Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (37 of 60)
| Basepair (1760:1784)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
11.8 |
6.8* |
1.9* |
15.7 |
33.9* |
0.4 |
1.1 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.6 | 837 |
| 3 |
13.3 |
11.5* |
2.8* |
20.0 |
51.6* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 459 |
| B |
22.8* |
20.2* |
4.9* |
33.8* |
17.1 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 263 |
| A |
2.4 |
-- |
-- |
2.4 |
95.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
37.6 |
-- |
-- |
20.8 |
41.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
0.6 |
-- |
-- |
1.3 |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
1.4* |
1.1* |
6.5* |
1.8 |
1.1 |
2.5 |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 277 |
| |
| Basepair (1761:1783)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.0* |
42.3* |
8.7* |
20.0* |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.6 | 836 |
| 3 |
1.3* |
48.0* |
14.8* |
35.6* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 458 |
| B |
2.3* |
69.5* |
22.1* |
6.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 262 |
| A |
-- |
75.6* |
24.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
95.0* |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 101 |
| E |
-- |
4.5* |
0.6* |
94.2* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
0.7* |
13.7* |
0.4* |
1.4* |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 277 |
| |
| Basepair (1762:1782)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.4* |
36.2* |
23.4* |
9.2* |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.5 | 837 |
| 3 |
4.4* |
41.8* |
35.3* |
16.8* |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 459 |
| B |
7.6* |
51.3* |
9.5* |
29.3* |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 263 |
| A |
-- |
95.1* |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
94.1* |
5.0* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
0.6* |
11.6* |
86.5* |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
5.8* |
10.5* |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 277 |
| |
| Basepair (1763:1781)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.4* |
65.6* |
3.6* |
1.0* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
27.5 | 837 |
| 3 |
2.4* |
93.0* |
1.5* |
1.7* |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 459 |
| B |
2.7* |
92.4* |
2.3* |
2.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 263 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
87.1* |
11.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
2.6* |
92.3* |
0.6* |
0.6* |
-- |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
0.4* |
12.3* |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 277 |
| |
| Basepair (1764:1780)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
65.8* |
3.6* |
-- |
-- |
3.0 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.5 | 837 |
| 3 |
-- |
93.5* |
3.1* |
-- |
-- |
3.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 459 |
| B |
-- |
95.4* |
1.5* |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 263 |
| A |
-- |
85.4 |
-- |
-- |
-- |
14.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
93.1* |
5.0* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
92.3* |
6.5* |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
10.1* |
4.0* |
-- |
-- |
2.5 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 277 |
| |
| Basepair (1765:1779)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
70.7 |
-- |
-- |
-- |
27.5 | 837 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 459 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 263 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.7 |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
13.4 |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 277 |
| |
| Basepair (1767:1776)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1* |
0.1* |
71.9* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
27.5 | 837 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
99.6* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 459 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 263 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
98.7* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4* |
-- |
15.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
83.0 | 277 |
| |
| Basepair (1768:1775)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
10.8 |
-- |
53.5* |
2.9* |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
3.9* |
27.7 | 837 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
7.8 |
-- |
80.2* |
3.1* |
-- |
0.7 |
0.2 |
-- |
-- |
7.2* |
0.2 | 459 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
11.0 |
-- |
74.9* |
2.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
11.4* |
0.4 | 263 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
63.4* |
17.1* |
-- |
4.9 |
2.4 |
-- |
-- |
7.3* |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
46.5 |
-- |
50.5* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
4.5 |
-- |
93.5* |
0.6* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
10.5* |
3.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 277 |
| |
| Basepair (1769:1774)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.5* |
66.9* |
-- |
0.1* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
27.5 | 836 |
| 3 |
5.7* |
92.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 458 |
| B |
6.5* |
91.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 262 |
| A |
9.8* |
87.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
3.2* |
96.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
4.3* |
11.9* |
-- |
0.4* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 277 |
| |
| Basepair (1770:1773)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
2.4 |
0.1 |
-- |
-- |
69.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
27.7 | 836 |
| 3 |
-- |
3.7 |
0.2 |
-- |
-- |
95.6 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 458 |
| B |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 262 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 101 |
| E |
-- |
9.7 |
0.6 |
-- |
-- |
88.4 |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
15.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
83.0 | 277 |
| |
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