Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (47 of 60)
| Basepair (2242:2258)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
64.9* |
0.6* |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
0.2 |
-- |
32.7 | 850 |
| 3 |
-- |
-- |
96.8 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
1.4 | 439 |
| B |
-- |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 243 |
| A |
-- |
-- |
90.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
-- |
-- |
95.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
3.2 | 155 |
| M |
-- |
-- |
8.1* |
1.6* |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
88.0 | 309 |
| |
| Basepair (2244:2257)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.7* |
0.4 |
-- |
0.1 |
4.1 |
2.2 |
58.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
33.7 | 850 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
4.1 |
90.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
2.3 | 439 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
98.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 243 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.8 |
-- |
80.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.8 |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
16.7 |
1.0 |
81.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 102 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
11.6 |
80.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.1 | 155 |
| M |
-- |
-- |
1.9* |
1.0 |
-- |
0.3 |
2.6 |
-- |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.3 | 309 |
| |
| Basepair (2245:2256)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
37.3* |
10.9* |
1.4* |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
7.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
7.3 |
33.9 | 850 |
| 3 |
-- |
62.4* |
19.6* |
1.1* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
15.0 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.2 | 439 |
| B |
-- |
72.8* |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
25.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
1.0* |
24.5* |
3.9 |
3.9 |
2.9 |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
1.0 |
59.8* |
-- | 102 |
| E |
-- |
36.8* |
53.5* |
2.6* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
3.2 | 155 |
| M |
-- |
5.8* |
1.0* |
1.0* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.8 | 309 |
| |
| Basepair (2246:2255)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.9* |
35.6* |
2.5* |
0.9* |
0.1 |
1.9 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.7 |
-- |
-- |
53.9 | 850 |
| 3 |
6.8* |
49.0* |
2.5* |
1.4* |
0.2 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.4 |
-- |
-- |
37.8 | 439 |
| B |
9.1* |
79.8* |
0.4* |
2.5* |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
2.5 |
-- |
-- |
4.5 | 243 |
| A |
19.5* |
51.2* |
24.4* |
-- |
2.4 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
2.0* |
81.4* |
2.9* |
-- |
-- |
12.7 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 155 |
| M |
0.3* |
1.6* |
2.3* |
0.6* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.5 | 309 |
| |
| Basepair (2247:2254)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.1* |
31.5* |
5.5* |
3.6* |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
54.0 | 850 |
| 3 |
6.4* |
43.5* |
5.2* |
6.4* |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
38.0 | 439 |
| B |
7.8* |
67.5* |
7.8* |
11.1* |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 | 243 |
| A |
22.0* |
65.9* |
9.8* |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
2.0* |
74.5* |
17.6* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
2.9 |
-- | 102 |
| E |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 155 |
| M |
1.6* |
0.3* |
1.9* |
1.0* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.5 | 309 |
| |
| Basepair (2248:2253)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.1* |
11.8* |
10.7* |
4.2* |
0.4 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
1.6 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
54.3 | 850 |
| 3 |
28.5* |
22.3* |
2.5* |
6.2* |
0.7 |
0.5 |
-- |
-- |
0.9 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
38.0 | 439 |
| B |
48.6* |
30.0* |
3.3* |
10.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
4.9 | 243 |
| A |
17.1* |
61.0* |
7.3* |
2.4* |
7.3 |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
11.8* |
2.0 |
70.6* |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 |
9.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 | 102 |
| E |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 155 |
| M |
-- |
-- |
2.6* |
2.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.5 | 309 |
| |
| Basepair (2249:2252)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.8 |
-- |
0.8 |
0.2* |
0.6 |
0.1 |
0.7 |
13.6 |
0.2 |
0.2 |
2.4 |
-- |
2.4* |
1.1 |
15.0* |
0.6 |
55.4 | 848 |
| 3 |
13.3 |
-- |
0.7 |
-- |
0.9 |
0.2 |
0.5 |
12.8 |
0.5* |
0.2 |
2.3 |
-- |
4.6* |
2.1 |
24.7* |
0.5 |
36.9 | 437 |
| B |
24.0 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.8 |
23.1 |
0.8* |
-- |
4.1 |
-- |
2.1* |
-- |
43.8* |
-- |
0.4 | 242 |
| A |
-- |
-- |
7.5 |
-- |
5.0 |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
37.5* |
22.5 |
5.0* |
5.0 |
12.5 | 40 |
| C |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
1.0* |
-- |
1.0 |
57.8* |
-- |
-- |
8.8 |
-- |
-- |
-- |
18.6 |
-- |
10.9 | 102 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 155 |
| M |
-- |
-- |
1.3* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
0.3 |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
96.1 | 309 |
| |
| Basepair (2279:2292)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
76.7* |
2.6* |
5.5* |
8.4* |
2.2 |
-- |
0.8 |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
0.4 |
-- |
0.5 |
0.6 | 850 |
| 3 |
87.9* |
-- |
1.8* |
5.7* |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 439 |
| B |
83.5* |
-- |
3.3* |
10.3* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 243 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
36.3* |
19.6* |
12.7* |
25.5* |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
-- | 102 |
| E |
91.6 |
-- |
-- |
-- |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
1.9 | 155 |
| M |
74.1* |
0.6* |
8.4* |
6.5* |
2.3 |
-- |
2.3 |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
1.0 |
-- |
0.3 |
0.3 | 309 |
| |
| Basepair (2280:2290)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
43.3* |
0.7* |
9.1* |
44.1* |
2.0 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 849 |
| 3 |
31.3* |
-- |
0.9* |
63.0* |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 438 |
| B |
0.8* |
-- |
-- |
98.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 243 |
| A |
80.0* |
-- |
-- |
17.5* |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 40 |
| C |
-- |
2.9* |
55.9* |
41.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
65.8* |
-- |
2.6* |
20.0* |
8.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
74.8* |
1.0* |
5.2* |
18.1* |
0.6 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 309 |
| |
| Basepair (2281:2289)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.2* |
63.9* |
32.2* |
1.9* |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 850 |
| 3 |
0.9* |
98.2* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 439 |
| B |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 243 |
| A |
9.8* |
90.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
68.6* |
18.6* |
12.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
-- |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
1.9* |
13.6* |
82.5* |
1.0* |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 309 |
| |
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