Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (45 of 60)
| Basepair (2118:2276)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
-- |
-- |
98.6* |
0.1 |
0.1* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
0.4 |
0.3 | 846 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 437 |
| B |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
0.3 |
-- |
-- |
96.8* |
0.3 |
0.3* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
1.0 |
0.6 | 309 |
| |
| Basepair (2119:2275)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.7* |
70.1* |
3.3* |
17.6* |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 | 847 |
| 3 |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 438 |
| B |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
96.0* |
-- |
3.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
18.4* |
19.7* |
9.1* |
47.2* |
0.6 |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
0.6 |
0.3 | 309 |
| |
| Basepair (2120:2274)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.9* |
4.5* |
77.9* |
9.6* |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 | 846 |
| 3 |
-- |
3.7* |
95.4* |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 437 |
| B |
-- |
0.8* |
99.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
-- |
34.1* |
61.0* |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
2.0* |
-- |
97.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
98.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
15.5* |
7.1* |
46.9* |
25.6* |
-- |
0.3 |
0.3 |
1.0 |
0.3 |
-- |
1.3 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
1.0 | 309 |
| |
| Basepair (2121:2273)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
33.6* |
20.8* |
18.1* |
19.8* |
1.5 |
1.1 |
2.0 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
1.4 |
0.6 | 847 |
| 3 |
39.3* |
34.2* |
-- |
24.0* |
1.1 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 438 |
| B |
54.1* |
0.4* |
-- |
43.4* |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
94.0* |
-- |
-- |
3.0* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
95.5* |
-- |
0.6* |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
6.1* |
8.4* |
49.5* |
19.4* |
1.9 |
1.6 |
5.5 |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
3.6 |
1.3 | 309 |
| |
| Basepair (2122:2272)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.5 |
19.0 |
11.5 |
10.4* |
0.1 |
45.5* |
1.4 |
7.3 |
-- |
0.6 |
-- |
0.2 |
0.8* |
0.1 |
0.5 |
1.4 |
0.7 | 847 |
| 3 |
-- |
33.3 |
0.7 |
-- |
-- |
65.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.2 | 438 |
| B |
-- |
39.3 |
1.2 |
-- |
-- |
59.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 242 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
3.0 |
21.0 |
-- |
-- |
76.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
6.5 |
-- |
-- |
-- |
92.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
1.3* |
3.9* |
23.6* |
28.5* |
0.3 |
7.4 |
3.9 |
20.1 |
-- |
1.6 |
-- |
0.6 |
2.3 |
0.3 |
1.0 |
3.6 |
1.6 | 309 |
| |
| Basepair (2123:2270)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
5.2* |
4.6 |
1.2* |
0.4 |
3.9 |
0.2 |
58.4* |
0.4 |
0.4* |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.8 |
24.1 | 847 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
5.3 |
-- |
91.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 438 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.9 |
-- |
91.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 242 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
15.0* |
-- |
-- |
-- |
6.0 |
-- |
79.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
7.1 |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
90.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
-- |
-- |
9.4* |
7.4* |
2.6 |
1.0 |
1.3 |
0.6 |
4.5 |
1.0 |
1.0* |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
2.3 |
67.6 | 309 |
| |
| Basepair (2124:2269)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.9 |
3.4* |
7.6* |
11.1 |
42.3* |
0.4 |
2.5 |
4.6* |
2.0 |
1.3 |
1.8 |
1.9 |
0.6 |
0.5 |
0.2 |
5.7 |
8.3 | 846 |
| 3 |
9.6 |
-- |
3.7* |
5.5 |
73.5* |
-- |
-- |
3.9* |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
0.2 |
0.7 |
-- |
0.5 |
0.2 | 438 |
| B |
11.2 |
-- |
-- |
8.3 |
69.4* |
-- |
-- |
6.6* |
-- |
-- |
4.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 242 |
| A |
19.5 |
-- |
-- |
2.4 |
78.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
4.0 |
-- |
2.0 |
4.0 |
21.0 |
1.0 |
2.0 |
10.0* |
1.0 |
-- |
2.0 |
13.0 |
-- |
-- |
-- |
40.0* |
-- | 100 |
| E |
4.5 |
-- |
10.3* |
1.9 |
78.7* |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.9 |
-- |
0.6 |
0.6 | 155 |
| M |
1.3* |
9.4* |
14.9* |
21.4* |
4.9 |
0.6 |
6.2 |
3.9 |
3.6 |
3.6 |
1.0 |
1.0 |
1.0 |
-- |
0.6 |
1.9 |
24.5 | 308 |
| |
| Basepair (2125:2268)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.9* |
47.0* |
17.9* |
8.4* |
1.7 |
16.4 |
1.5 |
0.7 |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.2 |
1.1 |
0.2 |
0.2 |
0.6 |
1.6 | 847 |
| 3 |
1.6* |
57.1* |
9.8* |
-- |
1.1 |
29.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.2 | 438 |
| B |
-- |
87.2* |
12.0* |
-- |
0.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
17.1* |
75.6* |
7.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
91.0* |
7.0* |
1.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
5.8 |
7.1 |
-- |
2.6* |
81.9* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
0.6 | 155 |
| M |
2.9* |
18.4* |
30.7* |
22.7* |
2.9 |
2.9 |
4.2 |
1.9 |
-- |
-- |
1.0 |
0.6 |
2.9 |
0.6 |
0.3 |
3.6 |
4.2 | 309 |
| |
| Basepair (2126:2267)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.5* |
35.7* |
10.3* |
13.9* |
0.1 |
30.3 |
1.4 |
0.6 |
0.2 |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.6 |
0.6 |
1.5 | 846 |
| 3 |
-- |
50.9* |
0.7* |
1.1* |
-- |
46.8 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 438 |
| B |
-- |
24.8 |
-- |
-- |
-- |
75.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
95.1 |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
58.0* |
7.0* |
-- |
-- |
35.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
80.0* |
1.3* |
3.2* |
-- |
14.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
9.7* |
6.8* |
23.1* |
36.7* |
0.3 |
7.1 |
3.9 |
1.6 |
0.6 |
1.9 |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
-- |
1.6 |
1.6 |
3.9 | 308 |
| |
| Basepair (2127:2266)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.2* |
2.6* |
44.9* |
14.8* |
0.8 |
0.6 |
0.7 |
1.8 |
-- |
7.7 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.7 |
18.5 |
1.1 | 847 |
| 3 |
-- |
2.1* |
49.1* |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
13.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
33.8 |
0.2 | 438 |
| B |
-- |
-- |
39.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
60.3 |
-- | 242 |
| A |
-- |
9.8* |
87.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
97.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
3.2* |
52.9* |
2.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
38.7 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
1.3 |
0.6 | 155 |
| M |
14.2* |
1.9* |
22.0* |
38.5* |
2.3 |
1.6 |
1.9 |
4.9 |
-- |
3.9 |
0.3 |
0.3 |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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56.1 |
-- |
-- |
-- |
43.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
99.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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78.1* |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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2.3 |
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-- |
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-- |
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2.9 |
3.9 | 309 |
| |
| Basepair (2129:2264)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
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| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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0.8* |
-- |
56.2* |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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7.3 |
19.5 |
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-- |
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26.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| C |
4.0 |
-- |
-- |
16.0 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
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-- |
-- |
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1.3 |
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7.3 | 309 |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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1.0 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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3.3* |
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1.7 |
-- |
-- |
56.6* |
-- |
-- |
-- |
5.8* |
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-- |
-- |
-- |
11.2 |
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-- |
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7.3 |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- | 100 |
| E |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
3.9 |
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| Seq
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| C |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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2.0 |
-- |
2.0* |
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-- |
-- |
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-- |
3.0 |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
1.9 |
-- |
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-- |
-- |
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7.1* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
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-- |
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1.6 |
1.3 |
85.9 | 309 |
| |
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