Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (33 of 60)
Basepair (1494:1511)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
9.1* |
1.6* |
17.0* |
40.2* |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
29.9 | 864 |
3 |
15.4* |
2.7* |
27.5* |
51.4* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.4 | 488 |
B |
13.2* |
4.5* |
4.5* |
77.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- | 266 |
A |
17.1* |
-- |
-- |
82.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
2.0* |
-- |
5.0* |
91.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
E |
18.2* |
0.6* |
67.4* |
6.6* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 181 |
M |
0.7* |
0.4* |
2.9* |
1.8* |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
93.2 | 276 |
|
Basepair (1495:1510)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
2.1* |
55.9* |
8.7* |
2.0* |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
30.2 | 864 |
3 |
3.3* |
79.1* |
13.3* |
3.1* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 | 488 |
B |
1.5* |
78.9* |
19.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 266 |
A |
17.1* |
75.6* |
7.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
-- |
97.0* |
2.0* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
2.8* |
80.1* |
6.1* |
8.3* |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 | 181 |
M |
0.7 |
-- |
2.9* |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
1.1* |
-- |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
93.8 | 276 |
|
Basepair (1496:1509)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
17.1* |
9.5* |
6.0* |
32.7* |
2.7 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
30.2 | 862 |
3 |
28.6* |
16.9* |
9.9* |
37.0* |
4.5 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.4 | 486 |
B |
17.0* |
11.7* |
15.5* |
55.3* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 264 |
A |
63.4* |
12.2* |
7.3* |
14.6* |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
5.0* |
-- |
-- |
93.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
E |
37.6* |
25.4* |
2.2* |
15.5* |
11.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.0 |
0.6 |
0.6 |
-- |
1.2 | 181 |
M |
1.1* |
-- |
1.4* |
3.3* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
93.8 | 276 |
|
Basepair (1497:1508)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
65.9* |
0.9* |
0.7* |
1.5* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
30.5 | 864 |
3 |
96.1* |
1.4* |
-- |
1.4* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.6 | 488 |
B |
95.9* |
2.3* |
-- |
1.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 | 266 |
A |
92.7* |
-- |
-- |
7.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
96.0* |
-- |
-- |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
E |
97.2* |
0.6* |
-- |
0.6* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 181 |
M |
1.4* |
0.4* |
2.2* |
1.1* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.2 | 276 |
|
Basepair (1498:1507)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
66.1* |
-- |
0.9* |
1.7* |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
30.4 | 864 |
3 |
96.5* |
-- |
0.4* |
1.8* |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 488 |
B |
98.5* |
-- |
-- |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 266 |
A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
93.4* |
-- |
0.6* |
3.9* |
1.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 181 |
M |
0.7* |
-- |
2.2* |
2.2* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
94.2 | 276 |
|
Basepair (1499:1504)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
-- |
65.1* |
0.1* |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
31.1 | 862 |
3 |
-- |
-- |
95.1 |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 | 487 |
B |
-- |
-- |
98.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
-- |
-- |
93.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
E |
-- |
-- |
89.0 |
-- |
-- |
-- |
6.1 |
-- |
-- |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 | 181 |
M |
-- |
-- |
1.8* |
0.4* |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.2 | 276 |
|
Basepair (1514:1672)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
1.2* |
42.4* |
20.7* |
2.7* |
0.1 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
30.5 | 846 |
3 |
1.7* |
73.4* |
16.6* |
4.5* |
-- |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 470 |
B |
0.8* |
73.9* |
23.5* |
0.8* |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 264 |
A |
7.3* |
90.2* |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
2.0* |
10.0* |
86.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
1.8* |
68.5* |
9.7* |
10.9* |
-- |
7.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- | 165 |
M |
-- |
1.4* |
4.0* |
0.7* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
93.6 | 276 |
|
Basepair (1515:1671)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
10.0* |
9.0* |
14.7* |
25.7* |
4.0 |
2.6 |
1.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.2 |
31.8 | 848 |
3 |
14.8* |
14.6* |
21.0* |
36.2* |
4.2 |
3.8 |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
2.3 | 472 |
B |
5.3* |
7.9* |
19.2* |
49.1* |
4.5 |
6.0 |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.2 | 265 |
A |
31.7* |
9.8* |
19.5* |
22.0* |
14.6 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
15.0* |
7.0* |
15.0* |
43.0* |
14.0 |
3.0 |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
E |
25.9* |
26.5* |
24.7* |
18.7* |
1.2 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
1.2 |
-- | 166 |
M |
-- |
-- |
4.0* |
1.4* |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
93.4 | 276 |
|
Basepair (1516:1670)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
25.2* |
15.8* |
7.9* |
13.1* |
3.5 |
1.5 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
31.1 | 848 |
3 |
44.7* |
24.8* |
8.1* |
12.9* |
5.3 |
1.7 |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
0.2 |
0.2 |
0.2 | 472 |
B |
29.4* |
33.2* |
9.4* |
16.2* |
7.9 |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
1.1 |
-- |
-- |
0.4 | 265 |
A |
7.3* |
63.4* |
26.8* |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
2.0* |
17.0* |
22.0* |
45.0* |
5.0 |
5.0 |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
E |
78.3* |
1.8* |
1.2* |
10.8* |
2.4 |
1.8 |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- | 166 |
M |
0.4* |
-- |
2.9* |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
94.6 | 276 |
|
Basepair (1517:1669)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
19.3* |
18.6* |
17.8* |
4.4* |
3.9 |
1.5 |
0.5 |
0.2 |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
0.7 |
31.8 | 848 |
3 |
34.5* |
31.1* |
16.9* |
6.6* |
6.1 |
1.5 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.8 |
0.8 | 472 |
B |
6.4 |
45.7* |
25.7* |
6.4 |
9.8* |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
1.5 |
1.5 | 265 |
A |
46.3* |
31.7* |
14.6* |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
2.0* |
11.0* |
67.0* |
7.0* |
2.0 |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
3.0 |
1.0 |
2.0 | 100 |
E |
75.9* |
7.8* |
3.6* |
7.2* |
2.4 |
1.2 |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- | 166 |
M |
0.4* |
-- |
2.2* |
0.7* |
0.4 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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T |
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2.4 |
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-- |
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-- |
0.4 |
-- |
1.5 |
0.6 |
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B |
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-- |
-- |
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-- |
2.6 |
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4.5 |
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A |
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2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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C |
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1.0 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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E |
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-- |
3.6 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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M |
-- |
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-- |
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T |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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A |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
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21.0* |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
7.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
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E |
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0.6 |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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M |
-- |
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B |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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M |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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C |
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1.0 |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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E |
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3.6* |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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M |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
95.3 | 276 |
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Basepair (1527:1664)
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|
T |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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B |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
96.7 | 265 |
A |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
12.2 | 41 |
C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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E |
-- |
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1.1 |
17.5 |
4.0 |
-- |
-- |
0.6 |
4.5* |
-- |
-- |
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M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 276 |
|
Basepair (1528:1663)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
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| AA
| AC
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| gap
| Seq
|
T |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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B |
-- |
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-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
90.9 | 265 |
A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
12.2 | 41 |
C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 100 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
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M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.1 | 276 |
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Basepair (1529:1662)
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Aln
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| CG
| UA
| AU
| GU
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| AA
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| UU
| gap
| Seq
|
T |
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-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
32.1 | 860 |
3 |
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2.7* |
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2.3 |
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0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
4.2 | 484 |
B |
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1.5* |
2.7* |
30.7* |
0.4 |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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A |
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2.4* |
-- |
-- |
19.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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C |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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E |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
0.6 |
-- |
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M |
1.1* |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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0.4 |
92.8 | 276 |
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Basepair (1530:1661)
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Aln
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| AU
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| Seq
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T |
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0.3 |
0.7 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
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0.3 |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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B |
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-- |
0.4* |
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1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
6.4 | 265 |
A |
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-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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C |
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-- |
-- |
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-- |
1.0 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- | 100 |
E |
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1.1 |
-- |
-- |
-- |
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-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 179 |
M |
1.8* |
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3.3* |
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-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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92.5 | 276 |
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Basepair (1531:1660)
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Aln
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| AA
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-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
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-- |
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12.8* |
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-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
33.2* |
-- |
-- |
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B |
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-- |
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0.4 |
-- |
-- |
-- |
60.8* |
-- |
-- |
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A |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
1.0 |
-- |
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1.0* |
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12.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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E |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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93.5 | 276 |
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Basepair (1532:1659)
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Aln
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T |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.7 |
-- |
-- |
-- |
4.9 | 41 |
C |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
-- |
1.1 |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
3.9 |
-- |
-- |
0.6 |
12.3* |
-- |
76.5* |
-- |
1.7 |
-- |
2.8 | 179 |
M |
-- |
-- |
2.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.3* |
0.7 |
-- |
0.7* |
92.8 | 276 |
|
Basepair (1533:1658)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
-- |
0.6 |
0.5 |
-- |
-- |
67.7* |
0.1 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.1* |
-- |
29.9 | 861 |
3 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
97.1* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.2* |
-- |
0.4 | 485 |
B |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
98.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 | 41 |
C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
95.0* |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6* |
-- |
-- | 179 |
M |
-- |
-- |
1.1 |
0.7 |
-- |
-- |
5.1 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
92.4 | 276 |
|
Basepair (1534:1657)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
0.3 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
64.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
29.8 | 861 |
3 |
-- |
0.2 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
7.4 |
-- |
-- |
90.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 485 |
B |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
-- |
-- |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
19.6 |
-- |
-- |
76.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 179 |
M |
-- |
0.4 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.8 | 276 |
|
Basepair (1535:1650)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
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0.5 |
5.9* |
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0.1 |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
7.4* |
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-- |
1.6* |
-- |
-- |
4.7 |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 485 |
B |
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-- |
-- |
8.3* |
6.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 265 |
A |
85.4 |
-- |
-- |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
91.0* |
2.0* |
1.0* |
5.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
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E |
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-- |
-- |
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0.6 |
0.6 |
-- |
4.5* |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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M |
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-- |
1.1* |
3.6* |
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-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.4 | 276 |
|
Basepair (1536:1649)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
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13.1* |
5.3 |
0.1 |
0.1* |
0.1 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
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3 |
4.1 |
55.7* |
5.4* |
4.1 |
19.2* |
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-- |
0.2 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 485 |
B |
2.3 |
57.7* |
-- |
5.7 |
34.0* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
A |
14.6* |
78.0* |
-- |
2.4* |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
17.0* |
-- |
-- |
62.0* |
18.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
E |
4.5* |
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1.1 |
25.7 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- | 179 |
M |
0.4* |
-- |
1.4* |
5.1* |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.4 | 276 |
|
Basepair (1537:1648)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
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| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
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0.2 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
29.9 | 861 |
3 |
1.4* |
24.5* |
9.3* |
57.1* |
0.2 |
6.2 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 485 |
B |
1.1* |
0.8* |
10.2* |
87.2* |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
A |
-- |
51.2* |
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19.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
2.0* |
-- |
-- |
95.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
E |
2.2* |
53.1* |
3.4* |
21.8* |
-- |
16.8 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 179 |
M |
-- |
0.7* |
1.1* |
4.0* |
1.1 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.4 | 276 |
|
Basepair (1538:1647)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
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2.3 |
5.1* |
2.4 |
13.2* |
-- |
0.7 |
-- |
0.1* |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.5 |
0.3 |
0.1 |
30.5 | 861 |
3 |
58.1* |
1.4 |
2.7 |
5.8* |
4.3 |
23.1* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
0.8 |
0.6 |
-- |
1.4 | 485 |
B |
67.9* |
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1.9* |
-- |
27.2* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 265 |
A |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
92.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
89.0* |
-- |
1.0* |
7.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
57.5* |
1.1* |
5.0* |
12.8* |
11.7 |
1.1 |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
1.7 |
1.7 |
-- |
4.0 | 179 |
M |
0.4* |
0.4* |
2.2* |
3.3* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
92.4 | 276 |
|
Basepair (1539:1646)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
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3.7 |
1.0 |
10.8* |
5.8 |
2.3 |
2.3 |
4.5 |
1.2 |
0.1* |
0.3 |
3.0 |
5.2 |
10.8* |
3.5* |
0.2 |
40.5 | 861 |
3 |
7.6 |
6.6 |
1.4 |
15.1* |
5.6 |
4.1 |
1.2 |
7.6 |
2.1 |
0.2* |
0.4 |
3.1 |
3.9 |
19.2* |
6.0* |
-- |
15.8 | 485 |
B |
14.0* |
-- |
0.4 |
27.2* |
10.2 |
5.3* |
1.1 |
11.3 |
2.6 |
-- |
0.8 |
5.3 |
3.8 |
-- |
8.7 |
-- |
9.5 | 265 |
A |
-- |
75.6* |
12.2* |
-- |
-- |
12.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
3.0 |
-- |
2.0 |
19.0* |
23.0 |
-- |
12.0 |
2.0 |
-- |
-- |
1.0* |
11.0 |
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-- |
-- |
1.0 |
2.0 | 100 |
E |
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2.8* |
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19.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
23.0 | 179 |
M |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
0.4* |
0.4 |
97.5 | 276 |
|
Basepair (1540:1645)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
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5.5 |
1.4 |
0.6 |
3.4 |
0.5 |
27.9* |
4.8 |
0.2 |
0.8 |
8.3* |
4.3 |
0.7 |
3.5* |
0.8 |
0.7* |
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3 |
0.4 |
9.5 |
2.1 |
0.4 |
6.0* |
0.8* |
31.6* |
8.5 |
0.4 |
1.0 |
14.7* |
7.6 |
0.8 |
6.0 |
1.4 |
0.8 |
7.8 | 484 |
B |
-- |
0.4 |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
56.2* |
14.7 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
10.6* |
-- |
-- |
14.4 | 265 |
A |
2.4 |
7.3* |
7.3* |
2.4 |
68.3* |
-- |
-- |
2.4* |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- | 41 |
C |
-- |
1.0* |
1.0 |
3.0 |
-- |
-- |
87.0* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
2.0 |
1.0 |
-- |
1.0* |
2.0 | 100 |
E |
53.9* |
8.4* |
14.6* |
2.8* |
5.1 |
-- |
2.2 |
0.6 |
-- |
-- |
8.4 |
1.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
2.3 | 178 |
M |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
99.3 | 276 |
|
Basepair (1541:1644)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
38.3* |
3.3* |
1.3* |
7.3* |
7.4 |
0.2 |
0.8 |
2.2 |
0.6 |
1.0 |
0.8 |
0.2 |
1.5 |
1.3 |
-- |
2.0 |
31.6 | 861 |
3 |
50.1* |
5.8* |
1.0* |
12.0* |
13.0 |
0.4 |
1.4 |
3.9 |
1.0 |
1.9 |
1.4 |
0.4 |
2.5 |
1.9 |
-- |
3.3 |
-- | 485 |
B |
61.1* |
10.2* |
0.8* |
17.0* |
1.5 |
0.4 |
1.5 |
-- |
1.9 |
1.9 |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
-- |
2.3 |
-- | 265 |
A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
86.0* |
-- |
2.0* |
5.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
2.0 |
-- |
1.0 |
2.0 | 100 |
E |
36.9* |
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1.1 |
36.9* |
5.0 |
1.7* |
-- |
1.7 |
-- |
0.6* |
3.4 |
-- |
-- |
1.7 |
0.6 |
10.1 |
-- | 179 |
M |
0.4* |
-- |
1.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.3 | 276 |
|
Basepair (1542:1616)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
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| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
99.5 | 861 |
3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
99.2 | 485 |
B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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C |
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M |
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-- |
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E |
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-- |
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E |
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M |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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0.6 |
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M |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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E |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
5.0 |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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M |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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2.3* |
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-- |
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-- |
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-- |
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B |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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1.0 |
8.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
5.0 |
8.0 |
5.0 | 100 |
E |
71.5* |
9.5* |
5.0* |
7.8* |
1.1 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
2.8 | 179 |
M |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 276 |
|
Basepair (1551:1634)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
2.1* |
0.8 |
0.9 |
4.6* |
1.6 |
0.6* |
1.4 |
0.9 |
1.9 |
0.9* |
0.3 |
0.1 |
0.7 |
1.3 |
0.5 |
2.3 |
78.8 | 861 |
3 |
-- |
1.4 |
0.8 |
7.0* |
0.4 |
1.0 |
1.2 |
0.4 |
1.6 |
1.6* |
0.6 |
0.2 |
0.2 |
1.0* |
0.6* |
3.5 |
78.1 | 485 |
B |
-- |
2.3 |
1.5 |
12.8* |
0.8 |
1.9* |
2.3 |
0.8 |
3.0 |
3.0* |
0.8 |
0.4 |
0.4 |
1.1 |
1.1 |
6.4 |
61.7 | 265 |
A |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.5 | 41 |
C |
18.0* |
-- |
4.0* |
6.0 |
12.0 |
-- |
6.0 |
6.0 |
8.0* |
-- |
-- |
-- |
5.0 |
6.0 |
1.0 |
3.0 |
25.0 | 100 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
1.1* |
-- |
-- |
98.4 | 179 |
M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.2 | 276 |
|
Last generated : Mon Jul 1 2002 (8 : 31)