Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (44 of 60)
| Basepair (2103:2538)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
96.9* |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.0* |
0.3 | 826 |
| 3 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
98.1 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 420 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 241 |
| A |
-- |
-- |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
82.9 |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 138 |
| M |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
94.4* |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.6* |
0.6 | 306 |
| |
| Basepair (2105:2481)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
99.0* |
0.6* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 832 |
| 3 |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 424 |
| B |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 240 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 143 |
| M |
-- |
98.4* |
1.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 309 |
| |
| Basepair (2106:2480)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
98.0* |
1.1* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 833 |
| 3 |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 425 |
| B |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 240 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
-- |
98.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 | 144 |
| M |
-- |
95.5* |
2.9* |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 309 |
| |
| Basepair (2107:2479)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
33.3* |
64.9* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
1.0* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 830 |
| 3 |
-- |
60.4* |
38.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 422 |
| B |
-- |
95.8* |
3.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 238 |
| A |
-- |
65.9* |
26.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
-- |
0.7* |
99.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 143 |
| M |
-- |
6.8* |
89.6* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
2.6* |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 309 |
| |
| Basepair (2108:2478)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
51.1* |
1.0* |
0.5* |
40.8* |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.5 |
5.3 |
0.1 | 833 |
| 3 |
82.1* |
-- |
-- |
15.1* |
0.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
0.5 |
0.2 | 425 |
| B |
75.9* |
-- |
-- |
22.4* |
0.8 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 241 |
| A |
75.6* |
-- |
-- |
24.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
94.4* |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
1.4* |
-- | 143 |
| M |
24.9* |
2.6* |
1.3* |
57.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
13.6 |
-- | 309 |
| |
| Basepair (2109:2467)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
92.7* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.1* |
0.4 |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
6.1 | 846 |
| 3 |
-- |
-- |
93.2 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.4 | 438 |
| B |
-- |
-- |
88.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
11.5 | 242 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
-- |
-- |
98.7 |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
-- |
90.0* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.3* |
0.6 |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
7.7 | 309 |
| |
| Basepair (2110:2477)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
73.3* |
1.2* |
18.5* |
6.4* |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- | 833 |
| 3 |
61.6* |
-- |
33.6* |
4.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 425 |
| B |
95.0* |
-- |
-- |
4.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- | 241 |
| A |
80.5* |
-- |
-- |
19.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
0.7* |
-- |
99.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 143 |
| M |
80.9* |
3.2* |
3.6* |
11.3* |
0.3 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- | 309 |
| |
| Basepair (2111:2476)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
64.5* |
7.3* |
0.2* |
27.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 834 |
| 3 |
70.9* |
3.8* |
-- |
24.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 426 |
| B |
49.6* |
6.6* |
-- |
43.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
1.0* |
-- |
99.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
97.9* |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 143 |
| M |
76.4* |
14.2* |
0.6* |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- | 309 |
| |
| Basepair (2112:2473)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.6* |
97.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
1.0 |
0.7 | 834 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 426 |
| B |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 242 |
| A |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
1.0* |
99.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
-- |
-- |
-- |
97.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 | 143 |
| M |
-- |
-- |
1.3* |
95.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
2.6 |
0.3 | 309 |
| |
| Basepair (2113:2472)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
13.8 |
21.5* |
0.7* |
2.8 |
55.8* |
-- |
-- |
4.0* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- | 846 |
| 3 |
23.5 |
34.2* |
-- |
0.2 |
41.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 438 |
| B |
33.9* |
62.0* |
-- |
-- |
3.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
46.3 |
-- |
-- |
-- |
53.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
1.3 |
0.6* |
-- |
0.6 |
97.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
4.5 |
10.4* |
1.9* |
7.4 |
61.5* |
-- |
-- |
11.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.2 |
-- | 309 |
| |
| Basepair (2114:2471)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
95.3* |
3.9* |
0.1* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 845 |
| 3 |
-- |
97.9* |
1.6* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 438 |
| B |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
95.1* |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
-- |
96.1* |
3.2* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
0.3* |
89.9* |
8.4* |
0.3* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 308 |
| |
| Basepair (2115:2470)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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0.5 | 846 |
| 3 |
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99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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0.9 | 438 |
| B |
-- |
-- |
98.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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1.7 | 242 |
| A |
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100.0 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 309 |
| |
Last generated : Mon Jul 1 2002 (8 : 31)