23S rRNAHaloarcula marismortuiComparative/Crystal Structure Base Triple Frequencies (3/13)


Triple (382:407)381
Aln UAA UAG gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 0.1 *74.3 24.5 1.1 6 -- -- 0.69/0.62/0.68 895
3 0.2 99.4 -- 0.4 4 -- -- 2.00/1.96/1.98 540
B -- 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 282
A 2.7 97.3 -- -- 2 -- -- 2.00/2.00/1.82 37
C -- 98.0 1.0 1.0 2 -- -- 1.82/2.00/1.90 100
E -- 99.1 -- 0.9 3 -- -- 2.00/1.92/2.00 221
M -- *11.8 85.5 2.7 4 0.84 -- -0.34/-0.46/-0.36 255

Triple (382:407)429
Aln UAA gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T *73.6 24.7 1.7 8 -- -- 0.69/0.62/0.66 894
3 98.9 -- 1.1 5 -- -- 2.00/1.96/1.93 539
B 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 281
A 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 37
C 98.0 1.0 1.0 2 -- -- 1.82/2.00/2.00 100
E 97.3 -- 2.7 5 -- -- 2.00/1.92/1.86 221
M *10.6 86.3 3.1 5 0.80 -- -0.34/-0.46/-0.34 255

Triple (394:417)395
Aln AGG GAA GAG GCG GGA GGG GGU GUG UAG UGG gap Other N CovT1 CovT2 Conservation Seq
T 4.1 *1.0 2.1 0.3 3.0 21.0 1.0 0.6 0.7 *37.0 26.3 2.9 24 0.51 -- -0.35/ 0.27/ 0.22 895
3 6.7 *1.7 3.5 0.6 4.3 34.8 1.7 0.9 0.2 *43.3 -- 2.4 15 0.45 -- 0.63/ 1.54/ 1.50 540
B 12.8 -- -- -- -- 1.1 -- -- 0.4 82.3 -- 3.5 7 -- -- 1.23/ 1.93/ 1.89 282
A -- -- 27.0 8.1 2.7 45.9 2.7 10.8 -- -- -- 2.7 7 -- -- 1.82/ 0.30/ 1.64 37
C 1.0 -- -- -- -- -- -- -- 2.0 *96.0 -- 1.0 4 0.97 -- 1.86/ 1.81/ 1.92 100
E -- 4.1 4.1 -- 10.0 *75.6 3.6 0.5 -- 1.4 -- 0.9 9 -- -- 1.83/ 1.54/ 1.16 221
M -- -- -- -- *1.6 -- -- -- 1.2 0.4 92.2 4.7 12 0.35 -- -0.44/-0.51/-0.56 255

Triple (413:427)193
Aln CGA GCA UAA gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 15.4 *54.6 3.4 25.1 1.5 11 -- -- -0.05/-0.09/0.61 861
3 6.9 86.8 5.3 0.4 0.6 5 -- -- 1.35/1.30/1.96 506
B 12.4 85.5 1.1 0.4 0.7 4 -- -- 1.38/1.32/1.96 275
A 2.8 97.2 -- -- -- 2 -- -- 1.70/1.70/2.00 36
C 98.0 -- 1.0 -- 1.0 3 -- -- 1.92/1.92/1.92 100
E -- 86.7 12.3 0.5 0.5 3 -- -- 1.45/1.42/1.94 195
M -- *12.2 0.4 83.9 3.5 8 0.81 -- -0.41/-0.48/-0.53 255

Triple (416:424)198
Aln GCA GCU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 0.5 0.4 99.0 -- 2 -- -- 0.14/0.14/-0.07 919
3 0.9 0.7 98.4 -- 2 -- -- 1.18/1.22/-0.10 561
B -- -- 100.0 -- 0 -- -- 0.94/0.98/0.00 327
A 13.9 11.1 75.0 -- 2 -- -- 2.00/2.00/-0.56 36
C -- -- 100.0 -- 0 -- -- 2.00/1.86/0.00 103
E -- -- 100.0 -- 0 -- -- 1.54/1.57/0.00 198
M -- -- 100.0 -- 0 -- -- -0.50/-0.49/0.00 255

Triple (418:2449)1921
Aln AAA AAC AAG AAU AGA AUA AUG CAA CGA GCA gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T *30.8 1.0 6.6 3.1 2.4 16.7 0.5 1.3 3.9 0.8 30.7 2.3 20 -- -- 0.19/0.31/0.22 786
3 *40.0 -- 8.7 2.8 4.2 30.6 0.9 1.9 7.3 1.40.91.2 13 -- -- 1.29/0.49/1.26 425
B 69.7 -- 15.5 5.0 5.0 -- -- 2.9 -- -- 1.7 -- 5 -- -- 1.83/1.72/0.98 238
A -- -- -- -- 16.2 -- -- -- 83.8 -- -- -- 2 -- -- 1.36/2.00/2.00 37
C 57.6 1.0 15.2 10.1 -- 1.0 -- -- -- -- 13.1 2.0 6 -- -- 2.00/1.81/0.05 99
E 3.3 -- -- -- -- *86.0 2.7 0.7 -- 4.0 -- 3.3 9 0.87 -- 1.30/1.37/1.74 150
M 5.7 2.7 -- 0.8 0.4 -- -- 0.8 -- -- 85.5 4.2 10 -- -- -0.51/-0.04/-0.39 262

Triple (419:2448)1920
Aln AUA AUC AUG AUU CGA CGC CGG CGU GUA UAG gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 12.1 *4.7 2.7 0.5 *30.6 6.5 2.8 6.9 1.4*1.1 29.2 1.5 20 0.51 -- -0.23/0.20/0.14 785
3 22.4 *8.8 5.0 1.0 *43.1 9.5 1.4 3.3 2.6*1.4 -- 1.4 16 0.53 -- 0.65/0.90/0.60 420
B -- -- -- -- 74.7 17.2 2.1 6.0 -- -- -- -- 4 -- -- 2.00/2.00/0.76 233
A -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 37
C -- -- -- -- 39.4 11.1 15.2 31.3 -- -- 2.0 1.0 5 -- -- 1.92/1.92/0.02 99
E *62.0 -- 14.0 2.7 5.3 -- 0.7 -- 7.3 *4.0 -- 4.0 13 0.67 -- 0.84/1.25/1.10 150
M 0.4 -- -- -- *7.5 -- 0.4 3.4 -- *1.1 85.3 1.9 9 0.59 -- -0.45/-0.04/-0.18 266

Triple (452:460)455
Aln AAA ACA AUA GAA GUA UAA UCA UUA gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 6.1 1.7 2.3 *71.3 0.7 7.1 1.1 2.2 4.1 3.4 24 -- -- 0.63/1.14/1.60 904
3 1.3 -- -- 91.4 -- 5.8 -- -- 0.4 1.1 7 -- -- 1.51/1.95/1.95 548
B 1.8 -- -- 86.1 -- 11.4 -- -- 0.7 -- 3 -- -- 1.29/2.00/1.97 280
A -- -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 37
C 2.0 -- -- 97.0 -- 1.0 -- -- -- -- 3 -- -- 1.78/2.00/2.00 100
E 0.9 -- -- 96.5 -- -- -- -- -- 2.6 6 -- -- 1.86/1.90/1.93 231
M 18.0 5.9 8.2 *18.4 2.3 12.1 3.9 7.8 13.7 9.8 22 -- -- -0.37/0.00/0.98 256

Triple (463:477)458
Aln AAA AAC AAG AAU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 12.4 2.5 67.6 1.3 14.7 1.4 9 -- -- 1.07/1.82/0.72 905
3 13.1 3.3 82.0 1.5 -- 0.2 5 -- -- 1.98/2.00/1.12 549
B 0.4 -- 98.9 0.4 -- 0.4 4 -- -- 1.97/2.00/1.93 281
A 8.1 -- 91.9 -- -- -- 2 -- -- 2.00/2.00/1.59 37
C 1.0 -- 98.0 1.0 -- -- 3 -- -- 2.00/2.00/1.84 100
E 29.4 7.8 59.7 3.0 -- -- 4 -- -- 2.00/2.00/0.59 231
M 15.2 2.0 25.0 1.2 52.0 4.7 9 -- -- -0.19/1.48/-0.09 256

Triple (465:476)464
Aln UAG gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T *97.8 1.1 1.1 7 -- -- 1.87/1.82/1.84 905
3 99.3 -- 0.7 4 -- -- 1.98/1.97/1.96 549
B 99.6 -- 0.4 2 -- -- 1.97/2.00/1.97 282
A 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 37
C 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 100
E 98.7 -- 1.3 3 -- -- 2.00/1.93/1.96 230
M *93.8 3.9 2.3 6 -- -- 1.65/1.53/1.58 256

Triple (489:503)488
Aln AAA AAC AAG AAU AGA AGC AGU AUA AUU UAU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T *37.0 13.7 4.3 4.7 1.7 3.0 1.2 0.7 0.3 1.3 29.8 2.2 20 0.54 -- 0.35/0.05/-0.57 892
3 *43.5 22.8 6.3 6.3 2.4 4.9 2.1 1.10.62.14.93.2 18 0.47 -- 1.41/0.89/0.05 536
B *57.9 28.6 -- 10.4 -- -- 0.4 -- -- -- -- 2.9 7 0.60 -- 1.78/1.80/0.61 280
A 18.9 -- -- -- 16.2 27.0 16.2 -- 8.1 -- 10.8 2.7 6 -- -- 2.00/0.19/0.25 37
C 90.0 -- 4.0 6.0 -- -- -- -- -- -- -- -- 3 -- -- 2.00/2.00/1.43 100
E 29.2 19.2 15.5 2.3 3.2 7.3 1.8 2.7-- 5.0 10.0 3.7 13 -- -- 1.05/0.45/-0.34 219
M 2.7 -- -- 0.8 0.8 0.4 -- -- -- 0.4 93.8 1.2 7 -- -- -0.37/-0.30/-0.35 256

Triple (569:589)588
Aln AUG CCC CCU UUC UUU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 3.4 -- -- -- -- 96.5 0.1 2 -- -- -0.18/-0.49/-0.42 987
3 5.9 -- -- -- -- 94.1 -- 1 -- -- -0.21/-0.64/-0.55 572
B -- -- -- -- -- 100.0 -- 0 -- -- 0.00/-0.72/-0.65 327
A 91.9 -- -- -- -- 8.1 -- 1 -- -- 1.59/1.47/1.47 37
C -- -- -- -- -- 99.0 1.0 1 -- -- -0.16/-0.06/-0.10 103
E -- 3.3 *3.3 *7.2 2.9 67.5 15.8 25 0.34 -- -0.77/-0.85/-0.88 209
M -- -- -- -- -- 100.0 -- 0 -- -- -0.29/0.00/0.00 261

Triple (620:635)1359
Aln AAU AGU CGU GAU UAU UGU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 18.9 23.4 22.1 *30.3 1.5 1.6 1.7 0.5 10 -- -- 0.19/0.88/1.85 809
3 2.0 20.6 40.0 33.1 0.9 2.7 0.4 0.2 7 -- -- 0.32/1.02/1.98 447
B 1.3 36.3 -- 62.0 -- -- -- 0.4 4 -- -- 1.08/1.09/2.00 237
A 16.2 16.2 43.2 2.7 -- 21.6 -- -- 5 -- -- 0.33/1.30/2.00 37
C 3.0 1.0 -- 92.0 4.0 -- -- -- 4 -- -- 1.52/1.92/2.00 100
E -- 0.6 93.6 -- 2.3 2.3 1.2 -- 4 -- -- 1.70/1.81/1.94 173
M 53.8 36.6 -- 1.9 1.5 0.4 4.6 1.1 8 -- -- 1.35/0.74/1.62 262

Triple (621:634)1357
Aln CGA CGC CGG CGU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T *58.6 1.7 26.7 10.1 1.6 1.2 11 -- -- 1.81/1.78/0.41 809
3 48.1 2.7 47.9 0.7 0.2 0.4 6 -- -- 2.00/1.96/0.63 447
B 85.7 5.1 8.0 0.4 -- 0.8 6 -- -- 2.00/1.93/1.02 237
A 29.7 -- 64.9 5.4 -- -- 3 -- -- 2.00/2.00/0.90 37
C 100.0 -- -- -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 100
E 1.2 -- 98.3 -- 0.6 -- 2 -- -- 2.00/2.00/1.86 173
M *60.7 0.8 0.8 30.2 4.6 3.1 11 -- -- 1.47/1.45/0.71 262

Triple (621:634)2537
Aln CGG gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 97.0 1.6 1.4 9 -- -- 1.81/1.78/1.88 763
3 99.0 0.2 0.7 4 -- -- 2.00/1.96/1.95 404
B 98.3 0.4 1.3 4 -- -- 2.00/1.93/1.91 234
A 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 37
C 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 99
E 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 133
M 92.7 4.2 3.1 8 -- -- 1.47/1.45/1.79 260

Triple (640:1361)454
Aln AUA AUU GCA GCC GCU GUU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T *0.9 33.0 0.9 0.9 *45.9 12.6 4.4 1.5 13 0.49 -- 0.80/0.71/1.49 802
3 -- 42.8 0.2 -- 55.0 0.7 0.7 0.7 7 -- -- 0.98/0.90/1.98 444
B -- 9.3 0.4 -- 87.8 1.3 0.8 0.4 5 -- -- 1.61/1.44/1.97 237
A -- -- -- -- 97.3 -- -- 2.7 2 -- -- 1.82/1.84/2.00 37
C -- 2.0 -- -- 1.0 97.0 -- -- 3 -- -- 1.86/1.92/2.00 100
E -- 98.2 -- -- 0.6 -- 0.6 0.6 3 -- -- 1.91/1.85/2.00 170
M *2.7 28.3 2.3 2.7 *47.7 0.4 12.4 3.5 10 0.58 -- 0.44/0.44/0.63 258

Triple (702:726)744
Aln AAU AUU GCA GCG UAU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T -- 0.3 0.3 *3.3 0.4 94.0 1.7 9 0.74 0.74 -0.34/-0.31/-0.74 959
3 -- 0.5 0.5 *5.4 0.3 90.9 2.4 7 0.80 0.80 -0.37/-0.35/0.03594
B -- -- -- -- -- 100.0 -- 0 -- -- 0.00/0.00/0.43 327
A -- 2.7 5.4 *86.5 *5.4 -- -- 4 0.92 0.92 1.52/1.52/1.3037
C -- -- -- -- -- 100.0 -- 0 -- -- 0.00/0.00/-0.58 103
E *5.2 -- -- -- -- 92.6 2.2 5 0.76 -- -0.28/-0.32/-0.14 230
M -- 0.4 -- -- 0.4 98.5 0.8 4 0.50 -- -0.29/-0.20/-0.44 262

Triple (729:742)698
Aln AUA CGA GCA gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 0.3 1.2 2.8 95.7 -- 3 -- -- -0.34/-0.49/-0.34 937
3 -- 2.1 5.0 93.0 -- 2 -- -- -0.14/-0.04/-0.18 525
B -- -- -- 100.0 -- 0 -- -- 1.91/1.90/0.00 284
A -- 29.7 70.3 -- -- 2 -- -- 1.12/1.12/2.00 37
C 2.0 -- -- 98.0 -- 1 -- -- 1.81/0.33/-0.10 100
E -- -- -- 100.0 -- 0 -- -- -0.04/-0.06/-0.22 261
M 0.4 -- -- 97.7 1.9 3 -- -- -0.31/-0.35/-0.39 262

Triple (764:900)2101
Aln AUA CUA UUA gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 3.0 94.7 0.8 0.5 1.0 8 -- -- 1.70/1.89/1.99 776
3 4.3 94.7 -- 0.5 0.5 4 -- -- 1.74/1.93/2.00 415
B -- 98.7 -- 0.9 0.4 2 -- -- 1.92/1.95/2.00 228
A 48.6 48.6 -- -- 2.7 3 -- -- 1.00/1.82/2.00 37
C -- 99.0 -- 1.0 -- 1 -- -- 1.90/2.00/2.00 100
E -- 100.0 -- -- -- 1 -- -- 2.00/1.96/2.00 150
M 1.9 93.1 2.3 0.4 2.3 7 -- -- 1.61/1.80/1.97 261

Triple (765:899)923
Aln GCA GCG gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 53.2 40.5 5.2 1.1 7 -- -- 1.83/1.84/0.62 842
3 51.0 47.9 0.6 0.4 4 -- -- 1.96/1.95/0.96 480
B 4.1 94.7 0.8 0.4 3 -- -- 1.92/1.95/1.71 243
A 100.0 -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 37
C 2.0 98.0 -- -- 2 -- -- 2.00/2.00/1.86 100
E 98.5 0.5 0.5 0.5 3 -- -- 2.00/1.96/1.90 200
M 76.7 5.0 15.6 2.7 5 -- -- 1.61/1.63/0.62 262


Last modified on 26 July 2002.