23S rRNA Haloarcula marismortuiComparative/Crystal Structure Base Triple Frequencies (9/13)


Triple (2066:2079)1234
Aln AUU CGU GCC GCU UAC UAU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 18.5 *38.4 *0.2 7.2 0.2 4.6 29.4 1.4 13 0.01 -- 0.46/0.43/0.52 800
3 34.9 *43.6 *0.5 13.0 0.5 7.1 0.5 -- 6 -- -- 0.27/0.25/1.89 424
B 6.8 68.6 -- 15.7 -- 8.5 0.4 -- 4 -- -- 0.62/0.59/2.00 236
A 10.8 *56.8 *5.4 5.4 5.4 16.2 -- -- 6 0.62 -- 0.41/0.41/1.51 37
C -- 93.0 -- -- -- 2.0 -- 5.0 5 -- -- 1.67/1.86/1.78 100
E 84.1 2.0 -- 10.6 -- 2.6 0.7 -- 4 -- -- 1.22/1.22/1.90 151
M -- *10.5 -- 1.1 -- 1.8 84.4 2.2 7 0.72 -- 0.81/0.73/-0.38 276

Triple (2067:2078)1078
Aln AUA AUG CGA CGC CGU GCA UAA UAC UAU UGA gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T *25.4 1.3 19.2 2.1 *12.0 7.5 15.7 *1.9 1.0 6.1 4.5 3.3 19 0.41 -- 0.12/0.15/0.76 798
3 *43.7 1.9 10.4 -- 0.5 13.5 26.0 -- -- 0.7 0.2 3.1 13 0.45 -- 0.23/0.22/1.65 423
B 19.9 -- 17.4 -- -- 14.0 46.6 -- -- 1.3 -- 0.8 7 -- -- 0.18/0.16/1.96 236
A 8.3 *19.4 -- -- -- *63.9 -- -- -- -- -- 8.3 5 0.83 0.83 1.16/1.20/1.00 36
C -- -- 54.0 -- -- -- 3.0 -- -- 42.0 1.0 -- 3 -- -- 1.00/1.71/2.00 100
E *88.7 0.7 2.0 -- *1.3 0.7 0.7 -- -- -- 0.7 5.3 9 0.91 -- 1.64/1.64/1.58 151
M *6.5 0.7 20.0 6.2 *34.2 1.1 4.4 *5.5 2.9 1.5 12.4 4.7 16 0.53 -- 0.53/0.53/-0.14 275

Triple (2068:2077)1079
Aln ACA GCA GCU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 0.5 73.6 20.0 4.4 1.5 8 -- -- 1.73/1.75/0.80 799
3 0.9 61.8 35.4 0.9 0.9 6 -- -- 1.87/1.96/0.90 424
B -- 98.3 -- 0.4 1.3 3 -- -- 2.00/1.88/1.93 236
A 11.1 83.3 5.6 -- -- 3 -- -- 1.54/2.00/1.69 36
C -- 98.0 -- -- 2.0 2 -- -- 2.00/1.86/2.00 100
E -- 0.7 96.1 2.6 0.7 3 -- -- 1.88/2.00/1.78 153
M -- 82.9 3.6 11.3 2.2 5 -- -- 1.53/1.53/0.91 275

Triple (2069:2074)619
Aln CAU GGC UAU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 0.9 *18.9 *76.9 2.4 0.9 10 0.98 0.98 1.20/1.29/0.99 784
3 1.2 *35.0 *62.2 1.2 0.5 5 0.98 0.98 0.91/1.03/0.91 423
B -- -- 98.7 0.4 0.9 3 -- -- 1.88/1.96/2.00 235
A 13.5 -- 83.8 2.7 -- 2 -- -- 1.40/1.79/2.00 37
C -- -- 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 100
E -- *96.7 *0.7 2.6 -- 2 1.00 1.00 1.88/1.94/1.65 152
M 0.8 -- 92.0 5.4 1.9 7 -- -- 1.91/1.94/1.46 261

Triple (2084:2660)532
Aln AAG CGA CGC CGU GAG GCA GCG GGG UAA UAG gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 2.1 *43.1 1.5 0.7 *8.7 1.1 1.3 1.0 1.3 1.1 34.5 3.6 22 0.79 0.79 0.17/-0.35/0.55 715
3 3.8 *63.0 -- 0.3 *15.6 1.5 2.3 1.8 1.0 2.0 5.0 3.8 18 0.83 0.83 0.51/0.57/0.77 397
B -- 93.8 -- -- -- 1.8 -- -- 1.8 -- 2.6 -- 3 -- -- 1.67/1.60/2.00 227
A -- 97.3 -- -- -- 2.7 -- -- -- -- -- -- 2 -- -- 1.84/1.84/2.00 37
C -- *64.8 20.4 5.6 -- -- -- -- 3.7 -- -- 5.6 7 0.67 -- 1.39/1.58/0.94 54
E 11.3 *1.5 -- 0.8 *46.6 0.8 6.8 4.5 -- 6.0 10.5 11.3 17 0.55 -- 0.38/0.39/0.79 133
M -- *8.7 -- 0.4 -- 0.8 -- -- 1.1 -- 86.0 3.0 7 0.73 -- 0.27/-0.69/0.61 264

Triple (2085:2659)11
Aln AAU AGA AUA AUC CGA CGG GCA UAA gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 0.5 10.4 0.9 *0.3 *37.7 0.8 5.2 5.7 35.3 3.2 20 0.60 -- 0.17/-0.19/1.23 634
3 *0.9 20.1 0.9 0.6 *56.8 1.5 10.0 6.1 1.2 1.8 14 0.59 -- 0.38/1.10/1.57 329
B -- -- -- -- 82.7 1.0 13.4 3.0 -- -- 4 -- -- 1.26/1.26/1.89 202
A -- -- 8.3 -- 44.4 8.3 -- 36.1 -- 2.8 5 -- -- 0.74/0.69/1.59 36
C -- -- -- -- 75.6 -- -- 20.0 -- 4.4 3 -- -- 1.15/1.23/2.00 45
E 3.3 *71.7 -- 2.2 5.4 -- 6.5 1.1 4.3 5.4 11 0.77 -- 1.15/1.27/1.16 92
M -- -- 1.2 -- *7.1 -- -- 2.8 84.3 4.7 9 0.52 -- 0.41/-0.69/0.26 254

Triple (2087:2657)2841
Aln AUA AUC CGA CGC GCA GCC GCU GUC GUU UAC gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 1.1 6.0 *7.1 0.6 4.2 2.2 8.0 *22.1 2.2 16.2 28.1 2.2 18 0.41 -- 0.09/-0.65/0.33 647
3 -- 3.0 *10.8 1.1 6.5 3.2 13.4 *31.5 1.6 27.4 0.3 1.3 12 0.42 -- 0.51/0.11/0.75 372
B -- 1.4 -- -- 11.3 5.7 23.6 55.2 2.8 -- -- -- 6 -- -- 1.90/1.02/0.71 212
A -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 40
C 5.8 30.8 -- -- 5.8 1.9 1.9 44.2 5.8 -- -- 3.8 8 -- -- 0.67/1.45/1.02 52
E -- 6.7 -- 3.3 -- -- -- 0.8 -- 84.2 0.8 4.2 7 -- -- 1.43/1.19/1.92 120
M 1.7 *5.2 *2.6 -- -- 0.4 0.4 1.3 2.2 1.3 81.7 3.1 13 0.48 -- 0.12/-0.74/-0.00 229

Triple (2088:2656)2840
Aln CGA CGC UAA UGA gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T *63.1 0.8 4.8 0.9 28.1 2.3 13 -- -- 0.70/0.18/1.63 647
3 *89.8 1.3 4.3 1.6 0.5 2.4 9 -- -- 1.57/1.66/1.77 372
B 91.9 -- 5.2 -- -- 2.8 5 -- -- 1.69/1.69/1.87 211
A 97.5 -- 2.5 -- -- -- 2 -- -- 1.84/1.84/2.00 40
C 96.2 -- 3.8 -- -- -- 2 -- -- 1.39/1.70/2.00 52
E *83.5 4.1 3.3 5.0 1.7 2.5 6 0.86 -- 1.36/1.60/1.64 121
M *10.5 -- 5.7 -- 81.2 2.6 7 0.58 -- 0.15/-0.73/1.37 229

Triple (2093:2652)2092
Aln AUA AUC AUU CGA GCA GCU GUG gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T *31.8 2.8 13.1 1.8 17.1 *8.5 22.8 0.4 1.8 14 0.41 -- 0.88/1.04/0.32 727
3 9.7 3.6 13.6 *1.9 26.9 3.4 *39.0 0.2 1.7 12 0.41 -- 1.06/0.98/0.31 413
B 16.8 6.3 *23.5 -- *43.3 5.5 2.5 0.4 1.7 9 0.67 0.67 1.00/1.00/0.60 238
A -- -- -- *19.5 19.5 2.4 *58.5 -- -- 4 0.78 0.78 1.29/0.61/0.89 41
C -- -- -- -- 7.7 88.5 -- -- 3.8 4 -- -- 1.92/1.87/1.29 52
E 0.7 -- -- -- -- -- 96.3 0.7 2.2 4 -- -- 1.90/2.00/1.77 135
M *72.9 1.9 14.9 1.9 3.4 *0.8 1.9 0.8 1.5 10 0.74 -- 1.38/1.58/0.87 262

Triple (2094:2651)2649
Aln CGA GCA GCC GCG GCU UAA gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 1.1 *77.6 18.0 0.3 0.6 1.1 -- 1.4 12 -- -- 1.75/1.75/1.21 727
3 1.9 *64.6 31.7 0.5 0.7 -- -- 0.5 7 -- -- 1.82/1.84/0.98 413
B -- 100.0 -- -- -- -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 237
A 19.5 *73.2 -- 4.9 -- -- -- 2.4 4 0.76 -- 1.13/1.13/1.55 41
C -- 100.0 -- -- -- -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 52
E -- 0.7 96.3 -- 2.2 -- -- 0.7 4 -- -- 1.94/2.00/1.79 135
M -- *93.5 -- -- 0.4 3.1 -- 3.1 7 0.95 -- 1.66/1.65/1.83 262

Triple (2095:2650)2612
Aln ACA AUA GAA GCA gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 0.3 77.8 1.1 20.8 -- -- 4 -- -- 1.26/1.17/2.00 726
3 0.2 61.9 1.9 35.9 -- -- 4 -- -- 1.03/0.93/2.00 412
B -- 100.0 -- -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 236
A 2.4 46.3 19.5 31.7 -- -- 4 -- -- 1.00/0.50/2.00 41
C -- 100.0 -- -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 52
E -- 0.7 -- 99.3 -- -- 2 -- -- 1.94/1.94/2.00 135
M 0.4 98.5 -- 1.1 -- -- 3 -- -- 1.92/1.89/2.00 262

Triple (2105:2481)2284
Aln CGG gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 98.8 0.2 1.0 4 -- -- 1.92/1.93/1.99 833
3 99.1 0.2 0.7 3 -- -- 1.96/1.97/1.98 424
B 98.3 0.8 0.8 2 -- -- 1.93/1.95/1.95 241
A 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 41
C 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 99
E 99.3 -- 0.7 2 -- -- 2.00/2.00/1.94 143
M 98.1 0.3 1.6 2 -- -- 1.84/1.88/2.00 310

Triple (2105:2481)2484
Aln CGU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 98.9 0.2 0.8 3 -- -- 1.92/1.93/2.00 832
3 99.3 0.2 0.5 2 -- -- 1.96/1.97/2.00 423
B 98.8 0.4 0.8 2 -- -- 1.93/1.95/2.00 240
A 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 41
C 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 99
E 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 142
M 98.1 0.3 1.6 2 -- -- 1.84/1.88/2.00 310

Triple (2106:2480)923
Aln CGA CGG gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 50.5 42.5 6.1 0.9 5 -- -- 1.85/1.87/0.62 771
3 45.0 53.8 1.2 -- 2 -- -- 1.97/1.92/0.96 409
B 4.3 94.8 0.9 -- 2 -- -- 2.00/1.95/1.71 232
A 100.0 -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 37
C 2.0 98.0 -- -- 2 -- -- 2.00/2.00/1.86 98
E 97.1 0.7 2.1 -- 2 -- -- 1.93/1.87/1.90 140
M 76.9 4.5 15.9 2.7 5 -- -- 1.70/1.81/0.62 264

Triple (2106:2480)2484
Aln CGU UAU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 97.8 1.1 0.5 0.6 3 -- -- 1.85/1.87/2.00 833
3 99.3 -- 0.7 -- 1 -- -- 1.97/1.92/2.00 424
B 99.6 -- 0.4 -- 1 -- -- 2.00/1.95/2.00 240
A 100.0 -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 41
C 100.0 -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 99
E 98.6 -- 1.4 -- 1 -- -- 1.93/1.87/2.00 143
M 95.2 2.9 0.3 1.6 3 -- -- 1.70/1.81/2.00 310

Triple (2107:2479)923
Aln CAA CGA CGG UAA UAG gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 0.5 6.4 *27.5 *43.9 14.8 5.9 1.0 9 0.76 0.76 1.00/0.99/0.62 768
3 0.7 8.1 *51.5 *36.7 2.2 0.7 -- 5 0.89 0.89 1.03/1.01/0.96 406
B -- 4.3 90.9 -- 3.9 0.9 -- 3 -- -- 1.75/1.72/1.71 230
A 8.1 62.2 -- 29.7 -- -- -- 3 -- -- 1.16/1.07/2.00 37
C -- -- -- 2.0 98.0 -- -- 2 -- -- 2.00/2.00/1.86 98
E -- -- *0.7 *98.6 -- 0.7 -- 2 1.00 1.00 1.94/1.94/1.90 139
M 0.4 6.1 *0.8 *70.5 3.4 15.9 3.0 9 0.85 -- 1.42/1.45/0.62 264

Triple (2112:2473)886
Aln AUA AUC AUG AUU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T *90.7 2.0 1.6 2.0 2.0 1.8 11 -- -- 1.85/1.85/1.48 767
3 98.0 0.5 0.2 -- 1.2 -- 3 -- -- 2.00/1.88/1.94 408
B 97.9 0.9 0.4 -- 0.9 -- 3 -- -- 1.95/1.95/1.89 234
A 100.0 -- -- -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 37
C 99.0 -- -- -- -- 1.0 2 -- -- 1.92/1.92/2.00 98
E 97.1 -- -- -- 2.9 -- 1 -- -- 2.00/1.76/2.00 138
M *76.2 5.0 4.2 5.7 3.8 5.0 11 0.01 -- 1.68/1.81/0.76 261

Triple (2112:2473)2475
Aln AUC UUC gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T *96.9 1.0 1.1 1.1 7 -- -- 1.85/1.85/1.93 835
3 98.1 -- 1.6 0.2 2 -- -- 2.00/1.88/1.92 426
B 99.2 -- 0.8 -- 1 -- -- 1.95/1.95/2.00 243
A 100.0 -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 41
C 99.0 -- -- 1.0 2 -- -- 1.92/1.92/2.00 99
E 95.1 -- 4.2 0.7 2 -- -- 2.00/1.76/1.81 143
M *94.5 2.6 0.6 2.3 6 -- -- 1.68/1.81/1.94 310

Triple (2113:2472)869
Aln ACA CGG GCC GCG GCU GUA GUC GUG GUU UUA gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T *3.1 22.2 6.5 7.7 0.4 17.6 3.6 *31.9 2.7 0.8 0.4 3.2 20 0.35 -- 0.77/0.58/0.62 780
3 -- 33.5 11.2 12.4 0.7 -- -- *39.9 1.2 -- 0.2 1.0 9 -- -- 1.05/0.45/1.40 421
B -- *60.3 *20.1 15.0 -- -- -- 3.4 -- -- -- 1.3 6 0.80 0.80 1.04/0.87/1.32 234
A -- -- -- 40.5 8.1 -- -- 51.4 -- -- -- -- 3 -- -- 2.00/1.00/1.59 37
C -- -- -- -- -- 1.0 20.4 71.4 7.1 -- -- -- 4 -- -- 2.00/2.00/0.82 98
E -- 0.7 -- 1.3 -- -- -- 93.3 3.3 -- 0.7 0.7 5 -- -- 1.89/1.84/1.78 150
M 9.2 *12.3 1.5 3.1 -- *52.1 3.1 4.2 3.4 2.3 0.8 8.0 17 0.65 -- 0.56/0.79/0.62 261

Triple (2113:2472)885
Aln ACG CGA GCA GCG GUA GUG GUU UUG gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 3.1 *21.5 0.9 13.6 0.4 *52.8 2.8 1.2 0.9 2.8 17 0.75 0.75 0.77/0.58/0.93 780
3 -- *33.3 0.7 23.5 0.7 *36.8 3.8 -- -- 1.2 9 0.70 0.70 1.05/0.45/0.91 421
B -- *59.8 -- *35.0 -- 3.4 -- -- -- 1.7 5 0.95 0.95 1.04/0.87/1.03 234
A -- -- 8.1 40.5 8.1 -- 43.2 -- -- -- 4 -- -- 2.00/1.00/0.52 37
C -- -- -- -- -- 100.0 -- -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 98
E -- *0.7 -- 1.3 -- *97.3 -- -- -- 0.7 4 0.98 -- 1.89/1.84/1.96 150
M 9.2 *10.7 1.5 2.7 -- *60.9 2.3 3.4 2.7 6.5 15 0.74 -- 0.56/0.79/0.86 261


Last modified on 26 July 2002.