Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (32 of 60)
| Basepair (1448:1677)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
70.4 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
5.1 |
22.8 | 842 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
97.9 |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 466 |
| B |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
| A |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
94.4 |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| M |
-- |
-- |
-- |
13.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
15.6 |
70.0 | 276 |
| |
| Basepair (1449:1513)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
63.1* |
1.2* |
1.5* |
1.7* |
2.0 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
29.7 | 864 |
| 3 |
90.6* |
1.6* |
2.3* |
1.2* |
3.5 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 488 |
| B |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 266 |
| A |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
98.0* |
-- |
-- |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
75.1* |
4.4* |
6.1* |
3.3* |
9.4 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 | 181 |
| M |
1.8* |
0.7* |
0.7* |
2.5* |
-- |
0.4 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
92.7 | 276 |
| |
| Basepair (1450:1512)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.6* |
10.1* |
58.3* |
0.3* |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
29.9 | 863 |
| 3 |
0.6* |
17.7* |
81.1* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 487 |
| B |
1.1* |
8.7* |
90.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
| A |
-- |
68.3* |
31.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
97.0* |
-- |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
19.3* |
79.0* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 181 |
| M |
0.7* |
0.4* |
4.0* |
1.1* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
92.7 | 276 |
| |
| Basepair (1451:1676)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
92.8* |
0.4* |
-- |
-- |
0.7 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.8 | 842 |
| 3 |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 466 |
| B |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| M |
-- |
79.0* |
1.1* |
-- |
-- |
1.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
18.3 | 276 |
| |
| Basepair (1452:1675)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
66.3* |
-- |
0.5* |
26.0* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
6.1 | 841 |
| 3 |
94.4* |
-- |
0.9* |
3.0* |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 465 |
| B |
92.4* |
-- |
1.5* |
3.8* |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 263 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
4.0* |
-- |
-- |
96.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
96.3* |
-- |
-- |
2.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 | 161 |
| M |
41.7* |
-- |
-- |
39.5* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
18.5 | 276 |
| |
| Basepair (1453:1674)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
64.5* |
0.6 |
0.4 |
23.8* |
0.1 |
1.9* |
0.2 |
1.3 |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
6.9 | 842 |
| 3 |
71.2* |
1.1 |
-- |
23.6* |
-- |
3.4* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 466 |
| B |
87.8* |
-- |
-- |
12.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 262 |
| A |
87.8* |
-- |
-- |
12.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
97.0* |
-- |
-- |
2.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
40.5* |
3.1 |
-- |
44.8* |
-- |
9.8* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 163 |
| M |
41.3* |
-- |
1.1* |
31.9* |
-- |
-- |
0.7 |
3.6 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
20.6 | 276 |
| |
| Basepair (1454:1491)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2 |
17.2 |
3.1 |
0.2 |
0.1* |
24.0* |
15.2* |
3.5 |
1.0 |
0.2 |
0.3* |
0.1 |
2.4 |
0.5 |
3.8 |
0.3 |
27.6 | 864 |
| 3 |
-- |
23.2 |
3.7 |
-- |
-- |
41.2* |
20.5* |
1.4 |
1.6 |
0.4 |
0.2* |
-- |
0.8 |
0.2 |
5.3 |
-- |
1.4 | 488 |
| B |
-- |
36.8* |
6.0 |
-- |
-- |
2.6 |
36.8* |
2.6 |
1.5 |
0.8 |
0.4 |
-- |
1.5 |
-- |
9.4* |
-- |
1.6 | 266 |
| A |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
92.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
7.0 |
2.0 |
-- |
6.0 |
31.0* |
23.0 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
17.0 |
3.0* |
7.0* |
2.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
7.2 |
1.1 |
-- |
-- |
85.6* |
1.1* |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
1.7 | 181 |
| M |
0.7* |
13.0* |
0.7* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
84.1 | 276 |
| |
| Basepair (1455:1490)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.8* |
68.1* |
2.8* |
-- |
-- |
0.2 |
1.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
26.7 | 864 |
| 3 |
1.0* |
95.5* |
0.6 |
-- |
-- |
0.2 |
2.0* |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 488 |
| B |
0.4* |
99.2* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 266 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
2.2* |
89.0* |
1.1 |
-- |
-- |
0.6 |
5.5* |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 181 |
| M |
0.7* |
8.0* |
7.6* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.4 | 276 |
| |
| Basepair (1456:1489)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
71.7* |
1.2* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
26.6 | 863 |
| 3 |
0.2* |
98.4* |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 487 |
| B |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
99.0* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.6* |
95.6* |
2.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 | 181 |
| M |
-- |
14.9* |
1.8* |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 276 |
| |
| Basepair (1457:1485)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
72.8 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
26.8 | 864 |
| 3 |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 488 |
| B |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 266 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
98.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 181 |
| M |
-- |
-- |
16.3 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.4 | 276 |
| |
| Basepair (1457:1657)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
69.8 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
29.7 | 861 |
| 3 |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 485 |
| B |
-- |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 179 |
| M |
-- |
-- |
7.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.5 | 276 |
| |
| Basepair (1459:1484)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.5* |
0.3 |
-- |
-- |
3.7 |
-- |
68.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
26.9 | 862 |
| 3 |
-- |
-- |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
4.1 |
-- |
94.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 486 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
95.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
93.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
2.2* |
-- |
-- |
-- |
9.9 |
-- |
86.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 181 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
13.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.3 | 276 |
| |
| Basepair (1460:1483)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
62.3* |
1.7* |
0.7* |
1.6* |
6.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
27.0 | 859 |
| 3 |
89.0* |
2.9* |
-- |
0.2 |
6.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.4* |
0.4 | 483 |
| B |
88.5 |
-- |
-- |
-- |
11.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- | 261 |
| A |
65.9* |
31.7* |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
88.0* |
-- |
-- |
5.0* |
7.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
95.0* |
0.6* |
-- |
0.6 |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1* |
1.2 | 181 |
| M |
6.2* |
0.4* |
2.2* |
2.9* |
4.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
83.4 | 276 |
| |
| Basepair (1461:1482)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
9.4 |
17.4* |
6.6* |
16.7 |
20.2* |
0.5 |
0.1 |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
27.5 | 862 |
| 3 |
12.8 |
30.2* |
9.7* |
18.3 |
24.7* |
0.4 |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
1.4 | 486 |
| B |
12.1 |
28.8* |
12.1* |
4.2 |
40.9* |
-- |
-- |
1.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
36.6* |
31.7* |
17.1* |
-- |
12.2 |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
7.0 |
-- |
-- |
37.0 |
54.0* |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
8.3* |
32.0* |
4.4* |
42.5* |
4.4 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
3.9 | 181 |
| M |
4.3* |
1.1* |
3.6* |
6.5* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
83.4 | 276 |
| |
| Basepair (1462:1481)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.9* |
36.5* |
3.8* |
3.8* |
0.2 |
6.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.2 |
47.7 | 864 |
| 3 |
0.8* |
49.8* |
2.5* |
3.3* |
0.2 |
5.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
37.3 | 488 |
| B |
-- |
80.8* |
2.6* |
5.6* |
-- |
10.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 | 266 |
| A |
9.8* |
68.3* |
12.2* |
2.4* |
2.4 |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
69.0* |
7.0* |
2.0* |
-- |
22.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 181 |
| M |
1.4* |
1.1* |
5.1* |
5.4* |
0.4 |
1.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.7 |
83.4 | 276 |
| |
| Basepair (1463:1480)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.1 |
1.3* |
1.0 |
1.5* |
0.1 |
-- |
5.1 |
0.1 |
0.6 |
2.4 |
0.7 |
-- |
32.5* |
-- |
2.7* |
0.7 |
49.0 | 864 |
| 3 |
3.5 |
2.3* |
0.8 |
1.6* |
-- |
-- |
3.9 |
0.2 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
49.6* |
-- |
-- |
0.2 |
37.1 | 488 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.1 |
0.4* |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
91.0* |
-- |
-- |
-- |
-- | 266 |
| A |
41.5* |
26.8* |
9.8* |
19.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
17.0 |
-- |
-- |
17.0 |
6.0 |
-- |
38.0* |
-- |
22.0* |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 181 |
| M |
0.4* |
-- |
1.8 |
1.8 |
0.4 |
-- |
2.9* |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
1.8* |
88.4 | 276 |
| |
| Basepair (1464:1479)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.7* |
0.6* |
1.3* |
42.6* |
0.1 |
0.2 |
0.5 |
0.7 |
-- |
0.3 |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
0.6 |
1.0 |
48.7 | 863 |
| 3 |
4.5* |
0.8* |
1.4* |
55.4* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
37.2 | 487 |
| B |
-- |
-- |
0.4* |
99.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
| A |
53.7* |
9.8* |
14.6* |
17.1* |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
92.0* |
-- |
2.0* |
2.0 |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 181 |
| M |
0.4 |
0.4 |
1.4 |
2.2 |
-- |
-- |
0.7* |
0.7 |
-- |
0.7 |
1.4* |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
3.3* |
86.9 | 276 |
| |
| Basepair (1465:1478)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.7 |
0.7 |
0.6* |
1.6* |
0.7 |
0.5 |
0.7 |
0.1 |
2.1 |
-- |
0.3* |
0.2 |
0.1 |
38.6* |
0.1 |
0.3 |
51.6 | 862 |
| 3 |
3.1 |
1.2 |
0.2* |
2.1* |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
49.6* |
-- |
0.2 |
40.3 | 486 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
90.5 |
-- |
-- |
5.7 | 264 |
| A |
36.6* |
14.6* |
2.4* |
24.4* |
7.3 |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
2.4 |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
1.0 |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.0 |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
99.4 | 181 |
| M |
-- |
-- |
1.4 |
1.4 |
0.4 |
-- |
2.2* |
0.4 |
1.8 |
-- |
1.1* |
0.7 |
-- |
0.4* |
0.4 |
0.7* |
89.1 | 276 |
| |
| Basepair (1466:1477)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.7 |
0.2 |
0.3 |
0.3* |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
1.2* |
0.9 |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
95.2 | 864 |
| 3 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.6* |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
2.0* |
1.6 |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
92.6 | 488 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 266 |
| A |
-- |
4.9 |
-- |
4.9 |
7.3* |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
24.4* |
19.5 |
-- |
24.4 |
-- |
-- |
-- |
12.2 | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 181 |
| M |
-- |
1.4* |
0.7* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.5 | 276 |
| |
| Basepair (1467:1475)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.6* |
43.2* |
2.4* |
2.8* |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
48.7 | 862 |
| 3 |
2.1* |
58.0* |
0.4* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
38.6 | 486 |
| B |
1.5* |
94.3* |
-- |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 264 |
| A |
14.6* |
80.5* |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
83.0* |
11.0* |
2.0* |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 181 |
| M |
1.4* |
2.5* |
2.9* |
7.2* |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
84.1 | 276 |
| |
| Basepair (1468:1474)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.6* |
31.6* |
7.2* |
5.3* |
1.1 |
0.8 |
0.7 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
49.1 | 857 |
| 3 |
5.4* |
36.8* |
8.9* |
6.7* |
1.7 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
39.1 | 481 |
| B |
0.8* |
63.7* |
16.6* |
12.4* |
1.9 |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 259 |
| A |
58.5* |
29.3* |
-- |
-- |
7.3 |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
1.0* |
80.0* |
10.0* |
5.0* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 181 |
| M |
1.4* |
5.1* |
3.3* |
2.9* |
0.4 |
0.4 |
1.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
84.0 | 276 |
| |
| Basepair (1469:1472)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.8* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.2* |
-- |
-- |
2.2* |
1.9 |
93.7 | 864 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.4* |
-- |
-- |
3.9* |
2.9 |
92.0 | 488 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 266 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.3 |
4.9* |
-- |
-- |
46.3* |
34.1 |
4.9 | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
3.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 181 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
0.7 |
-- |
-- |
1.4* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7* |
96.3 | 276 |
| |
| Basepair (1475:1866)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
2.2 |
0.1 |
0.5 |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
44.3* |
0.2 |
-- |
1.1* |
47.0 | 830 |
| 3 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.9 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
60.4 |
0.4 |
-- |
-- |
34.8 | 454 |
| B |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
92.0 |
0.8 |
-- |
-- |
2.7 | 262 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
14.6 |
-- |
-- |
80.5 |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
11.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
87.0* |
-- |
-- |
2.0* |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 151 |
| M |
-- |
-- |
5.8* |
0.4* |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
2.5 |
84.1 | 276 |
| |
| Basepair (1489:1657)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
68.7 |
0.3 |
-- |
-- |
29.7 | 860 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
98.6 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 484 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
96.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 179 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.8 |
0.4 |
-- |
-- |
92.4 | 276 |
| |
| Basepair (1490:1659)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.9 |
-- |
-- |
0.1 |
3.0 |
-- |
2.1 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
60.2 |
0.5 |
-- |
-- |
30.2 | 861 |
| 3 |
5.2 |
-- |
-- |
-- |
4.7 |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
84.1 |
0.4 |
-- |
-- |
1.6 | 485 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.3 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
90.9 |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.1 |
-- |
-- |
-- |
4.9 | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
14.0 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
6.7 |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
71.5 |
1.1 |
-- |
-- |
3.4 | 179 |
| M |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
0.7 |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
4.0* |
0.7 |
-- |
-- |
91.7 | 276 |
| |
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