Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (33 of 60)


Basepair (1494:1511)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 9.1* 1.6* 17.0* 40.2* 0.2 -- 0.1 -- -- 1.2 -- -- -- 0.1 0.1 0.3 29.9864
3 15.4* 2.7* 27.5* 51.4* 0.2 -- -- -- -- 2.0 -- -- -- 0.2 0.2 -- 0.4488
B 13.2* 4.5* 4.5* 77.1* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 0.4 -- --266
A 17.1* -- -- 82.9* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 2.0* -- 5.0* 91.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.0 --100
E 18.2* 0.6* 67.4* 6.6* 0.6 -- -- -- -- 5.5 -- -- -- -- -- -- 1.2181
M 0.7* 0.4* 2.9* 1.8* 0.4 -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 93.2276
 
Basepair (1495:1510)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 2.1* 55.9* 8.7* 2.0* 0.1 0.2 -- 0.3 -- -- 0.1 0.2 -- -- -- 0.1 30.2864
3 3.3* 79.1* 13.3* 3.1* -- 0.4 -- -- -- -- 0.2 -- -- -- -- 0.2 0.4488
B 1.5* 78.9* 19.2* -- -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- -- -- -- --266
A 17.1* 75.6* 7.3* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C -- 97.0* 2.0* 1.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E 2.8* 80.1* 6.1* 8.3* -- 1.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6 1.2181
M 0.7 -- 2.9* 0.4 0.4 -- -- 1.1* -- -- -- 0.7* -- -- -- -- 93.8276
 
Basepair (1496:1509)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 17.1* 9.5* 6.0* 32.7* 2.7 0.1 0.1 0.1 -- -- -- -- 1.0 0.1 0.1 0.1 30.2862
3 28.6* 16.9* 9.9* 37.0* 4.5 -- 0.2 0.2 -- -- -- -- 1.9 0.2 0.2 -- 0.4486
B 17.0* 11.7* 15.5* 55.3* -- -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- --264
A 63.4* 12.2* 7.3* 14.6* 2.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 5.0* -- -- 93.0* 1.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.0 --100
E 37.6* 25.4* 2.2* 15.5* 11.6 -- 0.6 -- -- -- -- -- 5.0 0.6 0.6 -- 1.2181
M 1.1* -- 1.4* 3.3* -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 93.8276
 
Basepair (1497:1508)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 65.9* 0.9* 0.7* 1.5* 0.2 -- -- -- -- -- -- 0.1 -- 0.1 -- -- 30.5864
3 96.1* 1.4* -- 1.4* 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.2 -- -- 0.6488
B 95.9* 2.3* -- 1.1* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- 0.4266
A 92.7* -- -- 7.3* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 96.0* -- -- 3.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.0100
E 97.2* 0.6* -- 0.6* 0.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.2181
M 1.4* 0.4* 2.2* 1.1* 0.4 -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- -- -- 94.2276
 
Basepair (1498:1507)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 66.1* -- 0.9* 1.7* 0.5 -- -- 0.2 -- -- -- -- -- 0.1 -- -- 30.4864
3 96.5* -- 0.4* 1.8* 0.4 -- -- 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6488
B 98.5* -- -- 0.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.8266
A 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 98.0 -- -- -- 2.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E 93.4* -- 0.6* 3.9* 1.1 -- -- 0.6 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6181
M 0.7* -- 2.2* 2.2* -- -- -- 0.4 -- -- -- -- -- 0.4 -- -- 94.2276
 
Basepair (1499:1504)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- 65.1* 0.1* -- -- 1.5 -- -- 2.0 -- -- -- -- 0.1 -- 31.1862
3 -- -- 95.1 -- -- -- 2.3 -- -- 2.3 -- -- -- -- 0.2 -- 0.2487
B -- -- 98.5 -- -- -- -- -- -- 1.5 -- -- -- -- -- -- --265
A -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C -- -- 93.9 -- -- -- -- -- -- 6.1 -- -- -- -- -- -- --99
E -- -- 89.0 -- -- -- 6.1 -- -- 3.9 -- -- -- -- 0.6 -- 0.6181
M -- -- 1.8* 0.4* -- -- 0.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 97.2276
 
Basepair (1514:1672)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 1.2* 42.4* 20.7* 2.7* 0.1 1.8 -- -- -- 0.2 -- -- 0.2 0.1 -- -- 30.5846
3 1.7* 73.4* 16.6* 4.5* -- 3.2 -- -- -- 0.2 -- -- 0.2 0.2 -- -- --470
B 0.8* 73.9* 23.5* 0.8* -- 0.8 -- -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- --264
A 7.3* 90.2* -- 2.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 2.0* 10.0* 86.0* -- -- -- -- -- -- 1.0 -- -- 1.0 -- -- -- --100
E 1.8* 68.5* 9.7* 10.9* -- 7.9 -- -- -- -- -- -- 0.6 0.6 -- -- --165
M -- 1.4* 4.0* 0.7* 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 93.6276
 
Basepair (1515:1671)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 10.0* 9.0* 14.7* 25.7* 4.0 2.6 1.2 0.1 0.1 -- -- 0.1 0.1 0.2 -- 0.2 31.8848
3 14.8* 14.6* 21.0* 36.2* 4.2 3.8 1.9 -- -- -- -- 0.2 -- 0.4 -- 0.4 2.3472
B 5.3* 7.9* 19.2* 49.1* 4.5 6.0 3.4 -- -- -- -- 0.4 -- -- -- -- 4.2265
A 31.7* 9.8* 19.5* 22.0* 14.6 2.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 15.0* 7.0* 15.0* 43.0* 14.0 3.0 -- 1.0 1.0 -- -- -- -- -- -- -- 1.0100
E 25.9* 26.5* 24.7* 18.7* 1.2 0.6 -- -- -- -- -- -- -- 1.2 -- 1.2 --166
M -- -- 4.0* 1.4* -- 0.4 0.4 -- -- -- -- -- 0.4 -- -- -- 93.4276
 
Basepair (1516:1670)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 25.2* 15.8* 7.9* 13.1* 3.5 1.5 0.1 0.2 0.1 0.1 -- -- 0.6 0.4 0.1 0.1 31.1848
3 44.7* 24.8* 8.1* 12.9* 5.3 1.7 0.2 0.2 0.2 -- -- -- 0.6 0.6 0.2 0.2 0.2472
B 29.4* 33.2* 9.4* 16.2* 7.9 1.5 -- -- -- -- -- -- 0.8 1.1 -- -- 0.4265
A 7.3* 63.4* 26.8* -- -- 2.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 2.0* 17.0* 22.0* 45.0* 5.0 5.0 -- 1.0 -- 1.0 -- -- 1.0 -- -- -- 1.0100
E 78.3* 1.8* 1.2* 10.8* 2.4 1.8 0.6 0.6 0.6 -- -- -- 0.6 -- 0.6 0.6 --166
M 0.4* -- 2.9* 1.8* -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- -- 94.6276
 
Basepair (1517:1669)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 19.3* 18.6* 17.8* 4.4* 3.9 1.5 0.5 0.2 0.1 0.4 -- -- 0.1 0.1 0.5 0.7 31.8848
3 34.5* 31.1* 16.9* 6.6* 6.1 1.5 -- 0.2 0.2 0.6 -- -- -- 0.2 0.2 0.8 0.8472
B 6.4 45.7* 25.7* 6.4 9.8* 1.9 -- -- -- 0.8 -- -- -- 0.4 -- 1.5 1.5265
A 46.3* 31.7* 14.6* 4.9* -- -- -- -- -- 2.4 -- -- -- -- -- -- --41
C 2.0* 11.0* 67.0* 7.0* 2.0 4.0 -- -- -- -- -- -- 1.0 -- 3.0 1.0 2.0100
E 75.9* 7.8* 3.6* 7.2* 2.4 1.2 -- 0.6 0.6 -- -- -- -- -- 0.6 -- --166
M 0.4* -- 2.2* 0.7* 0.4 -- 0.7 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 95.4276
 
Basepair (1518:1668)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 8.0* 4.6 20.3* 9.7 1.7 2.4 2.0 2.4 10.5* 0.1 0.2 -- 0.8 0.4 1.5 1.9 33.5847
3 14.2* 4.9 21.7* 15.5 2.8 3.0 3.2 4.2 18.9* -- 0.4 -- 1.5 0.6 2.1 2.5 4.4471
B 15.1* 3.0* 37.0* 20.8* 4.2 5.3 3.4 0.4 -- -- 0.8 -- 2.6 0.8 1.9 4.5 0.4265
A 56.1* 22.0* 4.9* 14.6* 2.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 1.0* 16.0* 71.0* 6.0* 1.0 5.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E 2.4 3.6 1.8 7.3 0.6* -- 3.6 11.5 53.3* -- -- -- -- 0.6 3.0* -- 12.0165
M -- 0.4* 1.1* 1.8* -- 0.4 -- -- -- 0.4 -- -- -- -- -- 0.7 95.3276
 
Basepair (1519:1667)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 21.8* 7.9* 15.2* 11.4* 1.9 1.4 2.1 0.7 0.2 1.4 0.4 0.1 0.4 0.1 1.5 0.7 32.6848
3 38.6* 11.4* 19.5* 15.3* 3.2 1.5 3.2 1.1 0.4 -- 0.4 -- 0.2 0.2 1.9 0.4 2.7472
B 18.1* 17.0* 28.7* 15.8* 5.3 2.3 5.7 0.4 0.8 -- -- -- 0.4 0.4 -- 0.8 4.6265
A 51.2* 7.3* 22.0* 19.5* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 5.0* 18.0* 44.0* 21.0* -- 3.0 -- -- -- 7.0 1.0 -- -- -- -- 1.0 --100
E 68.1* 3.6* 4.2* 13.3* 0.6 0.6 -- 2.4 -- -- 1.2 -- -- -- 5.4 -- 0.6166
M -- 0.7* 0.4* 2.5* -- 0.4 0.4 -- -- -- -- -- -- -- 0.4 -- 95.2276
 
Basepair (1520:1666)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 9.0* 3.1* 32.7* 10.1* 1.2 3.3 1.1 0.6 1.4 0.2 0.1 0.4 1.7 0.9 0.2 0.9 33.0848
3 14.8* 5.1* 45.8* 13.8* 1.7 4.4 1.5 0.8 2.5 0.2 0.2 0.6 2.3 1.7 0.4 0.6 3.4472
B 8.3* 4.9* 46.4* 18.9* 2.6 -- 2.3 1.5 4.2 0.4 -- 0.8 0.8 1.5 0.8 1.1 5.7265
A 85.4* 9.8* -- 2.4* -- 2.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 9.0* 2.0* 63.0* 23.0* -- -- -- 1.0 -- -- -- -- -- -- -- 2.0 --100
E 7.8* 4.2* 56.6* 7.8* 0.6 12.0 0.6 -- 0.6 -- 0.6 0.6 5.4 2.4 -- -- 0.6166
M -- -- 2.5* 0.4* -- -- 0.4 -- -- -- -- -- 0.7 -- -- -- 96.0276
 
Basepair (1521:1665)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 21.5* 5.7* 17.5* 16.3* 1.2 0.4 1.1 0.4 0.6 0.2 0.4 0.4 0.8 0.2 1.4 0.8 31.4848
3 37.5* 10.0* 22.0* 20.1* 2.1 0.2 1.7 0.4 0.6 -- 0.4 -- 1.3 0.4 1.9 0.6 0.6472
B 9.4* 12.1* 32.8* 32.8* 3.8 0.4 2.6 0.8 1.1 -- -- -- 1.5 -- 1.9 0.8 --265
A 63.4* 22.0* -- 4.9* -- -- -- -- -- -- -- -- 4.9 -- -- -- 4.841
C 4.0* 2.0* 43.0* 44.0* 1.0 1.0 -- 2.0 -- 2.0 -- -- -- -- -- -- 1.0100
E 75.3* 3.6* 10.8* 3.6* -- -- 0.6 -- -- -- 1.2 -- -- 1.2 2.4 0.6 0.6166
M -- 0.4* 2.5* 0.4* -- 0.4 -- -- -- -- 0.4 0.4 0.4 -- -- -- 95.3276
 
Basepair (1527:1664)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 0.2 0.3 4.3 0.1 0.3 8.6* 0.2 3.8 1.6 -- -- 0.6 0.9* -- -- 78.8859
3 -- 0.4 0.6 7.7 0.2 0.6 15.3* 0.4 6.8 2.9 -- -- 1.0 1.7* -- -- 62.2483
B -- -- 1.9 -- -- -- 0.4 -- -- 0.8 -- -- 0.4 -- -- -- 96.7265
A -- -- -- 12.2 -- -- 70.7 -- 4.9 -- -- -- -- -- -- -- 12.241
C -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0100
E -- 1.1 0.6 18.1 0.6 1.7 23.7* 1.1 17.5 4.0 -- -- 0.6 4.5* -- -- 26.6177
M -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0276
 
Basepair (1528:1663)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 2.1 0.1 -- 0.1* 0.1 -- 0.2 0.8* 3.0* 0.3 -- -- 0.2 0.1* -- 92.7859
3 -- 3.7 0.2 -- 0.2* 0.2 -- 0.4 1.4* 5.4* 0.6 -- -- 0.4 0.2* -- 87.2483
B -- 3.8 -- -- -- 3.0 -- -- -- 0.4 -- -- -- 1.9 -- -- 90.9265
A -- -- -- -- -- -- -- 4.9 12.2* 63.4* 7.3 -- -- -- -- -- 12.241
C -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0100
E -- -- -- -- 0.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6* -- 98.8177
M -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.1276
 
Basepair (1529:1662)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 32.3* 6.3* 2.6* 21.5* 2.7 1.3 0.1 0.5 0.2 -- -- -- 0.1 -- 0.1 0.1 32.1860
3 55.0* 11.2* 2.7* 18.8* 4.3 2.3 0.2 0.8 -- -- -- -- 0.2 -- 0.2 -- 4.2484
B 56.1* 1.5* 2.7* 30.7* 0.4 -- -- 1.1 -- -- -- -- -- -- -- -- 7.7264
A 29.3* 48.8* 2.4* -- -- 19.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 9.0* -- 1.0* 87.0* 1.0 -- -- -- 2.0 -- -- -- -- -- -- -- --100
E 59.2* 16.8* 2.8* 5.6* 11.2 1.7 0.6 0.6 -- -- -- -- 0.6 -- 0.6 -- 0.6179
M 1.1* -- 2.9* 2.5* 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 92.8276
 
Basepair (1530:1661)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 47.3* 3.9* 4.2* 9.3* 1.0 0.3 0.7 0.2 -- -- 0.1 -- 0.1 0.6 0.3 -- 31.8861
3 64.5* 7.0* 5.6* 15.3* 1.2 0.6 0.4 -- -- -- 0.2 -- 0.2 1.0 -- -- 3.9485
B 70.9* -- 0.4* 19.2* 1.1 -- -- -- -- -- -- -- -- 1.9 -- -- 6.4265
A 9.8* 70.7* 17.1* -- -- 2.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 89.0* -- -- 2.0* 3.0 -- 1.0 2.0 -- -- -- -- -- -- 3.0 -- --100
E 67.6* 2.8* 10.6* 12.8* 1.7 1.1 1.1 -- -- -- 0.6 -- 0.6 -- -- -- 1.2179
M 1.8* -- 3.3* 1.4* -- -- 1.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 92.5276
 
Basepair (1531:1660)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.9 4.3 8.1* 15.1* 0.6 12.2 0.2 -- -- 0.1 -- 0.1 -- 28.1* 0.1 -- 30.0861
3 1.4 7.4 12.8* 26.2* 0.2 17.9 0.4 -- -- 0.2 -- -- -- 33.2* -- -- 0.2485
B 0.8 0.4 15.1* -- 0.4 21.9 0.4 -- -- 0.4 -- -- -- 60.8* -- -- --265
A -- 39.0 -- 2.4* -- 58.5* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 1.0 -- 3.0* 1.0* 3.0 12.0 -- -- -- -- -- -- -- 80.0* -- -- --100
E 2.8* 10.6* 12.3* 69.8* -- 2.8 0.6 -- -- -- -- -- -- 0.6 -- -- 0.6179
M -- 0.4 1.8 0.7* 0.4 2.2* -- -- -- -- -- 0.4 -- 0.4 0.4 -- 93.5276
 
Basepair (1532:1659)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 0.2 1.4 0.1 2.8 -- 1.0 -- -- 0.1 2.6* -- 60.4* 0.2 0.3 0.2* 30.5861
3 -- 0.4 0.4 -- 4.7 -- 1.6 -- -- 0.2 4.5* -- 86.0* -- 0.6 -- 1.4485
B -- -- 0.4 -- 8.3 -- -- -- -- -- -- -- 91.3 -- -- -- --265
A -- -- -- -- -- -- 2.4 -- -- -- -- -- 92.7 -- -- -- 4.941
C -- -- 4.0 -- 1.0 -- 1.0 -- -- -- -- -- 94.0 -- -- -- --100
E -- 1.1 0.6 -- 0.6 -- 3.9 -- -- 0.6 12.3* -- 76.5* -- 1.7 -- 2.8179
M -- -- 2.2 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- 3.3* 0.7 -- 0.7* 92.8276
 
Basepair (1533:1658)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- 0.6 0.5 -- -- 67.7* 0.1 -- 0.7 -- -- 0.5 -- 0.1* -- 29.9861
3 -- -- 0.4 0.4 -- -- 97.1* -- -- 1.0 -- -- 0.4 -- 0.2* -- 0.4485
B -- -- 0.8 -- -- -- 98.9 -- -- -- -- -- 0.4 -- -- -- --265
A -- -- -- -- -- -- 95.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 4.941
C -- -- -- -- -- -- 98.0 1.0 -- -- -- -- 1.0 -- -- -- --100
E -- -- -- 1.1 -- -- 95.0* -- -- 2.8 -- -- 0.6 -- 0.6* -- --179
M -- -- 1.1 0.7 -- -- 5.1 -- -- 0.4 -- -- 0.4 -- -- -- 92.4276
 
Basepair (1534:1657)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 0.3 0.9 -- -- -- 4.9 -- -- 64.0 -- -- -- -- -- -- 29.8861
3 -- 0.2 1.2 -- -- -- 7.4 -- -- 90.9 -- -- -- -- -- -- 0.2485
B -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- 99.6 -- -- -- -- -- -- --265
A -- -- -- -- -- -- 2.4 -- -- 97.6 -- -- -- -- -- -- --41
C -- 1.0 -- -- -- -- -- -- -- 99.0 -- -- -- -- -- -- --100
E -- -- 3.4 -- -- -- 19.6 -- -- 76.5 -- -- -- -- -- -- 0.6179
M -- 0.4 0.7 -- -- -- 2.2 -- -- 4.0 -- -- -- -- -- -- 92.8276
 
Basepair (1535:1650)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 55.5* 0.2 0.5 5.9* 3.7 0.1* 0.1 0.3 -- 0.9* -- -- 2.7 0.3 -- -- 29.6861
3 78.6* -- -- 7.4* 6.4 0.2* 0.2 0.4 -- 1.6* -- -- 4.7 0.4 -- -- --485
B 84.2* -- -- 8.3* 6.4 -- -- -- -- -- -- -- 0.8 0.4 -- -- --265
A 85.4 -- -- -- 7.3 -- -- 2.4 -- -- -- -- 4.9 -- -- -- --41
C 91.0* 2.0* 1.0* 5.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.0 -- -- --100
E 69.3* -- -- 7.3* 6.1 0.6* 0.6 0.6 -- 4.5* -- -- 10.6 0.6 -- -- --179
M 2.2* -- 1.1* 3.6* 0.4 -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- 92.4276
 
Basepair (1536:1649)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 4.4 31.4* 3.5* 11.1 13.1* 5.3 0.1 0.1* 0.1 -- -- 0.7 -- -- -- 0.5 29.6861
3 4.1 55.7* 5.4* 4.1 19.2* 9.5 0.2 -- 0.2 -- -- 1.2 -- -- -- 0.4 --485
B 2.3 57.7* -- 5.7 34.0* -- -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- --265
A 14.6* 78.0* -- 2.4* 4.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 17.0* -- -- 62.0* 18.0 -- -- 1.0 -- -- -- -- -- -- -- 2.0 --100
E 4.5* 47.5* 14.0* 2.2* 1.1 25.7 0.6 -- -- -- -- 3.4 -- -- -- 1.1 --179
M 0.4* -- 1.4* 5.1* 0.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 92.4276
 
Basepair (1537:1648)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 1.0* 14.1* 5.6* 44.5* 0.6 3.6 0.1 0.2 -- -- 0.3 -- -- -- -- -- 29.9861
3 1.4* 24.5* 9.3* 57.1* 0.2 6.2 -- 0.4 -- -- 0.6 -- -- -- -- -- 0.2485
B 1.1* 0.8* 10.2* 87.2* 0.4 -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- --265
A -- 51.2* 29.3* 19.5* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 2.0* -- -- 95.0* 1.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.0100
E 2.2* 53.1* 3.4* 21.8* -- 16.8 -- 0.6 -- -- 1.7 -- -- -- -- -- 0.6179
M -- 0.7* 1.1* 4.0* 1.1 0.4 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 92.4276
 
Basepair (1538:1647)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 43.2* 0.9 2.3 5.1* 2.4 13.2* -- 0.7 -- 0.1* 0.1 0.2 0.2 0.5 0.3 0.1 30.5861
3 58.1* 1.4 2.7 5.8* 4.3 23.1* -- 1.0 -- -- 0.2 0.2 0.2 0.8 0.6 -- 1.4485
B 67.9* 0.8 1.5 1.9* -- 27.2* -- 0.4 -- -- -- -- -- 0.4 -- -- --265
A -- 7.3 -- -- -- 92.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 89.0* -- 1.0* 7.0* -- -- -- 1.0 -- 1.0 -- -- 1.0 -- -- -- --100
E 57.5* 1.1* 5.0* 12.8* 11.7 1.1 -- 1.7 -- -- 0.6 0.6 0.6 1.7 1.7 -- 4.0179
M 0.4* 0.4* 2.2* 3.3* -- 0.7 -- -- -- -- -- 0.4 -- -- -- 0.4 92.4276
 
Basepair (1539:1646)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 4.6 3.7 1.0 10.8* 5.8 2.3 2.3 4.5 1.2 0.1* 0.3 3.0 5.2 10.8* 3.5* 0.2 40.5861
3 7.6 6.6 1.4 15.1* 5.6 4.1 1.2 7.6 2.1 0.2* 0.4 3.1 3.9 19.2* 6.0* -- 15.8485
B 14.0* -- 0.4 27.2* 10.2 5.3* 1.1 11.3 2.6 -- 0.8 5.3 3.8 -- 8.7 -- 9.5265
A -- 75.6* 12.2* -- -- 12.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 3.0 -- 2.0 19.0* 23.0 -- 12.0 2.0 -- -- 1.0* 11.0 24.0* -- -- 1.0 2.0100
E 28.5* 2.8* 9.5* 14.5* 19.6 0.6 -- -- -- -- -- -- -- 1.7 -- -- 23.0179
M -- -- -- 0.4 -- -- 0.7* -- -- -- -- -- 0.7 -- 0.4* 0.4 97.5276
 
Basepair (1540:1645)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.2 5.5 1.4 0.6 3.4 0.5 27.9* 4.8 0.2 0.8 8.3* 4.3 0.7 3.5* 0.8 0.7* 36.6860
3 0.4 9.5 2.1 0.4 6.0* 0.8* 31.6* 8.5 0.4 1.0 14.7* 7.6 0.8 6.0 1.4 0.8 7.8484
B -- 0.4 1.9 -- -- -- 56.2* 14.7 0.8 -- -- -- 1.1 10.6* -- -- 14.4265
A 2.4 7.3* 7.3* 2.4 68.3* -- -- 2.4* -- 7.3 -- -- -- -- -- 2.4 --41
C -- 1.0* 1.0 3.0 -- -- 87.0* -- -- 2.0 -- -- 2.0 1.0 -- 1.0* 2.0100
E 53.9* 8.4* 14.6* 2.8* 5.1 -- 2.2 0.6 -- -- 8.4 1.1 -- -- 0.6 -- 2.3178
M -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 99.3276
 
Basepair (1541:1644)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 38.3* 3.3* 1.3* 7.3* 7.4 0.2 0.8 2.2 0.6 1.0 0.8 0.2 1.5 1.3 -- 2.0 31.6861
3 50.1* 5.8* 1.0* 12.0* 13.0 0.4 1.4 3.9 1.0 1.9 1.4 0.4 2.5 1.9 -- 3.3 --485
B 61.1* 10.2* 0.8* 17.0* 1.5 0.4 1.5 -- 1.9 1.9 0.4 0.4 0.4 0.4 -- 2.3 --265
A 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 86.0* -- 2.0* 5.0* 1.0 -- -- -- -- -- -- -- 1.0 2.0 -- 1.0 2.0100
E 36.9* 0.6 1.1 36.9* 5.0 1.7* -- 1.7 -- 0.6* 3.4 -- -- 1.7 0.6 10.1 --179
M 0.4* -- 1.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.3276
 
Basepair (1542:1616)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- 0.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.3 -- -- -- 99.5861
3 -- -- 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6 -- -- -- 99.2485
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0265
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 7.3 -- -- -- 92.641
C -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0100
E 4.5 -- -- -- 0.6 -- -- -- -- -- -- -- 2.2 -- -- -- 92.8179
M -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0276
 
Basepair (1542:1643)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 37.9* 0.7* 1.7* 3.3* 14.4 0.3 2.4 1.7 0.3 0.1 0.1 0.6 2.2 0.2 1.4 0.8 31.6861
3 63.1* 1.0* 2.9 2.9 13.0 0.2 4.3* 3.1 0.6 0.2 -- 1.0 3.5 0.4 2.5 1.2* --485
B 66.0* 1.9* 3.0* 0.4* 20.8 -- 0.4 -- 1.1 -- -- -- 5.7 0.4 -- 0.4 --265
A 95.1* -- -- 2.4* 2.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 19.0 1.0* 1.0* 13.0 61.0* 1.0 -- -- -- -- -- -- 2.0 -- -- -- 2.0100
E 66.3* 3.4* 0.6* 14.0* 8.4 -- 2.2 1.1 -- -- -- -- 0.6 1.1 2.2 -- --178
M 0.4* -- -- 0.4* -- 0.4* -- -- -- -- 0.4 -- -- -- -- 0.4 98.3276
 
Basepair (1543:1642)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 11.2* 19.6* 4.9* 10.1* 9.4 3.4 0.2 0.2 -- 0.1 0.1 0.1 3.0 0.8 2.3 2.2 32.2859
3 19.5* 18.6* 6.6* 17.2* 16.6 5.4 0.4 0.4 -- -- 0.2 0.2 5.0 1.2 4.1 3.9 0.6483
B 10.6* 33.3* 12.1* 25.0* 0.8 9.5 0.4 0.4 -- -- 0.4 -- 6.8 -- 0.8 -- --264
A 51.2* 2.4* -- 29.3* -- -- 2.4 -- -- -- -- -- 14.6 -- -- -- --41
C 2.0* 78.0* 10.0* 3.0* 1.0 -- -- -- -- 1.0 -- -- 2.0 1.0 -- -- 2.0100
E 13.6* 57.6* 4.5 1.7 1.7 9.0 -- -- -- -- 1.7 -- -- 2.3 -- 7.9* --177
M -- -- -- 0.4* -- 1.1* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.6276
 
Basepair (1544:1641)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.5 1.5 34.4* 2.6 0.6* 4.2 1.2 1.4 7.7* 0.7 0.2* -- 2.2 7.0 0.1 1.7 34.0860
3 0.6* 2.5 45.9* 3.3 0.6 7.2 2.1 1.0 13.4* 1.2 0.4 -- 3.3 12.4 -- 2.9 3.0484
B -- 0.4 71.3* 0.4 0.8* 7.5 0.4 0.8 6.8* 1.5 -- -- 4.2 -- -- 4.2 1.9265
A -- -- 80.5* 2.4* -- -- -- -- -- 4.9 -- -- -- -- -- 7.3 4.941
C 1.0* 1.0* 74.0* 6.0* 2.0 1.0 -- 6.0 1.0 -- -- -- 3.0 -- -- 1.0 4.0100
E 1.1 -- 0.6 1.7 -- -- 0.6 6.7* 0.6 -- -- -- 1.1* 1.1 -- -- 86.7179
M -- -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- 0.4 -- 99.2276
 
Basepair (1545:1640)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 10.8* 0.3 0.1* 2.3 1.3 1.2 3.7 3.1 31.6* -- 0.9 1.5* 2.9 0.8 0.2 0.7 38.3860
3 19.2* 0.6 0.2* 1.7 1.4 2.1 5.8 2.7 44.8* -- 1.7 2.5* 5.0 0.8 0.2 0.4 11.0484
B 0.8 0.4 0.4* 2.3 1.5* 3.8 8.7 1.1 69.1* -- -- -- -- -- 0.4 0.8 11.0265
A -- -- -- -- -- -- 4.9 2.4 80.5* -- 12.2* -- -- -- -- -- --41
C -- -- -- 10.0 4.0* -- 4.0 14.0 55.0* -- -- 1.0 1.0 3.0 1.0* 3.0 4.0100
E 0.6 -- 1.1 0.6 6.1* -- 1.7* -- -- -- -- -- 1.7 0.6 -- -- 87.7179
M -- -- -- 0.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 99.0276
 
Basepair (1546:1639)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 6.2 11.9* 2.9* 10.7 17.9* 2.9 1.4 1.3* 0.7 0.5 0.6 2.3 0.1 0.7 1.3 0.9 37.7860
3 8.9 21.1* 4.5* 12.4 30.8* 5.2 0.6 1.2* 0.6 0.2 0.8 3.3 0.2 1.0 2.3 1.2 5.6484
B 5.7 3.4* 7.9* 19.6 48.7* -- 1.1 1.9* 0.4 0.4 1.1 -- -- -- 3.8 1.9 4.2265
A 53.7* 2.4* -- 2.4* 41.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 9.0* -- 2.0 32.0* 5.0 -- 9.0 5.0 2.0 3.0* 1.0 4.0 -- 1.0 -- 2.0 25.0100
E 3.9* 7.8* 0.6* 5.6* 1.7 1.7 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6 -- 78.3179
M 0.4* -- 0.4* -- -- -- -- -- 0.4* -- -- -- -- -- -- -- 99.0276
 
Basepair (1547:1638)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 20.7* 5.3 5.9* 6.0 6.9 0.3 0.5 0.7 2.2* 0.2 0.5 12.3* 0.5 2.1 0.1 2.0 33.7861
3 33.2* 9.1 10.1* 5.2 8.5 0.4 -- 0.6 0.8* 0.2 0.8 21.9* 0.2 2.7 0.2 3.1 3.0485
B 41.5* 14.3* 12.1* 7.9* 14.7 0.4 -- 0.8 1.5 -- -- -- 0.4 4.9 -- 0.8 0.8265
A 80.5* 4.9* -- 9.8* 2.4 -- -- 2.4 -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 17.0* 2.0* 2.0* 26.0* 18.0 1.0 3.0 3.0 15.0 1.0 -- -- 3.0 5.0 -- 2.0 2.0100
E 1.1* 2.8 9.5* -- 0.6 0.6 -- -- -- 1.1 -- 7.3* -- -- -- -- 77.1179
M -- -- -- 0.4 -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 99.5276
 
Basepair (1548:1637)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 10.8* 24.9* 12.1* 6.5* 0.6 4.1 0.3 0.2 0.1 2.6 0.3 0.3 0.8 1.7 0.3 1.5 32.7861
3 18.4* 39.4* 16.7* 10.1* 0.6 6.8 -- -- -- 0.2 0.6 0.4 0.2 2.7 0.4 2.5 1.0485
B 27.2* 21.1* 26.4* 10.9* 0.8 1.9 -- -- -- 0.4 0.8 0.4 -- 4.5 0.8 4.5 0.4265
A 34.1* 56.1* 9.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 4.0* 22.0* 22.0* 7.0* 2.0 2.0 3.0 2.0 1.0 21.0 -- 1.0 6.0 2.0 1.0 1.0 3.0100
E 2.2* 62.6* 4.5* 11.2* 0.6 15.6 -- -- -- -- 0.6 -- -- 0.6 -- -- 2.3179
M -- 0.4* 0.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 99.4276
 
Basepair (1549:1636)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 10.8* 18.1* 15.3* 3.6* 0.6 5.1 -- 0.7 0.2 0.8 0.7 2.6 0.3 0.3 3.4 4.3 33.0860
3 19.2* 30.0* 17.4* 5.6* 0.8 8.9 -- 0.8 0.4 0.4 1.2 4.5 0.2 0.4 3.7 5.0 1.4484
B 27.9* 14.7* 20.0* 6.8* 0.8 3.0 -- 1.5 0.4 0.8 2.3 4.2 -- 0.8 6.8 9.1 1.2265
A 36.6* 29.3* 7.3* 12.2* 4.9 9.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C -- 11.0* 48.0* 4.0* -- 1.0 -- 2.0 -- 5.0 -- -- 2.0 1.0 11.0 12.0 3.0100
E 2.8* 52.2* 16.3* 2.2* -- 17.4 -- -- 0.6 -- -- 6.2 -- -- -- -- 2.3178
M -- -- -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 99.3276
 
Basepair (1550:1635)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 27.4* 2.4* 2.6* 22.4* 3.3 0.2 0.2 1.0 1.3 0.1 -- 0.5 -- 0.3 0.7 1.9 35.5861
3 45.2* 4.1* 2.3* 32.8* 3.9 0.4 0.2 -- 2.3 0.2 -- 0.4 -- 0.6 0.2 1.6 5.8485
B 22.3* 0.8* 0.8* 52.8* 5.7 -- 0.4 -- 4.2 0.4 -- 0.4 -- 0.4 -- 3.0 9.1265
A 80.5* 2.4* 2.4* 9.8* 4.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 17.0* 1.0* 10.0* 34.0* 9.0 -- 1.0 8.0 -- -- -- 2.0 -- -- 5.0 8.0 5.0100
E 71.5* 9.5* 5.0* 7.8* 1.1 0.6 -- -- -- -- -- 0.6 -- 0.6 0.6 -- 2.8179
M -- -- 0.4* -- -- -- -- 0.4* -- -- -- -- -- -- -- -- 99.4276
 
Basepair (1551:1634)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 2.1* 0.8 0.9 4.6* 1.6 0.6* 1.4 0.9 1.9 0.9* 0.3 0.1 0.7 1.3 0.5 2.3 78.8861
3 -- 1.4 0.8 7.0* 0.4 1.0 1.2 0.4 1.6 1.6* 0.6 0.2 0.2 1.0* 0.6* 3.5 78.1485
B -- 2.3 1.5 12.8* 0.8 1.9* 2.3 0.8 3.0 3.0* 0.8 0.4 0.4 1.1 1.1 6.4 61.7265
A -- 2.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 97.541
C 18.0* -- 4.0* 6.0 12.0 -- 6.0 6.0 8.0* -- -- -- 5.0 6.0 1.0 3.0 25.0100
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6* -- -- 1.1* -- -- 98.4179
M -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.2276
 

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