Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (59 of 60)
| Basepair (2823:2914)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2* |
3.8 |
13.5 |
1.2* |
0.5 |
10.9* |
0.9 |
0.5 |
2.1 |
33.4* |
0.9 |
14.0 |
2.1 |
0.2 |
-- |
6.9 |
8.7 | 422 |
| 3 |
-- |
4.9 |
4.3 |
1.2* |
0.3 |
12.3* |
0.3 |
-- |
2.8 |
41.7* |
0.9 |
18.1 |
1.5 |
0.3 |
-- |
4.6 |
6.7 | 326 |
| B |
-- |
3.9 |
5.9 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
56.9 |
-- |
26.5 |
1.0 |
-- |
-- |
2.5* |
1.5 | 204 |
| A |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
44.7 |
7.9 |
-- |
7.9 |
-- |
-- |
-- |
34.3 | 38 |
| C |
-- |
-- |
65.4 |
-- |
-- |
7.7 |
-- |
-- |
-- |
7.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
15.4 |
3.8 | 52 |
| E |
-- |
8.3 |
2.4 |
-- |
-- |
48.8* |
-- |
-- |
8.3 |
3.6 |
-- |
7.1* |
-- |
1.2 |
-- |
13.1 |
7.2 | 84 |
| M |
2.3 |
-- |
20.5* |
2.3 |
2.3* |
4.5 |
6.8 |
4.5* |
-- |
2.3 |
2.3 |
-- |
9.1 |
-- |
-- |
13.6 |
28.5 | 44 |
| |
| Basepair (2826:2914)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.4* |
0.7 |
6.2 |
15.4 |
0.5 |
7.8* |
29.9* |
-- |
5.5 |
1.4 |
0.2 |
-- |
10.9 |
-- |
-- |
2.4 |
17.8 | 422 |
| 3 |
0.9* |
0.9 |
2.5 |
16.9 |
0.6 |
9.8* |
31.3* |
-- |
5.5 |
0.9 |
-- |
-- |
13.2 |
-- |
-- |
2.5 |
15.0 | 326 |
| B |
-- |
-- |
1.5 |
25.5 |
-- |
-- |
48.5* |
-- |
3.9 |
1.5 |
-- |
-- |
12.7 |
-- |
-- |
0.5* |
5.9 | 204 |
| A |
7.9 |
2.6* |
5.3 |
-- |
-- |
-- |
5.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
44.7* |
-- |
-- |
-- |
34.2 | 38 |
| C |
-- |
-- |
15.4 |
15.4 |
-- |
-- |
44.2 |
-- |
7.7 |
5.8 |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
9.6 | 52 |
| E |
-- |
2.4 |
3.6 |
4.8* |
2.4 |
36.9* |
1.2 |
-- |
11.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.3 |
28.7 | 84 |
| M |
6.8* |
-- |
22.7* |
4.5* |
-- |
2.3 |
2.3 |
-- |
2.3 |
-- |
2.3 |
-- |
4.5 |
-- |
-- |
4.5 |
47.7 | 44 |
| |
| Basepair (2827:2913)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.8 |
0.7 |
0.2* |
14.3 |
4.3* |
0.2 |
5.3 |
3.3 |
58.2* |
0.2 |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
8.7 | 419 |
| 3 |
4.6 |
0.9 |
-- |
14.2 |
5.5* |
0.3 |
4.0 |
4.0 |
61.8* |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
4.0 | 325 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
89.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.4 | 204 |
| A |
-- |
5.3 |
-- |
2.6 |
15.8* |
-- |
31.6 |
-- |
44.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.0 |
2.0 |
80.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.0 | 50 |
| E |
18.1* |
1.2* |
-- |
51.8* |
14.5 |
1.2 |
1.2 |
2.4 |
2.4 |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
4.8 | 83 |
| M |
2.3* |
-- |
2.3* |
31.8* |
-- |
-- |
11.4 |
-- |
6.8 |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
43.3 | 44 |
| |
| Basepair (2828:2912)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
68.6* |
5.0* |
1.0* |
17.1* |
1.2 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.5 |
-- |
0.2 |
0.5 |
0.7 |
-- |
0.2 |
0.7 |
3.7 | 421 |
| 3 |
72.5* |
5.2* |
-- |
17.4* |
1.2 |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.6 |
-- |
0.3 |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 327 |
| B |
98.5* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 204 |
| A |
89.5* |
-- |
-- |
2.6* |
7.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
96.0* |
-- |
-- |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
| E |
3.5* |
20.0* |
-- |
62.4* |
1.2 |
1.2 |
1.2 |
-- |
2.4 |
-- |
1.2 |
2.4 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 85 |
| M |
9.1* |
9.1* |
9.1* |
29.5* |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
2.3 |
6.8 |
29.6 | 44 |
| |
| Basepair (2829:2911)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
39.9* |
4.0* |
1.4* |
45.8* |
1.0 |
1.0 |
0.7 |
0.7 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 |
3.5 | 421 |
| 3 |
38.2* |
4.6* |
0.6* |
53.2* |
0.6 |
0.9 |
-- |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.6 | 327 |
| B |
48.0* |
3.4* |
0.5* |
48.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 204 |
| A |
71.1* |
13.2* |
-- |
15.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
72.0* |
-- |
-- |
20.0* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
| E |
1.2* |
3.5* |
1.2* |
81.2* |
2.4 |
3.5 |
-- |
1.2 |
1.2 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
2.4 | 85 |
| M |
15.9* |
4.5* |
9.1* |
20.5* |
2.3 |
2.3 |
6.8 |
4.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.5 |
29.6 | 44 |
| |
| Basepair (2830:2910)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
19.0* |
23.0* |
36.6* |
7.1* |
0.5 |
0.2 |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
0.5 |
0.5 |
-- |
1.7 |
4.6 | 421 |
| 3 |
24.2* |
26.3* |
33.3* |
4.6* |
0.3 |
-- |
5.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
0.3 |
0.6 |
-- |
1.2 |
1.5 | 327 |
| B |
28.9* |
29.9* |
25.0* |
5.4* |
-- |
-- |
9.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 204 |
| A |
47.4* |
18.4* |
18.4* |
7.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
-- |
18.0* |
78.0* |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
| E |
2.4* |
21.2* |
58.8* |
1.2* |
1.2 |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
1.2 |
1.2 |
-- |
4.7 |
6.0 | 85 |
| M |
2.3* |
4.5* |
13.6* |
29.5* |
2.3 |
2.3 |
4.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
6.8 |
31.8 | 44 |
| |
| Basepair (2831:2909)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.0* |
60.6* |
10.0* |
2.4* |
-- |
7.8 |
7.6 |
-- |
1.0 |
0.5 |
1.0 |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
5.7 | 421 |
| 3 |
0.9* |
64.5* |
9.5* |
1.5* |
-- |
10.1 |
8.3 |
-- |
0.3 |
0.6 |
1.2 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 | 327 |
| B |
-- |
58.8* |
13.2* |
1.0* |
-- |
15.2 |
10.8 |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 204 |
| A |
-- |
76.3* |
7.9* |
-- |
-- |
5.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.3 |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
2.6 | 38 |
| C |
-- |
84.0* |
6.0* |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
6.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 50 |
| E |
3.5* |
71.8* |
1.2 |
3.5 |
-- |
-- |
7.1* |
-- |
-- |
1.2 |
4.7 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
1.2* |
3.6 | 85 |
| M |
2.3* |
4.5* |
18.2* |
11.4* |
-- |
-- |
9.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.8 |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
45.4 | 44 |
| |
| Basepair (2832:2848)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
12.1* |
39.5* |
3.4* |
12.2* |
6.3 |
5.0 |
2.3 |
1.5 |
2.8 |
7.7 |
0.5 |
1.2 |
0.9 |
0.3 |
0.5 |
2.0 |
1.7 | 646 |
| 3 |
1.6* |
57.3* |
1.1* |
4.5* |
1.3 |
7.7 |
2.7 |
1.6 |
3.7 |
13.3 |
0.3 |
1.1 |
1.1 |
0.5 |
-- |
1.9 |
0.6 | 377 |
| B |
2.8* |
86.4* |
-- |
1.4 |
-- |
3.8 |
-- |
-- |
0.5 |
2.3 |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
1.9* |
-- | 213 |
| A |
-- |
12.8 |
-- |
5.1 |
12.8* |
48.7* |
2.6* |
-- |
10.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
5.1 |
-- | 39 |
| C |
-- |
-- |
-- |
45.5* |
40.0 |
-- |
1.8 |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
1.8* |
-- |
-- |
3.6 |
-- | 55 |
| E |
-- |
22.4 |
3.2 |
9.6* |
-- |
1.6* |
7.2 |
4.8 |
7.2 |
36.0* |
0.8 |
1.6 |
2.4 |
0.8 |
-- |
0.8 |
1.6 | 125 |
| M |
33.6* |
18.2* |
8.4* |
17.3* |
6.5 |
1.4 |
1.9 |
1.9 |
-- |
-- |
0.9 |
1.9 |
0.5 |
-- |
1.4 |
1.9 |
4.3 | 214 |
| |
| Basepair (2833:2847)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
19.1* |
52.5* |
14.0* |
5.7* |
0.8 |
2.5 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.2 |
0.6 |
0.8 |
0.2 |
-- |
1.9 |
1.2 | 648 |
| 3 |
23.3* |
48.4* |
14.3* |
5.3* |
1.1 |
3.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.5 |
-- |
0.3 |
-- |
2.6 |
0.3 | 378 |
| B |
39.4* |
60.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 213 |
| A |
5.0* |
95.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 40 |
| C |
-- |
90.9* |
5.5* |
-- |
-- |
3.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 55 |
| E |
2.4* |
12.8* |
43.2* |
16.0* |
3.2 |
11.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
8.0 |
0.8 | 125 |
| M |
16.7* |
49.8* |
15.8* |
7.9* |
0.5 |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
0.9 |
-- |
0.9 |
2.3 |
-- |
-- |
0.9 |
3.3 | 215 |
| |
| Basepair (2834:2846)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
9.1* |
28.1* |
33.8* |
6.3* |
1.2 |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
1.5 |
0.2 |
-- |
0.3 |
14.2 |
1.2 | 648 |
| 3 |
4.2* |
15.1* |
44.7* |
6.1* |
2.1 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
0.5 |
23.5 |
0.3 | 378 |
| B |
2.3* |
13.1* |
75.6* |
8.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 213 |
| A |
17.5* |
55.0* |
15.0* |
-- |
7.5 |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 40 |
| C |
74.5* |
-- |
-- |
23.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- | 55 |
| E |
3.2* |
5.6* |
2.4 |
2.4 |
4.0 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.0 |
-- |
-- |
1.6 |
71.2* |
0.8 | 125 |
| M |
0.9* |
58.1* |
23.3* |
2.3* |
-- |
10.2 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
3.3 | 215 |
| |
| Basepair (2835:2845)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
23.0* |
28.0* |
12.1 |
7.9 |
-- |
10.8 |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
0.3 |
-- |
0.9 |
12.5* |
1.4 | 647 |
| 3 |
23.6* |
17.2* |
7.4 |
5.8 |
-- |
17.8 |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
4.8 |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
21.5* |
0.3 | 377 |
| B |
36.6* |
16.0 |
8.5 |
8.9* |
-- |
30.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 213 |
| A |
17.5* |
70.0* |
2.5* |
5.0* |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 40 |
| C |
87.3* |
1.8* |
-- |
10.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 55 |
| E |
3.2 |
2.4 |
6.5 |
0.8 |
-- |
2.4 |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
13.7* |
-- |
-- |
-- |
4.0 |
65.3* |
0.8 | 124 |
| M |
5.6* |
53.5* |
23.3* |
10.7* |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.9 |
-- |
0.5 |
-- |
3.8 | 215 |
| |
| Basepair (2836:2844)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
45.0* |
13.6* |
4.2* |
13.6* |
0.8 |
0.6 |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
21.6 | 647 |
| 3 |
71.4* |
9.8* |
-- |
18.3* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 378 |
| B |
58.2* |
11.3* |
-- |
30.0* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 213 |
| A |
75.0* |
25.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 40 |
| C |
7.3* |
67.3* |
14.5* |
7.3* |
3.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 55 |
| E |
92.8* |
2.4* |
-- |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 125 |
| M |
7.9* |
6.5* |
8.9* |
7.0* |
1.4 |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
65.0 | 214 |
| |
| Basepair (2838:2843)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
2.8 |
0.5 |
-- |
-- |
86.9* |
0.8 |
0.5 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2* |
-- |
-- |
8.1 | 648 |
| 3 |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
96.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 378 |
| B |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 213 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 40 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 55 |
| E |
-- |
-- |
4.8 |
-- |
-- |
-- |
93.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 | 125 |
| M |
-- |
-- |
3.7 |
1.4 |
-- |
-- |
66.0* |
2.3 |
1.4 |
0.9 |
-- |
-- |
0.5 |
0.5* |
-- |
-- |
23.2 | 215 |
| |
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