Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (48 of 60)
| Basepair (2288:2309)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
94.1* |
-- |
-- |
1.3* |
0.5 |
-- |
0.5 |
1.3 |
1.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.7 | 846 |
| 3 |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 435 |
| B |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 239 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
98.0* |
-- |
-- |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
85.8* |
-- |
-- |
2.9* |
0.6 |
-- |
1.3 |
3.6 |
2.9 |
-- |
0.3 |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.3 |
1.6 | 309 |
| |
| Basepair (2293:2315)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
32.5* |
0.9* |
26.6* |
24.1* |
5.1 |
0.9 |
4.1 |
1.3 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
0.1 |
-- |
0.8 |
0.8 | 849 |
| 3 |
43.8* |
1.1* |
17.8* |
33.8* |
2.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 438 |
| B |
66.9* |
-- |
28.1* |
0.8* |
3.3 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 242 |
| A |
51.2* |
12.2* |
24.4* |
12.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
58.8* |
-- |
4.9* |
18.6* |
11.8 |
-- |
-- |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 102 |
| E |
5.8* |
-- |
0.6* |
90.3* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
0.6 |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
7.8* |
1.0* |
46.3* |
12.3* |
7.1 |
2.6 |
11.3 |
1.9 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
5.2 |
-- |
-- |
1.6 |
1.9 | 309 |
| |
| Basepair (2294:2314)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.2* |
69.6* |
9.5* |
2.1* |
0.5 |
12.2 |
1.3 |
-- |
-- |
1.4 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
1.3 | 849 |
| 3 |
1.1* |
71.7* |
2.5* |
-- |
-- |
23.3 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.4 | 438 |
| B |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 242 |
| A |
2.4* |
97.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
88.2* |
7.8* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 | 102 |
| E |
2.6* |
21.9 |
7.1 |
-- |
-- |
65.2* |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
1.6* |
60.5* |
20.1* |
5.8* |
1.3 |
0.3 |
3.2 |
-- |
-- |
3.9 |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
1.9 | 309 |
| |
| Basepair (2295:2313)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
25.4* |
65.7* |
2.9* |
3.7* |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
1.8 | 849 |
| 3 |
2.3* |
95.0* |
1.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
1.1 | 438 |
| B |
-- |
97.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.1 | 242 |
| A |
24.4* |
73.2* |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
96.1 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 | 102 |
| E |
-- |
96.1* |
3.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- | 155 |
| M |
66.7* |
14.2* |
6.1* |
10.0* |
0.3 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 | 309 |
| |
| Basepair (2296:2312)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
25.1* |
5.3* |
63.3* |
4.1* |
-- |
0.4 |
0.9 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 850 |
| 3 |
1.4* |
8.9* |
89.5* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 439 |
| B |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
-- |
92.7* |
7.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
97.1 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
3.9* |
0.6* |
94.8* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
67.0* |
1.9* |
14.9* |
11.3* |
-- |
0.3 |
2.3 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 | 309 |
| |
| Basepair (2297:2311)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.2* |
46.2* |
6.7* |
27.2* |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.6 | 850 |
| 3 |
32.1* |
60.1* |
6.8* |
0.2* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 439 |
| B |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
39.0* |
29.3* |
31.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
96.1* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
80.0* |
7.1* |
11.0* |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
4.5* |
10.0* |
8.1* |
74.4* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
1.6 | 309 |
| |
| Basepair (2298:2310)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
22.7* |
45.8* |
4.1* |
7.8* |
-- |
14.5 |
0.5 |
0.4 |
-- |
2.7 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
1.2 | 850 |
| 3 |
-- |
62.2* |
5.2* |
0.5* |
-- |
27.3 |
-- |
-- |
-- |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 439 |
| B |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 243 |
| A |
-- |
22.0 |
24.4 |
-- |
-- |
12.2* |
-- |
-- |
-- |
41.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
1.0* |
85.3* |
2.0* |
11.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
-- |
16.1 |
8.4 |
1.3* |
-- |
73.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
62.1* |
9.4* |
3.2* |
16.8* |
-- |
1.0 |
1.3 |
1.0 |
-- |
1.9 |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
2.3 | 309 |
| |
| Basepair (2299:2308)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.4 |
52.2* |
6.5* |
2.9 |
-- |
3.5 |
0.8 |
0.8 |
17.5 |
1.4* |
0.1 |
2.9 |
6.4* |
2.1 |
0.4 |
2.1 | 848 |
| 3 |
-- |
-- |
61.3* |
0.5 |
5.3* |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
22.4 |
-- |
-- |
5.3 |
2.7 |
0.7 |
-- |
0.9 | 437 |
| B |
-- |
-- |
68.0* |
0.4* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
28.2 |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
56.1* |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
39.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
79.4 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
19.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
-- |
-- |
67.1* |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
19.4 |
-- |
-- |
-- |
7.7* |
1.9 |
-- |
2.6 | 155 |
| M |
-- |
1.0 |
30.4* |
17.5* |
0.6 |
-- |
8.1 |
2.3 |
2.3 |
9.7 |
3.9* |
0.3 |
0.6 |
13.6* |
4.9 |
1.0 |
3.9 | 309 |
| |
| Basepair (2300:2307)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
2.9 |
1.1 |
-- |
0.1 |
92.6* |
0.4 |
0.1 |
0.8 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.7* |
0.9 | 850 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.9 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 439 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 243 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.1 |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
-- |
8.1 |
2.9 |
-- |
0.3 |
81.2* |
1.0 |
0.3 |
1.3 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.9* |
1.9 | 309 |
| |
| Basepair (2301:2306)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.6 |
0.5 |
6.7* |
63.8* |
0.1 |
0.2 |
10.5 |
1.3 |
1.5 |
4.2 |
4.6* |
0.6 |
1.2 |
0.2* |
0.5 |
2.5 |
1.1 | 850 |
| 3 |
0.5 |
0.2 |
0.2* |
90.9* |
0.2 |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
5.5* |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 439 |
| B |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
-- |
-- |
-- |
87.8 |
2.4 |
-- |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
1.0* |
97.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
1.3 |
0.6 |
0.6* |
77.4* |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
15.5* |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- | 155 |
| M |
1.0 |
1.0 |
17.8 |
14.2 |
-- |
0.6 |
28.5* |
1.9 |
4.2 |
11.7 |
4.2* |
0.3 |
3.2 |
0.6* |
1.3 |
6.1* |
3.2 | 309 |
| |
| Basepair (2316:2464)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
78.8* |
0.8* |
5.4* |
6.5* |
0.7 |
-- |
1.7 |
4.6 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 | 845 |
| 3 |
94.7* |
1.1* |
3.0* |
0.2* |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 435 |
| B |
94.1* |
-- |
5.4* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 239 |
| A |
97.6* |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
94.8* |
2.6* |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
49.5* |
0.6* |
10.7* |
17.5* |
0.6 |
-- |
4.5 |
12.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
1.6 | 309 |
| |
| Basepair (2317:2359)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
28.5* |
23.7* |
0.1* |
-- |
15.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
31.3 | 849 |
| 3 |
-- |
51.1* |
41.3* |
-- |
-- |
7.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 438 |
| B |
-- |
75.3* |
10.7* |
-- |
-- |
13.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 243 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
14.7 |
7.8 |
-- |
-- |
77.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
-- |
0.6* |
99.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
1.0 |
3.9 |
0.3 |
-- |
5.5* |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
86.0 | 309 |
| |
| Basepair (2318:2421)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
22.1* |
36.7* |
5.8* |
13.3* |
5.5 |
0.2 |
0.8 |
1.8 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.4 |
3.3 |
2.7 |
0.5 |
0.6 |
5.8 | 849 |
| 3 |
3.2* |
66.9* |
8.0* |
12.1* |
8.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 | 438 |
| B |
5.8* |
43.0* |
14.5* |
21.5* |
15.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
82.4* |
-- |
-- |
14.7* |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
-- |
94.8* |
-- |
1.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
1.9 | 155 |
| M |
29.1* |
6.1* |
4.5* |
14.6* |
2.3 |
0.6 |
2.3 |
4.9 |
-- |
0.6 |
0.6 |
1.0 |
9.1 |
6.5 |
1.3 |
1.6 |
14.7 | 309 |
| |
| Basepair (2319:2420)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.5* |
70.3* |
0.9* |
3.7* |
0.2 |
1.8 |
2.0 |
5.7 |
0.7 |
0.7 |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
6.4 | 849 |
| 3 |
-- |
99.5* |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 438 |
| B |
-- |
99.6* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
17.8* |
19.1* |
2.3* |
10.0* |
0.6 |
4.9 |
5.5 |
15.5 |
1.9 |
1.9 |
-- |
0.3 |
1.3 |
1.0 |
0.3 |
0.3 |
17.1 | 309 |
| |
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