Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (38 of 60)


Basepair (1785:1807)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 18.9 1.4* -- 7.8 41.5* -- -- 0.1* -- -- 0.6 -- 0.4 -- -- -- 29.2834
3 26.1 2.4* -- 6.4 63.6* -- -- -- -- -- 1.1 -- -- -- -- -- 0.4456
B 44.2* 4.2* -- 10.4* 38.8 -- -- -- -- -- 1.9 -- -- -- -- -- 0.4260
A 2.4 -- -- -- 97.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 27.7 -- -- 21.8 49.5* -- -- 1.0* -- -- -- -- -- -- -- -- --101
E 1.9 -- -- 1.3 96.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6155
M 4.0* 0.4* -- 5.1* 2.2 -- -- -- -- -- -- -- 1.1 -- -- -- 87.4277
 
Basepair (1786:1806)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 20.7* 48.3* 0.5* 0.4* 0.2 -- -- -- -- 0.4 -- 0.1 -- 0.1 -- -- 29.4835
3 37.2* 61.7* -- -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- -- 0.2 -- -- 0.4457
B 5.7* 92.7* -- -- -- -- -- -- -- 0.8 -- -- -- 0.4 -- -- 0.4261
A -- 97.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.441
C 2.0* 93.1* -- -- 2.0 -- -- -- -- 1.0 -- 1.0 -- -- -- -- 1.0101
E 99.4* 0.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --155
M 0.4* 9.7* 1.4* 1.1* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 87.4277
 
Basepair (1787:1805)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.4* 33.8* 17.0* 0.4* -- -- -- -- -- 18.6 -- 0.2 -- -- -- -- 29.6834
3 -- 38.8* 26.3* -- -- -- -- -- -- 34.0 -- 0.4 -- -- -- -- 0.4456
B -- 52.3* 46.2* -- -- -- -- -- -- 0.8 -- 0.8 -- -- -- -- --260
A -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 2.0* 91.1* 6.9* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --101
E -- -- 0.6 -- -- -- -- -- -- 98.1 -- -- -- -- -- -- 1.3155
M 0.4* 4.7* 5.4* 1.1* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 88.4277
 
Basepair (1788:1804)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 6.5* 20.5* 34.4* 3.7* 0.5 3.1 -- 0.1 0.2 1.0 -- -- 0.1 -- -- 0.1 29.8835
3 10.9* 25.2* 54.0* 4.2* 0.9 3.9 -- -- -- 0.4 -- -- 0.2 -- -- 0.2 --457
B 19.2* 42.9* 22.2* 5.7* 1.5 6.9 -- -- -- 0.8 -- -- 0.4 -- -- 0.4 --261
A -- 7.3* 82.9* 9.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 3.0* 50.5* 28.7* 8.9* -- 6.9 -- -- -- 1.0 -- -- -- -- -- -- 1.0101
E 0.6* -- 99.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --155
M 0.4* 1.8* 4.0* 1.1* -- 0.4 -- 0.4 0.7 1.8 -- -- -- -- -- -- 89.5277
 
Basepair (1789:1803)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 7.0* 26.8* 12.9* 9.1* 1.2 4.3 -- -- 0.2 -- -- 0.5 1.0 -- -- 0.5 36.5837
3 12.2* 42.0* 12.4* 12.2* 1.5 6.3 -- -- -- -- -- 0.7 1.7 -- -- 0.2 10.6459
B 9.1* 16.0* 21.3* 17.9* 2.7 11.0 -- -- -- -- -- 0.4 3.0 -- -- -- 18.7263
A 78.0* -- -- 22.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 3.0* 27.7* 39.6* 15.8* 2.0 5.0 -- -- -- -- -- 1.0 -- -- -- -- 6.0101
E -- 96.8* 0.6* 0.6* -- -- -- -- -- -- -- 1.3 -- -- -- 0.6 --155
M -- 1.1* 4.0* 1.4* 0.4 0.7 -- -- 0.7 -- -- -- -- -- -- 1.1 90.6277
 
Basepair (1790:1802)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 1.0* 13.9* 27.9* 3.2* 0.8 3.2 0.2 0.2 1.3 0.8 -- -- 1.1 3.2 -- 0.2 42.6836
3 0.9* 16.8* 43.0* 3.5* 0.2 5.0 0.4 0.4 2.4 1.3 -- -- 1.5 5.9 -- 0.4 18.0458
B 1.5* 14.5* 15.6* 6.1* 0.4 8.4 0.8 0.8 4.2 2.3 -- -- 2.7 10.3 -- 0.8 31.8262
A -- 85.4* 12.2* -- -- 2.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 4.0* 32.7* 24.8* 7.9* 5.9 2.0 -- -- -- 1.0 -- -- 2.0 -- -- -- 19.8101
E -- 2.6* 97.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --155
M -- 2.2* 4.0* 1.1* -- 0.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 92.1277
 
Basepair (1791:1801)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 5.6* 5.9* 2.7* 0.8* 2.4 4.2 0.6 1.3 0.5 0.5 -- -- 0.4 0.6 -- 0.1 74.4837
3 10.2* 10.7* 3.5* 0.9* 3.9 6.8 0.4 2.2 0.7 0.2 -- -- 0.4 1.1 -- 0.2 58.8459
B 10.6* 13.7* 3.4* 1.1* 6.8 11.8 -- 3.8 1.1 0.4 -- -- 0.8 1.9 -- 0.4 44.1263
A 46.3* 31.7* 17.1* -- -- -- 4.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C -- -- 3.0 -- -- 4.0* 2.0 -- 1.0 3.0* -- -- 1.0 -- -- -- 86.2101
E -- -- -- 0.6* -- 0.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.7155
M -- -- 1.4* 1.1* 0.7 -- 0.4 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- 96.1277
 
Basepair (1792:1800)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 5.5* 4.2* 4.8* 4.1* 1.4 2.5 0.5 0.4 0.1 0.2 -- -- -- 0.7 0.4 0.4 74.8837
3 10.0* 7.2* 7.4* 7.0* 2.2 4.4 0.4 0.7 -- -- -- -- -- 0.9 0.4 0.7 58.8459
B 8.0* 10.3* 12.2* 9.5* 3.8 7.6 0.4 0.8 -- -- -- -- -- 1.5 0.8 1.1 44.1263
A 58.5* 14.6* 4.9* 17.1* -- -- 2.4 2.4 -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C -- 2.0* 2.0* 1.0 1.0* 1.0 -- -- -- -- -- -- -- 2.0 1.0 -- 90.2101
E 0.6* -- -- 0.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.7155
M -- -- 1.4* 0.4* 0.4 -- 0.7 -- 0.4 0.7 -- -- -- -- -- -- 96.1277
 
Basepair (1793:1799)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 6.5* 2.5* 6.5* 1.0* 1.0 4.1 -- 0.2 -- 0.1 0.1 0.1 -- -- 1.2 1.1 75.7837
3 11.8* 4.6* 11.1* 0.9* 1.5 7.2 -- 0.2 -- 0.2 -- 0.2 -- -- 1.7 1.3 59.2459
B 18.6* 3.8 11.4 1.1* 1.9 12.5* -- 0.4 -- -- -- 0.4 -- -- 3.0 2.3 44.5263
A 9.8* 26.8* 51.2* 2.4* 4.9 -- -- -- -- 2.4 -- -- -- -- -- -- 2.441
C -- -- -- 2.0* -- 1.0 -- -- -- -- -- -- -- -- 2.0* 1.0 94.1101
E 1.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.7155
M -- -- 1.1* 0.7* 0.4 -- -- 0.4 -- -- 0.4* -- -- -- -- 0.7 96.5277
 
Basepair (1794:1797)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 1.6 5.5* 11.4 1.2* 0.7 1.8 1.4 0.2 0.1 2.0 0.8 -- 13.4* 0.5 3.5* 1.6 54.3837
3 2.8 9.2* 15.5 1.3* 0.9 2.8 1.5 0.4 -- 0.9 1.5 -- 21.1* 0.9 4.8* 0.4 35.9459
B 4.9 16.0* 23.2 2.3* 0.4 4.2 -- 0.8 -- 0.4 2.7 -- 33.8* 1.5 7.2* 0.8 1.9263
A -- -- 24.4* -- 7.3* 4.9 17.1 -- -- 7.3 -- -- 19.5 -- 7.3 -- 12.241
C -- 4.0* 20.8* 3.0* 1.0 2.0 3.0 -- -- 12.9 -- -- 14.9 -- 6.9 7.9 23.9101
E -- 0.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 99.4155
M -- -- 1.1* 0.4* 0.4 -- 0.7 -- 0.4 -- -- -- -- -- -- 1.1 96.1277
 
Basepair (1805:2875)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- -- 0.4 -- -- 20.1 0.2 1.4 -- -- -- 7.8 -- -- -- 70.1512
3 -- -- -- 0.3 -- -- 27.9 0.3 1.9 -- -- -- 10.8 -- -- -- 58.8369
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.9 -- -- -- 99.1214
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 -- -- -- --38
C -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 99.998
E -- -- -- 0.9 -- -- 87.2 0.9 6.0 -- -- -- -- -- -- -- 5.1117
M -- -- -- 2.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 97.845
 
Basepair (1806:2883)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 0.5 -- -- -- -- -- -- -- 17.1 0.7 0.7 6.7 -- -- -- 74.3551
3 -- 0.7 -- -- -- -- -- -- -- 23.2 1.0 1.0 9.1 -- -- -- 64.8405
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0262
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 97.4 -- -- -- 2.638
C -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.1101
E -- 2.9 -- -- -- -- -- -- -- 88.6 3.8 3.8 -- -- -- -- 1.0105
M -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.045
 
Basepair (1808:1812)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 22.1* 36.4* 6.9* 1.9* 0.5 2.2 0.6 -- -- -- 0.1 -- -- 0.6 0.5 -- 28.2837
3 35.7* 47.5* 9.8* 1.1* 0.9 2.6 -- -- -- -- 0.2 -- -- 0.9 0.9 -- 0.4459
B 9.9* 68.1* 15.2* 1.9* -- 3.4 -- -- -- -- -- -- -- 1.1 -- -- 0.4263
A -- 92.7 -- -- -- 7.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C -- 82.2* 10.9* -- -- 5.9 -- -- -- -- -- -- -- 1.0 -- -- --101
E 87.8* 1.3* 3.2* -- 2.6 -- -- -- -- -- 0.6 -- -- 0.6 2.6 -- 1.2156
M 7.6* 1.4* 0.7* 4.0* -- -- 1.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 84.4277
 
Basepair (1813:1817)  
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 2.3 4.1* 5.4 5.9 1.7 2.5 3.3 9.9* 0.6 -- 0.2 0.5 12.8* 0.1 11.0 11.7* 27.9836
3 3.9 7.4* 8.1 6.1 2.2 2.6 5.0 16.8* 0.4 -- -- 0.7 23.4* 0.2 3.5 19.2* 0.4458
B -- 13.0* 9.2 8.4 -- 3.1 8.4 29.0* 0.8 -- -- 0.4 0.4* -- 2.7 24.4* 0.4262
A -- -- 29.3 -- -- 2.4 -- -- -- -- -- 2.4 -- -- 19.5 46.3* --41
C 1.0 -- 6.9 -- -- 3.0 4.0* -- 1.0 -- 2.0* -- -- -- 75.2* 6.9 --101
E 11.6 -- 0.6 3.9* 6.5 1.9* 0.6 1.3 -- -- -- 0.6 67.7* 0.6 0.6 3.2 0.6155
M -- -- 0.4 7.6* 1.4 2.2* 0.4 2.2 0.7 -- -- 0.4 -- -- -- 1.1 83.7277
 

Last generated : Mon Jul 1 2002 (8 : 31)