Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (34 of 60)
| Basepair (1552:1569)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.5 |
4.3* |
0.1* |
1.6 |
35.3* |
3.1 |
0.1 |
3.2* |
0.5 |
1.0 |
0.8 |
0.6 |
0.2 |
3.0 |
0.3 |
3.1 |
41.0 | 862 |
| 3 |
2.1 |
5.6* |
-- |
2.1 |
58.0* |
5.1 |
0.2 |
5.8* |
0.8 |
1.9 |
1.4 |
1.0 |
0.4 |
5.3 |
0.6 |
5.3 |
4.2 | 486 |
| B |
1.5 |
9.4* |
-- |
0.8 |
56.6* |
9.4 |
-- |
1.1* |
-- |
-- |
1.9 |
1.9 |
0.4 |
-- |
-- |
9.4 |
7.6 | 265 |
| A |
7.3 |
-- |
-- |
9.8 |
12.2* |
-- |
2.4 |
61.0* |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- | 41 |
| C |
2.0 |
9.0* |
-- |
3.0 |
27.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
59.0 | 100 |
| E |
1.7 |
1.1 |
-- |
2.2 |
70.6* |
-- |
-- |
-- |
2.2* |
5.0* |
-- |
-- |
0.6 |
14.4 |
1.1* |
0.6 |
0.6 | 180 |
| M |
0.4* |
0.4 |
0.4 |
0.4* |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
97.4 | 276 |
| |
| Basepair (1553:1568)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.3 |
30.6* |
1.2* |
7.0 |
18.6* |
1.9 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.7 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.6 |
32.3 | 862 |
| 3 |
10.5 |
49.2* |
1.0* |
4.9 |
29.8* |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
1.0 |
0.2 |
0.6 |
-- |
0.2 |
0.4 | 486 |
| B |
1.5 |
82.3* |
-- |
3.8 |
6.4* |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
1.5 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 265 |
| A |
12.2 |
39.0* |
-- |
2.4 |
46.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
3.0* |
30.0* |
3.0* |
35.0* |
10.0 |
7.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
9.0 | 100 |
| E |
23.3 |
3.3* |
2.8* |
7.2 |
60.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
1.7 |
-- |
0.6 |
0.6 | 180 |
| M |
-- |
-- |
0.7* |
0.4* |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
97.4 | 276 |
| |
| Basepair (1554:1567)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
12.7* |
26.4* |
7.2* |
10.6* |
2.8 |
0.8 |
0.2 |
0.5 |
5.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
32.6 | 861 |
| 3 |
21.0* |
31.5* |
11.8* |
17.9* |
4.7 |
1.2 |
0.4 |
0.8 |
9.1 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
0.4 | 485 |
| B |
30.7* |
41.3* |
15.2* |
9.5* |
0.4 |
2.3 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
2.4* |
65.9* |
29.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 41 |
| C |
7.0* |
73.0* |
2.0* |
4.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
10.0 | 100 |
| E |
11.1* |
10.0* |
2.8* |
33.9* |
12.2 |
-- |
0.6 |
2.2 |
24.4 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
0.6 | 180 |
| M |
-- |
-- |
1.1* |
0.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
0.4 |
97.5 | 276 |
| |
| Basepair (1555:1566)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.5* |
9.4* |
10.8* |
27.6* |
2.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
32.4 | 862 |
| 3 |
24.7* |
14.2* |
9.5* |
46.9* |
4.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 486 |
| B |
34.0* |
24.5* |
9.8* |
28.3* |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 265 |
| A |
53.7* |
7.3* |
4.9* |
22.0* |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 41 |
| C |
27.0* |
8.0* |
44.0* |
6.0* |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
10.0 | 100 |
| E |
5.0* |
0.6* |
10.0* |
79.4* |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 180 |
| M |
-- |
-- |
1.1* |
1.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.5 | 276 |
| |
| Basepair (1556:1565)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
48.7* |
1.9* |
2.6* |
12.3* |
1.3 |
0.6 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
32.2 | 862 |
| 3 |
75.9* |
2.9* |
3.7* |
14.0* |
2.1 |
0.6 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 486 |
| B |
62.3* |
3.8* |
6.0* |
23.4* |
3.8 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
| A |
75.6* |
9.8* |
2.4* |
2.4* |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 41 |
| C |
47.0* |
2.0* |
4.0* |
36.0* |
1.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.0 | 100 |
| E |
96.1* |
-- |
0.6* |
2.8* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
2.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
97.5 | 276 |
| |
| Basepair (1557:1564)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.4* |
16.9* |
2.6* |
20.3* |
0.8 |
1.3 |
1.3 |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
0.2 |
1.4 |
0.3 |
-- |
-- |
1.3 |
36.5 | 862 |
| 3 |
27.2* |
29.8* |
3.9* |
31.9* |
0.6 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
1.9 |
2.7 | 486 |
| B |
37.0* |
43.8* |
7.2* |
2.3* |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.8 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
3.4 |
3.8 | 265 |
| A |
78.0* |
12.2* |
-- |
2.4* |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 41 |
| C |
10.0* |
1.0 |
1.0 |
13.0* |
4.0 |
9.0* |
11.0 |
-- |
-- |
3.0* |
-- |
9.0 |
1.0 |
-- |
-- |
2.0 |
36.0 | 100 |
| E |
1.7* |
13.3* |
-- |
81.7* |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 | 180 |
| M |
-- |
-- |
0.7* |
1.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.5 | 276 |
| |
| Basepair (1558:1563)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.9 |
-- |
0.5 |
-- |
0.1* |
1.0 |
0.1 |
3.6* |
1.0* |
0.2 |
0.5* |
1.5 |
90.2 | 862 |
| 3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
1.9 |
0.2 |
6.4* |
1.9* |
0.4 |
0.8* |
1.9 |
83.9 | 486 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
1.5* |
-- |
-- |
0.8 |
0.4 |
11.7* |
1.1 |
0.8* |
1.5* |
3.4 |
75.8 | 265 |
| A |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
17.1 |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
78.0 | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
97.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
2.8* |
-- |
-- |
-- |
96.7 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
98.2 | 276 |
| |
| Basepair (1561:2739)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
39.1* |
2.1* |
19.5* |
0.6* |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
1.3 |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 |
1.0 |
0.1 |
35.0 | 714 |
| 3 |
56.4* |
3.7* |
34.2* |
1.0* |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
2.2 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.5 |
-- |
0.2 | 406 |
| B |
97.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
0.9 |
-- |
-- | 232 |
| A |
4.9* |
31.7* |
36.6* |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
22.0 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
90.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.6 |
-- |
5.5 | 55 |
| E |
0.8* |
1.5* |
92.5* |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.8 | 133 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.2* |
0.4 |
97.2 | 253 |
| |
| Basepair (1562:2738)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
21.4 |
0.3 |
0.4 |
4.3 |
1.0 |
0.6* |
-- |
1.0 |
-- |
0.1* |
0.1 |
1.3 |
34.3* |
-- |
0.1* |
35.0 | 714 |
| 3 |
-- |
37.7 |
-- |
0.7 |
2.0 |
1.0 |
1.0* |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
0.2* |
2.0 |
53.7* |
-- |
0.2 |
-- | 406 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
3.4 |
93.1 |
-- |
-- |
-- | 232 |
| A |
-- |
68.3* |
-- |
7.3 |
9.8* |
4.9 |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
2.4 |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
3.6* |
-- |
41.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
47.3* |
-- |
-- |
5.5 | 55 |
| E |
-- |
93.2* |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
3.0* |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- | 133 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
97.6 | 253 |
| |
| Basepair (1568:1632)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.7 |
0.9 |
4.8 |
0.1 |
5.3 |
5.1 |
-- |
-- |
0.3 |
0.8 |
1.3 |
3.5* |
6.4 |
17.2* |
8.1* |
6.1 |
39.3 | 862 |
| 3 |
0.6 |
1.4 |
6.4 |
-- |
8.4 |
3.1 |
-- |
-- |
0.2 |
1.0 |
2.3 |
6.2* |
10.3 |
27.6* |
14.0* |
9.9 |
8.6 | 486 |
| B |
0.4 |
1.9 |
1.1 |
-- |
13.6 |
4.9 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4* |
-- |
-- |
15.5 |
47.9* |
-- |
1.9* |
12.1 | 265 |
| A |
-- |
-- |
31.7* |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.3 |
-- |
4.9* |
22.0 |
12.2* |
-- |
14.6 |
2.4 | 41 |
| C |
5.0* |
1.0 |
10.0 |
-- |
5.0 |
27.0* |
-- |
-- |
2.0 |
2.0* |
-- |
-- |
5.0 |
16.0 |
-- |
5.0 |
22.0 | 100 |
| E |
1.1 |
1.1 |
8.3 |
-- |
1.7 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
6.1 |
15.6* |
-- |
1.7* |
37.8* |
20.0 |
5.1 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.7 | 276 |
| |
| Basepair (1570:1627)
|
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| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
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| CA
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| GA
| GG
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| UU
| gap
| Seq
|
|---|
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-- |
1.0 |
-- |
0.1 |
-- |
1.3 |
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-- |
1.6 |
-- |
0.2 |
-- |
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0.8 |
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20.0* |
0.8* |
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3.0 |
5.3 |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
1.5 |
-- |
1.1 |
9.5 | 265 |
| A |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.8* |
-- |
-- |
-- |
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| C |
46.0* |
-- |
24.0* |
1.0 |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
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1.0 |
2.0 |
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| E |
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2.2* |
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-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
1.1 |
0.6 |
13.4 | 179 |
| M |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.7 | 276 |
| |
| Basepair (1571:1626)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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4.1 |
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18.7* |
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4.1 |
1.0 |
18.7 |
8.0* |
0.6 |
14.6 |
0.2 |
-- |
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5.1 |
0.2 |
4.7* |
7.1 | 486 |
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29.8* |
10.2* |
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0.8 |
27.9 |
3.4 |
0.4 |
2.6 |
0.4 |
-- |
1.1 |
3.0 |
1.9 |
0.4 |
2.3 |
8.7 | 265 |
| A |
-- |
29.3* |
-- |
2.4 |
4.9 |
2.4 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
4.9* |
-- |
-- |
41.5* |
7.3 | 41 |
| C |
46.0* |
-- |
3.0 |
2.0 |
3.0 |
3.0 |
-- |
1.0 |
1.0* |
1.0* |
2.0 |
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-- |
1.0 |
12.0* |
12.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
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1.1 |
35.0* |
-- |
-- |
-- |
12.2* |
11.1 |
-- |
-- |
5.1 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.7 | 276 |
| |
| Basepair (1572:1624)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
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1.0 |
7.7 |
-- |
-- |
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0.1 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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8.0 |
-- |
-- |
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0.2 |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
9.2 | 485 |
| B |
-- |
2.3* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
78.0* |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
14.4 | 264 |
| A |
-- |
-- |
2.4 |
2.4 |
-- |
-- |
82.9 |
-- |
12.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
6.0 |
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-- |
-- |
47.0 |
6.0 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
0.6 |
20.6 |
-- |
-- |
35.6* |
18.3 |
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0.6 |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.8 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 | 276 |
| |
| Basepair (1573:1623)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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1.0 |
0.1* |
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-- |
2.1 |
2.1 |
1.6 |
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-- |
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-- |
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0.2* |
1.9 |
0.2* |
2.1 |
-- |
3.7 |
1.4 |
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0.2 |
0.2 |
1.0* |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
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| B |
0.4* |
3.0 |
-- |
3.8 |
-- |
5.7 |
2.3 |
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-- |
-- |
1.5* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
16.3 | 265 |
| A |
-- |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
9.8 |
80.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
7.0 |
-- |
-- |
10.0 |
4.0 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6* |
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0.6 |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
-- |
0.6 |
0.6* |
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94.1 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.7 | 276 |
| |
| Basepair (1574:1622)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
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| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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1.7* |
7.7 |
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0.1 |
0.7* |
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-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
36.7 | 862 |
| 3 |
6.6 |
29.2* |
2.9* |
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41.2* |
0.6 |
-- |
1.0* |
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0.2 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
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| B |
8.3 |
0.4 |
-- |
9.8 |
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-- |
1.5* |
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-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
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| A |
14.6 |
41.5* |
-- |
2.4 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
22.0 |
-- |
-- |
14.0 |
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1.0 |
1.0 |
1.0 |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
1.0 |
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-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.4 | 180 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.7 | 276 |
| |
| Basepair (1575:1621)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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32.5* |
4.2* |
11.9* |
2.2 |
0.7 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
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| 3 |
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1.0 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
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-- |
-- |
6.1 | 486 |
| B |
22.3* |
58.1* |
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0.8* |
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1.5 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
0.8 |
-- |
-- |
8.7 | 265 |
| A |
7.3* |
85.4* |
-- |
4.9* |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
7.0* |
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6.0* |
2.0 |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
10.0 | 100 |
| E |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.0 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
99.7 | 276 |
| |
| Basepair (1576:1620)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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2.8 |
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-- |
0.1 |
0.5 |
-- |
1.3 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.9 |
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1.2 |
4.9 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.6 |
-- |
2.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
1.0 |
6.1 | 486 |
| B |
23.8* |
7.5* |
7.2* |
42.3* |
-- |
6.8 |
-- |
-- |
0.4 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
1.9 |
8.3 | 265 |
| A |
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-- |
9.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
3.0 |
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| E |
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11.1* |
3.3 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.0 | 180 |
| M |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 | 276 |
| |
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|
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| CG
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| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
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| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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12.1 |
11.5 |
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-- |
14.0* |
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0.3 |
0.2 |
4.3* |
0.1 |
-- |
2.7 |
0.7 |
-- |
0.6 |
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| 3 |
20.8* |
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12.8* |
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-- |
18.7 |
1.2 |
0.4 |
0.4 |
6.8 |
-- |
-- |
4.5 |
0.8 |
-- |
1.0 |
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| B |
24.5* |
2.3 |
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-- |
21.1* |
2.3 |
0.4 |
-- |
12.1* |
-- |
-- |
7.9 |
-- |
-- |
-- |
8.3 | 265 |
| A |
12.2* |
36.6* |
7.3* |
-- |
-- |
34.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.8 |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
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1.0* |
-- |
30.0 |
-- |
1.0 |
-- |
4.0 |
1.0 |
-- |
1.0 |
2.0 |
-- |
-- |
10.0 | 100 |
| E |
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13.3* |
10.6* |
-- |
12.2 |
-- |
0.6 |
1.1 |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
3.4 | 180 |
| M |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 276 |
| |
| Basepair (1578:1618)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
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| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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1.4 |
0.7 |
0.2 |
0.8* |
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0.3* |
-- |
0.7 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.6 |
-- |
-- |
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| 3 |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
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| B |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
95.8 | 265 |
| A |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| C |
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6.0 |
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-- |
5.0 |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
26.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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|
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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100.1 | 276 |
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| Seq
|
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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1.2* |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
85.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
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-- |
41.0* |
-- |
41.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
1.0 |
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-- |
-- |
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-- |
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0.6* |
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-- |
0.6* |
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-- |
-- |
56.2 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.7 | 276 |
| |
| Basepair (1582:1613)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
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| Seq
|
|---|
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-- |
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0.2 |
-- |
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-- |
1.5 |
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-- |
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0.4 |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
26.8 |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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21.0 |
-- |
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4.0 |
41.0* |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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1.1 |
-- |
15.1 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
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0.4 |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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99.7 | 276 |
| |
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|
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| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
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| AG
| CA
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| CU
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| gap
| Seq
|
|---|
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5.2* |
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0.5 |
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0.3 |
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1.6 |
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0.6 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.7 | 265 |
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-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
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-- |
1.0 |
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1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
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15.0 |
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2.2 |
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0.6 |
0.6* |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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0.7 |
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99.4 | 276 |
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| CG
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| AA
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| Seq
|
|---|
| T |
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7.0* |
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0.3 |
0.2 |
0.3 |
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0.3 |
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0.3 |
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-- |
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14.7* |
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1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.4 |
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4.9* |
2.4* |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
1.0* |
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8.0 |
2.0* |
-- |
36.0* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
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5.0* |
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-- |
1.7 |
3.3 |
1.7 |
23.3 |
4.4 |
-- |
0.6 |
-- |
2.2 |
9.5 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 276 |
| |
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|
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| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
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| Seq
|
|---|
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1.7* |
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0.2* |
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0.2* |
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1.5 |
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-- |
87.8* |
7.3* |
2.4* |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
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| E |
-- |
20.0 |
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-- |
1.1* |
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-- |
-- |
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0.6* |
-- |
0.6 |
5.0 |
-- |
-- |
22.9 | 180 |
| M |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 | 276 |
| |
| Basepair (1586:1609)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
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| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
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| GG
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| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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7.0* |
2.9* |
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3.2 |
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-- |
1.0 |
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1.5 |
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5.3 |
52.3 | 862 |
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4.5* |
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1.6 |
0.2 |
-- |
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-- |
-- |
-- |
1.1 |
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24.4* |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
3.0* |
2.0* |
1.0 |
2.0 |
3.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
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| E |
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0.6* |
0.6* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
6.1 |
0.6 |
0.6 |
3.4 | 180 |
| M |
0.4* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
99.0 | 276 |
| |
| Basepair (1587:1608)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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12.1* |
2.6* |
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3.6 |
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0.2 |
-- |
4.5 |
0.1 |
0.1 |
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2.2 |
0.1 |
0.7 |
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33.1* |
7.2* |
21.0* |
4.5* |
6.4 |
5.8 |
-- |
0.2 |
-- |
7.2 |
0.2 |
0.2 |
3.5 |
3.3 |
0.2 |
1.0 |
6.1 | 486 |
| B |
52.1* |
2.3* |
4.5* |
6.8* |
8.7 |
0.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
4.5 |
1.5 |
-- |
1.5 |
16.6 | 265 |
| A |
43.9* |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
43.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- | 41 |
| C |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
3.0 |
3.0* |
1.0 |
1.0* |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
42.0* |
3.0 |
-- |
1.0 |
42.0 | 100 |
| E |
2.8* |
57.2* |
13.9* |
10.6* |
6.1 |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
-- |
3.4 | 180 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 | 276 |
| |
| Basepair (1588:1607)
|
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| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
11.8* |
3.9* |
8.6* |
8.8* |
7.3 |
1.7 |
0.5 |
0.2 |
6.3 |
-- |
0.5 |
0.2 |
5.9 |
2.9 |
-- |
3.8 |
37.3 | 861 |
| 3 |
20.8* |
7.0* |
14.8* |
14.8* |
12.4 |
2.9 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
9.3 |
4.9 |
-- |
6.8 |
4.9 | 485 |
| B |
28.7* |
9.4* |
18.1* |
27.2* |
2.6 |
4.5 |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.3 | 265 |
| A |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
1.0 |
-- |
1.0 |
4.0 |
3.0 |
1.0 |
4.0 |
2.0 |
51.0* |
-- |
-- |
2.0* |
6.0* |
-- |
-- |
-- |
25.0 | 100 |
| E |
12.8* |
5.6* |
68.9* |
-- |
1.1 |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
4.0 | 180 |
| M |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
98.9 | 276 |
| |
| Basepair (1589:1606)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
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| AC
| AG
| CA
| CC
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| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
11.3 |
3.2* |
11.1 |
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-- |
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0.4* |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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0.4 |
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98.9 | 276 |
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