Identified Basepairs and Their Conformations and Conformational Parameters

PDB Id: 2HOJ BPC Identified: 39 Ambiguities: 0
RNA PDB Position bp bpC; LG [LW][Sanger] dCC <X ; <Y |<X - <Y| Torsion Z-Diff Buckle
Riboswitch 2HOJ 9!A:90!A G:C WC [cWW][XIX] 10.76 52.26; 55.07 2.82 -17.37 0.22 12.54
Riboswitch 2HOJ 10!A:89!A C:G WC [cWW][XIX] 10.7 52.81; 53.6 0.79 -11.93 0.09 16.79
Riboswitch 2HOJ 11!A:88!A G:C WC [cWW][XIX] 10.6 53.9; 55.63 1.73 -6.49 0.08 12.47
Riboswitch 2HOJ 12!A:87!A A:U WC [cWW][XX] 10.68 57.72; 52.67 5.04 -8.94 0.03 16.19
Riboswitch 2HOJ 13!A:86!A C:G WC [cWW][XIX] 10.59 54.46; 54.93 0.47 -13.3 0.07 15.54
Riboswitch 2HOJ 14!A:85!A U:A WC [cWW][XX] 10.5 58.05; 60.32 2.27 -7.93 0.3 18.11
Riboswitch 2HOJ 15!A:51!A C:G WC [cWW][XIX] 10.7 53.34; 55.54 2.21 -12.32 0.03 16.13
Riboswitch 2HOJ 16!A:84!A G:A rpS [cSS][-] 5.88 111.6; 145.25 33.65 -23.85 0.07 18.02
Riboswitch 2HOJ 16!A:50!A G:C WC [cWW][XIX] 10.58 57.95; 58.25 0.3 -10.37 0.18 14.46
Riboswitch 2HOJ 17!A:56!A G:A rS [tSS][-] 8.06 89.21; 60.31 28.9 177.27 0.14 25.37
Riboswitch 2HOJ 17!A:49!A G:C WC [cWW][XIX] 10.52 57.08; 59.4 2.32 -10.75 0.09 17.22
Riboswitch 2HOJ 18!A:48!A G:C WC [cWW][XIX] 10.81 53.24; 52.74 0.51 -13.21 0.53 21.7
Riboswitch 2HOJ 19!A:47!A G:A WC [cWW][VIII] 12.9 43.42; 47.47 4.06 -12.57 0.31 18.35
Riboswitch 2HOJ 19!A:42!A G:G rS [tSS][IV] 8.15 78.6; 73.55 5.05 -168.86 0.53 19.44
Riboswitch 2HOJ 20!A:45!A U:A WC [cWW][XX] 10.41 63.44; 54.15 9.29 11.99 0.57 18.05
Riboswitch 2HOJ 21!A:71!A G:U rpS [cSS][-] 6.99 99.19; 121.52 22.33 -46.09 0.9 40.09
Riboswitch 2HOJ 21!A:38!A G:C WC [cWW][XIX] 11.1 47.88; 53.01 5.13 -3.62 0.18 9.33
Riboswitch 2HOJ 22!A:70!A C:A rpS(sb:O2*-N3) [cSS][-] 5.56 135.38; 96.95 38.42 -77.35 0.23 47.22
Riboswitch 2HOJ 22!A:37!A C:G WC [cWW][XIX] 10.49 58.84; 53.04 5.8 -4.01 0.46 12.87
Riboswitch 2HOJ 23!A:36!A C:G WC [cWW][XIX] 10.33 61.11; 52.03 9.08 -4.02 0.22 10.95
Riboswitch 2HOJ 25!A:36!A U:G S*_1 [tHS][-] 10.52 20.39; 97.53 77.15 58.11 0.97 63.03
Riboswitch 2HOJ 37!A:69!A G:A fS [tSW][X] 10.0 112.79; 41.66 71.13 93.7 0.12 62.95
Riboswitch 2HOJ 39!A:43!A U:A rH_1 [tWH][XXIV] 9.6 32.13; 17.36 14.78 -156.14 0.45 13.13
Riboswitch 2HOJ 40!A:42!A G:G S(sb:O2*-N7)_1 [---][-] 7.08 81.11; 30.01 51.1 -162.32 1.82 33.07
Riboswitch 2HOJ 41!A:48!A A:C rpS(sb:O2*-N3) [cSS][-] 5.82 99.75; 149.92 50.17 -39.68 2.02 28.5
Riboswitch 2HOJ 49!A:56!A C:A rpS(ss:O2*-O2*)_1 [cSS][-] 5.66 107.92; 158.69 50.77 -17.77 1.7 28.6
Riboswitch 2HOJ 50!A:84!A C:A fS(sb:O2*-N1)_1 [tSS][-] 8.53 91.65; 55.7 35.95 157.13 1.66 31.48
Riboswitch 2HOJ 53!A:84!A A:A rS* [tHH][-] 10.74 27.9; 15.41 12.49 69.71 0.31 31.08
Riboswitch 2HOJ 56!A:83!A A:G S [tSH][XI] 9.49 3.72; 94.99 91.27 -53.42 0.88 22.39
Riboswitch 2HOJ 57!A:82!A C:G WC [cWW][XIX] 10.56 57.12; 50.98 6.14 -6.95 1.0 23.24
Riboswitch 2HOJ 58!A:81!A C:G WC [cWW][XIX] 10.47 54.0; 51.82 2.18 -13.73 0.69 15.1
Riboswitch 2HOJ 59!A:80!A U:A WC [cWW][XX] 10.67 56.21; 53.76 2.46 -16.0 0.0 21.21
Riboswitch 2HOJ 60!A:78!A G:G H_1 [cWH][VI] 11.75 58.56; 23.98 34.58 6.01 0.55 11.82
Riboswitch 2HOJ 63!A:76!A C:G WC [cWW][XIX] 10.43 54.66; 55.41 0.75 -12.86 0.05 20.42
Riboswitch 2HOJ 64!A:75!A U:A WC [cWW][XX] 10.39 56.27; 61.89 5.61 -9.99 0.42 18.49
Riboswitch 2HOJ 65!A:74!A G:C WC [cWW][XIX] 10.78 55.61; 53.42 2.19 -9.81 0.31 12.87
Riboswitch 2HOJ 66!A:73!A G:C WC [cWW][XIX] 10.57 55.26; 53.02 2.24 -6.05 0.38 17.41
Riboswitch 2HOJ 68!A:71!A U:U S(bp:N3-O2P) [---][-] 8.77 77.6; 30.59 47.01 -156.79 0.57 11.4
Riboswitch 2HOJ 68!A:70!A U:A S(sb:O2*-N7) [---][-] 6.72 76.86; 39.82 37.04 -171.95 2.03 23.38