Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (31 of 60)
| Basepair (1401:1721)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
12.9* |
50.7* |
20.1* |
0.7* |
3.6 |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.8 |
-- |
0.1 |
2.8 |
0.6 |
-- |
0.5 |
6.3 | 834 |
| 3 |
22.7* |
62.0* |
0.7* |
1.1* |
6.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
4.8 |
1.1 |
-- |
0.9 |
0.2 | 458 |
| B |
3.4* |
95.0* |
-- |
1.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 261 |
| A |
17.1* |
82.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
97.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
56.4* |
1.9* |
1.9 |
0.6 |
17.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
14.1 |
3.2 |
-- |
2.6* |
0.6 | 156 |
| M |
1.4* |
15.2* |
59.1* |
0.4* |
0.4 |
1.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
2.5 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
18.6 | 276 |
| |
| Basepair (1402:1720)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
33.3* |
19.2* |
3.1* |
19.3* |
6.3 |
10.9 |
0.1 |
0.2 |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
5.9 | 827 |
| 3 |
53.9* |
1.6* |
-- |
32.4* |
11.3 |
0.2 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 451 |
| B |
69.7* |
2.0* |
-- |
27.2* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 254 |
| A |
90.2* |
-- |
-- |
4.9* |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
95.0* |
5.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
19.2* |
1.3* |
-- |
47.4* |
29.5 |
0.6 |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 156 |
| M |
11.6* |
20.7 |
7.6 |
5.1* |
0.4 |
32.2* |
0.4 |
-- |
-- |
4.0* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
17.5 | 276 |
| |
| Basepair (1403:1719)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.8* |
84.0* |
3.5* |
0.1* |
0.1 |
1.4 |
-- |
-- |
0.1 |
2.0 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
6.1 | 836 |
| 3 |
3.3* |
94.6* |
1.5* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 460 |
| B |
-- |
99.2* |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
97.0* |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
9.7* |
85.2* |
3.2* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 155 |
| M |
-- |
61.6* |
6.9* |
0.4* |
-- |
4.3 |
-- |
-- |
0.4 |
6.2 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
18.2 | 276 |
| |
| Basepair (1404:1718)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
62.2* |
16.8* |
0.5* |
-- |
7.5 |
0.6 |
-- |
-- |
1.0 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
10.5 | 837 |
| 3 |
-- |
82.6* |
9.5* |
0.9* |
-- |
6.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 | 461 |
| B |
-- |
99.2* |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
96.0* |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
50.6* |
26.3* |
2.6* |
-- |
17.9 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 | 156 |
| M |
-- |
15.9* |
34.1* |
-- |
-- |
12.7 |
1.8 |
-- |
-- |
2.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
0.7 |
31.2 | 276 |
| |
| Basepair (1405:1716)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
17.5 |
-- |
1.2* |
0.5 |
46.1* |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.6 |
0.2 |
0.2 |
0.8 |
27.7 | 835 |
| 3 |
18.0 |
-- |
1.1* |
0.2 |
71.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.3 |
0.2 |
0.2 |
0.4 |
0.4 | 460 |
| B |
30.4 |
-- |
-- |
0.4 |
68.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 |
-- | 263 |
| A |
7.3 |
-- |
12.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
80.5 |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
61.0* |
-- |
-- |
2.0* |
33.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
2.0 | 100 |
| E |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
94.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
0.6 |
0.6* |
-- |
1.2 | 156 |
| M |
0.7 |
-- |
1.8 |
0.4 |
9.1* |
3.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
1.5 |
82.9 | 275 |
| |
| Basepair (1407:1717)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.4 |
-- |
2.6 |
2.6 |
-- |
0.8* |
44.0* |
19.6 |
0.8 |
0.5 |
0.4* |
0.2 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
27.3 | 837 |
| 3 |
0.7 |
-- |
3.7 |
0.2 |
-- |
1.5* |
55.5* |
34.9 |
1.1 |
-- |
0.7* |
0.2 |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
0.4 | 461 |
| B |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
2.7* |
81.1* |
9.5 |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
2.0 |
21.0 |
-- |
-- |
74.0 |
2.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
1.9 |
-- |
2.6* |
0.6 |
-- |
-- |
1.3 |
86.5* |
-- |
-- |
1.9 |
0.6* |
-- |
-- |
3.2 |
-- |
1.2 | 156 |
| M |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
13.8* |
0.4 |
0.4 |
1.4 |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.6 | 276 |
| |
| Basepair (1409:1700)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
66.0* |
0.2* |
0.7* |
24.0* |
1.0 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
1.2 |
0.2 |
0.1 |
5.6 | 841 |
| 3 |
81.9* |
-- |
1.1* |
15.9* |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 465 |
| B |
70.0* |
-- |
1.1* |
27.4* |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 263 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
3.0* |
1.0* |
-- |
95.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
96.9* |
-- |
1.2* |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 161 |
| M |
61.6* |
0.4* |
0.4* |
12.0* |
1.4 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 |
0.4 |
0.7 |
3.6 |
0.7 |
0.4 |
17.2 | 276 |
| |
| Basepair (1410:1699)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
23.2* |
46.9* |
10.7* |
11.9* |
0.6 |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
5.5 | 842 |
| 3 |
41.8* |
26.6* |
9.9* |
20.6* |
0.6 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 466 |
| B |
0.8* |
45.8* |
17.4* |
35.6* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
82.9* |
7.3* |
-- |
4.9* |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
94.0* |
5.0* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
98.1* |
-- |
-- |
0.6* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 161 |
| M |
-- |
64.1* |
14.1* |
1.4* |
0.7 |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
17.1 | 276 |
| |
| Basepair (1411:1698)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
13.3* |
43.0* |
3.3* |
29.0* |
4.8 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
5.6 | 842 |
| 3 |
13.5* |
54.9* |
-- |
22.1* |
8.6 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 466 |
| B |
1.1* |
97.0* |
-- |
1.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 264 |
| A |
85.4* |
-- |
-- |
12.2* |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
96.0* |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
15.5* |
0.6* |
-- |
58.4* |
24.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 161 |
| M |
17.8* |
3.6* |
8.7* |
50.7* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
17.1 | 276 |
| |
| Basepair (1412:1697)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.3* |
39.5* |
27.1* |
1.0* |
0.1 |
5.6 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.8 |
0.5 |
0.1 |
-- |
5.8 | 842 |
| 3 |
32.4* |
42.3* |
20.2* |
-- |
0.2 |
3.4 |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 466 |
| B |
0.8* |
58.3* |
35.2* |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
-- |
90.2* |
2.4* |
-- |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
12.0* |
62.0* |
-- |
-- |
19.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
91.9* |
4.3* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 | 161 |
| M |
1.1* |
44.6* |
26.1* |
2.9* |
-- |
4.3 |
0.7 |
-- |
0.7 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
0.4 |
-- |
17.3 | 276 |
| |
| Basepair (1414:1681)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
7.8 |
0.2 |
-- |
5.2 |
27.6 |
28.7* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
1.7* |
28.5 | 843 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
7.3 |
39.8 |
48.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 | 467 |
| B |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
4.5 |
31.7 |
62.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
| A |
-- |
-- |
-- |
12.2 |
-- |
-- |
2.4 |
17.1 |
68.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
38.0 |
-- |
-- |
9.0 |
33.0 |
10.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.0 |
3.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
13.0 |
59.0 |
19.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.5 | 161 |
| M |
-- |
-- |
-- |
5.8 |
0.7 |
-- |
0.4 |
5.1 |
2.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
83.1 | 276 |
| |
| Basepair (1414:1682)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
1.1 |
29.8 |
0.8 |
0.7 |
26.7 |
21.6 |
9.3 |
-- |
-- |
1.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.6 |
7.8 | 843 |
| 3 |
-- |
-- |
0.2 |
13.9 |
-- |
-- |
43.5 |
34.7 |
4.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.2 | 467 |
| B |
-- |
-- |
-- |
21.5 |
-- |
-- |
5.3 |
61.1 |
7.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.5 | 265 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
6.0* |
26.0 |
-- |
1.0 |
5.0 |
8.0 |
54.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
0.6 |
5.0 |
-- |
-- |
91.3* |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 | 161 |
| M |
-- |
0.4 |
0.7 |
58.0* |
2.5 |
1.8* |
6.2 |
4.3 |
1.1 |
-- |
-- |
3.6 |
0.7* |
0.4 |
-- |
1.8 |
18.6 | 276 |
| |
| Basepair (1415:1680)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
60.2* |
-- |
-- |
7.6* |
4.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
27.1 | 842 |
| 3 |
82.6* |
-- |
-- |
12.7* |
4.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 466 |
| B |
96.2 |
-- |
-- |
-- |
3.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
97.0* |
-- |
-- |
2.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
56.5* |
-- |
-- |
36.0* |
6.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 161 |
| M |
9.1* |
-- |
-- |
1.1* |
6.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
82.5 | 276 |
| |
| Basepair (1416:1679)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
72.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
27.1 | 840 |
| 3 |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 465 |
| B |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 263 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 161 |
| M |
16.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
82.6 | 275 |
| |
| Basepair (1418:1446)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
11.0 |
0.5 |
0.1 |
3.9 |
0.5 |
-- |
0.1* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.5* |
-- |
2.9 |
73.3* |
6.9 | 863 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 |
0.2 | 487 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- | 265 |
| A |
-- |
-- |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.7 |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 |
1.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.9 |
0.6 | 181 |
| M |
-- |
-- |
34.4* |
0.4 |
-- |
12.3 |
1.8 |
-- |
0.4* |
0.4 |
-- |
0.4* |
1.4 |
-- |
9.1 |
18.8 |
20.7 | 276 |
| |
| Basepair (1419:1678)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
71.5* |
0.2* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
28.2 | 841 |
| 3 |
-- |
-- |
99.4* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 465 |
| B |
-- |
-- |
98.9* |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 264 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| M |
-- |
-- |
14.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.2 | 276 |
| |
| Basepair (1420:1444)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.2* |
62.6* |
8.6* |
8.7* |
1.3 |
0.3 |
3.1 |
1.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
0.2 |
0.2 |
0.3 |
8.2 | 864 |
| 3 |
-- |
88.9* |
10.0* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 488 |
| B |
-- |
99.6* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 266 |
| A |
-- |
70.7* |
29.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
77.3* |
19.9* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 | 181 |
| M |
13.0* |
3.3* |
9.1* |
27.2* |
4.0 |
0.7 |
9.8 |
3.6 |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
1.8 |
-- |
0.7 |
1.1 |
24.3 | 276 |
| |
| Basepair (1421:1443)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.5* |
74.3* |
13.8* |
0.8* |
0.3 |
0.7 |
0.3 |
-- |
0.8 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
6.9 | 864 |
| 3 |
0.4* |
97.1* |
1.8* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 488 |
| B |
0.8* |
98.1* |
1.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 266 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
95.0* |
3.3* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 | 181 |
| M |
0.7* |
25.4* |
39.9* |
2.5* |
1.1 |
1.8 |
1.1 |
-- |
2.5 |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
21.8 | 276 |
| |
| Basepair (1422:1442)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.5* |
18.1* |
39.6* |
21.4* |
-- |
5.0 |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
10.4 | 864 |
| 3 |
7.2* |
5.1* |
52.3* |
34.4* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 488 |
| B |
0.8* |
1.5* |
85.7* |
11.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 266 |
| A |
-- |
39.0* |
41.5* |
19.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
1.0* |
58.0* |
1.0* |
-- |
38.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
18.2* |
2.8* |
5.5* |
71.3* |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 181 |
| M |
1.4* |
47.1* |
10.5* |
5.8* |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
32.7 | 276 |
| |
| Basepair (1423:1441)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
24.3* |
18.2* |
19.8* |
24.9* |
0.3 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
10.7 | 863 |
| 3 |
40.9* |
15.6* |
29.8* |
13.1* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 487 |
| B |
74.3* |
4.5* |
-- |
21.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
| A |
-- |
80.5* |
12.2* |
4.9* |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
1.0* |
76.0* |
12.0* |
3.0* |
-- |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
1.1* |
17.1* |
77.3* |
3.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 181 |
| M |
3.6* |
1.8* |
5.1* |
53.6* |
1.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
33.4 | 276 |
| |
| Basepair (1424:1440)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
47.2* |
20.7* |
1.5* |
12.0* |
0.9 |
5.8 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
10.9 | 864 |
| 3 |
56.8* |
18.0* |
-- |
16.6* |
1.0 |
7.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 | 488 |
| B |
30.5* |
33.1* |
-- |
22.2* |
1.1 |
13.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 266 |
| A |
78.0* |
-- |
-- |
19.5* |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
77.0* |
4.0* |
3.0* |
-- |
14.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
90.1* |
-- |
-- |
7.7* |
0.6 |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 | 181 |
| M |
47.5* |
5.1* |
3.3* |
7.2* |
1.1 |
0.4 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
34.2 | 276 |
| |
| Basepair (1425:1439)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
35.5* |
6.2* |
17.5* |
10.5* |
-- |
-- |
10.5 |
-- |
1.8 |
1.6 |
0.1 |
-- |
0.6 |
-- |
1.5 |
1.3 |
13.0 | 857 |
| 3 |
52.8* |
11.0* |
27.9* |
3.1* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
2.3 |
0.2 |
-- |
0.6 |
-- |
0.8 |
0.6 |
0.4 | 481 |
| B |
80.7* |
13.1* |
4.2* |
1.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 259 |
| A |
95.1* |
-- |
-- |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
34.0* |
-- |
2.0* |
63.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
3.3* |
11.0* |
68.0* |
4.4* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
6.1 |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
2.2 |
1.7 |
1.1 | 181 |
| M |
5.8* |
-- |
5.1 |
4.3 |
-- |
-- |
32.2* |
-- |
5.1 |
1.1 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
3.3 |
2.9* |
39.5 | 276 |
| |
| Basepair (1429:1437)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
35.0* |
28.0* |
11.3* |
9.0* |
1.2 |
-- |
0.9 |
0.8 |
-- |
0.6 |
0.5 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
12.0 | 864 |
| 3 |
22.3* |
49.0* |
14.8* |
11.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 | 488 |
| B |
41.0* |
22.9* |
15.0* |
20.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 266 |
| A |
-- |
17.1* |
70.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
12.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
98.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
-- |
94.5* |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.3 | 181 |
| M |
34.4* |
1.1* |
9.4* |
8.0* |
3.6 |
-- |
2.9 |
2.5 |
-- |
-- |
1.1 |
0.7 |
0.4 |
-- |
-- |
1.1 |
34.7 | 276 |
| |
| Basepair (1430:1436)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
59.6* |
0.1* |
0.9* |
17.0* |
5.7 |
0.2 |
0.8 |
2.0 |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
1.2 |
11.8 | 858 |
| 3 |
64.7* |
0.2* |
0.8* |
25.3* |
5.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
1.2 | 482 |
| B |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 260 |
| A |
95.1* |
-- |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
99.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
7.7* |
0.6* |
1.1* |
66.9* |
15.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.0 |
3.3 | 181 |
| M |
36.2* |
-- |
1.4* |
8.3* |
7.6 |
0.7 |
2.5 |
6.2 |
1.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.4 |
34.4 | 276 |
| |
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