Haloarcula marismortui 23S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (60 of 60)
| Basepair (2847:2906)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.5 |
-- |
2.8 |
3.3 |
0.5 |
0.7 |
2.1 |
2.6* |
0.2 |
23.8 |
-- |
0.2 |
54.4* |
1.2 |
0.9 |
3.5* |
3.2 | 425 |
| 3 |
0.6 |
-- |
2.1 |
3.6 |
0.6 |
0.9 |
1.5 |
3.3* |
0.3 |
23.9 |
-- |
-- |
54.5* |
1.5 |
1.2 |
3.9* |
1.8 | 330 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
37.4 |
-- |
-- |
62.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.3 |
-- |
-- |
94.7 |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
-- |
-- |
-- |
4.0* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.0* |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
| E |
2.3 |
-- |
8.1 |
14.0 |
1.2 |
3.5 |
5.8 |
12.8* |
1.2 |
1.2 |
-- |
-- |
17.4* |
5.8 |
4.7 |
15.1* |
7.1 | 86 |
| M |
-- |
-- |
11.1 |
-- |
-- |
-- |
6.7 |
-- |
-- |
48.9* |
-- |
2.2 |
8.9 |
-- |
-- |
4.4* |
17.7 | 45 |
| |
| Basepair (2851:2906)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.8 |
-- |
5.2 |
2.4* |
0.2 |
0.7* |
9.2 |
0.2 |
0.2 |
2.6 |
0.5* |
-- |
64.2* |
-- |
-- |
0.5 |
11.3 | 425 |
| 3 |
3.6 |
-- |
1.2 |
2.4* |
-- |
0.9* |
4.5 |
0.3 |
0.3 |
3.0 |
0.6* |
-- |
71.5* |
-- |
-- |
-- |
11.5 | 330 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
-- |
-- |
30.0 |
4.0* |
-- |
-- |
20.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
46.0* |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
| E |
14.0* |
-- |
4.7 |
9.3* |
-- |
3.5* |
8.1 |
1.2 |
1.2 |
11.6* |
2.3 |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
42.9 | 86 |
| M |
-- |
-- |
6.7 |
-- |
2.2 |
-- |
31.1* |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
31.1 |
-- |
-- |
4.4* |
22.1 | 45 |
| |
| Basepair (2853:2905)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.2* |
0.7* |
79.8* |
4.5* |
3.8 |
0.5 |
0.7 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.5 |
-- |
0.2 |
0.7 |
2.9 | 425 |
| 3 |
6.7* |
0.9* |
77.6* |
4.2* |
4.8 |
0.6 |
0.9 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
0.6 |
-- |
0.3 |
0.6 |
2.1 | 330 |
| B |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
-- |
-- |
96.0* |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
| E |
25.6* |
3.5* |
15.1* |
15.1* |
18.6 |
2.3 |
3.5 |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
1.2 |
2.3 |
-- |
1.2 |
2.3 |
8.3 | 86 |
| M |
-- |
-- |
77.8* |
6.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
13.3 | 45 |
| |
| Basepair (2854:2904)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
12.0* |
10.1* |
1.6* |
70.7* |
-- |
0.9 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
2.7 | 426 |
| 3 |
14.5* |
12.1* |
1.2* |
66.8* |
-- |
1.2 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
1.8 | 331 |
| B |
1.0* |
0.5* |
-- |
98.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 206 |
| A |
55.3* |
-- |
-- |
44.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
| E |
28.7* |
44.8* |
3.4* |
3.4* |
-- |
4.6 |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
2.3 |
2.3 |
-- |
-- |
1.1 |
1.1 |
5.6 | 87 |
| M |
6.7* |
6.7* |
6.7* |
66.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
13.3 | 45 |
| |
| Basepair (2855:2903)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
82.8* |
1.6* |
1.2* |
8.2* |
1.9 |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.9 |
0.5 |
-- |
1.6 | 425 |
| 3 |
81.8* |
2.1* |
-- |
10.3* |
2.4 |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.9 |
0.6 |
-- |
0.3 | 330 |
| B |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- | 50 |
| E |
30.2* |
8.1* |
-- |
39.5* |
9.3 |
1.2 |
1.2 |
1.2 |
-- |
-- |
1.2 |
1.2 |
-- |
3.5 |
2.3 |
-- |
1.2 | 86 |
| M |
73.3* |
-- |
11.1* |
2.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
13.3 | 45 |
| |
| Basepair (2856:2901)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.1 |
1.6* |
4.5* |
11.3 |
71.6* |
0.5 |
0.2 |
2.1* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.9 |
-- |
1.4 |
2.2 | 426 |
| 3 |
3.3 |
1.5* |
4.2* |
13.9 |
69.2* |
0.6 |
0.3 |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.9 |
-- |
1.8 |
1.2 | 331 |
| B |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
97.1* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
| A |
7.9 |
-- |
-- |
5.3 |
71.1* |
-- |
-- |
15.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
-- |
4.0* |
-- |
4.0 |
92.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
| E |
4.6* |
5.7* |
16.1* |
49.4* |
3.4 |
2.3 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
3.4 |
-- |
6.9 |
4.4 | 87 |
| M |
4.4 |
-- |
11.1* |
-- |
66.7* |
-- |
-- |
2.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
13.3 | 45 |
| |
| Basepair (2857:2900)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.9 |
38.0* |
34.0* |
6.4 |
9.0* |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
0.9 |
1.2 |
0.2 |
0.2 |
1.8 | 424 |
| 3 |
7.6 |
38.9* |
30.1* |
5.5 |
11.6* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
1.2 |
1.5 |
0.3 |
0.3 |
0.6 | 329 |
| B |
1.5* |
49.0* |
46.6* |
1.5* |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
| A |
51.4* |
27.0* |
2.7* |
10.8* |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
32.0* |
60.0* |
8.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
| E |
3.5 |
20.9* |
2.3* |
12.8 |
39.5* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.7 |
4.7 |
5.8 |
1.2 |
1.2 |
2.4 | 86 |
| M |
-- |
37.8* |
33.3* |
11.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
13.3 | 45 |
| |
| Basepair (2858:2899)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.1* |
33.8* |
25.8* |
12.8* |
6.6 |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.2 |
3.1 | 423 |
| 3 |
13.4* |
42.1* |
28.0* |
5.2* |
8.5 |
0.6 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 | 328 |
| B |
3.9* |
56.6* |
37.1* |
2.0* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
| A |
5.4* |
51.4* |
37.8* |
5.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
32.0* |
2.0* |
2.0* |
64.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
| E |
39.5* |
4.7* |
2.3* |
12.8* |
31.4 |
1.2 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
2.4 | 86 |
| M |
17.8* |
8.9* |
35.6* |
11.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
24.5 | 45 |
| |
| Basepair (2859:2898)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
48.0* |
6.8* |
18.6* |
17.9* |
1.2 |
2.8 |
-- |
0.5 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
2.7 | 425 |
| 3 |
59.4* |
8.2* |
8.2* |
19.1* |
1.2 |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
1.2 | 330 |
| B |
49.5* |
7.3* |
13.1* |
28.6* |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 206 |
| A |
65.8* |
28.9* |
-- |
2.6* |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
4.0* |
2.0* |
70.0* |
4.0* |
-- |
20.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
| E |
80.2* |
1.2 |
-- |
3.5 |
3.5 |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.7* |
3.6 | 86 |
| M |
13.3* |
2.2* |
37.8* |
24.4* |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
17.8 | 45 |
| |
| Basepair (2860:2897)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
73.2* |
8.9* |
1.6* |
4.7* |
1.4 |
4.5 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.5 |
1.4 |
3.1 | 426 |
| 3 |
91.2* |
2.1* |
-- |
0.9 |
1.5 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
1.2* |
1.5 | 331 |
| B |
93.2* |
3.4* |
-- |
1.0* |
1.0 |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
-- |
58.0* |
-- |
10.0* |
-- |
32.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
| E |
82.8* |
-- |
-- |
1.1 |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
1.1 |
4.6* |
5.6 | 87 |
| M |
22.2* |
4.4* |
15.6* |
26.7* |
2.2 |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
4.4 |
20.0 | 45 |
| |
| Basepair (2861:2895)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.0 |
0.7 |
2.6 |
3.0 |
3.5 |
0.7 |
7.7 |
-- |
33.6* |
0.5 |
0.7* |
-- |
14.0* |
4.4 |
0.7 |
16.4* |
4.4 | 428 |
| 3 |
9.0 |
0.9 |
2.1 |
0.9 |
4.2 |
0.9 |
4.5 |
-- |
30.0* |
-- |
0.9* |
-- |
17.4* |
5.7 |
0.3 |
20.7* |
2.4 | 333 |
| B |
0.5 |
-- |
0.5 |
1.0 |
3.4 |
1.0 |
7.3 |
-- |
48.5* |
-- |
-- |
-- |
28.2* |
9.2 |
-- |
-- |
0.5 | 206 |
| A |
73.7* |
7.9* |
5.3* |
-- |
13.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
-- |
-- |
4.0* |
4.0 |
2.0* |
-- |
8.0 |
-- |
82.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
| E |
1.1 |
-- |
4.5 |
1.1 |
2.2 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.4* |
-- |
1.1* |
-- |
1.1 |
76.4* |
7.9 | 89 |
| M |
-- |
-- |
4.4 |
17.8 |
-- |
-- |
31.1* |
-- |
6.7 |
4.4 |
-- |
-- |
4.4 |
-- |
4.4* |
2.2 |
24.5 | 45 |
| |
| Basepair (2862:2894)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
20.6* |
2.6 |
2.6 |
20.1 |
17.8 |
2.8 |
-- |
0.2 |
5.2* |
0.5* |
-- |
0.9 |
-- |
1.2 |
-- |
23.4* |
2.1 | 427 |
| 3 |
21.4* |
3.3 |
-- |
16.0 |
19.0 |
3.0 |
-- |
-- |
6.6* |
0.3* |
-- |
0.6 |
-- |
0.3 |
-- |
29.2* |
0.3 | 332 |
| B |
6.3* |
3.9 |
-- |
3.4 |
29.1 |
-- |
-- |
-- |
10.7* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
46.1* |
-- | 206 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
30.0* |
-- |
4.0* |
42.0* |
16.0 |
2.0 |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
| E |
22.7* |
3.4 |
-- |
51.1* |
3.4 |
11.4* |
-- |
-- |
-- |
1.1* |
-- |
1.1 |
-- |
1.1 |
-- |
3.4 |
1.1 | 88 |
| M |
4.4 |
-- |
20.0* |
26.7* |
11.1 |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
8.9* |
-- |
6.7 |
17.8 | 45 |
| |
| Basepair (2863:2893)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
65.6* |
6.3* |
14.1* |
7.3* |
0.5 |
2.3 |
-- |
0.2 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.5 |
2.3 | 427 |
| 3 |
64.5* |
8.1* |
17.2* |
5.7* |
0.3 |
2.4 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
0.6 | 332 |
| B |
88.3* |
6.8* |
-- |
4.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 206 |
| A |
78.9* |
-- |
-- |
21.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
98.0* |
-- |
-- |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
| E |
3.4* |
14.8* |
63.6* |
2.3* |
1.1 |
9.1 |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
1.1 |
1.1 | 88 |
| M |
37.8* |
-- |
6.7* |
24.4* |
2.2 |
4.4 |
-- |
2.2 |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
17.8 | 45 |
| |
| Basepair (2864:2892)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.5 |
1.4 |
0.2 |
-- |
88.3* |
0.2 |
0.2* |
0.2 |
2.6* |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.9 |
4.6 | 428 |
| 3 |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
91.6* |
-- |
0.3* |
-- |
3.3* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
1.2 |
1.8 | 333 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- | 50 |
| E |
-- |
2.2 |
2.2 |
-- |
-- |
68.5* |
-- |
1.1* |
-- |
12.4* |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
4.5 |
6.6 | 89 |
| M |
-- |
-- |
8.9 |
2.2* |
-- |
53.3* |
2.2 |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
31.1 | 45 |
| |
| Basepair (2865:2891)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.7 |
-- |
0.4 |
-- |
0.7 |
0.4 |
4.3 |
0.2 |
0.7* |
1.3 |
-- |
-- |
87.5* |
0.4 |
-- |
0.4* |
2.8 | 447 |
| 3 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
0.6 |
-- |
0.9* |
0.6 |
-- |
-- |
95.5* |
0.6 |
-- |
-- |
0.3 | 352 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
24.0 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
72.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 50 |
| E |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
2.8* |
-- |
-- |
-- |
88.9* |
1.9 |
-- |
-- |
0.9 | 108 |
| M |
-- |
-- |
4.4 |
-- |
-- |
4.4* |
11.1 |
2.2* |
-- |
6.7 |
-- |
-- |
42.2* |
-- |
-- |
4.4 |
24.4 | 45 |
| |
| Basepair (2868:2889)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.4* |
0.2 |
48.7* |
0.2 |
-- |
1.1 |
-- |
29.5 |
-- |
0.4 |
9.6 |
-- |
0.2 |
1.1* |
1.6 |
6.8 | 448 |
| 3 |
-- |
0.6* |
-- |
52.4* |
0.3 |
-- |
1.1 |
-- |
32.3 |
-- |
0.3 |
7.6 |
-- |
0.3 |
-- |
1.7 |
3.4 | 353 |
| B |
-- |
1.0 |
-- |
41.7 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
51.9* |
-- |
-- |
3.4* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 | 206 |
| A |
-- |
-- |
-- |
52.6 |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
10.5 |
-- |
-- |
23.7 |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
7.9 | 38 |
| C |
-- |
-- |
-- |
38.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
30.0 |
-- |
-- |
30.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 50 |
| E |
-- |
-- |
-- |
72.5* |
0.9 |
-- |
0.9 |
-- |
2.8 |
-- |
0.9* |
10.1 |
-- |
-- |
-- |
4.6 |
7.3 | 109 |
| M |
-- |
-- |
2.2 |
31.1* |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
6.7 |
-- |
2.2 |
2.2 |
-- |
-- |
11.1* |
-- |
42.2 | 45 |
| |
| Basepair (2869:2888)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
17.9 |
1.1* |
1.6* |
6.5 |
62.3* |
-- |
0.2 |
0.4* |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.9 |
0.7 |
0.4 |
-- |
2.7 |
4.6 | 448 |
| 3 |
22.1 |
1.4* |
-- |
2.3 |
67.7* |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.3 |
1.1 |
0.3 |
0.6 |
-- |
2.3 |
1.7 | 353 |
| B |
0.5 |
-- |
-- |
1.0 |
95.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
1.0 | 206 |
| A |
7.9 |
10.5* |
-- |
-- |
81.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
4.0 |
-- |
-- |
34.0 |
56.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
4.0 | 50 |
| E |
67.0* |
0.9* |
-- |
5.5* |
11.9 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
0.9 |
3.7 |
0.9 |
1.8 |
-- |
2.8 |
3.6 | 109 |
| M |
-- |
-- |
15.6* |
8.9 |
26.7* |
-- |
2.2 |
4.4* |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
4.4 |
-- |
-- |
6.7 |
28.8 | 45 |
| |
| Basepair (2870:2887)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.7* |
42.4* |
38.2* |
7.6* |
1.8 |
0.4 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.9 |
0.4 |
0.7 |
4.3 | 448 |
| 3 |
1.1* |
51.3* |
39.7* |
2.0* |
0.8 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
1.1 |
0.6 |
0.8 |
2.1 | 353 |
| B |
2.0* |
55.1* |
38.5* |
2.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
1.0 | 205 |
| A |
-- |
92.1* |
5.3* |
-- |
2.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
14.0* |
-- |
46.0* |
24.0* |
10.0 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.0 | 50 |
| E |
-- |
30.9* |
52.7* |
0.9 |
1.8* |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
2.7 |
1.8 |
2.7 |
4.5 | 110 |
| M |
2.2* |
20.0* |
17.8* |
33.3* |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
24.4 | 45 |
| |
| Basepair (2871:2886)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
41.5* |
6.0* |
5.6* |
27.7* |
8.5 |
3.6 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
0.9 |
4.8 | 448 |
| 3 |
51.3* |
5.4* |
3.4* |
27.8* |
5.4 |
0.8 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
1.1 |
3.1 | 353 |
| B |
59.2* |
3.4* |
4.4* |
25.7* |
5.8 |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
| A |
36.8* |
31.6* |
7.9* |
10.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.9 |
5.3 | 38 |
| C |
8.0 |
10.0 |
14.0 |
16.0 |
32.0* |
20.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
| E |
42.2* |
-- |
-- |
36.7* |
6.4 |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
1.8 |
0.9 |
8.2 | 109 |
| M |
2.2* |
6.7* |
13.3* |
40.0* |
6.7 |
6.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
24.4 | 45 |
| |
| Basepair (2872:2885)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.8* |
39.8* |
23.7* |
3.4* |
0.4 |
1.8 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.2 |
1.8 |
-- |
0.7 |
-- |
3.6 |
0.7 |
4.5 | 447 |
| 3 |
22.7* |
37.5* |
22.2* |
4.3* |
0.6 |
1.4 |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.3 |
2.3 |
-- |
0.9 |
-- |
4.5 |
0.9 |
2.1 | 352 |
| B |
2.9* |
53.7* |
35.1* |
5.9* |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 205 |
| A |
13.2* |
52.6* |
15.8* |
7.9* |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.9 |
-- | 38 |
| C |
-- |
74.0* |
22.0* |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
| E |
63.3* |
1.8* |
-- |
-- |
1.8 |
0.9 |
0.9* |
0.9 |
-- |
-- |
7.3 |
-- |
2.8 |
-- |
14.7 |
-- |
5.4 | 109 |
| M |
8.9* |
20.0* |
37.8* |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
31.1 | 45 |
| |
| Basepair (2873:2884)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.1* |
13.6* |
2.5* |
54.8* |
0.2 |
4.3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.7 |
5.3 | 447 |
| 3 |
20.7* |
14.2* |
0.3* |
54.0* |
0.3 |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.9 |
3.8 | 352 |
| B |
33.7* |
7.8 |
-- |
47.8* |
0.5 |
8.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
1.0 | 205 |
| A |
10.5* |
86.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.6 | 38 |
| C |
2.0* |
-- |
-- |
98.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
| E |
-- |
0.9* |
0.9* |
84.4* |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
9.2 | 109 |
| M |
15.6* |
24.4* |
22.2* |
13.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
24.4 | 45 |
| |
| Basepair (2874:2883)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2 |
-- |
-- |
0.6* |
0.2 |
-- |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
23.3* |
-- |
0.2 |
-- |
72.0 | 514 |
| 3 |
0.3 |
-- |
-- |
0.8* |
0.3 |
-- |
4.3 |
-- |
-- |
-- |
0.5* |
-- |
32.5* |
-- |
0.3 |
-- |
60.9 | 369 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 222 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
31.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
68.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 100 |
| E |
0.9 |
-- |
-- |
2.8* |
0.9 |
-- |
3.7 |
-- |
-- |
-- |
1.8* |
-- |
85.3* |
-- |
0.9 |
-- |
3.7 | 109 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 45 |
| |
| Basepair (2875:2882)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.6* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.8 |
0.6 |
25.4* |
-- |
-- |
0.2* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
71.9 | 515 |
| 3 |
0.8* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
1.1 |
0.8 |
35.4* |
-- |
-- |
0.3* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
60.8 | 370 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 222 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.3 |
-- |
94.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 100 |
| E |
2.7* |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
1.8 |
2.7 |
85.5* |
-- |
-- |
0.9* |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
3.6 | 110 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 45 |
| |
| Basepair (2876:2881)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
21.5* |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.3* |
77.1 | 623 |
| 3 |
28.2* |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.4* |
69.8 | 475 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 326 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 103 |
| E |
86.4* |
-- |
-- |
0.9 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
1.8* |
5.4 | 110 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 45 |
| |
| Basepair (2877:2880)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2 |
1.1 |
1.5 |
0.9 |
1.5 |
1.8* |
1.3 |
0.2* |
-- |
1.5 |
-- |
2.9* |
61.7* |
-- |
0.7 |
1.1 |
23.5 | 454 |
| 3 |
0.3 |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
1.9 |
1.9* |
0.6 |
0.3* |
-- |
1.9 |
-- |
3.6* |
58.2* |
-- |
0.8 |
0.8 |
27.9 | 359 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.5* |
1.5 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
95.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 202 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.5 |
15.8* |
-- |
-- |
-- |
10.5 |
-- |
5.3* |
44.7* |
-- |
2.6 |
5.3 |
5.3 | 38 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
| E |
0.8 |
1.7 |
1.7* |
0.8 |
-- |
0.8 |
-- |
0.8* |
-- |
0.8 |
-- |
8.4* |
0.8 |
-- |
1.7 |
0.8 |
80.6 | 119 |
| M |
-- |
6.7* |
11.1 |
4.4* |
-- |
2.2 |
8.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
46.7* |
-- |
-- |
4.4 |
15.5 | 45 |
| |
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