Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (53 of 60)
| Basepair (2510:2564)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
96.7* |
-- |
0.1 |
0.1* |
0.5 |
0.4* |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.4 | 827 |
| 3 |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 422 |
| B |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
-- |
98.6 |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 138 |
| M |
-- |
91.7* |
-- |
0.3 |
0.3* |
0.7 |
1.0* |
-- |
0.3 |
0.7 |
-- |
0.7 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
3.9 | 303 |
| |
| Basepair (2539:2607)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
95.7* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
1.1* |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
0.1 | 789 |
| 3 |
-- |
-- |
94.3 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.8 |
0.2 | 419 |
| B |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 243 |
| A |
-- |
-- |
48.8 |
-- |
-- |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
34.1 |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
-- |
-- |
98.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- | 135 |
| M |
-- |
-- |
96.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.3* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 271 |
| |
| Basepair (2540:2645)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
45.3 |
-- |
-- |
-- |
54.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 730 |
| 3 |
62.3 |
-- |
-- |
-- |
37.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 414 |
| B |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 238 |
| A |
51.2 |
-- |
-- |
-- |
48.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 55 |
| E |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
98.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 135 |
| M |
6.9 |
-- |
-- |
-- |
93.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 261 |
| |
| Basepair (2541:2618)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 779 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 419 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 97 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 135 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 263 |
| |
| Basepair (2542:2617)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
72.4* |
27.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 779 |
| 3 |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 419 |
| B |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 97 |
| E |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
-- |
18.3* |
81.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 263 |
| |
| Basepair (2543:2615)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- | 779 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 419 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 97 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.4 |
-- | 263 |
| |
| Basepair (2544:2614)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
92.6* |
-- |
1.5* |
5.3* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 | 780 |
| 3 |
95.7* |
-- |
1.7* |
2.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- | 419 |
| B |
96.3* |
-- |
-- |
3.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
87.8* |
-- |
9.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
96.9* |
-- |
-- |
2.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 97 |
| E |
97.0* |
-- |
2.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- | 135 |
| M |
86.0* |
-- |
1.9* |
11.4* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 264 |
| |
| Basepair (2545:2613)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
70.1* |
0.3* |
26.3* |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 780 |
| 3 |
-- |
95.9 |
-- |
-- |
-- |
3.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 419 |
| B |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
-- |
63.4 |
-- |
-- |
-- |
34.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
94.9 |
-- |
-- |
-- |
4.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 98 |
| E |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
-- |
19.8* |
0.8* |
77.9* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- | 263 |
| |
| Basepair (2546:2610)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
0.8 |
-- |
-- |
24.3 |
74.1* |
0.4 | 781 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
42.2 |
56.8 |
0.7 | 419 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
72.8 |
25.5 |
1.2 | 243 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
11.1 |
87.9 |
-- | 99 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
99.3 |
-- | 135 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
2.3 |
-- |
-- |
0.8 |
96.6* |
-- | 263 |
| |
| Basepair (2547:2609)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
90.9* |
5.8* |
0.1* |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 782 |
| 3 |
0.2* |
97.4* |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 419 |
| B |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 244 |
| A |
2.4* |
90.2* |
7.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
89.9* |
7.1* |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
-- |
97.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
-- |
81.1* |
13.3* |
0.4* |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 264 |
| |
| Basepair (2548:2606)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.8* |
1.5* |
22.2* |
63.4* |
3.7 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
0.1 | 789 |
| 3 |
10.7* |
2.1* |
40.3* |
43.0* |
3.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 419 |
| B |
18.5* |
0.8* |
-- |
74.1* |
6.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
-- |
17.1* |
82.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
5.1* |
2.0* |
1.0* |
73.7* |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
13.1 |
1.0 | 99 |
| E |
-- |
-- |
99.3* |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
1.5* |
0.4* |
1.8* |
91.1* |
3.7 |
0.4 |
0.4 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 271 |
| |
| Basepair (2549:2605)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
24.8* |
2.1 |
2.6 |
4.0* |
0.1 |
65.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 795 |
| 3 |
-- |
3.1 |
1.2 |
-- |
-- |
95.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 419 |
| B |
-- |
1.2 |
1.6 |
-- |
-- |
96.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- | 243 |
| A |
-- |
24.4 |
-- |
-- |
-- |
75.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
1.0 |
2.0* |
-- |
97.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
71.1* |
1.4 |
5.4 |
10.8* |
0.4 |
10.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- | 277 |
| |
| Basepair (2550:2604)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
27.7* |
68.9* |
2.3* |
0.6* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 795 |
| 3 |
-- |
97.4* |
1.7* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 419 |
| B |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
-- |
73.2* |
17.1* |
-- |
-- |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
79.4* |
14.8* |
4.0* |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 277 |
| |
| Basepair (2551:2603)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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22.8* |
6.0* |
40.2* |
0.5 |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 794 |
| 3 |
36.0* |
42.0* |
6.9* |
14.1* |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 419 |
| B |
62.1* |
1.6* |
11.1* |
24.3* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
60.6* |
2.0* |
1.0* |
36.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
-- |
96.3* |
1.5* |
0.7* |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
9.8* |
1.1* |
6.5* |
81.2* |
0.7 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 276 |
| |
| Basepair (2552:2602)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
74.0* |
22.4* |
0.6* |
0.3 |
-- |
0.9 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
0.6 |
-- | 795 |
| 3 |
-- |
66.8* |
32.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- | 419 |
| B |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
-- |
90.2* |
9.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
97.0* |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
-- |
0.7 |
96.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0* |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
-- |
76.5* |
14.4* |
1.8* |
0.7 |
-- |
2.5 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
1.8 |
-- | 277 |
| |
| Basepair (2555:2580)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
94.8* |
0.5* |
2.9* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
1.0 | 823 |
| 3 |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 419 |
| B |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
-- |
85.8* |
1.3* |
7.9* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
2.6 | 302 |
| |
| Basepair (2556:2579)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.4* |
77.2* |
2.2* |
11.4* |
-- |
0.5 |
-- |
6.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
1.1 | 824 |
| 3 |
0.7* |
68.5* |
0.5* |
18.6* |
-- |
-- |
-- |
11.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 419 |
| B |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
-- |
97.6* |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
97.1* |
2.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
2.2* |
3.7* |
0.7* |
57.8* |
-- |
-- |
-- |
35.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
-- |
82.5* |
4.3* |
5.3* |
-- |
1.3 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.3 |
2.9 | 303 |
| |
| Basepair (2557:2578)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.6 |
2.8 |
1.0* |
0.1 |
83.4* |
1.7 |
-- |
0.7 |
4.7* |
0.1 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
1.4 | 824 |
| 3 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
98.8* |
0.2* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- | 419 |
| B |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
97.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.5* |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- | 135 |
| M |
-- |
0.3 |
7.3 |
2.6* |
0.3 |
57.4* |
4.3 |
-- |
1.7 |
12.9* |
0.3 |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
4.0 |
4.0 | 303 |
| |
| Basepair (2558:2575)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
51.2* |
4.6* |
7.7* |
24.2* |
2.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
8.0 |
0.2 |
1.8 | 823 |
| 3 |
64.7* |
3.1* |
8.1* |
6.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
15.8 |
-- |
1.2 | 419 |
| B |
94.7* |
1.6* |
-- |
2.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 | 243 |
| A |
95.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 41 |
| C |
82.4* |
12.7* |
-- |
2.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 102 |
| E |
2.2 |
6.7* |
25.2 |
17.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
48.9* |
-- |
-- | 135 |
| M |
21.9* |
4.0* |
9.6* |
55.3* |
5.6 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
2.6 | 302 |
| |
| Basepair (2558:2799)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.6 |
-- |
11.9 |
5.7* |
0.6 |
0.1* |
10.6 |
1.6 |
-- |
4.3 |
0.4* |
-- |
47.8* |
0.7 |
-- |
0.9 |
14.7 | 680 |
| 3 |
-- |
-- |
20.5 |
-- |
-- |
0.3 |
7.5 |
-- |
-- |
2.6 |
0.8* |
-- |
65.7* |
-- |
-- |
1.6* |
1.1 | 385 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
95.1 |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 223 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.1 |
-- |
-- |
-- |
4.8 | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.4 |
-- |
-- |
17.2 |
-- |
-- |
77.6 |
-- |
-- |
-- |
1.7 | 58 |
| E |
-- |
-- |
65.3* |
-- |
-- |
0.8 |
19.0 |
-- |
-- |
5.0 |
2.5* |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
5.0 |
-- | 121 |
| M |
1.7 |
-- |
0.8 |
16.5 |
1.7 |
-- |
17.7* |
4.2 |
-- |
3.8 |
-- |
-- |
11.4 |
2.1* |
-- |
-- |
40.1 | 237 |
| |
| Basepair (2559:2574)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
63.7* |
4.1* |
4.0* |
24.2* |
1.5 |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.7 |
1.1 | 823 |
| 3 |
91.4* |
7.4* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 419 |
| B |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
82.9* |
17.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
95.1* |
-- |
-- |
2.9* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
79.3* |
17.0* |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 135 |
| M |
14.6* |
1.0* |
9.6* |
64.9* |
3.3 |
0.3 |
1.0 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
2.0 |
2.6 | 302 |
| |
| Basepair (2560:2573)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
40.5* |
5.6* |
35.0* |
12.3* |
2.4 |
1.2 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.6 |
-- |
0.5 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
1.1 | 824 |
| 3 |
60.6* |
9.8* |
18.4* |
7.4* |
1.2 |
1.4 |
-- |
0.7 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 419 |
| B |
95.1* |
-- |
-- |
4.5* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
46.3* |
39.0* |
-- |
7.3* |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
58.8* |
1.0* |
-- |
31.4* |
6.9 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 102 |
| E |
3.7* |
18.5* |
56.3* |
12.6* |
3.7 |
2.2 |
-- |
1.5 |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
6.6* |
1.3* |
69.6* |
12.5* |
2.6 |
1.0 |
0.3 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.3 |
0.7 |
-- |
-- |
0.3 |
2.6 | 303 |
| |
| Basepair (2561:2572)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.4 |
2.9* |
0.7* |
2.7 |
70.9* |
-- |
0.1 |
1.0* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
1.4 | 826 |
| 3 |
32.5 |
5.2* |
1.4* |
1.4 |
57.5* |
-- |
-- |
1.0* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 421 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 243 |
| A |
39.0* |
39.0* |
14.6* |
4.9* |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
87.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
12.7 |
-- | 102 |
| E |
87.6* |
4.4* |
-- |
2.9* |
1.5 |
-- |
-- |
2.9 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 137 |
| M |
5.0 |
0.7* |
-- |
5.3 |
84.2* |
-- |
0.3 |
1.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
2.6 | 303 |
| |
| Basepair (2562:2571)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
31.6* |
45.1* |
0.5* |
16.3* |
1.8 |
0.7 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.8 |
1.5 | 827 |
| 3 |
8.1* |
59.7* |
-- |
28.7* |
0.9 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- | 422 |
| B |
0.4* |
99.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
75.6* |
24.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
1.4* |
0.7 |
-- |
87.0* |
2.9 |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
3.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.6 |
-- | 138 |
| M |
74.9* |
6.3* |
1.3* |
4.6* |
3.6 |
1.7 |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
1.3 |
0.3 |
-- |
-- |
0.7 |
4.3 | 303 |
| |
| Basepair (2563:2570)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.9* |
4.8 |
1.9 |
11.9* |
0.4 |
69.3* |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
1.7 |
1.4 | 827 |
| 3 |
0.2* |
7.1 |
-- |
22.7* |
-- |
69.0* |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 422 |
| B |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
62.7* |
-- |
-- |
2.0* |
2.0 |
27.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
1.0 | 102 |
| E |
-- |
21.7* |
-- |
68.8* |
-- |
6.5 |
0.7 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- | 138 |
| M |
-- |
3.3 |
5.3 |
-- |
0.3* |
83.8* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
2.3 |
3.6 | 303 |
| |
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