Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (38 of 60)
Basepair (1785:1807)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
18.9 |
1.4* |
-- |
7.8 |
41.5* |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
29.2 | 834 |
3 |
26.1 |
2.4* |
-- |
6.4 |
63.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 456 |
B |
44.2* |
4.2* |
-- |
10.4* |
38.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 260 |
A |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
27.7 |
-- |
-- |
21.8 |
49.5* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
E |
1.9 |
-- |
-- |
1.3 |
96.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
M |
4.0* |
0.4* |
-- |
5.1* |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
87.4 | 277 |
|
Basepair (1786:1806)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
20.7* |
48.3* |
0.5* |
0.4* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
29.4 | 835 |
3 |
37.2* |
61.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 | 457 |
B |
5.7* |
92.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 | 261 |
A |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 41 |
C |
2.0* |
93.1* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 101 |
E |
99.4* |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
M |
0.4* |
9.7* |
1.4* |
1.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
87.4 | 277 |
|
Basepair (1787:1805)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.4* |
33.8* |
17.0* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
18.6 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
29.6 | 834 |
3 |
-- |
38.8* |
26.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
34.0 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 456 |
B |
-- |
52.3* |
46.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 260 |
A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
2.0* |
91.1* |
6.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
E |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 | 155 |
M |
0.4* |
4.7* |
5.4* |
1.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
88.4 | 277 |
|
Basepair (1788:1804)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
6.5* |
20.5* |
34.4* |
3.7* |
0.5 |
3.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
1.0 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
29.8 | 835 |
3 |
10.9* |
25.2* |
54.0* |
4.2* |
0.9 |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- | 457 |
B |
19.2* |
42.9* |
22.2* |
5.7* |
1.5 |
6.9 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 261 |
A |
-- |
7.3* |
82.9* |
9.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
3.0* |
50.5* |
28.7* |
8.9* |
-- |
6.9 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 101 |
E |
0.6* |
-- |
99.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
M |
0.4* |
1.8* |
4.0* |
1.1* |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.7 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.5 | 277 |
|
Basepair (1789:1803)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
7.0* |
26.8* |
12.9* |
9.1* |
1.2 |
4.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 |
1.0 |
-- |
-- |
0.5 |
36.5 | 837 |
3 |
12.2* |
42.0* |
12.4* |
12.2* |
1.5 |
6.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
1.7 |
-- |
-- |
0.2 |
10.6 | 459 |
B |
9.1* |
16.0* |
21.3* |
17.9* |
2.7 |
11.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
18.7 | 263 |
A |
78.0* |
-- |
-- |
22.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
3.0* |
27.7* |
39.6* |
15.8* |
2.0 |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.0 | 101 |
E |
-- |
96.8* |
0.6* |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- | 155 |
M |
-- |
1.1* |
4.0* |
1.4* |
0.4 |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
90.6 | 277 |
|
Basepair (1790:1802)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
1.0* |
13.9* |
27.9* |
3.2* |
0.8 |
3.2 |
0.2 |
0.2 |
1.3 |
0.8 |
-- |
-- |
1.1 |
3.2 |
-- |
0.2 |
42.6 | 836 |
3 |
0.9* |
16.8* |
43.0* |
3.5* |
0.2 |
5.0 |
0.4 |
0.4 |
2.4 |
1.3 |
-- |
-- |
1.5 |
5.9 |
-- |
0.4 |
18.0 | 458 |
B |
1.5* |
14.5* |
15.6* |
6.1* |
0.4 |
8.4 |
0.8 |
0.8 |
4.2 |
2.3 |
-- |
-- |
2.7 |
10.3 |
-- |
0.8 |
31.8 | 262 |
A |
-- |
85.4* |
12.2* |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
4.0* |
32.7* |
24.8* |
7.9* |
5.9 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
19.8 | 101 |
E |
-- |
2.6* |
97.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
M |
-- |
2.2* |
4.0* |
1.1* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.1 | 277 |
|
Basepair (1791:1801)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
5.6* |
5.9* |
2.7* |
0.8* |
2.4 |
4.2 |
0.6 |
1.3 |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
0.4 |
0.6 |
-- |
0.1 |
74.4 | 837 |
3 |
10.2* |
10.7* |
3.5* |
0.9* |
3.9 |
6.8 |
0.4 |
2.2 |
0.7 |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
1.1 |
-- |
0.2 |
58.8 | 459 |
B |
10.6* |
13.7* |
3.4* |
1.1* |
6.8 |
11.8 |
-- |
3.8 |
1.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 |
1.9 |
-- |
0.4 |
44.1 | 263 |
A |
46.3* |
31.7* |
17.1* |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
4.0* |
2.0 |
-- |
1.0 |
3.0* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
86.2 | 101 |
E |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.7 | 155 |
M |
-- |
-- |
1.4* |
1.1* |
0.7 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.1 | 277 |
|
Basepair (1792:1800)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
5.5* |
4.2* |
4.8* |
4.1* |
1.4 |
2.5 |
0.5 |
0.4 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.4 |
0.4 |
74.8 | 837 |
3 |
10.0* |
7.2* |
7.4* |
7.0* |
2.2 |
4.4 |
0.4 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
0.4 |
0.7 |
58.8 | 459 |
B |
8.0* |
10.3* |
12.2* |
9.5* |
3.8 |
7.6 |
0.4 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
0.8 |
1.1 |
44.1 | 263 |
A |
58.5* |
14.6* |
4.9* |
17.1* |
-- |
-- |
2.4 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
-- |
2.0* |
2.0* |
1.0 |
1.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
1.0 |
-- |
90.2 | 101 |
E |
0.6* |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.7 | 155 |
M |
-- |
-- |
1.4* |
0.4* |
0.4 |
-- |
0.7 |
-- |
0.4 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.1 | 277 |
|
Basepair (1793:1799)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
6.5* |
2.5* |
6.5* |
1.0* |
1.0 |
4.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
1.2 |
1.1 |
75.7 | 837 |
3 |
11.8* |
4.6* |
11.1* |
0.9* |
1.5 |
7.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
1.7 |
1.3 |
59.2 | 459 |
B |
18.6* |
3.8 |
11.4 |
1.1* |
1.9 |
12.5* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
3.0 |
2.3 |
44.5 | 263 |
A |
9.8* |
26.8* |
51.2* |
2.4* |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 41 |
C |
-- |
-- |
-- |
2.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0* |
1.0 |
94.1 | 101 |
E |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.7 | 155 |
M |
-- |
-- |
1.1* |
0.7* |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
96.5 | 277 |
|
Basepair (1794:1797)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
1.6 |
5.5* |
11.4 |
1.2* |
0.7 |
1.8 |
1.4 |
0.2 |
0.1 |
2.0 |
0.8 |
-- |
13.4* |
0.5 |
3.5* |
1.6 |
54.3 | 837 |
3 |
2.8 |
9.2* |
15.5 |
1.3* |
0.9 |
2.8 |
1.5 |
0.4 |
-- |
0.9 |
1.5 |
-- |
21.1* |
0.9 |
4.8* |
0.4 |
35.9 | 459 |
B |
4.9 |
16.0* |
23.2 |
2.3* |
0.4 |
4.2 |
-- |
0.8 |
-- |
0.4 |
2.7 |
-- |
33.8* |
1.5 |
7.2* |
0.8 |
1.9 | 263 |
A |
-- |
-- |
24.4* |
-- |
7.3* |
4.9 |
17.1 |
-- |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
19.5 |
-- |
7.3 |
-- |
12.2 | 41 |
C |
-- |
4.0* |
20.8* |
3.0* |
1.0 |
2.0 |
3.0 |
-- |
-- |
12.9 |
-- |
-- |
14.9 |
-- |
6.9 |
7.9 |
23.9 | 101 |
E |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 155 |
M |
-- |
-- |
1.1* |
0.4* |
0.4 |
-- |
0.7 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
96.1 | 277 |
|
Basepair (1805:2875)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
20.1 |
0.2 |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
7.8 |
-- |
-- |
-- |
70.1 | 512 |
3 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
27.9 |
0.3 |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
10.8 |
-- |
-- |
-- |
58.8 | 369 |
B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
99.1 | 214 |
A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 98 |
E |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
87.2 |
0.9 |
6.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.1 | 117 |
M |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.8 | 45 |
|
Basepair (1806:2883)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
17.1 |
0.7 |
0.7 |
6.7 |
-- |
-- |
-- |
74.3 | 551 |
3 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
23.2 |
1.0 |
1.0 |
9.1 |
-- |
-- |
-- |
64.8 | 405 |
B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 262 |
A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.4 |
-- |
-- |
-- |
2.6 | 38 |
C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.1 | 101 |
E |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
88.6 |
3.8 |
3.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 105 |
M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 45 |
|
Basepair (1808:1812)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
22.1* |
36.4* |
6.9* |
1.9* |
0.5 |
2.2 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
0.5 |
-- |
28.2 | 837 |
3 |
35.7* |
47.5* |
9.8* |
1.1* |
0.9 |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.9 |
0.9 |
-- |
0.4 | 459 |
B |
9.9* |
68.1* |
15.2* |
1.9* |
-- |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.4 | 263 |
A |
-- |
92.7 |
-- |
-- |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
-- |
82.2* |
10.9* |
-- |
-- |
5.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- | 101 |
E |
87.8* |
1.3* |
3.2* |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
2.6 |
-- |
1.2 | 156 |
M |
7.6* |
1.4* |
0.7* |
4.0* |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
84.4 | 277 |
|
Basepair (1813:1817)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
2.3 |
4.1* |
5.4 |
5.9 |
1.7 |
2.5 |
3.3 |
9.9* |
0.6 |
-- |
0.2 |
0.5 |
12.8* |
0.1 |
11.0 |
11.7* |
27.9 | 836 |
3 |
3.9 |
7.4* |
8.1 |
6.1 |
2.2 |
2.6 |
5.0 |
16.8* |
0.4 |
-- |
-- |
0.7 |
23.4* |
0.2 |
3.5 |
19.2* |
0.4 | 458 |
B |
-- |
13.0* |
9.2 |
8.4 |
-- |
3.1 |
8.4 |
29.0* |
0.8 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4* |
-- |
2.7 |
24.4* |
0.4 | 262 |
A |
-- |
-- |
29.3 |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
19.5 |
46.3* |
-- | 41 |
C |
1.0 |
-- |
6.9 |
-- |
-- |
3.0 |
4.0* |
-- |
1.0 |
-- |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
75.2* |
6.9 |
-- | 101 |
E |
11.6 |
-- |
0.6 |
3.9* |
6.5 |
1.9* |
0.6 |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
67.7* |
0.6 |
0.6 |
3.2 |
0.6 | 155 |
M |
-- |
-- |
0.4 |
7.6* |
1.4 |
2.2* |
0.4 |
2.2 |
0.7 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
83.7 | 277 |
|
Last generated : Mon Jul 1 2002 (8 : 31)