Identified Basepairs and Their Conformations and Conformational Parameters

PDB Id: 1Y39 BPC Identified: 68 Ambiguities: 0
RNA PDB Position bp bpC; LG [LW][Sanger] dCC <X ; <Y |<X - <Y| Torsion Z-Diff Buckle
rRNA 1Y39 101!C:158!C G:U Wb [cWW][XXVIII] 10.53 43.11; 62.05 18.94 4.89 0.29 4.96
rRNA 1Y39 102!C:157!C C:G WC [cWW][XIX] 10.58 52.81; 58.2 5.39 -13.61 0.24 17.12
rRNA 1Y39 103!C:156!C C:G WC [cWW][XIX] 10.53 58.23; 57.6 0.63 -2.84 0.02 4.9
rRNA 1Y39 104!C:155!C A:U WC [cWW][XX] 10.32 60.93; 55.25 5.68 -6.9 0.4 7.73
rRNA 1Y39 105!C:154!C G:C WC [cWW][XIX] 10.63 53.96; 55.08 1.12 -8.18 0.23 18.16
rRNA 1Y39 105!C:135!C G:A rS [tSS][-] 8.19 87.1; 62.69 24.41 157.56 0.5 22.56
rRNA 1Y39 106!C:153!C G:A S [tSH][XI] 9.5 97.02; 6.29 90.74 28.42 0.57 17.75
rRNA 1Y39 107!C:131!C A:U WC [cWW][XX] 10.55 55.1; 54.34 0.76 -16.39 0.35 22.32
rRNA 1Y39 108!C:130!C U:A WC [cWW][XX] 9.64 68.74; 64.39 4.35 -4.09 0.32 15.4
rRNA 1Y39 109!C:129!C G:C WC [cWW][XIX] 10.69 50.97; 54.22 3.26 -3.58 0.11 2.59
rRNA 1Y39 110!C:138!C U:A H_1 [cWH][XXIII] 8.28 61.91; 54.37 7.54 -8.11 0.02 9.21
rRNA 1Y39 112!C:126!C U:A WC [cWW][XX] 11.66 40.97; 51.48 10.51 -7.26 0.03 9.77
rRNA 1Y39 113!C:125!C G:C WC [cWW][XIX] 10.47 54.82; 56.32 1.5 -16.9 0.02 16.73
rRNA 1Y39 114!C:124!C C:G WC [cWW][XIX] 10.46 58.56; 58.74 0.18 -14.45 0.04 18.9
rRNA 1Y39 115!C:123!C U:A sWC [---][-] 10.8 85.8; 25.58 60.22 -1.13 0.09 20.8
rRNA 1Y39 116!C:118!C U:G S(sb:O2*-N7)_1 [---][-] 7.0 82.24; 40.28 41.96 178.53 1.54 15.49
rRNA 1Y39 121!C:150!C G:C srWC* [---][-] 14.16 12.91; 6.61 6.31 -1.44 0.14 7.83
rRNA 1Y39 121!C:141!C G:G H_1 [cWH][VI] 11.85 58.7; 24.35 34.35 4.18 0.0 6.55
rRNA 1Y39 122!C:149!C C:G rH_2 [---][-] 13.53 16.81; 6.19 10.62 6.92 0.15 9.94
rRNA 1Y39 122!C:142!C C:C H_1 [---][-] 9.76 65.27; 29.57 35.7 -8.59 0.27 6.64
rRNA 1Y39 127!C:139!C A:G rpS(pb:O1P-N6) [---][-] 14.23 26.23; 96.55 70.32 -133.03 2.65 15.79
rRNA 1Y39 127!C:138!C A:A rS(sb:O2*-N1)_1 [tSS][-] 8.87 52.44; 77.01 24.57 -162.97 1.53 25.89
rRNA 1Y39 132!C:136!C U:A rWC [tWW][XXI] 11.08 38.32; 30.6 7.72 148.28 0.52 15.52
rRNA 1Y39 133!C:135!C U:A S(sb:O2*-N7) [---][-] 6.58 81.2; 40.89 40.31 -160.73 0.14 26.9
rRNA 1Y39 134!C:155!C A:U rpS(sb:O2*-N3) [cSS][-] 5.54 94.94; 153.23 58.29 -71.06 0.84 41.85
rRNA 1Y39 135!C:154!C A:C rpS(bs:O2-O2*) [cSS][-] 5.9 145.03; 103.35 41.68 -64.62 1.87 13.09
rRNA 1Y39 136!C:153!C A:A pfS(sb:O2*-N1) [---][-] 8.65 164.42; 34.65 129.77 65.31 0.15 23.43
rRNA 1Y39 137!C:152!C G:C WC [cWW][XIX] 10.55 57.39; 53.75 3.64 -5.75 0.29 8.45
rRNA 1Y39 139!C:140!C G:U pS* [cHS][-] 7.27 133.4; 48.74 84.67 14.38 0.1 12.06
rRNA 1Y39 140!C:151!C U:U Wb [cWW][XVI] 8.29 45.78; 81.58 35.81 -8.21 0.27 10.63
rRNA 1Y39 141!C:150!C G:C WC [cWW][XIX] 10.41 54.35; 61.55 7.2 -2.27 0.06 10.63
rRNA 1Y39 142!C:149!C C:G WC [cWW][XIX] 10.42 56.08; 51.68 4.39 7.27 0.11 8.83
rRNA 1Y39 143!C:148!C G:A S [tSH][XI] 9.34 97.74; 9.81 87.93 35.23 0.35 6.93
rRNA 1Y39 144!C:146!C U:A S(sb:O2*-N7) [---][-] 6.91 77.24; 35.05 42.19 -174.48 2.27 23.33
rRNA 1Y39 301!D:358!D G:U Wb [cWW][XXVIII] 10.19 43.17; 71.36 28.19 6.57 0.69 6.29
rRNA 1Y39 302!D:357!D C:G WC [cWW][XIX] 10.53 53.8; 55.03 1.22 -9.43 0.01 15.45
rRNA 1Y39 303!D:356!D C:G WC [cWW][XIX] 10.72 54.0; 55.44 1.44 -10.45 0.3 20.66
rRNA 1Y39 304!D:355!D A:U WC [cWW][XX] 10.51 58.68; 56.05 2.63 -7.95 0.26 10.47
rRNA 1Y39 305!D:354!D G:C WC [cWW][XIX] 10.51 57.56; 57.26 0.3 -6.69 0.17 11.05
rRNA 1Y39 305!D:335!D G:A rS [tSS][-] 8.27 90.11; 59.47 30.64 161.56 0.82 19.23
rRNA 1Y39 306!D:353!D G:A S [tSH][XI] 9.38 98.74; 7.74 91.0 12.39 0.69 25.32
rRNA 1Y39 307!D:331!D A:U WC [cWW][XX] 10.81 55.05; 51.34 3.71 -11.55 0.01 14.79
rRNA 1Y39 308!D:330!D U:A WC [cWW][XX] 10.14 58.38; 62.01 3.62 -8.5 0.34 14.99
rRNA 1Y39 309!D:329!D G:C WC [cWW][XIX] 10.95 52.14; 48.37 3.77 -4.99 0.09 5.7
rRNA 1Y39 310!D:338!D U:A H_1 [cWH][XXIII] 8.24 59.32; 55.63 3.69 -11.22 0.06 12.88
rRNA 1Y39 312!D:326!D U:A WC [cWW][XX] 11.52 47.0; 50.35 3.35 -6.29 0.27 16.26
rRNA 1Y39 313!D:325!D G:C WC [cWW][XIX] 10.57 53.72; 56.91 3.2 -17.24 0.48 16.88
rRNA 1Y39 314!D:324!D C:G WC [cWW][XIX] 10.41 58.23; 55.66 2.57 -14.81 0.11 21.76
rRNA 1Y39 315!D:323!D U:A sWC [---][-] 10.66 90.45; 25.05 65.4 -0.3 0.41 11.72
rRNA 1Y39 316!D:318!D U:G S(sb:O2*-N7)_1 [---][-] 6.67 82.98; 40.32 42.65 -172.85 1.09 22.35
rRNA 1Y39 321!D:350!D G:C rH* [---][-] 14.34 14.81; 5.07 9.73 99.09 0.26 4.99
rRNA 1Y39 321!D:341!D G:G H_1 [cWH][VI] 11.84 61.28; 25.97 35.31 -1.77 0.0 2.71
rRNA 1Y39 322!D:349!D C:G rH_2 [---][-] 13.71 18.34; 7.41 10.94 16.93 0.08 10.78
rRNA 1Y39 322!D:342!D C:C H_1 [---][-] 9.87 67.14; 31.24 35.9 -8.7 0.78 17.3
rRNA 1Y39 327!D:338!D A:A rS(sb:O2*-N1)_1 [tSS][-] 8.88 54.58; 75.21 20.63 -164.07 1.97 23.46
rRNA 1Y39 332!D:336!D U:A rWC [tWW][XXI] 10.99 38.18; 33.35 4.83 148.66 0.08 15.87
rRNA 1Y39 333!D:335!D U:A S(sb:O2*-N7) [---][-] 6.67 76.6; 41.24 35.36 -167.76 0.15 31.32
rRNA 1Y39 334!D:355!D A:U rpS(sb:O2*-N3) [cSS][-] 5.46 93.22; 152.92 59.69 -54.8 0.64 27.68
rRNA 1Y39 335!D:354!D A:C rpS(bs:O2-O2*) [cSS][-] 5.71 146.3; 107.73 38.57 -51.48 0.56 18.25
rRNA 1Y39 336!D:353!D A:A pfS(sb:O2*-N1) [---][-] 8.47 163.49; 37.43 126.06 69.8 0.26 25.93
rRNA 1Y39 337!D:352!D G:C WC [cWW][XIX] 10.41 57.56; 57.75 0.19 -0.24 0.19 2.03
rRNA 1Y39 339!D:340!D G:U pS* [cHS][-] 7.3 135.12; 54.09 81.03 8.74 0.02 7.45
rRNA 1Y39 340!D:351!D U:U Wb [cWW][XVI] 8.55 43.48; 78.16 34.69 -5.06 0.51 19.74
rRNA 1Y39 341!D:350!D G:C WC [cWW][XIX] 10.58 53.33; 53.67 0.35 7.34 0.35 4.7
rRNA 1Y39 342!D:349!D C:G WC [cWW][XIX] 10.45 54.69; 53.19 1.49 9.08 0.11 6.7
rRNA 1Y39 343!D:348!D G:A S [tSH][XI] 9.54 96.62; 8.6 88.02 8.74 0.16 5.5
rRNA 1Y39 344!D:347!D U:U S(bp:N3-O2P) [---][-] 7.29 89.26; 36.15 53.12 -153.64 1.27 11.11
rRNA 1Y39 344!D:346!D U:A S(sb:O2*-N7) [---][-] 6.9 79.55; 37.38 42.17 -171.16 1.73 25.28