23S rRNA Haloarcula marismortuiComparative/Crystal Structure Base Triple Frequencies (12/13)


Triple (2550:2604)1233
Aln CGA UAA UGA gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T *67.9 0.9 0.5 30.1 0.6 7 -- -- 0.90/0.95/0.59 772
3 96.6 1.7 1.0 0.5 0.2 4 -- -- 1.83/1.88/1.93 406
B 99.6 -- -- -- 0.4 2 -- -- 2.00/2.00/1.96 236
A 70.3 18.9 10.8 -- -- 3 -- -- 1.16/1.34/2.00 37
C 100.0 -- -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 96
E 98.5 -- -- 1.5 -- 1 -- -- 2.00/2.00/1.90 133
M *13.3 -- -- 85.2 1.5 5 0.93 -- 1.07/1.04/-0.38 270

Triple (2551:2603)1232
Aln AUA AUG CGA CGG GCA GCG UAA UAG gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 8.5 *6.3 19.9 2.5 *24.5 2.1 1.7 3.5 29.9 1.0 13 0.44 -- 0.22/0.22/0.10 772
3 3.0 *11.6 *36.9 4.7 34.7 0.7 0.5 6.7 0.2 1.0 10 0.49 -- 0.26/0.28/1.26 406
B 5.1 *19.9 1.7 -- *59.7 1.3 -- 11.4 -- 0.8 7 0.80 0.80 0.63/0.62/1.13 236
A -- -- 48.6 51.4 -- -- -- -- -- -- 2 -- -- 2.00/2.00/1.00 37
C 36.5 *1.0 2.1 -- *46.9 11.5 1.0 -- -- 1.0 7 0.48 -- 0.81/0.85/1.39 96
E -- *0.8 *95.5 -- -- -- 1.5 -- 0.8 1.5 4 0.97 -- 1.71/1.83/1.90 133
M *7.0 0.4 0.7 -- 1.1 *0.7 3.7 -- 85.2 1.1 9 0.55 -- 1.13/1.09/-0.45 270

Triple (2552:2602)2581
Aln CGA CGU GGU UAU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 1.0 *72.8 0.5 22.3 -- 3.4 16 0.74 -- 1.01/1.04/1.80 795
3 -- 66.8 1.0 32.2 -- -- 3 -- -- 1.02/1.09/2.00 419
B -- 100.0 -- -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 243
A -- 90.2 -- 9.8 -- -- 2 -- -- 1.54/1.54/2.00 41
C -- 97.0 -- 3.0 -- -- 2 -- -- 1.76/1.80/2.00 99
E -- 0.7 3.0 96.3 -- -- 3 -- -- 1.75/1.78/2.00 135
M 2.9 *73.3 -- 14.1 -- 9.7 15 0.75 -- 0.99/0.95/1.56 277

Triple (2555:2580)2577
Aln AUA AUU CGA CGC gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 0.8 *1.0 *93.8 0.5 2.3 1.6 12 0.97 -- 1.63/1.62/1.60 824
3 -- -- 99.0 0.7 0.2 -- 2 -- -- 2.00/1.97/1.94 420
B -- -- 100.0 -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 243
A -- -- 100.0 -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 41
C -- -- 100.0 -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 102
E -- -- 97.1 2.2 0.7 -- 2 -- -- 2.00/1.92/1.85 136
M 2.3 *2.6 *84.4 0.3 6.0 4.3 12 0.93 -- 1.20/1.18/1.18 302

Triple (2555:2580)2600
Aln AUA CGA CGC gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 2.4 *93.5 0.8 2.0 1.4 10 -- -- 1.63/1.62/1.71 796
3 -- 97.9 1.4 0.2 0.5 3 -- -- 2.00/1.97/1.85 420
B -- 100.0 -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 243
A -- 100.0 -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 41
C -- 100.0 -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 99
E -- 93.4 4.4 0.7 1.5 3 -- -- 2.00/1.92/1.64 136
M 6.9 *84.5 -- 5.4 3.2 8 0.90 -- 1.20/1.18/1.50 277

Triple (2556:2579)2554
Aln ACU AUA AUU CGA CGC CGU GCC UAG UUU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 5.9 *1.6 9.7 6.3 4.0 *66.5 *0.4 *0.6 1.0 1.5 2.5 17 0.70 -- 0.95/0.87/1.12 825
3 11.7 *0.2 18.3 1.4 1.9 *65.0 *0.7 *0.5 -- 0.2 -- 8 0.67 -- 0.99/0.75/1.66 420
B -- -- -- 1.2 -- 98.8 -- -- -- -- -- 2 -- -- 2.00/2.00/1.90 243
A -- -- -- -- 19.5 *78.0 -- *2.4 -- -- -- 3 0.81 -- 1.84/1.84/1.13 41
C -- -- -- 41.2 -- *54.9 -- *2.9 -- -- 1.0 4 0.58 -- 1.81/1.81/0.81 102
E 35.3 0.7 *56.6 *2.2 -- 1.5 *2.2 *0.7 -- 0.7 -- 7 0.62 -- 1.49/0.78/1.60 136
M -- *4.0 1.0 1.3 8.3 *72.6 -- -- 2.6 3.6 6.6 13 0.81 -- 1.02/1.07/0.89 303

Triple (2556:2579)2599
Aln ACA AUA CGA CGG UAA gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 5.4 11.0 *76.0 0.5 1.8 2.3 3.0 16 0.01 -- 0.95/0.87/1.64 797
3 10.2 17.8 *67.5 0.7 0.5 1.7 1.7 10 0.01 -- 0.99/0.75/1.67 421
B -- -- 100.0 -- -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 243
A -- -- 97.6 -- 2.4 -- -- 2 -- -- 1.84/1.84/2.00 41
C -- -- 94.9 1.0 3.0 -- 1.0 4 -- -- 1.81/1.81/1.84 99
E 30.7 *54.7 1.5 *2.2 0.7 5.1 5.1 10 0.62 -- 1.49/0.78/1.18 137
M -- 4.7 *82.3 -- 3.2 4.0 5.8 10 0.87 -- 1.02/1.07/1.57 277

Triple (2558:2575)2775
Aln AUA AUC AUU CGA CGU GCA UAA UAU UCU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 16.3 0.6 *2.7 3.2 1.0 *49.7 2.4 2.4 9.1 10.8 2.0 18 0.59 -- 0.27/0.41/0.67 716
3 2.2 *0.7 3.7 1.5 1.5 *63.4 3.9 *4.1 15.9 2.0 1.2 13 0.70 -- 0.61/0.92/1.03 410
B 2.1 -- -- 1.7 -- 94.4 -- -- -- 1.7 -- 3 -- -- 1.65/1.58/2.00 233
A -- -- -- -- -- 95.1 -- -- -- 2.4 2.4 2 -- -- 1.79/1.84/2.00 41
C 3.4 -- -- 13.8 1.7 *75.9 -- -- -- 3.4 1.7 5 0.80 -- 1.17/1.09/1.75 58
E *2.2 2.2 11.0 1.5 4.4 1.5 11.8 12.5 *47.8 2.2 2.9 12 0.52 -- 0.85/0.21/0.97 136
M *43.1 0.4 1.2 3.6 -- 21.0 0.4 -- -- 27.0 3.2 12 0.61 -- 0.29/0.39/0.41 248

Triple (2583:2595)1993
Aln AUA AUC CGA GCA GCG UAA gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 2.9 *0.9 26.2 *49.1 0.4 17.2 1.5 1.8 13 0.51 -- 0.27/0.29/1.79 790
3 1.4 *1.7 4.5 *63.9 0.7 25.8 1.4 0.5 8 0.67 -- 0.66/0.69/1.81 418
B 0.4 -- 7.9 *44.2 -- 44.2 2.5 0.8 6 -- -- 0.51/0.56/1.96 242
A 12.2 *17.1 -- *65.9 4.9 -- -- -- 4 0.83 0.83 1.13/1.13/1.07 41
C 2.1 -- -- 92.8 -- 2.1 3.1 -- 3 -- -- 1.72/1.46/2.00 97
E -- -- -- 97.8 0.7 1.5 -- -- 3 -- -- 1.89/1.89/1.94 135
M 5.5 -- *68.4 11.3 -- 9.5 1.1 4.4 9 0.71 -- 0.64/0.62/1.74 275

Triple (2584:2594)1747
Aln AUA GCA gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 0.9 95.5 2.6 1.0 7 -- -- 1.82/1.80/1.82 775
3 -- 99.0 0.5 0.5 3 -- -- 1.92/2.00/1.98 408
B -- 98.3 1.3 0.4 2 -- -- 1.88/1.95/2.00 235
A -- 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 41
C -- 96.9 3.1 -- 1 -- -- 2.00/1.74/2.00 97
E -- 99.2 -- 0.8 2 -- -- 2.00/2.00/1.95 133
M 2.6 89.6 5.6 2.2 5 -- -- 1.68/1.64/1.59 270

Triple (2584:2594)1994
Aln AUA GCA gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 1.0 97.3 0.6 1.0 7 -- -- 1.82/1.80/1.99 787
3 -- 99.0 0.5 0.5 3 -- -- 1.92/2.00/1.98 414
B -- 97.9 1.3 0.8 3 -- -- 1.88/1.95/1.91 239
A -- 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 41
C -- 96.9 3.1 -- 1 -- -- 2.00/1.74/2.00 97
E -- 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 135
M 2.9 94.9 -- 2.2 5 -- -- 1.68/1.64/2.00 276

Triple (2586:2592)1985
Aln CGA CGU GAU UAC UAU UGU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 2.8 *51.4 0.5 *17.2 23.4 2.9 0.4 1.4 13 0.69 0.69 0.97/0.94/1.07 790
3 1.0 *62.4 0.7 *32.5 -- 3.4 -- -- 5 0.95 0.95 1.00/1.08/0.99 415
B 1.2 97.9 -- -- -- 0.4 0.4 -- 3 -- -- 1.96/1.95/1.90 240
A 2.4 58.5 7.3 -- -- 31.7 -- -- 4 -- -- 0.76/1.62/1.84 41
C -- 100.0 -- -- -- -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 98
E -- *0.7 -- *99.3 -- -- -- -- 2 1.00 1.00 1.94/1.94/1.94 135
M *6.5 17.7 0.4 0.4 *66.8 3.2 1.1 4.0 13 0.74 -- 1.15/0.95/1.45 277

Triple (2587:2591)1996
Aln UCU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 99.7 0.1 0.1 2 -- -- 1.97/2.00/1.99 793
3 99.8 0.2 -- 1 -- -- 1.97/2.00/2.00 416
B 99.2 0.8 -- 1 -- -- 1.91/2.00/2.00 241
A 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 41
C 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 100
E 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 135
M 99.6 -- 0.4 2 -- -- 1.97/2.00/1.97 277

Triple (2623:2641)877
Aln AUA AUG AUU CGG GCA GCC GCG GCU GUG GUU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 0.4 6.7 *6.4 0.3 14.8 2.7 *26.0 19.6 20.6 1.0 1.0 0.4 13 0.33 -- 1.32/1.00/0.50 703
3 0.5 7.8 1.0 0.3 2.8 0.3 31.3 19.8 35.6 -- 0.5 0.3 10 -- -- 1.48/0.96/1.17 399
B -- 13.5 *1.7 -- 3.9 0.4 *42.4 34.5 3.1 -- 0.4 -- 7 0.44 -- 1.31/1.30/0.90 229
A *5.4 -- -- 2.7 5.4 -- *75.7 -- 10.8 -- -- -- 5 0.81 -- 1.55/1.24/1.51 37
C -- -- 30.8 -- -- -- -- 65.4 -- 3.8 -- -- 3 -- -- 1.12/1.09/2.00 52
E -- -- -- -- -- -- 0.8 -- 98.5 -- -- 0.8 3 -- -- 2.00/1.94/1.96 132
M 0.4 6.3 *9.9 *0.4 *36.9 7.1 23.0 9.9 1.2 2.0 2.0 0.8 12 0.48 -- 1.22/1.20/0.09 252

Triple (2624:2640)1979
Aln AUA AUG UAA gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T *94.2 2.3 1.9 0.7 0.8 8 -- -- 1.78/1.81/1.80 729
3 96.6 2.4 0.2 0.5 0.2 4 -- -- 1.95/1.95/1.79 413
B 98.7 0.8 -- 0.4 -- 2 -- -- 1.95/2.00/1.93 236
A 78.0 19.5 2.4 -- -- 3 -- -- 1.84/1.84/1.29 41
C 100.0 -- -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 53
E 99.3 -- -- 0.7 -- 1 -- -- 2.00/2.00/1.93 136
M *89.4 2.7 4.9 1.1 1.9 7 0.91 -- 1.54/1.63/1.77 263

Triple (2625:2639)1980
Aln AUU CGU UAU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 43.8 *52.6 2.1 0.4 1.1 7 0.01 -- 0.84/0.84/1.92 730
3 55.7 44.1 -- 0.2 -- 2 -- -- 1.01/0.98/2.00 413
B 97.0 3.0 -- -- -- 2 -- -- 1.81/1.81/2.00 236
A 2.4 97.6 -- -- -- 2 -- -- 1.84/1.84/2.00 41
C 100.0 -- -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 53
E 0.7 99.3 -- -- -- 2 -- -- 1.94/1.94/2.00 135
M 14.0 *76.5 5.7 0.8 3.0 7 0.79 -- 0.98/1.00/1.82 264

Triple (2627:2636)2007
Aln GAA GCA GCU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 0.4 95.2 1.9 0.8 1.6 9 -- -- 1.92/1.78/1.85 729
3 -- 98.1 1.0 0.7 0.2 3 -- -- 2.00/1.90/1.92 414
B -- 97.5 1.7 0.4 0.4 3 -- -- 1.95/1.96/1.88 237
A -- 100.0 -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 41
C 5.7 94.3 -- -- -- 2 -- -- 2.00/1.70/2.00 53
E -- 98.5 -- 1.5 -- 1 -- -- 2.00/1.86/2.00 136
M -- 90.8 3.8 1.1 4.2 8 -- -- 1.81/1.69/1.73 262

Triple (2682:2712)2680
Aln AAG AUA CAA CGA GAA GAG GCA GGA UAA UGA gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 1.1 16.3 2.7 1.5 *17.3 8.8 5.3 1.4 7.3 1.1 30.5 6.8 34 0.26 -- -0.20/-0.47/-0.18 738
3 -- *28.0 1.4 2.4 25.6 *15.6 9.1 -- 10.5 0.2 1.0 6.2 21 0.44 -- 0.35/0.47/1.14 418
B -- -- 2.5 -- *44.8 27.2 -- -- 16.7 -- 1.7 7.1 14 0.46 -- 0.84/1.81/0.90 239
A -- -- -- 17.1 -- -- 82.9 -- -- -- -- -- 2 -- -- 1.34/1.34/2.00 41
C -- -- 22.4 -- *34.5 -- 1.7 10.3 12.1 1.7 1.7 15.5 11 0.39 -- 0.32/0.98/1.19 58
E -- *83.5 -- 2.2 -- *0.7 2.9 -- 2.9 0.7 0.7 6.5 9 0.85 -- 1.21/1.24/1.70 139
M *3.1 1.1 0.4 0.4 0.4 -- -- 1.5 1.1 *2.3 84.0 5.7 19 0.38 -- -0.47/-0.97/-0.72 262

Triple (2693:2702)2568
Aln UAA UAC UAG UAU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 30.9 39.8 2.0 26.7 0.3 0.3 6 -- -- 2.00/1.97/0.29 738
3 39.0 28.7 0.2 32.1 -- -- 4 -- -- 2.00/2.00/0.41 418
B 10.5 33.2 -- 56.3 -- -- 3 -- -- 2.00/2.00/0.66 238
A 17.1 82.9 -- -- -- -- 2 -- -- 2.00/2.00/1.34 41
C -- 3.4 6.9 89.7 -- -- 3 -- -- 2.00/2.00/1.49 58
E 93.5 5.0 0.7 0.7 -- -- 4 -- -- 2.00/2.00/1.60 139
M 24.8 65.6 3.8 4.2 0.8 0.8 6 -- -- 2.00/1.93/0.68 262

Triple (2693:2702)2692
Aln UAG gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 99.7 -- 0.3 3 -- -- 2.00/1.97/2.00 738
3 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 418
B 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 238
A 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 41
C 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 58
E 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 139
M 99.2 -- 0.8 3 -- -- 2.00/1.93/2.00 262

Triple (2694:2701)2567
Aln AGA AGC AGG AGU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 9.0 1.1 88.2 1.4 -- 0.4 7 -- -- 1.97/1.99/1.41 737
3 1.4 0.2 96.6 1.7 -- -- 4 -- -- 2.00/2.00/1.75 417
B -- -- 100.0 -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 237
A -- -- 97.6 2.4 -- -- 2 -- -- 2.00/2.00/1.84 41
C -- -- 100.0 -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 58
E 4.3 0.7 90.6 4.3 -- -- 4 -- -- 2.00/2.00/1.44 139
M 22.9 2.7 72.1 1.1 -- 1.1 7 -- -- 1.93/1.96/1.02 262

Triple (2695:2700)2566
Aln CGA CGU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 97.8 1.4 0.5 0.3 3 -- -- 2.00/2.00/1.83 734
3 99.8 -- 0.2 -- 1 -- -- 2.00/2.00/1.97 414
B 99.6 -- 0.4 -- 1 -- -- 2.00/1.95/2.00 239
A 100.0 -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 41
C 98.3 1.7 -- -- 2 -- -- 2.00/2.00/1.92 58
E 99.3 -- 0.7 -- 1 -- -- 2.00/2.00/1.92 135
M 94.7 3.4 1.1 0.8 3 -- -- 2.00/2.00/1.65 262

Triple (2695:2700)2567
Aln CGA CGC CGG CGU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 8.9 1.1 88.6 1.4 -- -- 4 -- -- 2.00/2.00/1.41 738
3 1.4 0.2 96.7 1.7 -- -- 4 -- -- 2.00/2.00/1.75 418
B -- -- 99.6 -- 0.4 -- 1 -- -- 2.00/1.95/2.00 239
A -- -- 97.6 2.4 -- -- 2 -- -- 2.00/2.00/1.84 41
C -- -- 100.0 -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 58
E 4.3 0.7 90.6 4.3 -- -- 4 -- -- 2.00/2.00/1.44 139
M 22.9 2.7 73.3 1.1 -- -- 4 -- -- 2.00/2.00/1.02 262

Triple (2696:2699)2566
Aln GAA GAU gap Other N Cov1 Cov2 Conservation Seq
T 97.4 1.4 0.8 0.4 4 -- -- 1.97/1.97/1.83 734
3 99.8 -- 0.2 -- 1 -- -- 2.00/2.00/1.97 414
B 99.6 -- 0.4 -- 1 -- -- 1.95/2.00/2.00 239
A 100.0 -- -- -- 1 -- -- 2.00/2.00/2.00 41
C 98.3 1.7 -- -- 2 -- -- 2.00/2.00/1.92 58
E 99.3 -- 0.7 -- 1 -- -- 2.00/2.00/1.92 135
M 93.5 3.4 1.9 1.1 4 -- -- 1.92/1.92/1.65 262


Last modified on 26 July 2002.