Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (56 of 60)
| Basepair (2682:2712)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.5 |
2.1* |
8.8 |
19.6* |
0.5 |
1.8 |
1.8 |
0.3 |
1.1 |
3.6 |
0.3 |
0.1 |
27.4* |
2.2 |
0.7* |
0.4 |
21.8 | 729 |
| 3 |
9.1 |
2.4* |
11.7 |
28.0* |
1.0 |
1.0 |
0.7 |
0.2 |
1.2 |
1.9 |
-- |
-- |
41.4* |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 | 418 |
| B |
-- |
-- |
18.9 |
-- |
-- |
1.3* |
1.3 |
-- |
0.4 |
3.4 |
-- |
-- |
72.7* |
1.3 |
-- |
-- |
0.8 | 238 |
| A |
82.9* |
17.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
1.7 |
-- |
12.1 |
3.4* |
-- |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
24.1 |
1.7* |
-- |
43.1* |
10.3 |
-- |
-- |
1.7 | 58 |
| E |
2.9* |
2.2* |
2.9* |
83.5* |
2.9 |
0.7 |
-- |
0.7 |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 139 |
| M |
6.3* |
2.0 |
3.2 |
9.5* |
-- |
3.2* |
4.0 |
0.4 |
1.2 |
1.6* |
0.4 |
0.4 |
0.8 |
2.8 |
2.0 |
1.2 |
61.3 | 253 |
| |
| Basepair (2683:2711)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.6* |
45.8* |
21.4* |
3.7* |
2.2 |
3.5 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
1.0 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
15.8 |
0.9 | 733 |
| 3 |
6.9* |
48.3* |
9.3 |
2.4 |
2.6 |
3.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
25.6* |
0.6 | 418 |
| B |
-- |
83.6* |
13.9* |
0.4* |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 238 |
| A |
63.4* |
2.4 |
-- |
2.4* |
26.8 |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
63.8* |
24.1* |
1.7* |
-- |
8.6 |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 58 |
| E |
2.2* |
2.2* |
4.3 |
5.8 |
-- |
7.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
76.3* |
0.7 | 139 |
| M |
1.9* |
37.7* |
40.5* |
6.2* |
1.9 |
2.3 |
0.4 |
0.4 |
-- |
2.7 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
3.5 |
2.0 | 257 |
| |
| Basepair (2684:2710)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.8* |
16.0 |
34.4 |
5.6* |
0.4 |
37.5* |
0.4 |
0.1 |
-- |
1.8* |
-- |
0.5 |
0.1 |
0.7 |
-- |
1.2 |
0.3 | 738 |
| 3 |
1.0* |
16.5 |
17.0 |
4.5* |
0.2 |
59.6* |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.2 | 418 |
| B |
-- |
2.9 |
0.4 |
-- |
-- |
96.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 238 |
| A |
2.4* |
7.3 |
17.1 |
26.8* |
-- |
46.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
36.2* |
17.2* |
3.4* |
-- |
31.0 |
-- |
-- |
-- |
10.3 |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- | 58 |
| E |
2.2* |
42.4* |
44.6* |
5.8* |
0.7 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
0.7 |
-- |
0.7 |
-- |
0.7 |
0.7 | 139 |
| M |
0.8* |
10.7* |
66.0* |
7.6* |
0.8 |
3.8 |
1.1 |
0.4 |
-- |
2.3 |
-- |
1.1 |
0.4 |
1.1 |
-- |
3.1 |
0.8 | 262 |
| |
| Basepair (2685:2709)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.3 |
18.2* |
30.7* |
5.7 |
26.7* |
-- |
0.8 |
0.1* |
0.4 |
3.1 |
0.1 |
0.4 |
1.6 |
0.1 |
0.4 |
0.5 |
0.4 | 735 |
| 3 |
16.5 |
27.8* |
4.8* |
3.8 |
45.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.2 | 417 |
| B |
14.3 |
1.7* |
0.8* |
3.0 |
79.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 237 |
| A |
46.3* |
9.8* |
14.6* |
19.5* |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
2.4 |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
1.7* |
19.0* |
74.1* |
3.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- | 58 |
| E |
10.8* |
77.7* |
8.6* |
0.7* |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.7 | 139 |
| M |
2.3* |
2.7* |
62.7* |
9.2* |
2.3 |
-- |
2.3 |
0.4 |
1.2 |
8.5 |
0.4 |
1.2 |
3.5 |
-- |
1.2 |
1.2 |
1.2 | 260 |
| |
| Basepair (2686:2708)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.0* |
29.3* |
43.8* |
19.5* |
0.1 |
1.5 |
0.8 |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.2 | 738 |
| 3 |
3.6* |
30.9* |
40.0* |
24.6* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 | 418 |
| B |
-- |
39.1* |
55.9* |
5.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 238 |
| A |
22.0* |
78.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
10.3* |
86.2* |
3.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 58 |
| E |
4.3* |
3.6* |
24.5* |
64.7* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
1.4 | 139 |
| M |
2.7* |
30.9* |
40.5* |
14.9* |
0.4 |
3.8 |
2.3 |
-- |
1.1 |
0.4 |
-- |
1.5 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.8 |
-- | 262 |
| |
| Basepair (2687:2707)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.9* |
35.2* |
38.9* |
14.0* |
0.5 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
0.3 |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
1.6 |
0.1 | 738 |
| 3 |
11.7* |
42.8* |
22.2* |
20.6* |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.4 |
0.2 | 418 |
| B |
-- |
63.0* |
37.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 238 |
| A |
19.5* |
65.9* |
12.2* |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
1.7* |
69.0* |
24.1* |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 58 |
| E |
29.5* |
1.4* |
0.7* |
60.4* |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
4.3 |
0.7 | 139 |
| M |
0.4* |
15.6* |
68.7* |
6.1* |
0.4 |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
0.8 |
0.8 |
-- |
0.4 |
-- |
2.3 |
-- | 262 |
| |
| Basepair (2688:2706)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.5* |
77.2* |
11.7* |
3.1* |
0.4 |
1.8 |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
0.5 |
0.3 |
-- |
0.7 |
0.2 | 738 |
| 3 |
4.3* |
85.2* |
7.4* |
0.5* |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 | 418 |
| B |
-- |
92.9* |
6.3* |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 238 |
| A |
-- |
58.5* |
29.3* |
2.4* |
-- |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
5.2* |
69.0* |
13.8* |
5.2* |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- | 58 |
| E |
12.2* |
80.6* |
2.9* |
0.7* |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
0.7 | 139 |
| M |
1.9* |
66.4* |
17.9* |
6.9* |
0.8 |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
1.5 |
0.4 | 262 |
| |
| Basepair (2689:2705)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.2* |
37.4* |
9.6* |
7.5* |
0.9 |
16.8 |
0.3 |
0.3 |
0.1 |
12.6 |
4.2 |
0.1 |
-- |
-- |
7.5 |
1.1 |
0.3 | 737 |
| 3 |
1.4 |
36.0* |
8.4 |
3.4* |
1.2 |
24.2 |
-- |
-- |
-- |
4.6 |
7.4 |
-- |
-- |
-- |
13.2* |
0.2 |
-- | 417 |
| B |
-- |
58.8* |
0.4* |
-- |
-- |
37.8 |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 238 |
| A |
-- |
22.5 |
7.5 |
22.5* |
-- |
22.5* |
-- |
-- |
-- |
25.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 40 |
| C |
5.2* |
27.6* |
8.6* |
39.7* |
-- |
19.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 58 |
| E |
4.3 |
1.4 |
22.3 |
3.6* |
3.6 |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
2.2* |
22.3 |
-- |
-- |
-- |
38.8* |
-- |
-- | 139 |
| M |
-- |
42.0* |
11.8* |
6.9* |
0.8 |
4.6 |
0.8 |
0.8 |
0.4 |
28.2 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
0.8 | 262 |
| |
| Basepair (2690:2704)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.5 |
0.1 |
0.5 |
0.1* |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
8.4* |
11.1 |
-- |
0.1 |
-- |
68.3* |
9.8 |
0.4 | 738 |
| 3 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.2* |
11.2 |
-- |
-- |
-- |
86.4* |
1.4 |
-- | 418 |
| B |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.2 |
0.4 |
-- | 238 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
24.4 |
-- |
-- |
-- |
70.7 |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
81.0 |
17.2 |
-- | 58 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7* |
26.6 |
-- |
-- |
-- |
69.1* |
3.6 |
-- | 139 |
| M |
1.1 |
0.4 |
1.5 |
0.4* |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
23.3* |
13.0 |
-- |
0.4 |
-- |
36.6* |
21.4 |
1.2 | 262 |
| |
| Basepair (2691:2703)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
0.4* |
0.3* |
9.3 |
0.7* |
-- |
25.7 |
59.8* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
2.7 |
0.7 |
0.1 | 738 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.2* |
-- |
41.6 |
56.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- | 418 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
98.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- | 238 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
20.7 |
-- |
-- |
-- |
74.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.4 |
1.7* |
-- | 58 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.6* |
-- |
95.0* |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 139 |
| M |
0.4 |
1.1* |
0.8 |
21.4 |
-- |
-- |
6.1 |
61.8* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
6.1 |
1.5* |
0.4 | 262 |
| |
| Basepair (2693:2702)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 738 |
| 3 |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 418 |
| B |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 238 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 58 |
| E |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 139 |
| M |
-- |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- | 262 |
| |
| Basepair (2694:2701)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 737 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 417 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 237 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 58 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 139 |
| M |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
98.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 262 |
| |
| Basepair (2695:2700)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 738 |
| 3 |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 418 |
| B |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 238 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 58 |
| E |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 139 |
| M |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 262 |
| |
| Basepair (2696:2699)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 738 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 418 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 238 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 58 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 139 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
98.5 |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 262 |
| |
Last generated : Mon Jul 1 2002 (8 : 31)