Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (35 of 60)
| Basepair (1628:1633)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.0* |
22.4* |
3.2* |
9.0* |
3.0 |
2.8 |
0.5 |
3.7 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
1.3 |
2.6 |
0.1 |
0.7 |
42.2 | 862 |
| 3 |
11.5* |
33.3* |
2.1* |
14.4* |
4.5 |
2.7 |
0.6 |
6.4 |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
2.3 |
4.5 |
0.2 |
0.8 |
16.0 | 486 |
| B |
3.8 |
45.7* |
3.4 |
9.4* |
3.8 |
4.5 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
4.2* |
-- |
-- |
-- |
24.6 | 265 |
| A |
19.5* |
68.3* |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.8 | 41 |
| C |
13.0* |
31.0* |
18.0* |
8.0* |
4.0 |
11.0 |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
11.0 | 100 |
| E |
21.1* |
7.8* |
0.6* |
23.9* |
6.7 |
0.6 |
1.7 |
17.2 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
12.2 |
0.6 |
2.2 |
5.0 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
99.3 | 276 |
| |
| Basepair (1629:1632)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.9 |
3.1 |
3.1 |
3.0 |
3.8 |
17.4* |
2.4 |
0.5* |
2.2 |
0.5 |
1.3 |
3.7* |
5.9* |
0.7 |
4.6 |
3.8 |
39.8 | 862 |
| 3 |
6.8 |
3.3 |
4.5 |
5.1 |
6.6 |
23.7* |
4.3 |
0.6* |
3.7 |
0.6 |
2.3 |
6.0* |
8.2* |
1.0 |
7.4 |
6.2 |
9.6 | 486 |
| B |
0.4 |
5.3 |
3.8 |
8.3* |
2.3 |
40.0* |
7.9 |
-- |
6.8 |
-- |
-- |
-- |
5.3* |
1.9 |
-- |
3.8 |
14.4 | 265 |
| A |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
14.6 |
9.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9* |
61.0* |
-- |
-- |
4.9 |
2.4 | 41 |
| C |
1.0 |
11.0 |
5.0 |
1.0 |
1.0 |
34.0* |
-- |
1.0* |
1.0 |
1.0 |
-- |
3.0* |
11.0* |
1.0 |
4.0 |
2.0 |
23.0 | 100 |
| E |
17.8 |
0.6 |
6.7 |
1.7 |
11.1 |
3.3 |
-- |
1.7 |
-- |
1.7 |
6.1 |
15.0* |
0.6* |
-- |
20.0* |
9.4 |
4.4 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
99.3 | 276 |
| |
| Basepair (1651:1655)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
66.9* |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1* |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.2 |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
0.6* |
30.4 | 862 |
| 3 |
-- |
32.9* |
0.2* |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
66.1 | 486 |
| B |
-- |
98.5* |
0.4* |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 265 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
97.0* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
87.8* |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
0.6 |
1.1 |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
2.2* |
5.6 | 180 |
| M |
-- |
7.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
91.3 | 276 |
| |
| Basepair (1682:1696)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
14.6* |
27.6* |
9.7 |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
0.5* |
20.9 |
0.5 |
-- |
3.6 |
14.0 |
7.3 | 843 |
| 3 |
-- |
-- |
0.2* |
43.7* |
4.5 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
34.5 |
-- |
-- |
-- |
13.7 |
3.2 | 467 |
| B |
-- |
-- |
0.4* |
5.3 |
7.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
61.0* |
-- |
-- |
-- |
21.2 |
4.5 | 264 |
| A |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
11.0 |
55.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.0 |
-- |
-- |
1.0* |
25.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
91.4 |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
1.8 | 162 |
| M |
-- |
-- |
44.2* |
6.5* |
2.2 |
1.8 |
1.4 |
-- |
-- |
0.4 |
1.4* |
2.5 |
1.4 |
-- |
10.5 |
10.5 |
17.1 | 276 |
| |
| Basepair (1684:1722)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.4 |
0.2 |
0.5 |
11.4 |
0.1 |
-- |
28.8 |
31.2* |
10.5 |
3.1* |
0.4 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.4* |
12.5 | 837 |
| 3 |
0.4 |
0.2 |
-- |
18.2 |
0.2* |
-- |
19.3 |
35.6* |
18.9 |
3.5* |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 | 461 |
| B |
0.4 |
-- |
-- |
9.1 |
-- |
-- |
27.8 |
59.3 |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 263 |
| A |
-- |
-- |
-- |
87.8 |
-- |
-- |
-- |
7.3 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 41 |
| C |
1.0 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
5.0 |
92.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.6 |
0.6 |
-- |
15.3 |
0.6* |
-- |
10.2 |
3.8 |
49.0* |
10.2* |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.5 | 157 |
| M |
-- |
0.4* |
1.4 |
3.3 |
-- |
-- |
53.3* |
1.8 |
0.4 |
3.6 |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
1.1* |
33.5 | 276 |
| |
| Basepair (1686:1695)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
93.5* |
0.5* |
0.2* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
5.4 | 844 |
| 3 |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 468 |
| B |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 162 |
| M |
-- |
80.4* |
1.4* |
0.7* |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
16.4 | 276 |
| |
| Basepair (1687:1694)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.8* |
89.6* |
3.4* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.3 | 845 |
| 3 |
1.5* |
97.4* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 468 |
| B |
2.6* |
97.0* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
| A |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
91.0* |
8.0* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 162 |
| M |
-- |
75.8* |
7.6* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
15.5 | 277 |
| |
| Basepair (1703:1715)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
67.2* |
0.4* |
0.1* |
2.0* |
2.6 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.4 | 839 |
| 3 |
94.6* |
0.2* |
-- |
1.7* |
2.6 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 462 |
| B |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
61.0* |
2.4* |
-- |
19.5* |
17.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
98.0* |
-- |
-- |
1.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
97.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 157 |
| M |
10.5* |
0.7* |
0.4* |
2.9* |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.4 | 277 |
| |
| Basepair (1704:1714)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
30.5* |
1.0* |
29.5* |
11.1* |
0.6 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.2 | 838 |
| 3 |
55.3* |
1.1* |
22.6* |
19.7* |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 461 |
| B |
28.5* |
0.8* |
37.6* |
32.7* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 263 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
87.9* |
1.9* |
3.8* |
3.2* |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 157 |
| M |
0.4* |
1.1* |
15.5* |
0.7* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
81.9 | 277 |
| |
| Basepair (1705:1713)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.4* |
3.8 |
2.0 |
34.8* |
-- |
16.9* |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
10.3 |
27.0 | 844 |
| 3 |
7.7* |
5.6 |
2.6 |
34.5* |
-- |
30.6* |
0.6 |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
18.0 |
0.2 | 467 |
| B |
3.0* |
4.9* |
1.1* |
57.7* |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
31.7 |
0.4 | 265 |
| A |
68.3* |
26.8* |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
1.0* |
96.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
1.2 |
4.3 |
5.6* |
-- |
85.8* |
1.9 |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 162 |
| M |
0.4* |
2.2* |
1.4* |
13.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.0 | 277 |
| |
| Basepair (1706:1712)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
3.0* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
0.5* |
-- |
-- |
0.1 |
95.8 | 975 |
| 3 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
5.0* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3* |
0.9* |
-- |
-- |
0.2 |
92.9 | 577 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 272 |
| A |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
70.7* |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9* |
12.2* |
-- |
-- |
2.4 |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 263 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 298 |
| |
| Basepair (1707:1711)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
6.9 |
0.2 |
-- |
-- |
2.7 |
0.4* |
0.1 |
3.4 |
-- |
2.0 |
64.3* |
0.5 |
0.4 |
2.5* |
16.6 | 844 |
| 3 |
-- |
-- |
10.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.2* |
0.2 |
-- |
-- |
86.5* |
0.6 |
0.4* |
-- |
1.5 | 467 |
| B |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
98.1* |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
-- |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.7 |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
25.3 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
66.0* |
1.2 |
1.2* |
-- |
4.3 | 162 |
| M |
-- |
-- |
3.6 |
0.4 |
-- |
-- |
7.6 |
0.4* |
-- |
9.7 |
-- |
6.5 |
15.5* |
0.4 |
0.4 |
7.2* |
48.3 | 277 |
| |
Last generated : Mon Jul 1 2002 (8 : 31)