0.5 |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
4.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 193 |
| M |
4.0* |
1.4* |
6.2* |
1.4* |
0.4 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.5 | 276 |
| |
| Basepair (1327:1330)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.9 |
0.5 |
2.7 |
2.1* |
1.3 |
0.1* |
3.8 |
1.1 |
0.1 |
4.0 |
1.9* |
1.4 |
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3.2 |
0.5 |
1.4 |
8.2 | 874 |
| 3 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
92.6* |
5.4 |
0.2 |
-- |
0.6 | 498 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.5 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 267 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5* |
-- |
83.0* |
13.9 |
0.5 |
-- |
1.0 | 194 |
| M |
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4.0 |
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12.7* |
5.8 |
4.3 |
10.9 |
0.4 |
1.1 |
4.3 |
25.0 | 276 |
| |
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